AC11_mai08_2

Journée AC11 14 mai 2008
ANRS AC11/AC12
Groupe Quantification
VIH
JC PLANTIER et C ROUZIOUX
Merci à JM SEIGNEURIN
Composition du groupe
AC11
I Garrigue (Bordeaux)
A Vabret (Caen)
P Morand (Grenoble)
P Colson, C Tamalet (Marseille)
F Damond, D Descamps (Bichat,
Paris)
A Ganon, V Avettand, C Rouzioux
(Necker, Paris)
B Amellal (Pitié-Salpêtrière,
Paris)
O Guisthau, A Ruffault (Rennes)
M Gueudin, JC Plantier (Rouen)
K Sauné (Toulouse)
AC12
F Rouet (Burkina Faso)
E Nerrienet (Cambodge)
D Rousset, A Akhokeng
(Cameroun)
D Joulia (Côte d’Ivoire)
C T Kane (Sénégal)
M Lien (Vietnam)
M Peeters, P Van de Perre
(Montpellier)
E Menu (I Pasteur)
JC Plantier (Rouen)
C Rouzioux (Necker, Paris)
Activités
- détection/quantification de l’ARN VIH plasmatique
• test “générique” ANRS pour essais et études menés sur sites
ANRS
• évaluation des techniques commerciales
• impact de la diversité génétique des VIH-1 / élaboration d’un
panel indépendant
• technique alternative sur buvards
- détection/quantification de l’ADN VIH intracellulaire
• test de diagnostic de l’infection chez l’enfant
• technique alternative sur buvards
• quantification des “cellules réservoirs”
Détection/Quantification de l’ARN VIH-1
Développement du test “générique” ARN VIH-1
– test de PCR temps réel (LTR)
– commercialisé par Biocentric (8 €)
– visibilité nationale et internationale : positionnement
du test : académique de référence (21 publications)
– implantation en routine sur sites Sud ANRS (Côte
d’Ivoire, Cambodge, Vietnam, Burkina Faso,
Cameroun, Gabon, Congo).
– évaluation du suivi de qualité des lots sur les sites
(après validation et libération par Necker)
• Témoin HIV++
• Contrôle de Qualité
Suivi du Témoin HIV++ & CQ
Y= -3.29x + 46.7, R2=0.994
Log HIV++; n=87
4,2
45
3
21
31
14
12
6
40
4
35
3,9
3,8
30
3,7
25
3,6
20
3,5
0
2
4
6
8
3,4
HIV++ lot 15
HIV++ lot 14b
HIV++ lot 14
HIV++ lot 13
Y= -3.28x + 46.5, R2=0.995
HIV++lot11b
3,3
HIV++lot11
Médiane +/- 0.3 log
4,1
13 laboratoires
Gammes 5M et 2,5M
2006
Moyenne: 3,76
Médiane: 3,71
12 laboratoires
Gammes 2,5 M
2005
45,0
40,0
35,0
30,0
25,0
Reproductibilité du témoin HIV++
correcte: variabilité par rapport à
3.7 log < +/-0.3 log
20,0
0
1
2
3
4
5
6
=> CQ entre 2005 et 2006 très
reproductibles
7
Évaluation des techniques / diversité
Diversité génétique VIH-1 :
Échantillons cliniques (France et Afrique sub-saharienne)
Panel ANRS (surnageants de différents sous-types circulant en France
et au sud)
Techniques :
Roche Cobas Taqman
Abbott HIV-1 RealTime
Biocentric Generic HIV
Rouet et coll., J AIDS 2007 (recrutement multicentrique)
Gueudin et coll., J AIDS 2007 (recrutement multicentrique)
Damond et coll., J Clin Microbiol 2007 (recrutement monocentrique)
Colson et coll., J Clin Virol 2007 (recrutement monocentrique)
Wirden et coll., CROI 2008
Biocentric vs bDNA Bayer
(Rouet J AIDS 2007)
- différence de +0,35 Log en faveur de Biocentric
- discordances > 1 Log indépendantes sous-types
Biocentric vs Roche Cobas Monitor
(Rouet J AIDS 2007)
- différence +0,21 Log
et discordances >1 Log
en faveur de Biocentric
- technique Biocentric
adaptée à diversité
génétique
Comparaison des techniques Roche Cobas
Monitor, Cobas Taqman & Abbott RealTime
Damond J Clin Microbiol 2007, Roche Taqman vs Roche
Monitor
Gueudin J AIDS 2007 Roche Taqman vs Roche Monitor vs
Abbott RealTime
Colson J Clin Virol 2007 Roche Taqman vs LTR in house & LCx
Abbott
Sous-quantification de la technique Roche Taqman (25% des
cas > 0,5 Log / Roche Monitor)
Sous-quantification > 1 Log pour quelques échantillons
indépendante de sous-types
Wirden CROI 2008 Roche Taqman vs Abbott RealTime
- sous-quantification CRF02 par Abbott
- autres non-B: différences non liées à techniques en particulier
- différences >1 Log en faveur de Abbott
Élaboration d’un panel ANRS
Panel ANRS (surnageant de différents sous-types circulant en
