Instructions générales pour l`installation de DIOGENE 2006/1

Installation de DIOGENE 2007
REMARQUES IMPORTANTES (à lire attentivement avant l’installation):
(A) A partir de juin 2007, on pourra récupérer les librairies DIOGENE par
téléchargement depuis le site ‘amap.cirad.fr’ et/ou par d'autres formules. Les
librairies intel auront en principe été mises en place par un autre moyen : le
CD d’installation ou bien l’installation par l’utilisateur depuis le site Intel
(après attribution d’une licence gratuite) ainsi que l'une des méthodes
de
téléchargement de DIOGENE exposées en détail par le document majdiogene.pdf. Ce
téléchargement pourra se faire sous Windows (sous forme d’une archive
compressée, DIOGENE.tar.gz). Après décompression de l’archive correspondante
(tar cfz DIOGENE.tar.gz DIOGENE), DIOGENE sera redirigé sur une clé USB…et l’on
sera ramené au cas de l’installation à partir d’une clé USB. On utilisera donc
les scripts ‘instman2’, ‘instub2’ ou ‘instfed2’. Ceux-ci ont été modifiés pour
ne pas désinstaller les librairies Intel (test fondé sur la présence ou non de
ces librairies sur la clé). On peut aussi télécharger directement sous Linux.
Dans ce cas de figure, on importera directement DIOGENE.tar.gz sous la racine
utilisateur ; le script d’installation à utiliser est alors ‘instdio’ qui sera
téléchargé en plus de DIOGENE.tar.gz. Ce script réalise la décompression. Dans
le cas d’une installation sur serveur, il est de la responsabilité de
l’Administrateur de réaliser la mise à jour selon la configuration propre à sa
machine. Le script d'installation peut aussi installer le compilateur Fortran
Intel et ses diverses librairies (à utiliser seulement s'il existe un droit de
copie sur le PC de l'utilisateur). Depuis le 15/05/2007, les compilateurs Intel
C/C++ ne sont plus nécessaires puisque c'est le compilateur C/C++ de la
distribution qui est utilisé (CC/GCC).
(B) S'il s'agit d'une mise a jour (DIOGENE déjà installé), mettre simplement le
super utilisateur en 'csh' (cf. début de ligne ci-dessous) et passer au point
(7). Par ailleurs, l’installation peut se faire a partir d’une clé
USB (Mandriva, Fedora et Ubuntu) : pour Mandriva, remplacer le script ‘instman’
par ‘instman2’ : sur la clé ‘diogene’ est en minuscules et la clé est baptisée
‘REMOVABLE’ (majuscules). Dans ce cas, installer le script dans le répertoire
utilisateur par : ‘cp /mnt/REMOVABLE/diogene/config/instman2 .’. Pour Fedora,
même cas de figure : remplacer ‘instfed’ par ‘insfed2’ et recopier par : ‘cp
/media/REMOVABLE/diogene/config/instfed2 .’ Pour Ubuntu, ‘DIOGENE’ est écrit en
majuscules. Il faut bien sûr remplacer ‘instub’ par ‘instub2’. La syntaxe pour
réaliser la copie dans le répertoire-racine est donc la suivante :
‘cp /media/REMOVABLE/DIOGENE/config/instub2 .’.
(C) Les points (13) et (14) sont maintenant traités automatiquement par le
nouveau script d’installation. Ces rubriques ont été maintenues pour signaler le
problème de propriété des fichiers aux nouveaux utilisateurs de Linux.
(D) Pour Préparer un nouveau CD d’installation, lancer RMBIN (en tant que ROOT)
depuis le sous-répertoire /usr/DIOGENE. Puis copier avec K3B les librairies
/opt/intel et /usr/DIOGENE (avec option ‘copier les fichiers cachés’). Si le PCcible a des problèmes pour réaliser la compilation, on peut copier les
librairies sans éliminer les exécutables. Dans ce cas, le script d’installation
détectera leur présence et ne lancera pas la compilation. Cette pratique n’est
pas conseillée si le PC-cible est en état de réaliser la compilation dans son
environnement propre. Mais elle s'impose si le PC-cible est dépourvu d'IFORT et
si l'absence de droit de copie légal n'a pas permis d'inclure IFORT sur le CD.
(E) Pour régénérer les exécutables dans /usr/DIOGENE, lancer SMKF90 (en tant que
ROOT) depuis ce sous-répertoire (compilation en lien dynamique).
(F) On peut également les compiler en options ‘-Bstatic’ (SMK290) ou ‘-fast’
(SMK390). Mais ces options n’apportent aucun gain de rapidité (au contraire) et
ne sont donc pas conseillées. Elles nécessitent par ailleurs l’installation de
la librairie glibc-static-develop-2.3.5 – ou d’une version ultérieure - (cf. cidessous).
(G) Le contenu des librairies ‘intel’ doit être changé afin d’obtenir une
compatibilité avec la distribution Linux Ubuntu 6.10. Dans les
fichiers :
/opt/intel/fc/10.0.023/bin/ifort,
/opt/intel/fc/10.0.023/bin/ifortvars.sh,
il
faut
remplacer ‘.sh’ par ‘.bash’. A partir de Linux Ubuntu 7.04, cette correction est
inutile. Dans le cas de toutes les versions d'Ubuntu, installer ‘g++’ et ‘tcsh’
(interpréteur c-shell), ansi que les dernières versions des librairies ‘ncurses’,
avant de lancer ‘instub’.
(H) Si le script d'installation ne démarre pas malgré 'chmod 755 *', on peut entrer :
‘./[nom du script d’installation]’, au lieu de ‘[nom du script d’installation]’ à
l’étape (9).
(I) Cette version permet de déclencher en cliquant sur une icône le lancement de
diogene,
dio,
gene
et
jbstar
(par
l’intermédiaire
de
fichiers
de
commande :diogene_run, dio_run, gene_run et jbstar_run installés dans /usr/DIOGENE).
La mise en place des icônes correspondantes (correspondant à des « lanceurs ») est
spécifique du type de bureau installé (KDE ou Gnome). Elle est laissée pour l’instant
à l’initiative de l’utilisateur.
(J) Les noms de certains répertoires ont été modifiés pour une installation plus
facile et une indépendance vis-à-vis du « millésime » : configutil -> config,
docum[annee] -> documents et sources[année] -> sources.
(1) Dans le fichier système /etc/passwd, il faut mettre le super-utilisateur (root) première ligne - et l'utilisateur de DIOGENE (dernière ligne) en configuration 'csh' :
Sous Mandriva linux 2006, cliquer sur 'centre de contrôle', puis 'systeme', puis
'configuration', puis 'paquetages' et selectionner 'tcsh' (version améliorée de csh).
A partir de Mandriva 2006, cela n'est plus nécessaire. Dès le départ, vous devrez être
en mode "super-utilisateur". En ce qui me concerne, je recommande, avec Mandriva Linux
2006, l'éditeur de texte gvim, graphique et totalement compatible avec vi. Ce qui
précède serait valable pour Mandriva Linux 2007. Toutefois, compte tenu des très
nombreux bugs de cette distribution, elle est déconseillée (la situation pourra être
réexaminée fin 2007).
Donc, installer cet éditeur de texte en utilisant le centre de contrôle.
(2) On peut aussi travailler sous gvim ou vi, en écrivant 'csh' a la fin de la
dernière ligne (concernant l'utilisateur), comme dans l'exemple ci-dessous :
root:x:0:0:root:/root:/bin/csh
bin:x:1:1:bin:/bin:/bin/sh
daemon:x:2:2:daemon:/sbin:/bin/sh
adm:x:3:4:adm:/var/adm:/bin/sh
lp:x:4:7:lp:/var/spool/lpd:/bin/sh
sync:x:5:0:sync:/sbin:/bin/sync
shutdown:x:6:0:shutdown:/sbin:/sbin/shutdown
halt:x:7:0:halt:/sbin:/sbin/halt
mail:x:8:12:mail:/var/spool/mail:/bin/sh
news:x:9:13:news:/var/spool/news:/bin/sh
uucp:x:10:14:uucp:/var/spool/uucp:/bin/sh
operator:x:11:0:operator:/var:/bin/sh
games:x:12:100:games:/usr/games:/bin/sh
nobody:x:65534:65534:Nobody:/:/bin/sh
rpm:x:13:101:system user for rpm:/var/lib/rpm:/bin/false
messagebus:x:14:105:system user for dbus:/:/sbin/nologin
haldaemon:x:15:106:system user for hal:/:/sbin/nologin
vcsa:x:69:69:virtual console memory owner:/dev:/sbin/nologin
xfs:x:70:70:system user for xorg-x11:/etc/X11/fs:/bin/false
rpc:x:71:71:system user for portmap:/:/bin/false
clamav:x:72:72:system user for clamav:/var/lib/clamav:/bin/sh
gdm:x:73:73:system user for gdm:/var/lib/gdm:/bin/false
rpcuser:x:74:74:system user for nfs-utils:/var/lib/nfs:/bin/false
baradat:x:500:500:Baradat:/home/baradat:/bin/csh
Pour mettre l'utilisateur en csh, on peut utiliser le centre de contrôle de Mandriva :
Système/configuration/Configurez
utilisateur/shell de démarrage.
votre
ordinateur/système/ajouter-supprimer
2
un
(3) S'il y a plusieurs utilisateurs de DIOGENE, je laisse à votre sagacité le soin de
deviner ce qu'il faut faire à ce stade.
(4) Pour faire tout ce qui précède, vous avez opéré en mode 'super-utilisateur' ('su'
+ mot de passe si votre config., comme la mienne, vous fait ouvrir votre première
session comme simple 'user'). Vous resterez super-utilisateur jusqu'à la fin de
l'installation de DIOGENE.
(5) Fermer la session et redémarrer une autre session pour que les modifs ci-dessus
prennent effet.
(6) Insérer le CD-ROM d'installation dans le lecteur de CD/DVD.
(7) Se positionner dans la racine du répertoire de l'utilisateur si l'on n'y est pas
déjà (cd /home/baradat dans l'exemple correspondant au fichier /etc/passwd edité cidessus).
(8) Entrer : 'cp /mnt/cdrom/DIOGENE/config/instman .' (recopie du script 'instman'
dans le répertoire courant). Attention ! Reproduire exactement ce qui précède, y
compris le ' .' ('.' précédé d'un espace). NB : S’il s’agit d’une mise à jour et si la
précédente version de instman est toujours dans le répertoire, faire néanmoins cette
recopie : l’ancienne version du script est périmée et l’installation de DIOGENE serait
défectueuse si on l’utilisait.
Note : Sur le CD existent deux autres versions du script : instub et instfed, adaptées
respectivement aux distributions UBUNTU et FEDORA. Elles diffèrent de instman par le
repérage du CDROM. Substituer l'une ou l'autre à instman si ce repérage y correspond à
celui utilisé sur le PC où l'on veut faire l'installation. Pour ces deux
distributions, on remplacera, dans l’ordre ‘cp…’, ‘mnt’ par ‘media’ et ‘cdrom’ par
‘cdrom0’ s’il s’agit de Ubuntu.
(9) Entrer 'instman'...et votre calvaire est terminé ! Le script d'installation, après
vous avoir demandé votre nom d’utilisateur, copie et valide tous les fichiers dans
leurs arborescences. Le script met en outre en place le bon fichier '.cshrc'. A partir
de cette version, seuls les codes sources (Fortran et C) de DIOGENE figurent sur le
CD. Le script d’installation les compile automatiquement en « passant la main » à un
sript d’installation spécialisé, SMKF90, qui réside dans /usr/DIOGENE. Les codes
compilés se trouveront en fin d’installation dans ce même sous-répertoire.
(10) Avant d'arrêter/redémarrer le PC, comme le script vous y invite, installez 'gvim'
(vi amélioré en mode graphique). Procédez comme en (1) avec 'tcsh'.
