latina facial

Virus émergents :
que voit le virologue à l’horizon ?
Science &
Santé
N°17
NovembreDécembre
2013
Manuel Schibler
Laboratoire de virologie
Qu’y aura-t-il après Ebola?
Chapitres choisis
•
•
•
•
•
Définitions
Les virus: subtils et versatiles
Passé récent
Géographie!
FHV: à part Ebola
Perspectives
Virus émergents… C’est quoi?
• Notion de nouveauté
– Virus nouveau:
• introduit chez l’humain à partir d’un animal (MERSCoV)
• nouveau variant (H1N1)
– Ancien qui « réapparaît » (polio) ! ré-émergent!
– Nouvelle région géographique (West Nile)
– Mieux détecté!
• Augmentation de la propagation d’une
infection virale: récente, ou potentielle (dans
un avenir proche)
“infections that have newly
appeared in a population or have
existed previously but are rapidly
increasing in incidence or
geographic range”
Morens DM et al. Nature. 2004 Jul 8;430(6996):242-9
Facteurs d’émergence
Des virus versatiles:
variétés et variabilité
ViralZone
Mécanismes de variabilité
Mutations ponctuelles
Recombinaison
Réassortiment
Virus émergents: de 199725ànovembre
2013
2015
Science & Santé N°17 Novembre-Décembre 2013
2013-2015
2013-2015: mais encore…
Zika, el nuevo virus que amenaza a America
Latina
Zika en octobre 2015 CDC
Chikungunya: détecté pour la première fois
dans en amérique (caraïbes) en 2013
Continent infesté par les moustiques Aedes
aegypti et Aedes albopictus
Virus CHIK, DEN et Zika:
mêmes vecteurs
même répartition
mêmes symptômes…
Fièvres hémorragiques virales:
4 familles de virus ARN
• Arenavirus
– Lassa
– Machupo: fièvre
hémorragique bolivienne
– Junin: fièvre
hémorragique argentine
– Sabia: fièvre
hémorragique brésilienne
– Guanarito: fièvre
hémorragique
vénézuélienne
– Lujo: fièvre
hémorragique de Lujo
– White water
• Bunyavirus:
– fièvre hémorragique de
Crimée-Congo
(Nairovirus)
– Fièvre de la vallée du
Rift (Phlebovirus)
– fièvre hémorragique à
hantavirus avec
syndrome rénal (FHSR):
•
•
•
•
•
Virus Hantaan
Dobrava-Belgrade
Virus Saaremaa
Virus Séoul
Puumala
Grard G et al. PLoS Pathog. 2012 Sep;8(9):e1002924.
Fièvres hémorragiques virales en 2005
Fisher-Hoch SP. Br Med Bull. 2005 Dec 22;73-74:123-37.
FHV: clinique
Arenavirus (Lassa)
Filovirus
(Ebola, Marburg)
Bunyavirus
(Crimée-Congo)
Flavivirus (Dengue)
80% des cas:
Paucisympt.
•État grippal
•Syndrome gastrointestinal
•Maladie sévère:
MOF, choc,
hémorragies…
Céphalées
Fièvre
Arthralgies
Epigastralgies
Vomissements
Conj. Injectées
Oedème facial
Ictère
Hémorragies…
Asymptomatique,
fièvre
20% des cas:
Hémorragies
(oculaires,
gingivales,
épistaxis)
Détresse respiratoire
Vomissements
Oedème facial
Douleur thor.
Encéphalite
Choc…
Décès (50%)
Décès (5%)
Forte fièvre, soutenue,
Céphalées sévères,
Myalgies/arthralgies,
Rash maculopap.
Pétéchies
Dengue sévère:
•Hémorragies
•MOF
•Choc…
Décès (<1%)
Décès (1%)
Modes de transmission des FHV
(un peu d’hygiène hospitalière!)
Arenavirus (Lassa)
Filovirus
(Ebola, Marburg)
Bunyavirus
(Crimée-Congo)
Flavivirus (Dengue)
Rats (urine)
Chauve-souris,
chimpanzé, gorille,
autre?
Piqûre de tique, bétail
infecté
Moustique!
Transmission
interhumaine:
fluides corporels
(contact étroit)
Transmission
interhumaine:
fluides corporels
Transmission
interhumaine:
fluides corporels
Perspectives: prévisions impossibles
! Évènement sporadique (accident):
– Facteurs écologiques, démographiques, culturels
– Franchissement de la barrière d’espèce
! Adaptation virale
! Quoi? Quand? Où?
Perspectives: outils
• Centres de surveillance: OMS, CDC, NIH,
eCDC,…
• Technologies diagnostiques
• Séquençage à haut débit: découverte de
nouveaux virus ou nouveaux variants
• Recherche: physiopathologie, diagnostic,
traitements, vaccins
Merci pour votre attention!