France et au Sud) : Bichat, Necker, Rouen, Rennes, Cambodge, Cameroun
Techniques en cours d’évaluation
Roche Cobas Taqman
Abbott HIV-1 RealTime
Biocentric Generic HIV
N = 80 surnageants actuellement
7A
6 CRF01_AE
17 B
16 CRF02_AG
2C
1 CRF05_DF
5D
3 CRF06 cpx
5F
2 CRF11 cpx
4G
2H
2J
8 groupe O
Comparaison des techniques Biocentric, Cobas
Taqman & Abbott RealTime
4
4
Log CV LTRM - Log CV Roche Taqman
3
CRF02 (SN16)
2
+1.96 SD
1,4
1
Mean
0
0,2
-1
-1.96 SD
-1,1
-2
CRF02 (SN16)
3
H (SN69)
2
CRF02 (SN27)
+1.96 SD
1,4
1
Mean
0
0,2
-1.96 SD
-1
-1,0
-2
3
4
5
6
7
3
Abbott vs Roche
AVERAGE of Log CV Abbott and Log CV Roche Taqman
4
5
6
AVERAGE of Log CV LTRM and Log CV Roche Taqman
Biocentric vs Roche
4
3
Log CV Abbott - Log CV LTRM
Log CV Abbott - Log CV Roche Taqman
H (SN69)
N = 61
2
H (SN69)
1
+1.96 SD
0,6
Mean
0
-0,1
-1.96 SD
-0,8
-1
CRF02 (SN27)
-2
3
Abbott vs Biocentric
4
5
6
7
AVERAGE of Log CV Abbott and Log CV LTRM
8
7
Technique alternative sur buvard
étude de faisabilité de la CV sur buvards
sur 2 types de buvards S&S903 et 3MM CHR
multicentrique Nord
mesures par la technique Biocentric ARN VIH-1
- faisabilité sur 3MM, reproductibilité inter-et intra-laboratoire
correcte, moindre variabilité des mesures / S&903
- manque de précision, optimiser reproductibilité d’un site à l’autre &
d’une série à l’autre (élution / extraction = phase critique)
- impact température et conditions locales de conservation
Plantier et coll., soumis
Détection/Quantification de l’ADN VIH-1
intracellulaire
-
test ADN VIH-1 = PCR en temps réel (LTR)
-
détection/quantification de l’ADN VIH total (intégré et non
intégré), dans les cellules infectées
-
diagnostic de l’infection de l’enfant né de mère VIH-1+
• sur sang total, PBMC ou culots cell.
Avettand et coll., soumis)
(Nerrienet et coll., soumis;
• sites ANRS : Côte d’Ivoire, Cameroun, Burkina Faso,
Vietnam, Cambodge + Kenya, Mozambique, Afrique du
Sud (kesho bora)
• France
• standardisation nécessaire par développement d’une
trousse Biocentric ADN avec un standard unique (3.5 €)
Diagnostic précoce de l’infection pédiatrique à
VIH au Cambodge
– utilisation de la PCR ADN en temps réel sur buvard plus
adapté aux Pays du Sud
– test sang total déposé sur buvard, avec extraction
Chelex (E Nerriennet et N Ngo)
Faisabilité au Cambodge :
98 échantillons de bébés : « Buffy coat » déposés sur buvards
et comparés au plasma sanguin testé par CV ARN VIH
Ngin S et coll., PARIS 2007
ADN VIH +
ARN VIH +
69
ARN VIH -
0
ADN VIH 5 (- puis +)
24
CONCLUSION
Technique de PCR ADN VIH faisable sur buvards et adaptée
Conclusions
ARN VIH-1
- test Biocentric ARN VIH : 50 000 tests en 2007
(alternative en seconde technique en routine)
- mise en évidence de défauts de la trousse Cobas
Taqman
- technologie buvard nécessite une optimisation besoin
pays du sud
ADN VIH-1
• test ADN VIH Biocentric validé, en cours d’évaluation
(diagnostic BB) avec kit prélèvement buvard : au
Cameroun, au Cambodge et en Côte d’Ivoire
• disponible au Nord pour diagnostic de l’infection chez
l’enfant
Perspectives (1)
ARN VIH-1
Veille des outils de quantification, associée à épidemiologie
moléculaire VIH-1 (Nord – Sud)
– étude des séquences LTR et Pol
– poursuite des évaluations des techniques commerciales et
technique Biocentric
ADN VIH-1
Quantification des “cellules réservoirs”
- travaux de physiopathologie chez l’adulte
- essais thérapeutiques d’intensification ou de réduction
des réservoirs
Perspectives (2)
technologie buvard ARN+ADN
• Peditest DBS : site Abidjan
diagnostic bébé à partir de buvard, par PCR ADN VIH
Biocentric
= permettre le passage à l’échelle et étudier la
faisabilité sur le terrain (région d’Abidjan)
• 2008 Projet “Enfant” : suivi virologique des enfants
infectés (AC11/AC12 E Nerrienet : Cambodge +
Cameroun)
• 2008 Projet “Adulte” : CV et Résistance (AC11/AC12
M Peeters - JC Plantier)