Guide de l`utilisateur du système HiSeq 2500 - Support

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Guide de l’utilisateur du
système HiSeq 2500
MD
DESTINÉ À LA RECHERCHE
EXCLUSIF À ILLUMINA
Nº 15035786 Rév. D FRA
Novembre 2014
Réf. SY-401-9001DOC
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personnalisé, court et inclusif à partir de votre flux de travail.
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Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et à ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement destinés à l’usage
contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne peuvent servir à aucune autre fin. Ce
document et son contenu ne seront utilisés ou distribués à aucune autre fin et ne seront communiqués, divulgués ou reproduits d’aucune façon sans
le consentement écrit préalable d’Illumina. Par ce document, Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de
son droit d’auteur, de ses droits traditionnels ou de droits similaires d’un tiers quelconque.
Ce Logiciel vous est cédé sous licence aux termes du contrat de licence du logiciel Sequencing Software d’Illumina dans un document distinct. Si
vous n’acceptez pas les conditions générales qui y figurent, Illumina ne vous cède pas ce Logiciel sous licence et vous ne devez ni utiliser ni installer
le Logiciel.
Les instructions contenues dans ce document doivent être suivies strictement et explicitement par un personnel qualifié et adéquatement formé de
façon à assurer l’utilisation correcte et sûre du ou des produits décrits dans les présentes. Le contenu intégral de ce document doit être lu et
compris avant l'utilisation de ce ou ces produits.
NE PAS LIRE COMPLÈTEMENT ET NE PAS SUIVRE EXPLICITEMENT TOUTES LES INSTRUCTIONS CONTENUES DANS LES PRÉSENTES
PEUT ENTRAÎNER DES DOMMAGES AUX PRODUITS, DES BLESSURES AUX PERSONNES, QU’ELLES SOIENT UTILISATRICES OU AUTRES,
ET DES DOMMAGES AUX AUTRES BIENS.
ILLUMINA REJETTE TOUTE RESPONSABILITÉ RÉSULTANT DE L’USAGE ABUSIF DU OU DES PRODUITS DÉCRITS DANS LES PRÉSENTES
(Y COMPRIS LES PIÈCES DE RECHANGE DE CE OU CES PRODUITS OU LE LOGICIEL) OU DE TOUTE UTILISATION DE CE OU CES
PRODUITS QUI SORT DU CADRE DES LICENCES OU DES PERMISSIONS ÉCRITES EXPRESSES ACCORDÉES PAR ILLUMINA QUANT À
L’ACQUISITION DE CE OU CES PRODUITS PAR LE CLIENT.
DESTINÉ À LA RECHERCHE UNIQUEMENT.
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Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cBot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre, GAIIx, Genetic
Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iScan, iSelect, ForenSeq, MiSeq, MiSeqDx,
MiSeq FGx, NeoPrep, Nextera, NextBio, NextSeq, Powered by Illumina, SeqMonitor, SureMDA, TruGenome, TruSeq, TruSight, Understand
Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, la couleur orange citrouille et la conception des bases en flux continu Genetic Energy sont des
marques de commerce d’Illumina, Inc. ou de ses filiales aux États-Unis ou dans d’autres pays. Tous les autres noms, logos et marques de commerce
sont la propriété de leurs détenteurs respectifs.
Ce logiciel contient la librairie SeqAn, cédée sous licence à Illumina et distribuée sous la licence suivante :
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modification, sont autorisées pourvu que les conditions suivantes soient réunies :
1
Toute redistribution de code source doit être accompagnée de l’avis de droit d’auteur ci-dessus, de la liste de conditions et de la clause
de non-responsabilité ci-dessous.
2
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3
Ni le nom de FU Berlin ou de Knut Reinert ni celui des contributeurs ne sauraient être utilisés pour soutenir ou promouvoir des
responsabilité ci-dessous dans sa documentation ou dans tout autre matériel fourni lors de la distribution.
produits dérivés de ce logiciel sans autorisation écrite préalable.
CE LOGICIEL EST FOURNI « EN L’ÉTAT » PAR LES DÉTENTEURS DES DROITS D’AUTEUR ET LES CONTRIBUTEURS ET TOUTE
GARANTIE EXPRESSE OU IMPLICITE, INCLUANT SANS S’Y LIMITER LES GARANTIES IMPLICITES DE QUALITÉ MARCHANDE ET
D’ADÉQUATION À UN USAGE PARTICULIER, EST REJETÉE. EN AUCUN CAS, LE DÉTENTEUR DES DROITS D’AUTEUR OU LES
CONTRIBUTEURS NE POURRONT ÊTRE TENUS RESPONSABLES DE DOMMAGES DIRECTS, INDIRECTS, ACCIDENTELS, SPÉCIAUX,
EXEMPLAIRES OU ACCESSOIRES (NOTAMMENT, MAIS SANS LIMITATION, L’ACQUISITION DE BIENS OU DE SERVICES DE
SUBSTITUTION, LA PERTE D’UTILISATION, DE DONNÉES OU DE BÉNÉFICES OU L’INTERRUPTION DES ACTIVITÉS), DE QUELQUE
ii
Référence 15035786 Rév. D FRA
NATURE QU’ILS SOIENT ET QUELLE QUE SOIT LA THÉORIE DE RESPONSABILITÉ RETENUE, QUE CELLE-CI RELÈVE DE LA
RESPONSABILITÉ CONTRACTUELLE OU OBJECTIVE OU D’UN DÉLIT CIVIL (DONT LA NÉGLIGENCE), DÉCOULANT DE QUELQUE
FAÇON QUE CE SOIT DE L’UTILISATION DE CE LOGICIEL, MÊME SUR RÉCEPTION D’UN AVIS CONCERNANT LA POSSIBILITÉ DE TELS
DOMMAGES.
À lire avant d’utiliser le Produit
Le présent Produit ainsi que son utilisation et sa disposition sont soumis aux conditions générales suivantes. Si l’Acheteur
n’accepte pas ces conditions générales, Illumina ne l’autorise pas à utiliser le Produit et l’Acheteur ne doit pas utiliser le Produit.
