Illustration 1: Animations en Flash sur le site SVT de Rouen

Les S.V.T. et le POP (http://www.lepop.re/)
Sur le site dédié au POP, le conseil régional de la Réunion propose des aides à l'installation et des
applications par champ disciplinaire. Ces informations sont complétées par des liens sur d'autres logiciels,
sur l'utilisation de Wine et sur la configuration réseau pour l'accès à l'ENT académique.
I Les Logiciels de SVT pour le POP
En SVT, il est proposé:
MOLMOL : http://www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/ Programme de manipulation 3D des macromolécules
biologiques (gratuit).
Rasmol : http://klaatu.oit.umass.edu/microbio/rasmol/ Ce logiciel très populaire de visualisation en 3D des molécules est aussi
disponible sous Linux.
Strata: http://hydro.geosc.psu.edu/ Géologie du bassin océanique (en anglais)
Zebra: http://www.atd.ucar.edu/rdp/zebra.html
Logiciel de manipulation et de traitement des données géologiques
Les liens sur Strata et Zebra, qui sont des applications peu faciles à prendre en main pour des élèves du
Secondaire, sont rompus . Donc je vous propose une liste complémentaire d'applications à télécharger
et à installer
Sciences de la vie : Génétique, Biologie, Molécules du vivant
• Animations en Flash : biologie en Flash, animations (Ac Rouen)
Illustration 1: Animations en Flash sur le site SVT de Rouen
• Rasmol : http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ permet de visionner des molécules en 3D
(comme l'ARN ou l'ADN).
• Mozilla-Biofox et BioBar : http://biofox.mozdev.org/ et http://biobar.mozdev.org/ : Logiciel
d'exploitation du code génétique (marche sous firefox)
• sim4 : http://globin.cse.psu.edu/html/docs/sim4.html ou Online : http://gamay.univperp.fr/analyse_seq/sim4 Alignement du code génétique et mutations
• biofox : exploitation du code génétique
• Dsciences - Extension OpenOffice.org pour construire des documents à vocation
scientifique.
• Avogadro : Visualiseur et éditeur de molécules en 3D, accepte de nombreux format, tels le
.pdb.
• Jmol (visualisation moléculaire) : http://jmol.sourceforge.net/
• Clustal X permet l'alignement des séquences:
http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/
• Treeview affiche les arbres phylogénétiques
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
• Annhyb permet le travail sur les enzymes de restriction
http://bioinformatics.org/annhyb/
• Gnome Chemistry Utils : boîte à outils complète, permettant de visualiser et d'analyser des
molécules (dessin, calcul, vue 3D et tableau périodique).
• Achille Life simulator (évolution)
• NJplot Phylogenetic Tree Plotter (évolution)
• DDV Sequence Alignment Viewer (biologie moléculaire)
•
Garlic Protein Visualization (biologie moléculaire, étude des protéines...)
• GENESIS Neural Simulator (neurologie)
Sciences de la Terre et de l'Univers
•
CTSim Computed Tomography Simulator (tomographie sismique)
•
OpenUniverse Space Simulator (planeto)
•
Planets (planeto)
•
Grass (logiciel SIG)
•
Karto (positionnement géo, orienté spéléo)
•
•
•
Celestia: simulation spatiale en temps réel.
Kstars: planétarium
Stellarium : Planétarium
•
ZEBRA : https://www.eol.ucar.edu/software-center (géologie)
•
•
Atlas'OOo : permet d'ajouter des cartes à OpenOffice.org
Qgis : système d'information géographique très complet et relativement simple un plugin
existe même pour l'intégration de Grass
GoogleEarth:
GéoPortail : navigation en 2D ou 3D sur les photos aériennes et les cartes IGN
•
•
Utilitaires pédagogiques
Images Actives; Dynamisez vos cours par des images interactives (CANOPE - Versailles)
Open-Sankoré: logiciel d'enseignement numérique interactif pour TBI, gratuit et Open-Source
et aussi Visiter le site https://sites.google.com/site/svtux2/logiciels-svt
II Utiliser des application Windows sous Linux: Applications supportées par Wine :
Tous les programmes Windows ne fonctionnent pas sous Wine. Consulter la base de données des
applications supportées par Wine. Il supporte pourtant déjà de nombreux logiciels pour Windows . Vous
pouvez aussi faire une recherche Google sous la forme "nom_du_programme winehq".
1 Association des exécutables window (.exe)avec Wine
Avec le navigateur de fichiers de Gnome (Nautilus), l'association des fichiers « .exe » avec Wine se fait
automatiquement.
Si, ce n'est pas le cas en cliquant droit sur le fichier « .exe », sélectionnez « Ouvrir avec », rajouter wine :
vous devez voir ensuite « Ouvrir avec wine ».