(11) Si vous ne disposez pas de 'gvim', supprimez la dernière ligne du script
'.cshrc': 'alias vi gvim', qui est destinée à appeler 'gvim' chaque fois que 'vi' est
invoqué (c'est le dispositif standard de correction en ligne des scripts dans
DIOGENE).
(12) Si vous souhaitez que le super-utilisateur utilise l'interpréteur de script 'sh'
ou 'bash', rétablissez ce suffixe à la place de 'csh' dans la première ligne du
fichier /etc/passwd.
(13) Rendez le contenu actuel du répertoire 'donnees' accessible en lecture/écriture à
l'utilisateur : A partir de la racine du compte de celui-ci, faire : 'chown [nom
d’utilisateur] donnees/*'.
(14) Rendez les fichiers qui seront créés dans le répertoire 'donnees' propriété de
l'utilisateur : A partir de la racine du compte de celui-ci, faire : 'chown [nom
utilisateur] donnees/'.
(15) Arrêtez et redémarrez le PC et commencez à vous exercer en lisant les documents
.pdf ('/usr/DIOGENE/documents') et en traitant les fichiers de données situés dans
'/usr/DIOGENE/donnees' et recopiés par instman dans : home/[utilisateur]/donnees. Pour
pouvoir traiter ces donnees en tant qu'utilisateur, il faudra préalablement vous en
rendre propriétaire : cf. (13).
3
Remarques additionnelles
(a) L'installation décrite est destinée à permettre à un utilisateur (celui que l'on a
choisi) d'utiliser DIOGENE. Le super-utilisateur, root, n'est pas habilité a utiliser
DIOGENE (ce serait facile, mais pas souhaitable de le configurer à cet effet).
(b) Si vous voulez que la bécane permette à plusieurs utilisateurs d'accéder a DIOGENE
(serveur en réseau, par exemple), vous pouvez reproduire n fois le processus ci-dessus
(si n est le nombre d'utilisateurs). Mais vous gagnerez beaucoup de temps en vous
contentant de transférer 'à la main' le fichier '.cshrc' mis en place par le script
d'installation pour le premier utilisateur !
(c) Cette installation suppose que les utilisateurs de DIOGENE aient leurs répertoires
sous /home et que les exécutables soient dans /usr/DIOGENE. Par ailleurs, les
librairies Intel sont sous /opt. Si, pour une raison ou une autre, vous souhaitiez une
autre disposition, il est très facile de transposer en conséquence tout ce qui est
indiqué ci-dessus. Il vous faudra également modifier le script d'installation
'instman' que vous trouverez dans '/mnt/cdrom/DIOGENE/config', de même que le présent
fichier 'readme.pdf'. Il faudra
également modifier le fichier '.cshrc'... Si votre
lecteur de CDD/DVD ne s'appelle pas 'cdrom' et n'est pas monté
sur 'mnt', je fais
également confiance à votre jugeotte, que je sais super-performante, pour réaliser
toutes les modifs utiles. Si, néanmoins, vous rencontriez des difficultés que vous ne
sauriez surmonter, vous pouvez
toujours me contacter à : [email protected] (tél. 04 34 07 72 01).
(d) Si le script d'installation ne démarre pas au stade (9), entrer : 'chmod 755 *' et
relancer le script.
(e) Si les programmes de DIOGENE ne démarrent pas, entrer : 'cd /usr/DIOGENE', puis :
'chmod 755 *'. Cette validation doit se faire en mode "super-utilisateur".
(f) Pour la distribution Fedora (version libre de Red Hat), le point de montage du
lecteur de CD/DVD est désigné par 'media' et non plus par 'mnt'. Pour installer
DIOGENE sous cette version, utiliser le script : 'instfed'.
Sur la distribution Ubuntu installée à l'Université Lyon I, il a été constaté que, le
point de montage étant également désigné par 'media', le lecteur de CD/DVD est baptisé
'cdrom0'. Dans ce cas de figure, utiliser le script : instub.
(g) Pour que la compilation de nouveaux programmes ou la recompilation d'anciens
programmes soit possible avec les options ‘-Bstatic’ ou ‘-fast’ avec les compilateurs
Intel C/C++ et Fortran presents avec cette version, installer la librairie glibcstatic-develop-2.3.5. si elle n'est pas déjà installée (installation inutile si
compilation en lien dynamique).
Ci-dessous est donné le script d'installation (en c-shell), instman, qui installe le
compilateur Fortran Intel 10.0.023 avec le debugger correspondant. L'installation se
fait dans le répertoire /opt/intel (structure différente des versions précédentes de
DIOGENE). Noter que ce script désinstalle préalablement à l'installation toute version
de DIOGENE déjà installée. Un répertoire 'donnees' est créé dans le répertoire de
l'utilisateur et des données y sont transférées pour entraîner l’utilisateur dans
l'utilisation du logiciel. Les documents concernant DIOGENE (et des documents
connexes) sont transférés dans /usr/DIOGENE/documents. Les exécutables sont transférés
dans /usr/DIOGENE. Les codes-sources sont stockés dans :
- /usr/DIOGENE/sources/f90 (langage Fortran 90-95)
- /usr/DIOGENE/sources/CANSI (langage C-C++)
- /usr/DIOGENE/sources/cshell (scripts en c-shell)
(h) Pour pouvoir compiler de nouveaux programmes en mode Bstatic (ou recompiler ceux
qui sont livrés ici), il est indispensable de charger les librairies ‘static’ de la
distribution Mandriva 2006. Les utilitaires mkf90 et mkf95 installés sur ce CD sont
prévus pour compiler en mode Bstatic (qui assure une vitesse d’exécution optimale).
Pour cela, opérez en mode ‘super-utilisateur’ : sélectionnez ‘Système’, puis
4
‘configuration’, puis ‘Paquetages’, puis ‘installer des logiciels’, puis ‘rechercher
parmi les noms’, puis ‘static’.
(i) Pour éviter une déperdition importante de performances, désinstallez l’utilitaire
‘kat’ dont vous n’aurez jamais besoin et qui absorbe parfois plus de 95 % des
ressources processeur. Pour cela, mêmes étapes qu’en (i), en choisissant évidemment
‘désinstaller des logiciels’ puis, en choisissant un seul élément : kat-063-19mdk. Il
est naturellement possible que le nom complet de ce programme (qui génère le processus
‘kded’) change avec les numéros de distri-bution, mais vous le repérerez facilement.
Pour Mandriva, cette opération ne sera vraisemblablement plus nécessaire (comme celle
du point (h), d’ailleurs).
(j)
SMKF90 pourra servir par la suite d’outil d’administration de routine : Chaque
fois qu’il sera lancé, il restaurera dans /usr/DIOGENE l’ensemble des programmes
compilés (les shells y restant toujours en place). Le shell RMBIN,lancé depuis
/usr/DIOGENE, enlèvera du répertoire tous les codes compilés, ce qui préparera la
création d’un CD d’installation de DIOGENE. Une fois ce CD gravé (de préférence avec
K3B sous Mandriva), le lancement de SMKF90 permet de rendre rapidement et sans efforts
le PC à nouveau apte à utiliser DIOGENE.
Script d'installation instman
#!/bin/csh
echo ---------------------------------------------------------------echo INSTMAN. Script pour installation de DIOGENE 2007 et suiv.- MANDRIVA echo avec compilateurs INTEL 10.x.xxx. MKL supprimee. Version du 15/05/2007.
echo Desinstalle les versions de DIOGENE existantes. Version CD-ROM.
echo Lancement conditionnel de la compilation : si executables absents.
echo Desinstallation + copie librairies INTEL seulement si sont sur CD.
echo ---------------------------------------------------------------echo ---------------------------------------------------------------echo "
Entrer le nom de l'utilisateur
"
set user = $<
echo "----------------------------------------------------------------"
echo Mise en place du nouveau fichier .cshrc.