1
Définitions. « PI pour application spécifique » signifie qu’Illumina possède ou contrôle les droits de propriété
intellectuelle qui se rapportent au Produit (et à son utilisation) uniquement en ce qui concerne certains champs ou
applications spécifiques. La PI pour application spécifique exclut tous les droits de propriété intellectuelle possédés ou
contrôlés par Illumina lorsqu’ils couvrent des aspects ou des caractéristiques du Produit ou de son utilisation communs à
toutes les applications et à tous les champs d’utilisation possibles dudit Produit (le « Bloc de PI »). La PI pour application
spécifique et le Bloc de PI sont des sous-ensembles séparés et sans point commun des droits de propriété intellectuelle
possédés ou contrôlés par Illumina. À titre d’exemple non restrictif, les droits de propriété intellectuelle d’Illumina relatifs
à des méthodes de diagnostic spécifiques, à des méthodes médico-légales spécifiques ou à des biomarqueurs d’acides
nucléiques, des séquences ou des combinaisons de biomarqueurs ou de séquences spécifiques sont couverts par la PI
pour application spécifique. Le ou les « Consommable(s) » se rapportent aux réactifs et aux consommables portant la
marque Illumina, qu’Illumina destine à être utilisés avec le Matériel et qui seront consommés au cours de leur utilisation
avec le Matériel. La « Documentation » désigne le manuel de l’utilisateur d’Illumina pour le Produit, notamment, mais
sans s’y limiter, les notices et tout autre document qui accompagne le Produit ou auxquels le Produit ou son emballage
font référence à la date de l’expédition par Illumina. Le présent document fait partie de la Documentation. Le « Matériel »
désigne les instruments, accessoires ou périphériques de marque Illumina. « Illumina » désigne Illumina, Inc. ou une
société affiliée d’Illumina, le cas échéant. Le « Produit » désigne le produit que ce document accompagne (p. ex., le
Matériel, les Consommables ou le Logiciel). L’« Acheteur » est la personne ou l’entité qui acquiert le Produit de manière
légitime et légale auprès d’Illumina ou d’un revendeur Illumina agréé. Le « Logiciel » désigne le logiciel de marque
Illumina (p. ex., logiciel d’exploitation du Matériel ou le logiciel d’analyse des données). Tout Logiciel est cédé sous
licence et non vendu. Il peut être soumis à des conditions supplémentaires exprimées dans le contrat de licence de
l’utilisateur final du Logiciel. Les « Spécifications » se rapportent aux spécifications écrites d’Illumina pour le Produit en
vigueur à la date de l’expédition du Produit par Illumina.
2
Droits appliqués à la recherche uniquement. Sous réserve des présentes conditions et sauf autorisation contraire
accordée par écrit par un responsable d’Illumina, l’Acheteur acquiert uniquement un droit non exclusif, non transférable,
personnel, non sous-licenciable dans le cadre du Bloc de propriété intellectuelle d’Illumina existant en date de
l’expédition du Produit par Illumina, portant uniquement sur l’utilisation du Produit dans les locaux de l’Acheteur à des
fins de recherche réalisée en interne par l’Acheteur (ce qui comprend les services de recherche fournis à des tierces
parties) et uniquement conformément à la Documentation du Produit, mais à l’exclusion expresse de toute utilisation
qui (a) nécessiterait des droits ou une licence provenant d’Illumina relative à des droits de PI pour une application
spécifique, (b) impliquerait la réutilisation d’un Consommable déjà utilisé, (c) correspondrait au désassemblage, à la rétroingénierie, à la décompilation ou à l’assemblage inverse du Produit, (d) consisterait à séparer, extraire ou isoler des
composants du Produit ou à procéder à toute autre analyse non autorisée du Produit, (e) viserait à accéder aux méthodes
de fonctionnement du Produit ou à les déterminer, (f) impliquerait l’utilisation de réactifs ou consommables d’une autre
marque qu’Illumina avec le Matériel d’Illumina (ne s’applique pas si les Spécifications ou la Documentation stipulent le
contraire), ou (g) équivaudrait au transfert à une tierce partie ou à l’établissement d’une sous-licence pour ce Logiciel ou
tout logiciel tiers. Tout Logiciel, qu’il soit fourni à part, installé sur ou intégré à un Produit, est cédé sous licence à
l’Acheteur et non vendu. Sauf expressément stipulé dans la présente section, aucun droit ou licence en vertu des droits de
propriété intellectuelle d’Illumina n’est accordé explicitement, implicitement ou par estoppel.
Guide de l’utilisateur du système HiSeq 2500
iii
Il revient à l’Acheteur et à lui seul de déterminer s’il dispose de tous les droits de propriété intellectuelle
nécessaires aux utilisations qu’il envisage de faire du Produit, y compris, mais sans s’y limiter, de tous les
droits provenant de tiers ou de tous les droits de PI pour application spécifique. Illumina ne garantit en
aucune manière que les utilisations spécifiques prévues par l’acheteur n’enfreindront pas les droits de
propriété intellectuelle d’une tierce partie ou des droits de PI pour une application spécifique.
3
Réglementation. Le Produit n’a été ni approuvé, ni autorisé, ni agréé par la Food and Drug Administration (FDA) aux
États-Unis ou par tout autre organisme réglementaire à l’étranger ou aux États-Unis pour quelque utilisation spécifique
prévue que ce soit (commerciale, diagnostique, recherche, autres). Le Produit est destiné à la recherche uniquement.
L’Acheteur doit s’assurer qu’il dispose de toutes les éventuelles approbations réglementaires correspondant aux
utilisations qu’il envisage de faire du Produit.