Bonus slides
Disease (Virus)
Natural
Distribution
Usual Source of
Human Infection
Incubation (Days)
Lassa fever
Africa
Rodent
5-16
Argentine HF (Junin)
South America
Rodent
7-14
Bolivian HF
(Machupo)
South America
Rodent
9-15
Brazilian HF (Sabia)
South America
Rodent
7-14
Venezuelan HF
(Guanarito)
South America
Rodent
7-14
Phlebovirus
Rift Valley fever
Africa
Mosquito
2-5
Nairovirus
Crimean-Congo HF
Europe, Asia, Africa
Tick
3-12
Hantavirus
Hemorrhagic fever
with renal syndrome,
hantavirus
pulmonary syndrome
Asia, Europe,
worldwide
Rodent
9-35
Marburg and Ebola
Africa
Fruit bat
3-16
Yellow fever
Tropical Africa,
South America
Mosquito
3-6
Virus Family
Arenaviridae
Arenavirus
Bunyaviridae
Filoviridae
Filovirus
Flaviviridae
Flavivirus
Characteristics of Hemorrhagic Fever Viruses
Familya
Agents
Characteristics
Filovirid
aeb
—Ebola virus
~Five species (Zaire, Sudan, Cote d'Ivoire, Reston, and
Bundibugyo) with varying degrees of antigenic cross-reactivityc
—Marburg virus
~Virus strains primarily fall into one major clade, with less
genetic diversity than Ebola virus
~No serologic cross-reactivity with Ebola virus, which is
classified in a separate genus
—Origin of family and genus names from Latin "filo" for "thread"
—Filamentous virions, 80 nm in diameter with variable length (although basic length
of replicative form for Ebola is 970 nm and for Marburg 790 nm)
—Genome contains single-stranded nonsegmented RNA (negative sense)
—Size: 19 kbp
—Pleomorphic morphology may occur: branched, circular, "6" or "U"-shaped
—50-nm nucleocapsid surrounded by spike-studded membrane
—Transmembrane spike glycoprotein antigenically distinct for each species
—In infected patients, Ebola virus produces large amounts of a secreted nonstructural
glycoprotein with unknown function, encoded in 2 reading frames and joined during
transcriptional editing as homodimerd
Arenavir
idaee
—Old World arenaviruses:
~Lassa virus
—New World arenaviruses that cause disease in humans:
~Junin virus (Argentine hemorrhagic fever)
~Machupo virus (Bolivian hemorrhagic fever)
~Chapare virus (also found in Bolivia)
~Guanarito virus (Venezuelan hemorrhagic fever)
~Sabia virus (Brazilian hemorrhagic fever)
~Whitewater Arroyo virus (found in North America)
—Origin of family and genus names from Latin "arenosos" for "sandy"
—Spherical or pleomorphic virions, generally 110-130 nm in diameter (may range
from 50-300 nm)
—Genome contains single-stranded RNA with 2 segments (both ambisense)
—Size: 11 kbp
—Viral particles contain host ribosomes, which appear as dense granules 20–25 nm
in diameter and give viruses "sandy" appearance
—Distinct club-shaped or spike projections on viral envelope composed of
glycoproteins
—Epitopes mediating antibody-complement cell lysis and neutralization localized on
envelope glycoproteins
—Lassa fever viruses exhibit 4 genetic lineages (3 in Nigeria and 1 in Guinea,
Liberia, and Sierra Leone)f
Bunyavi
ridaeg
—Phlebovirus (includes Rift Valley fever virus)
—Nairovirus (includes Crimean-Congo hemorrhagic fever virus)
—Hantavirus (includes Sin Nombre virus [SNV] and agents that
cause hemorrhagic fever with renal syndrome)
—Spherical to slightly pleomorphic virions, 80-120 nm in diameter
—Genome contains single-stranded RNA with 3 segments (S, M, and L; all negativesense) that code for no more than 6 proteins (including a nucleoprotein, 2
glycosylated proteins [G1 and G2], and a viral polymerase)
—Size: 11-19 kpb
—Genetic reassortment is facilitated by segmented genome and has been
demonstrated to occur between genera
—G1 and G2 proteins are hemagglutinins and targets for virus neutralization
—Filamentous nucleocapsid, helical symmetry
Flaviviri
daeh
—Yellow fever virus
—Kyasanur Forest disease virus
~Alkhumra virus (identified in Saudi Arabia in 1995; considered
a variant of Kyasanur Forest disease virus)
~Nanjianyin virus (identified in China; considered a variant of
Kyasanur Forest disease virus)
—Omsk hemorrhagic fever virus
—Dengue virus (primary infection rarely causes hemorrhagic
fever)
—Origin of family name from Latin "flavus" for "yellow" (yellow fever virus)
—Isometric virions, 40-50 nm in diameter
—Single-stranded nonsegmented RNA (positive-sense)
—Size: 10-12 kbp
—Virions covered with surface projections composed of M (membrane) and E
(envelope) glycoproteins
—E glycoproteins involved in cell attachment, endosomal membrane fusion; serve as
target for neutralizing antibody and hemagglutination
Famille
Flaviviridae
Bunyaviridae
Genre
Flavivirus
Phlebovirus
Nairovirus
Hantavirus
Virus
Maladie
Réservoir
Amaril
Dengue 1,2,3,4
Fièvre jaune
Dengue
Rift
Congo-Crimée
Hantaan
Séoul
Puumala
Sin Nombre
Fièvre de la vallée du
Rift
Fièvre hémorragique
Congo-Crimée
Fièvre hémorragique à
syndrome rénal
Fièvre hémorragique à
syndrome rénal
Fièvre hémorragique à
syndrome rénal
Syndrome pulmonaire à
Hantavirus
Apodemus
Rattus rattus
Clethrionomys
Peromyscus
Fièvre hémorragique de
Lassa
Fièvre hémorragique
d'Argentine
Fièvre hémorragique de
Bolivie
Fièvre hémorragique
vénézuélienne
Fièvre hémorragique du
Brésil
Mastomys
Calomys
Calomys
Sigmodon
alstoni et Zygodontomy
s brevicauda'
maladie à virus Ebola
Virus Marburg
Arenaviridae
Arenavirus
Lassa
Junin
Machupo
Guanarito
Sabia
Filoviridae
Filovirus
Ebola Z,S,R,CI
Marburg
Arenavirus
Fehling SK et al. Viruses 2012, 4(11), 2973-