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Institut de Biologie Structurale et Microbiologie
IBSM, Campus du CNRS, 31 ch. J. Aiguier
MaP Marseille Protéomique
http://map.univmed.fr/
R. Lebrun, 3e Journée ProtéoPaca
Institut de Biologie Structurale et Microbiologie
Directeur : J-M.Claverie
Secrétaire Général : R. Rousic
Responsables Scientifiques : B. Meunier-Gontero & M. Bruschi
Ingénieurs de la Plate-forme: Sabrina Lignon
Danielle Moinier
Régine Lebrun
Notre équipement
(2003)
(septembre 2008)
(2006)
(1998)
DE-RP
ABI
ESI-Trappe à ions couplée à nLC 2D
LCQ-DECA XP +, Thermofinnigan
Serveur de calculs,
MALDI-ToF Microflex II LRF60
Bruker
Serveur de Stockage,
Librairie d’archivage
(2006)
Robot “pipeteur-digesteur” :
Liquid Handling, Evo 100 Tecan
(2002)
Micro-Séquenceur de Protéines :
Procise 494 Applied Biosystems
Prestations classiques ou projets
Identification et Caractérisation biochimique de protéines
Par spectrométrie de masse et/ou par séquençage N-terminal
Protocole de fonctionnement
Prise de contact
Etude de faisabilité et Fiche d’inscription
Réalisation des analyses par campagne
Préparation des échantillons
Acquisition, Traitement & Archivage des données
Rapport des résultats
Ecrit / Discussion / Publication
Gestion et Facturation
Prestations classiques ou projets
Notre spécificité
Identification et Caractérisation biochimique de protéines
Par spectrométrie de masse et/ou séquençage N-terminal
Techniques
-nanoESI-IT couplée à
nanoLC-bidimensionnelle
Sujets « Microbiologie »
- Protéomique Différentielle
- Complexes protéiques membranaires
- Masse entière
par MALDI-TOF
- Séquençage N-ter
- Modifications post-traductionnelles
- carbonylation,
- methylation
- acétylation
- Caractérisations de Cystéines
Nos Activités transverses
Accueil : - étudiants en Bio-instrumentions de l’Ecole d’Ingénieurs Luminy
- 4 ingénieurs en CDD informatique (4 à 9 mois)
Formation : - 3 ingénieurs de l’Europe (bourse Leonardo) (6 mois à 2 ans)
- F. continue en Protéomique par MNG
- Projet Diametre (Marie Curie, ITN) demande 01/09/08
Visibilité
- Site Internet
- Club Protéomique-Utilisateurs
- Participation aux Réunions des plates-formes protéomiques
(RNG & ProteoPACA)
- Mise en place d’une démarche qualité: labellisation IBISA
Evolution et Perspectives
au sein de MaP
• Développements méthodologiques :
- Purification et Caractérisation de complexes protéiques
• Renforcement des interactions avec les acteurs de MaP
• Demande de formation RMQ-ISO 9001
• Arrivée de F. Halgand, spécialiste en spectrométrie de
masse (CR1, CNRS) à l’IBSM en 2009.
Merci de votre attention
Projets “Microbiologie”
Protéomique différentielle
• Métabolisme énergétique de bactéries méso-extrêmo-hyperthermo-philes sous
différentes conditions énergétiques : stress,source d’énergie…. M-T Giudici (BIP)
•Identification de cellulosomes chez C. cellulolyticum cultivée sur divers substrats.
C. Tardif (LCB)
Complexes membranaires et interactions protéine-protéine
• Identification de protéines membranaires issues des différents complexes de la
chaine respiratoire de bactéries méso-extrêmo-hyperthermo-philes M-T Giudici (BIP)
• Etude de l’état redox des cystéines d’un peptide associé à des enzymes intervenant
dans la fixation du CO2 (algue verte C. reinhardtii), B. Meunier-Gontero (BIP)
Etude de Protéomes
• Identification de protéines du Virus MimiVirus,Rickettsies par gel 2D et ESI-IT
C. Abergel (IGS), P. Rénesto (U. Rickettsies)
Projets “Microbiologie”
Modifications post-traductionnelles de protéines
• Carbonylation des protéines: modification irréversible des résidus R, K, P et T
dans l’agrégation de protéines en condition physiologique chez E. coli
S. Dukan (LCB)
• Méthylation-acétylation de Lys dans une histone H3 (S. cerevisiae): méiose,
réparation de l’ADN V. Géli (IGC)
Caractérisations Physico-chimiques
• Purification et Assemblage de protéines membranaires_ synthèse de peptides
fluorescents J. Sturgis (LISM)
• Analyses de Protéines recombinantes chez E. coli (cristallographie) C. Abergel (IGS)
• Lipases : purification, production. Etudes cinétiques_ interactions inhibiteurs F.
Carrière (EIPL)
Structures utilisatrices & Interactions
IBSM
IBSM
8 Plates-formes
9 laboratoires
Electronique/mécanique
Informatique/Bioinformatique
Autres EPST
IFR Jean Roche, IBDML,
INRA,INSERM,
(Gif, Paris, Lyon,…)
la Chine
Plate-forme
Protéomique
IBSM
MaP
CAPM Nord
Timone
ICIM
Industriels:
MNG
Phérosynthèse,
Innate Pharma,
BioMérial,…
Plate-forme Protéomique IFR50
(Nice-Pasteur)