4
Utilisations non autorisées. L’Acheteur accepte : (a) de n’utiliser chaque Consommable qu’une seule fois et (b) de
n’utiliser que des consommables et réactifs d’Illumina avec le matériel d’Illumina. Les limites stipulées par les points (a) et (b) ne s’appliquent pas si la Documentation ou les Spécifications du Produit indiquent le contraire. L’Acheteur accepte de
ne pas entreprendre et de ne pas autoriser un tiers à entreprendre les activités suivantes : (i) le désassemblage, la rétroingénierie, la décompilation ou l’assemblage inverse du Produit, (ii) la séparation, l’extraction ou l’isolement de
composants du Produit, ou l’analyse du Produit ou de ses composants sans autorisation expresse dans la présente
Documentation du Produit, (iii) l’accès aux méthodes de fonctionnement du Produit ou les tentatives visant à déterminer
celles-ci, ou (iv) le transfert à une tierce partie ou l’établissement d’une sous-licence pour tout Logiciel ou logiciel tiers.
L’Acheteur reconnaît également que le contenu et les méthodes de fonctionnement du Produit appartiennent exclusivement
à Illumina et que le Produit contient ou intègre des secrets industriels appartenant à Illumina. Les conditions et restrictions
stipulées par ces conditions générales sont considérées comme des conditions de vente et contrôlent par conséquent la
vente et l’utilisation du Produit par l’Acheteur.
5
Responsabilité limitée. DANS LES LIMITES AUTORISÉES PAR LA LOI, ILLUMINA OU SES FOURNISSEURS
NE POURRONT EN AUCUN CAS ÊTRE TENUS RESPONSABLES PAR L’ACHETEUR OU UN TIERS DES
COÛTS D’ACQUISITION DE PRODUITS OU DE SERVICES DE SUBSTITUTION, DE PERTE DE BÉNÉFICES,
DE DONNÉES OU D’ACTIVITÉS, OU DE TOUT DOMMAGE INDIRECT, SPÉCIAL, ACCIDENTEL,
EXEMPLAIRE, CONSÉCUTIF OU PUNITIF DÉCOULANT DE OU LIÉS À, SANS RESTRICTION, LA VENTE DE
CE PRODUIT, SON UTILISATION OU LES PERFORMANCES D’ILLUMINA SELON LES MODALITÉS DES
PRÉSENTES CONDITIONS GÉNÉRALES, MÊME DES SUITES OU EN RAISON DE TOUTE THÉORIE DE
RESPONSABILITÉ, QU’IL S’AGISSE DE RESPONSABILITÉ CONTRACTUELLE, DE RESPONSABILITÉ
OBJECTIVE, D’UN DÉLIT CIVIL (INCLUANT LA NÉGLIGENCE) OU AUTRE.
6
LA RESPONSABILITÉ TOTALE ET CUMULÉE D’ILLUMINA ENVERS L’ACHETEUR OU UN TIERS RÉSULTANT
DE OU EN LIEN AVEC LES PRÉSENTES CONDITIONS GÉNÉRALES, NOTAMMENT, MAIS SANS S’Y
LIMITER, CE PRODUIT (AINSI QUE SON UTILISATION) ET LES PERFORMANCES D’ILLUMINA SELON LES
MODALITÉS DES PRÉSENTES, QU’ELLE RELÈVE DE LA RESPONSABILITÉ CONTRACTUELLE, DE LA
RESPONSABILITÉ OBJECTIVE, D’UN DÉLIT CIVIL (INCLUANT LA NÉGLIGENCE) OU AUTRE, N’EXCÉDERA
EN AUCUN CAS LE MONTANT PAYÉ À ILLUMINA POUR CE PRODUIT.
7
Limites des garanties fournies par Illumina. DANS LES LIMITES AUTORISÉES PAR LA LOI ET SOUS
RÉSERVE DE LA GARANTIE DU PRODUIT EXPRESSE ACCORDÉE PAR LES PRÉSENTES, ILLUMINA
N’ACCORDE AUCUNE GARANTIE ET DÉCLINE EXPRESSÉMENT TOUTES LES GARANTIES RELATIVES À
CE PRODUIT, QU’ELLES SOIENT EXPRESSES, IMPLICITES OU STATUTAIRES, NOTAMMENT, MAIS SANS
S’Y LIMITER, TOUTE GARANTIE IMPLICITE DE QUALITÉ MARCHANDE, D’ADÉQUATION À UN USAGE
PARTICULIER, DE NON-CONTREFAÇON OU DÉCOULANT DU FONCTIONNEMENT, DE LA PRISE EN
CHARGE, DE L’UTILISATION OU DE LA COMMERCIALISATION DU PRODUIT. SANS RESTRICTION DU
CARACTÈRE GÉNÉRAL DE CE QUI PRÉCÈDE, ILLUMINA NE FORMULE AUCUNE DÉCLARATION,
iv
ALLÉGATION OU GARANTIE DE QUELQUE SORTE QUE CE SOIT QUANT À L’UTILITÉ DE CE PRODUIT
POUR LES UTILISATIONS ENVISAGÉES PAR L’ACHETEUR.
8
Garantie du produit. Toutes les garanties s’appliquent uniquement à l’Acheteur et ne peuvent pas être transférées ni
attribuées à un tiers, y compris à une société affiliée de l’Acheteur. Toutes les garanties sont spécifiques aux locaux et ne
sont pas transférées si le Produit est déplacé dans d’autres locaux de l’Acheteur, à moins qu’Illumina dirige ce
déplacement.
a
Garantie des consommables. Illumina garantit que les Consommables, à l’exception des Consommables
personnalisés, seront conformes à leurs Spécifications jusqu’à la dernière date échue, c’est-à-dire (i) trois mois après
la date d’expédition par Illumina ou bien (ii) la date de péremption ou la fin de la durée de conservation préimprimée sur ledit Consommable par Illumina, mais en aucun cas plus de douze mois après la date d’expédition. En
ce qui concerne les Consommables personnalisés (c.-à-d. les Consommables fabriqués selon des spécifications ou
une conception propre à l’Acheteur ou fournis à Illumina par ou au nom de l’Acheteur), Illumina garantit uniquement
que les Consommables personnalisés seront fabriqués et testés conformément aux processus standards de
fabrication et de contrôle de la qualité d’Illumina. Illumina ne garantit en aucune façon que les Consommables
personalisés fonctionneront comme l’entend l’Acheteur ou pour les utilisations que l’Acheteur envisage.