2 Installation d'un logiciel par la console
Dans un terminal : wine /le/chemin/du/fichier/setup.exe ##(ou install.exe)
ou
wine /media/cdrom/setup.exe ##pour l'installation depuis un CDROM(ou cdrom0 à la place de cdrom) ou
install.exe
En cas de problèmes d'installation, pensez à rendre exécutable (au sens de Linux) votre .exe (pour rappel :
chmod a+x votreprogramme.exe)
3 Lancer un programme Windows
Pour lancer les logiciels installés dans le répertoire wine, il y a deux solutions possibles :
•
•
créer avec Nautilus une association de fichier entre Wine et les suffixes de type .exe. Il vous suffira
ensuite d'ouvrir votre gestionnaire de fichiers comme Nautilus, de naviguer jusqu'au programme puis
de cliquer sur le fichier .exe pour lancer ce programme avec Wine.
créer un lanceur utilisant la commande suivante (attention, guillemets indispensables).
wine "c:\program files\dossier_du_programme\nom_du_programme.exe"
Pour résoudre un problème, il faut parfois simplement déplacer le fichier.exe dans un des sous-répertoires
de wine, comme "/Program Files" ou "/Programmes/Accessoires".
4 Problèmes courants
Wine refuse de démarrer
Lorsque Wine refuse de démarrer en écrivant dans le terminal :
wine: creating configuration directory '/home/'quelque_chose'/.wine'...
Faites : sudo rm -r -d ~/.wine/*
et relancez Wine ; il devrait maintenant fonctionner sans problème.
Wine refuse de lancer une application
Lorsque wine refuse de démarrer une application en écrivant dans le terminal :
preloader: Warning: failed to reserve range 00000000-00010000
preloader: Warning: failed to reserve range 00000000-00010000
il suffit de lancer cette commande :
sudo sysctl -w vm.mmap_min_addr=0
Puis ouvrez le fichier /etc/sysctl.conf et recherchez cette ligne :
vm.mmap_min_addr = 65536
et remplacez-la par :
vm.mmap_min_addr = 0
puis enregistrez, supprimez le dossier .wine :
sudo rm -R ~/.wine
Redémarrer, vous pouvez enfin relancer Wine !
Erreur « The file is not marked as executable… »
Lorsqu'un exécutable refuse de se lancer avec le message d'erreur :
The file '/adresse/du/fichier.exe' is not marked as executable. If this was downloaded or copied form an
untrusted source, it may be dangerous to run. For more details, read about the executable bit.
Il suffit de rajouter à cet exécutable les droits d'exécution.
•
•
En mode graphique : faire un clic droit sur le fichier .exe, puis choisir « Propriétés » dans le menu
contextuel ; cliquer sur l'onglet « Permissions », puis cocher la case « Autoriser l'exécution du fichier
comme un programme ».
Par le terminal :
Extrait de : http://doc.ubuntu-fr.org/wine#applications_supportees_par_wine
III Se connecter à l'ENT
Si vous n'avez accès à internet qu'à travers un proxy, il faut activer le support proxy (serveur
mandataire) pour pouvoir accéder à Internet, télécharger ou installer les mises à jour et paquets de
Ubuntu. Il faut configurer l'accès à travers le serveur proxy à partir du terminal :( http://doc.ubuntufr.org/proxy_terminal)
1 Configuration de l'accès dans le navigateur (exemple avec Firefox)
Illustration 2: Configuration réseau sous Firefox pour la connexion
Internet
2 Environnement global
La configuration du proxy ou serveur mandataire, se fait depuis la version 11 d'Ubuntu dans le centre de
contrôle → Réseau → Sélectionner Serveur mandataire
Illustration 3: Configuration réseau sous Ubuntu
11
Illustration 4: Configuration réseau sur des
versions plus anciennes ou allégées
• depuis un terminal en saisissant : gnome-control-center ou KDE-control-center suivant
l'environnement de bureau (interface graphique).
Voici d'autres solutions : lignes de commandes sur la console (ou terminal)
Si vous avez des erreurs d'autorisations, passez en mode root (su root ou sudo) avant la commande sur
Ubuntu
Modifiez le fichier /etc/profile , ajouter cette ligne à la fin du fichier:
export http_proxy=http://"proxy_ip":"port_number" où "proxy_ip" et "port_number" seront adaptés à votre
situation.
Dans le cas d'un proxy « normal » comme c'est le cas pour l'accès à l'ENT, l'authentification peut se faire
directement, la syntaxe est :
export http_proxy=http://[DOMAIN\]USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT
export ftp_proxy=http://[DOMAIN\]USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT