Tutoriel Shanoir

TutorielShanoirpourDé butants
Shanoir version 0.4
19/09/2013
Contact : [email protected]
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Tutoriel Shanoir pour Débutants
Contenu
Accès aux principales fonctionnalités ............................................................................................................................... 3
Importer des données en DICOM ..................................................................................................................................... 4
Etape 1/6 : Sélectionner une source DICOM et choisir une modalité .......................................................................... 4
Etape 2/6 : Sélectionner une archive DICOM ............................................................................................................... 5
Etape 3/6 : Sélectionner la ou les série(s)..................................................................................................................... 6
Etape 4/6 : Renseigner le contexte ............................................................................................................................... 6
Par rapport à l’étude ................................................................................................................................................. 6
Par rapport au sujet .................................................................................................................................................. 6
Par rapport à l’examen ............................................................................................................................................. 8
Etape 5/6 : Anonymisation, conversion au format NIFTI et envoi au PACS ................................................................. 9
Etape 6/6 : Sélectionner une study card ..................................................................................................................... 10
Visualiser un Dataset....................................................................................................................................................... 11
Voir les paramètres d’acquisition d’un dataset .............................................................................................................. 12
Télécharger des Datasets ................................................................................................................................................ 13
Première méthode : télécharger un par un ................................................................................................................ 13
Deuxième méthode : télécharger un par un............................................................................................................... 13
Troisième méthode : télécharger par lots .................................................................................................................. 14
Reporter un bug / dysfonctionnement ........................................................................................................................... 15
Changer mes préférences ............................................................................................................................................... 16
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Tutoriel Shanoir pour Débutants
Accès aux principales fonctionnalités
Chaque fonctionnalité de Shanoir peut être accessible de plusieurs façons :
1) Importer des données (DICOM, NIFTI, etc.)
Menu : ”Import Data”
Page d’Accueil : ”Import Data”
2) Accéder à mes études
Menu : ”My Shanoir” > “My Research Studies”
Menu : “Manage Data” > “Research Studies”
Page d’Accueil : “Explore the Research Studies”
3) Gérer, trouver, télécharger et supprimer des données
Menu : “Manage Data” > “Datasets”
Homepage : “Find and Download Datasets”
Menu : ”My Shanoir” > “My Research Studies” > “Blabla” > “View Dataset” (pour une étude données :
“Blabla”)
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Tutoriel Shanoir pour Débutants
Importer des données en DICOM
Etape 1/6 : Sélectionner une source DICOM et choisir une modalité
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Etape 2/6 : Sélectionner une archive DICOM
Actuellement il n’est pas possible d’importer directement depuis un CD-ROM.
Il faut d’abord copier le contenu du CD sur votre ordinateur.
Puis sélectionner le fichier DICOMDIR et le dossier d’images et les zipper ensemble.
Rappel : une archive DICOM = zip de (DICOMDIR + dossier d’Images)
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Etape 3/6 : Sélectionner la ou les série(s)
1) Sélectionner les séries / séquences que vous voulez importer
2) Cliquer sur “Next”
Etape 4/6 : Renseigner le contexte
Par rapport à l’étude
1) Sélectionner l’étude dans laquelle vous voulez importer
2) Vérifier que le bon appareil d’acquisition est sélectionné
Par rapport au sujet
Si c’est le premier examen que vous importez pour ce sujet
1) Sélectionner “Create a new subject”
2) Cliquer sur le lien
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1) Entrer le “Common name” ; i.e. l’ ID du sujet
Suivre le schéma qui vous a été donné par le responsable de votre étude.
2) Merci de supprimer le nom du sujet de la case “Personal comments”, ce champ est enregistré dans la base
de données.
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Si ce n’est pas le premier examen que vous importez pour ce sujet
Sélectionner juste le sujet
Par rapport à l’examen
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1) Préciser si le sujet est un patient (“Patient” ) ou un volontaire sain (“Healthy volunteer”)
2) Nom de l’investigateur de l’examen
(si vous ne trouvez pas celui qu’il vous faut, mettre quelque chose et contacter votre administrateur Shanoir)
3) Nom de l’examen
Ex : “IRM CEREBRALE”, “IRM MOELLE”, “M0”, “M12”, …
4) Cliquer sur “Next”
Etape 5/6 : Anonymisation, conversion au format NIFTI et envoi au PACS
1) [Facultatif] Si vous voulez garder une trace de l’anonymisation, vous pouvez imprimer cette page en cliquant
ici.