b
Garantie du Matériel. Illumina garantit que le Matériel, à l’exception des Composants mis à niveau, sera conforme à
ses Spécifications pendant 12 mois après la date d’expédition par Illumina, à moins que le Matériel comprenne une
installation effectuée par Illumina. Dans ce cas, la période de garantie débute à la date de l’installation ou 30 jours
après la date de livraison, à la première date échue (« Garantie du Matériel de base »). Les « Composants mis à
niveau » désignent les composants, modifications ou améliorations qu’Illumina apporte au Matériel préalablement
acquis par l’Acheteur. Illumina garantit que les Composants mis à niveau seront conformes à leurs Spécifications
pendant 90 jours à partir de la date d’installation des Composants mis à niveau. Les Composants mis à niveau
n’augmentent pas la durée de la garantie du Matériel, sauf si la mise à niveau a été menée par Illumina dans les
locaux d’Illumina, auquel cas le Matériel mis à niveau expédié à l’Acheteur reçoit une Garantie du Matériel de base.
c
Exclusions de la couverture de la garantie. Les garanties précédentes ne s’appliquent pas en cas d’une nonconformité due à (i) un abus, une mauvaise utilisation, l’inattention, la négligence, un accident, un stockage inadapté
ou une utilisation contraire à la Documentation ou aux Spécifications, (ii) une mauvaise manutention, installation,
maintenance ou réparation (non réalisée par le personnel d’Illumina), (iii) des modifications non autorisées, (iv) des
cas de force majeure ou (v) une utilisation avec un produit tier non fourni par Illumina (sauf si la Documentation ou
les Spécifications du Produit stipulent expressément qu’un tel produit tiers est utilisable avec le Produit).
d
Procédure de couverture de la garantie. Pour être admissible à la réparation ou au remplacement aux termes de
cette garantie, l’Acheteur doit (i) communiquer rapidement avec le service d’assistance d’Illumina pour signaler la
non-conformité, (ii) coopérer avec Illumina pour confirmer ou diagnostiquer la non-conformité et (iii) retourner le
Produit à Illumina, frais de transport prépayés, conformément aux instructions d’Illumina ou, en cas d’accord entre
Illumina et l’Acheteur, accorder au personnel de réparation agréé d’Illumina l’accès au Produit afin de confirmer la
non-conformité et d’effectuer des réparations.
e
Unique recours en vertu de la présente garantie. Illumina assurera, selon son choix, la réparation ou le
remplacement du Produit non conforme s’il est confirmé qu’il est couvert par la présente garantie. Les
Consommables réparés ou remplacés sont assortis d’une garantie de 30 jours. Le Matériel peut être réparé ou
remplacé par du Matériel équivalent en état de marche, reconditionné ou neuf, ou par un composant (si seul un
composant du Matériel n’est pas conforme). Si le Matériel est entièrement remplacé, la période de garantie du
Matériel de remplacement correspond à 90 jours à compter de la date d’expédition ou à la période restante de la
garantie du Matériel d’origine, selon la période la plus courte. Si seul un composant est réparé ou remplacé, la
période de garantie dudit composant correspond à 90 jours à compter de la date d’expédition ou à la période restante
de la garantie du Matériel d’origine, selon la période la plus courte. Ce qui précède indique le seul recours de
l’Acheteur et les seules obligations d’Illumina aux termes de la présente garantie.
v
f
9
Produits tiers et garantie. Illumina n’a aucune obligation de garantie en ce qui concerne tout produit provenant
d’un tiers et fourni à l’Acheteur conformément aux présentes. Les produits tiers portent une étiquette ou une marque
avec le nom d’une tierce partie. La garantie des produits tiers, le cas échéant, est assurée par le fabricant d’origine.
Sur demande écrite, Illumina essaiera de transférer cette garantie, si elle existe, à l’Acheteur.
Indemnisation.
a
Indemnisation pour contrefaçon par Illumina. Sous réserve des présentes conditions générales, y compris, sans
s’y limiter, des exclusions des obligations d’indemnisation d’Illumina [section 9(b) ci-dessous] et des conditions
d’obligations d’indemnisation [section 9(d) ci-dessous], Illumina s’engage à (i) défendre, indemniser et mettre hors
de cause l’Acheteur contre toute plainte ou action d’un tiers alléguant que ce Produit, utilisé à des fins de recherche
conformément aux présentes conditions générales et à la Documentation et aux Spécifications du Produit, viole les
droits de propriété intellectuelle valides et applicables d’un tiers, et à (ii) payer tout règlement amiable convenu et
tous les arrêts et les coûts (y compris des honoraires raisonnables d’avocat) imposés à l’Acheteur en lien avec ladite
plainte pour contrefaçon. Si Le Produit ou toute partie de celui-ci fait l’objet ou peut, d’après Illumina, faire l’objet
d’une plainte pour contrefaçon, Illumina pourra, à sa discrétion (A) obtenir pour l’Acheteur le droit de continuer à
utiliser le Produit, (B) modifier ou remplacer le Produit par un équivalent établi et exempt de suspicion de
contrefaçon ou (C) exiger le renvoi du Produit et mettre fin aux droits, à la licence et à toute autre autorisation
accordés à l’Acheteur concernant le Produit, et rembourser à l’Acheteur la valeur résiduelle (telle qu’indiquée dans
les registres officiels de l’Acheteur) du Produit renvoyé au moment de son renvoi; selon ces conditions, aucun
remboursement ne sera effectué sur des Consommables utilisés ou périmés. Cette section stipule l’entière
responsabilité d’Illumina en cas de violation des droits de propriété intellectuelle d’un tiers.