cp -fr /mnt/cdrom/DIOGENE/config/cshrc .cshrc
echo ---------------------------------------------------------------echo ---------------------------------------------------------------echo Copie de donnees pour les tests dans le repertoire donnees.
if(-d donnees) goto reprise
mkdir donnees
reprise:
cd donnees
cp -fr /mnt/cdrom/DIOGENE/donnees/* .
echo ---------------------------------------------------------------echo Desinstallation eventuelle des librairies INTEL et DIOGENE.
echo ---------------------------------------------------------------echo ---------------------------------------------------------------echo Compilateurs - Debugger.
if(-d /opt/intel_cc_80) rm -fr /opt/intel_cc_80
if(-d /opt/intel_fc_80) rm -fr /opt/intel_fc_80
if(-d /opt/intel_idb_80) rm -fr /opt/intel_idb_80
if(-d /opt/intel_cc_90) rm -fr /opt/intel_cc_90
if(-d /opt/intel_fc_90) rm -fr /opt/intel_fc_90
if(-d /opt/intel_idb_90) rm -fr /opt/intel_idb_90
echo ---------------------------------------------------------------echo Librairie mathematique MKL.
if(-d /opt/lib) rm -fr /opt/lib
if(-d /opt/doc) rm -fr /opt/doc
if(-d /opt/examples) rm -fr /opt/examples
if(-d /opt/include) rm -fr /opt/include
if(-d /opt/interfaces) rm -fr /opt/interfaces
if(-d /opt/tests) rm -fr /opt/tests
if(-d /opt/tools) rm -fr /opt/tools
echo ---------------------------------------------------------------echo Desinstallation conditionnelle librairies INTEL sous opt/intel.
if(! -d /mnt/cdrom/intel) goto reprise2
if(-d /opt/intel) rm -fr /opt/intel
reprise2:
echo ---------------------------------------------------------------echo Librairies DIOGENE.
if(-d /usr/DIOGENE) rm -fr /usr/DIOGENE
echo ---------------------------------------------------------------echo ---------------------------------------------------------------echo Copie conditionnelle des nouvelles librairies INTEL.
if(! -d /mnt/cdrom/intel) goto reprise3
echo ---------------------------------------------------------------cp -fr /mnt/cdrom/intel/ /opt
5
reprise3:
echo ---------------------------------------------------------------echo Copie des nouvelles librairies DIOGENE.
echo ---------------------------------------------------------------cp -fr /mnt/cdrom/DIOGENE/ /usr
echo ---------------------------------------------------------------echo Lancement conditionnel de SMKF90, utilitaire de compilation generale.
cd /usr/DIOGENE
if(-f jbstar) goto reprise4
(./smkf90)
reprise4:
echo ---------------------------------------------------------------echo Sous-repertoire /usr/DIOGENE + son contenu = propriete utilisateur.
cd ..
chown $user DIOGENE
chown $user DIOGENE/*
echo ---------------------------------------------------------------echo Nettoyage du repertoire racine utilisateur.
cd /home/$user
if(-f instman) rm -f instman
if(-f instman2) rm -f instman2
if(-f instub) rm -f instub
if(-f instub2) rm -f instub2
if(-f instfed) rm -f instfed
if(-f instfed2) rm -f instfed2
echo ---------------------------------------------------------------echo Sous-repertoire donnees + son contenu = propriete utilisateur.
cd /home/$user
chown $user donnees
chown $user donnees/*
echo ---------------------------------------------------------------echo Installation terminee. Le Chef est fier de vous et vous felicite !
echo ---------------------------------------------------------------echo Redemarrer le PC et se definir comme simple utilisateur.
echo Se placer dans le sous-repertoire donnees : cd donnees.
echo Lancer le gestionnaire de menu deroulant : diogene.
echo ---------------------------------------------------------------echo ----------------------------------------------------------------
Montpellier le 28/02/2005
(révisé le 08/06/2007 avec les apports de T. Labbé et F. Théveny).
Ph. Baradat
6