2) Cliquer sur “Anonymize”
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3) Attendez un peu...
4) Cliquer sur “Next”
Etape 6/6 : Sélectionner une study card
Cliquer juste sur “Finish”
Félicitations !
Vous pouvez cliquer sur “Continue” (redirection vers la page d’accueil) ou cliquer sur “Import Data” pour importer
un nouvel examen.
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Visualiser un Dataset
Accéder à l’étude à laquelle appartient votre dataset (voir page 3), et
1)
2)
3)
4)
Déplier le sujet (Cliquer sur l’icône triangle)
Déplier l’examen
Déplier le Acquisition Dataset
Cliquer sur le Dataset
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5) Cliquer sur “View the DICOM images”
6) Cliquer sur les fleches afin de faire defiler les image ou entrer un nombre
7) Cliquer sur la croix pour fermer la fenêtre
Bonus :
A) Télécharger ce dataset au format Nifti
B) Télécharger ce dataset au format Dicom (voir aussi la page suivante)
C) Voir les paramètres d’acquisition de ce dataset
Voir les paramètres d’acquisition d’un dataset
Voir ci-dessus “Bonus”, point C .
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Télécharger des Datasets
Première méthode : télécharger un par un
Voir page 12.
Deuxième méthode : télécharger un par un
Accéder à l’étude à laquelle appartient votre dataset (voir page 3)
Déplier le sujet, l’examen, le dataset (voir page 11)
1) Passer sur l’icône “plus”
2) Cliquer sur “Download the Dicom files for this datasets” ou “Download Nifti files”
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Troisième méthode : télécharger par lots
Remplir les critères de votre recherche:
1) Nom de l’étude
2) Nom du Dataset : “%” est un joker, il peut
remplacer n’importe quel caractère
Ex : “%T1%” nom de dataset qui contient “T1” ;
“ASL%” nom de dataset name qui commence par
“ASL”
3) Nom du sujet, …
Lancer votre recherhe et sélectionner vos données
4) Cliquer sur “Search Datasets”
5) Sélectionner les datasets que vous souhaitez
télécharger :
• Cliquer sur “Select all” ou
• Cocher les datasets un par un
6) Passer la souris sur l’icône au-dessus de “Deselect all”
7) Cliquer sur “Download the Dicom files for this datasets”
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Reporter un bug / dysfonctionnement
1)
2)
3)
4)
Résumé du problem, localization ?
A quel moment ça s’est passé ?
Qu’avez-vous fait et que s’est-il passé ?!
Quel type d’ordinateur utilisez-vous (Mac, Windows, Linux) ?
Et quel est votre navigateur internet (IE6, IE7, IE8, Mozilla, Safari, Chrome) ?
5) Vous pouvez ajouter une image de ce qu’il s’est passé (copie d’écran, schéma, …)
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Changer mes préférences
Ici vous pouvez changer:
• Votre mot de passe
• Votre adresse email
• Le format de la date
• Le thème du site
• La taille des différentes listes de résultats
1) Preferences > Edit Profile
Ici vous pouvez changer votre adresse email et votre mot de passe (très important de changer son mot de passe).
N’oubliez pas de cliquer sur “Save settings”.
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2) Preferences > General
Vous pouvez ajuster la taille des tableaux dans lesquels apparaissent vos résultats.
Exemple pour ci-dessus :
Manage Data > Research Study : 25 résultats par page
Manage Data > Datasets : 50 résultats par page
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“Tutoriel Shanoir pour Débutants” (français)
“Shanoir Tutorial for Beginners” (anglais)
“Shanoir Tutorial for Experts” (anglais)
“Tutoriel Study-card Shanoir” (français)
“Tutoriel ShanoirUploader” (français)
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