b
Exclusions des obligations d’indemnisation d’Illumina. Illumina n’est tenu par aucune obligation de défendre,
d’indemniser ou de mettre hors de cause l’Acheteur pour toute plainte de contrefaçon contre Illumina dans la mesure
où ladite contrefaçon découle de : (i) l’utilisation du Produit d’une manière ou dans un but ne rentrant pas dans le
cadre d’une utilisation à des fins de recherche, (ii) l’utilisation du Produit d’une manière non conforme à ses
Spécifications, à sa Documentation, aux droits accordés expressément à l’Acheteur aux termes des présentes ou toute
violation par l’Acheteur des présentes conditions générales, (iii) l’utilisation du Produit en combinaison avec d’autres
produits, matériels ou services non fournis par Illumina, (iv) l’utilisation du Produit pour réaliser des tests ou
d’autres procédures non fournis par Illumina, ou (v) la conformité d’Illumina avec des spécifications ou des
instructions relatives au Produit fournies par l’Acheteur ou fournies en son nom [chaque point, de (i) à (v),
correspond à une « Plainte exclue »].
c
Indemnisation par l’Acheteur. L’Acheteur doit défendre, indemniser et mettre hors de cause Illumina, ses sociétés
affiliées, leurs collaborateurs non affiliés et partenaires de développement qui ont contribué au développement du
Produit, ainsi que leurs cadres, directeurs, représentants et employés, contre toutes plaintes, responsabilités,
dommages, amendes, pénalités, causes d’action et pertes quelle qu’en soit la nature, y compris et sans s’y limiter des
plaintes pour blessures ou décès et des violations des droits de propriété intellectuelle d’un tiers résultant de,
relatives à, ou découlant de (i) la violation par l’Acheteur de l’une des présentes conditions générales, (ii) l’utilisation
du Produit par l’Acheteur en dehors d’une utilisation à des fins de recherche, (iii) toute utilisation du Produit non
conforme à ses Spécifications ou à sa Documentation, ou (iv) toute Plainte exclue.
d
Conditions d’obligations d’indemnisation. Les obligations d’indemnisation des parties sont conditionnées par le
fait que la partie demandant une indemnisation (i) informe rapidement et par écrit l’autre partie de ladite plainte ou
action, (ii) donne à l’autre partie le contrôle et l’autorité exclusifs sur la défense et le règlement de ladite plainte ou
action, (iii) n’admette pas la violation d’un droit de propriété intellectuelle sans avoir auparavant obtenu le
consentement de l’autre partie, (iv) ne s’engage pas dans un règlement ou un compromis relatif à une plainte ou à une
action sans le consentement préalable écrit de l’autre partie, et (v) fournisse une aide raisonnable à l’autre partie pour
assurer la défense dans le cadre de la plainte ou de l’action; selon ces conditions, la partie rembourse la partie
indemnisée pour ses dépenses raisonnables engagées afin de fournir ladite aide.
e
Produits tiers et indemnisation. Illumina n’a aucune obligation d’indemnisation en ce qui concerne tout produit
provenant d’un tiers et fourni à l’Acheteur. Les produits tiers portent une étiquette ou une marque avec le nom d’une
vi
tierce partie. Les droits d’indemnisation de l’Acheteur relatifs aux produits tiers correspondent, le cas échéant, à
l’indemnité accordée par le fabricant d’origine ou par le concédant de licence. Sur demande écrite, Illumina essaiera
de transférer cette indemnité, si elle existe, à l’Acheteur.
vii
viii
Historique des révisions
Nº
Rév.
Date
15035786_FRA
D
Novembre 2014
Mise à jour du flux de travail du mode Rapid Run (Analyse
rapide). Compatibilité avec la chimie HiSeq Rapid v2.
Remplacement du lavage de maintenance au NaOH par le
lavage de maintenance au Tween 20 et au ProClin 300, avec
notamment des renseignements relatifs à la préparation, au
stockage et à l’élimination de la solution de lavage de
maintenance.
Mise à jour des descriptions du lavage de maintenance et du
lavage à l’eau pour spécifier qu’un lavage à l’eau est nécessaire
après une analyse.
Ajout de descriptions du flux de travail, des fichiers d’entrée et
de sortie, du traitement des erreurs et de la notation de la
qualité au chapitre Real-Time Analysis (Analyse temps réel).
Mise à jour du numéro de référence des lingettes alcoolisées
VWR. Nouveau numéro : 95041-714.
Mise à jour de l’URL pour les fiches signalétiques (SDS) :
support.illumina.com/sds.html.
15035786_FRA
C
Avril 2014
Mise à jour des descriptions du logiciel HiSeq
Control Software version 2.2. Inclusion du mode de débit
élevé HiSeq v4, suppression de la rainure de contrôle
optionnelle, compartimentage par score de qualité par défaut
et option permettant d’utiliser différents programmes
d’indexage dans chaque rainure.
Ajout du flux de travail HiSeq v4 pour une utilisation avec la
chimie HiSeq v4.
Ajout de calcul pour le volume d’amorçage SBS total.
Description des modifications
ix
Nº
Rév.
Date
15035786_FRA
B
Novembre 2013
15035786_FRA
A
Octobre 2012
x
Description des modifications
Suppression des instructions sur la préparation des réactifs.
Pour obtenir les instructions sur la préparation des réactifs,
dont les renseignements sur différents primers de
séquençage, consultez la documentation de la trousse
associée.
Réactifs suivants remplacés :
• RMR pour RMX
Publication originale.
Table des matières
Historique des révisions
Table des matières
Chapitre 1 Présentation
Introduction
Composants HiSeq 2500
Démarrer le système HiSeq 2500
Logiciel HiSeq 2500
Espace disponible sur le disque
Présentation de la fiche d’échantillon
Consommables pour le séquençage
Ressources supplémentaires
Chapitre 2 Effectuer une analyse HiSeq v4
Introduction
Flux de travail de séquençage HiSeq v4
Types d’analyse pour la chimie HiSeq v4
Saisir des paramètres d’analyse
Chargement et amorçage des réactifs
Charger une Flow Cell
Surveiller l’analyse
Chapitre 3 Effectuer une analyse TruSeq v3
Introduction
Flux de travail de séquençage TruSeq v3
Types d’analyse pour la chimie TruSeq v3
Préparer des réactifs pour la lecture 2
Charger les réactifs pour la lecture 2
Chapitre 4 Effectuer une analyse rapide
ix
xi
1
2
3
6
8
14
15
16
18
19
20
21
22
23
28
39
45
47
48
50
52
53
59
69
75
77
78
81
xi
Introduction
Flux de travail de séquençage Rapid Run (Analyse rapide)
Types d’analyses pour la chimie en mode Rapid Run (Analyse rapide)
Vérification du volume avant analyse
Charger et amorcer les réactifs
Chargement d’une Flow Cell
Chapitre 5 Procédures suivant l’analyse
113
Introduction
Déchargement et pesée des réactifs
Réaliser un lavage de maintenance
Réalisation d’un lavage à l’eau
Changer de mode de séquençage
Inutilisation de l’instrument
Arrêt de l’instrument
114
115
116
121
123
125
126
Chapitre 6 Real-Time Analysis
127
Introduction
Présentation de Real-Time Analysis (Analyse temps réel)
Surveiller les mesures d’analyse
Flux de travail de Real-Time Analysis
Fichiers de sortie de séquençage
Structure du dossier de sortie
Numérotation des plaques
Vignettes
Chapitre 7 Dépannage
Introduction
Problèmes possibles de configuration de l’analyse
Décaler les analyses sur les Flow Cell A et Flow Cell B
Réaliser une vérification de la fluidique
BaseSpace n’est pas disponible
Arrêt et reprise d’une analyse
Interrompre une analyse
Réhybridation du primer
82
84
85
87
88
94
104
110
128
129
132
134
139
142
144
145
147
148
149
151
152
153
154
157
159
Index
161
Assistance technique
165
xii
Chapitre 1 Présentation
Introduction
Logiciel HiSeq 2500
2
3
6
8
14
15
16
18
1
Chapitre 1
Présentation
Présentation
Introduction
Le système HiSeqMD associe une ingénierie novatrice à la technologie SBS éprouvée pour
définir de nouveaux critères en matière de débit, de simplicité et de rentabilité.
Le HiSeq 2500 est doté des fonctionnalités suivantes :
} Imagerie à double surface : le HiSeq 2500 utilise un système d’épifluorescence à quatre
caméras avec une technologie de numérisation de pointe pour permettre une imagerie
à double surface.
} Doubles Flow Cells : le HiSeq 2500 est un système à double Flow Cell. Il vous permet
de séquencer une Flow Cell unique ou deux Flow Cells avec des longueurs de
séquences différentes simultanément.
} Génération d’amplifiats sur l’instrument : le HiSeq 2500 propose un mode Rapid Run
(Analyse rapide) qui inclut la génération d’amplifiats sur l’instrument.
} Réfrigérant pour réactifs haute capacité : le compartiment de réactifs est un réfrigérant
haute capacité qui contient suffisamment de réactifs pour la réalisation de toute
l’analyse de séquençage.
} Fluidique intégrée pour les analyses à lecture appariée : la fluidique intégrée à lecture
appariée fournit des réactifs à partir du compartiment de réactifs vers la Flow Cell pour
la resynthèse de la lecture 2 et le séquençage indexé.
} Options de contrôle de l’interface : l’interface du logiciel de l’instrument permet de
configurer une analyse et d’utiliser l’instrument à l’aide de l’écran tactile ou du clavier
intégré.
} Définition des bases en temps réel : le logiciel de l’instrument extrait les intensités des
images et réalise la définition des bases dont la qualité est notée sur l’ordinateur de
l’instrument, ce qui vous permet de surveiller les indicateurs de qualité au cours de
l’analyse et d’économiser du temps durant l’analyse ultérieure des données.
L’analyse en aval des données de séquençage peut être effectuée avec le logiciel
d’analyse d’Illumina ou avec un logiciel tiers sur IlluminaCompute, sur
l’environnement en nuage BaseSpace d’Illumina ou sur une infrastructure
personnalisée.
} Connectivité à BaseSpace : le HiSeq 2500 intègre une option pour envoyer en temps
réel des données sur l’état de l’instrument et les données de séquençage à la solution
d’informatique en nuage génomique BaseSpace, afin de simplifier l’analyse et le
contrôle qualité de l’instrument.
2
Le système HiSeq 2500 comprend l’instrument, l’écran, l’ordinateur de contrôle de
l’instrument et les accessoires, comme le clavier, la souris et le lecteur de codes à barres.
L’instrument compte quatre compartiments principaux : le module optique, le
compartiment de Flow Cell, le compartiment fluidique et le compartiment des réactifs.
L’état de fonctionnement de l’instrument est indiqué dans une barre d’état éclairée.
Figure 1 Composants externes
A
B
C
D
Module optique : contient les composants optiques qui permettent l’imagerie à double
surface de la Flow Cell et l’imagerie simultanée de A, C, G et T en utilisant
l’épifluorescence. Le faisceau laser d’excitation passe à travers l’objectif et la fluorescence
est recueillie à travers le même objectif.
Compartiment de Flow Cell et station de chargement des librairies : contient la
platine de la Flow Cell commandée par dépression, qui maintient la Flow Cell en place
pendant les analyses de séquençage. À l’aide du mode Rapid Run (Analyse rapide), la
station de chargement transfère les librairies vers la Flow Cell pour la génération
d’amplifiats sur l’instrument.
Compartiment fluidique : contient les pompes fluidiques qui envoient les réactifs à la
Flow Cell, puis au conteneur de déchets.
Barre d’état : indique l’état de l’instrument à l’aide de trois couleurs. Le bleu indique que
l’instrument effectue une analyse, l’orange, qu’il nécessite une intervention, et le vert,
que l’instrument est prêt à commencer l’analyse suivante.
3
Présentation
E
Compartiment des réactifs : contient les supports des réactifs requis pour les analyses
de séquençage et la solution de lavage pour les lavages de l’instrument.
Compartiment de réactifs
Le compartiment des réactifs est un réfrigérant pour réactifs haute capacité qui contient
trois supports de réactifs : deux pour les réactifs SBS et un pour les réactifs de génération
d’amplifiats et d’indexage et les réactifs appariés. Les poignées du dispositif d’aspiration
abaissent les dispositifs d’aspiration dans les flacons de réactifs.
} Supports de réactifs SBS : contiennent des flacons coniques de 250 ml. Le support de
réactifs de la Flow Cell A est situé au centre et le support de la Flow Cell B est situé à
l’extrême droite. Chaque support de réactifs présente des positions numérotées qui
correspondent à des branchements sur la soupape du sélecteur de réactifs interne.
} Support de réactifs d’indexage et de génération d’amplifiats et de réactifs appariés :
situé à gauche des supports A et B. Il comporte deux rangées de positions numérotées
dans lesquelles se trouvent des tubes coniques de 15 ml contenant des réactifs
d’indexage et de génération d’amplifiats et des réactifs appariés. La rangée de gauche
est destinée à la Flow Cell A et la rangée de droite à la Flow Cell B.
} Réfrigérant pour réactifs : le réfrigérant pour réactifs abrite les supports de réactifs et
maintient une température interne comprise entre 2 °C et 8 °C.
Figure 2 Compartiment de réactifs
A
B
4
Poignées du dispositif d’aspiration
Support de réactifs pour les réactifs appariés, d’indexage et de génération d’amplifiats
Support de réactifs pour les réactifs SBS de la Flow Cell A
Support de réactifs pour les réactifs SBS de la Flow Cell B
Compartiment de Flow Cell
Le compartiment de Flow Cell contient la platine de Flow Cell, les stations thermiques, le
système de dépression et les branchements fluidiques vers chaque Flow Cell.
Figure 3 Platine de Flow Cell avec deux Flow Cells
A
B
C
D
Flow Cell A
Flow Cell B
Levier de la Flow Cell A
Levier de la Flow Cell B
La Flow Cell de gauche est la Flow Cell A et la Flow Cell de droite est la Flow Cell B.
Chaque Flow Cell est positionnée sur la platine de Flow Cell, qui entre et ressort du champ
d’action du module optique sur instruction du logiciel de commande. Pour l'ouverture du
compartiment de Flow Cell et le chargement ou le retrait d'une Flow Cell, la platine de
Flow Cell doit être dans sa position la plus avancée.
Sur le portoir de Flow Cell, les ports d’entrée et de sortie de la Flow Cell sont orientés vers
le bas. La Flow Cell est maintenue par une dépression générée sous chaque portoir de
Flow Cell. Le levier de Flow Cell éclairé en face de chaque portoir de Flow Cell commande
cette dépression. Le levier de Flow Cell devient vert lorsque le joint de dépression est
hermétique.
5
C
D
Présentation
1
Démarrez l’ordinateur de contrôle de l’instrument.
2
Connectez-vous au système d’exploitation à l’aide du nom d’utilisateur et du mot de
passe par défaut.
• Nom d’utilisateur : sbsuser
• Mot de passe : sbs123
Patientez jusqu’à ce qu’il soit chargé. Si les valeurs par défaut ne fonctionnent pas,
consultez l’administrateur de votre installation pour connaître le nom d’utilisateur et le
mot de passe spécifiques à votre établissement.
3
Placez l’interrupteur d’alimentation principal sur la position ON (Activé). Lorsque
vous êtes face à l’instrument, l’interrupteur se situe du côté gauche.
4
Attendez au moins une minute que les dispositifs de l’instrument soient correctement
configurés et que le lecteur de l’instrument appelé DoNotEject (Ne pas éjecter)
s’initialise. Une fenêtre s’ouvre lorsque le disque est initialisé. Fermez la fenêtre. Si la
fenêtre ne s’ouvre pas, utilisez MyComputer (Mon ordinateur) pour vérifier le lecteur
DoNotEject (Ne pas éjecter).
REMARQUE
N’éjectez jamais le lecteur Flash DoNotEject (Ne pas éjecter) situé à l’intérieur du châssis de
l’instrument et ne modifiez jamais les fichiers qu’il contient. Ce lecteur contient des fichiers de
configuration du matériel et s’initialise à chaque mise sous tension de l’instrument.
5
Pour assurer un espace disque adéquat, archivez sur un emplacement réseau les
données issues des analyses précédentes présentes sur l’ordinateur de l’instrument.
6
Ouvrez HiSeq Control Software (HCS) à l’aide du raccourci situé sur le bureau de
l’ordinateur. L’initialisation du logiciel de commande prend quelques minutes. Lorsque
le logiciel est initialisé, l’écran Mode Select (Sélection du mode) s’affiche et l’icône
d’initialisation
apparaît dans le coin inférieur droit de l’écran.
Meilleures pratiques relatives à l’ordinateur de contrôle et à l’instrument
} N’allumez pas l’ordinateur lorsque l’instrument est en marche. Mettez toujours
l’ordinateur sous tension avant l’instrument.
} N’éteignez pas l’instrument lorsque le logiciel de contrôle de l’instrument est en
marche.
6
7
} Attendez une minute après avoir éteint l’instrument avant de le remettre en marche.
} Branchez les câbles USB de l’instrument, de l’écran et du clavier à l’arrière de
l’ordinateur avant de mettre celui-ci sous tension.
} Connectez le lecteur de codes à barres et la souris aux ports USB situés à l’avant de
l’ordinateur.
Présentation
Logiciel HiSeq 2500
Trois applications logicielles sont installées sur l’ordinateur de l’instrument :
} HiSeq 2500 Control Software (Logiciel de commande HiSeq 2500) : l’interface du
HiSeq Control Software (HCS) vous guide tout au long des étapes de configuration de
l’analyse de séquençage. Au cours de l’analyse, le logiciel de commande active le
matériel de l’instrument, contrôle la fluidique, définit les températures et présente un
récapitulatif visuel des statistiques de qualité.
} Logiciel Real-Time Analysis (Analyse temps réel) : intégré dans le logiciel de
commande, Real-Time Analysis (RTA) effectue la définition des bases et attribue un
score de qualité à chaque base et pour chaque cycle. Pour de plus amples
renseignements, consultez la section Real-Time Analysis à la page 127.
} Logiciel Sequencing Analysis Viewer (Visualiseur d’analyse de séquençage) : le
visualiseur d’analyse de séquençage (SAV) fournit des statistiques détaillées de qualité.
Interface du logiciel de commande HiSeq 2500
L’écran Mode Select (Sélection du mode) propose différents modes d’analyse. Ces modes
sont TruSeq v3, HiSeq v4 et Rapid Run (Analyse rapide). Sélectionnez un mode d’analyse
pour passer à l’écran Welcome (Bienvenue). Seules des analyses régies par le même mode
peuvent être effectuées simultanément. Par conséquent, le mode sélectionné s’applique à la
Flow Cell A et à la Flow Cell B.
L’écran Welcome (Bienvenue) est divisé en deux panneaux, à raison d’un pour chaque
Flow Cell. Vous pouvez paramétrer une analyse pour la Flow Cell A et la Flow Cell B en
parallèle à l’aide de l’interface du logiciel. Les analyses peuvent être également configurées
indépendamment à l’aide de l’interface du logiciel.
L’écran Welcome (Bienvenue) fournit des commandes pour démarrer une analyse de
séquençage, laver l’instrument, effectuer une vérification du système et changer de mode.
Le mode en cours apparaît en haut de l’écran. Lorsqu’une analyse est terminée, le logiciel
vous invite à lancer le lavage de l’instrument. Après le lavage, le logiciel revient à l’écran
Welcome (Bienvenue).
8
Logiciel HiSeq 2500
Figure 4 Écran Welcome (Bienvenue)
A
B
C
D
Bouton de menu de l’écran de bienvenue
Panneau d’interface pour la Flow Cell A
Panneau d’interface pour la Flow Cell B
Indicateurs dʼactivité
Commandes de l’écran de bienvenue
Les commandes de l’écran de bienvenue comprennent Sequence (Séquence), Wash
(Lavage), Check (Vérification) et Mode Select (Sélection du mode).
} Sequence (Séquence) : sélectionnez la commande Sequence (Séquence) pour démarrer
les étapes de configuration d’une nouvelle analyse de séquençage ou pour reprendre
une analyse existante.
Figure 5 Options de la commande Sequence (Séquence)
• New Run (Nouvelle analyse) : le logiciel vous guide tout au long des étapes de
spécification des paramètres de l’analyse, de chargement et d’amorçage des
réactifs, de chargement de la Flow Cell, de vérification de la fluidique et de
lancement de l’analyse.
9
Présentation
• Resume Run (Reprendre une analyse) : le logiciel vous guide tout au long des
étapes de sélection du dossier de l’analyse existante et de configuration des
paramètres de reprise de l’analyse.
• Rehyb Run (Analyse de réhybridation) : le logiciel vous indique les étapes à suivre
pour effectuer une réhybridation du primer sur instrument. Cette fonctionnalité
n’est disponible que dans les modes HiSeq v4 et Rapid Run (Analyse rapide).
} Wash (Lavage) : sélectionnez l’option Wash (Lavage) pour lancer un lavage à l’eau ou
un lavage de maintenance de l’instrument.
Figure 6 Options de la commande Wash (Lavage)
• Water Wash (Lavage à l’eau) : le lavage à l’eau envoie de l’eau dans le système
afin de le rincer. Ce lavage est requis après une analyse de séquençage ou si
l’instrument n’a pas été utilisé pendant une journée ou plus. Consultez la section
Réalisation d’un lavage à l’eau à la page 121.
• Maintenance Wash (Lavage de maintenance) : le lavage de maintenance envoie les
solutions Tween 20 et ProClin 300 dans le système afin de le rincer. Ce lavage est
obligatoire lorsque vous changez de mode et tous les dix jours. Il est également
recommandé après une analyse de débit élevé. Consultez la section Réaliser un
lavage de maintenance à la page 116.
} Check (Vérification) : sélectionnez Check (Vérification) pour ouvrir l’écran de
vérification de la fluidique et vous assurer que le flux est correct lors de l’installation
de l’instrument ou du dépannage de la fluidique.
} Mode Select (Sélection du mode) : sélectionnez Mode Select (Sélection du mode) pour
changer de mode d’analyse. Les modes d’analyse sont TruSeq v3, HiSeq v4 et Rapid
Run (Analyse rapide).
Indicateurs de capteurs et d’activité
L’écran Welcome (Bienvenue) contient une série d’icônes situées en bas à droite. Ces icônes
indiquent l’activité de l’instrument et l’état de composants spécifiques établis par les
capteurs de l’instrument.
10
Logiciel HiSeq 2500
Figure 7 Indicateurs d’activité
De gauche à droite, les indicateurs d’activité représentent les moteurs X, Y et Z, le
fonctionnement de l’électronique, la caméra, le système fluidique et les fonctions de
traitement.
Figure 8 Indicateurs de capteurs
De gauche à droite, les indicateurs de capteurs représentent la température de la Flow
Cell A, la température du réfrigérant pour réactifs, l’état du nuage BaseSpace et la
température de la Flow Cell B.
Icônes d’état
Une icône d’état située dans le coin supérieur droit de chaque écran affiche les
changements de situation, les erreurs ou les avertissements au cours des étapes de
configuration de l’analyse et durant l’analyse.
Icône
d’état
Nom de l’état
Description
État correct
Aucun changement. Le système est normal.
Information
Uniquement informatif. Aucune action n’est requise.
Attention
Information qui nécessite peut-être votre attention.
Avertissement
Les avertissements n’interrompent pas une analyse, mais ils
requièrent peut-être une intervention avant de continuer.
Erreur
En règle générale, les erreurs interrompent l’analyse et
requièrent une intervention avant de poursuivre l’analyse.
11
Présentation
Lorsqu’un changement de situation se produit, l’icône correspondante clignote afin de vous
alerter. Pour résoudre l’alerte, sélectionnez l’icône afin d’ouvrir la boîte de dialogue d’état,
qui contient une description générale de la situation. Sélectionnez Acknowledge (Accusé de
réception) pour accepter le message et Close (Fermer) pour fermer la boîte de dialogue.
Menu de l’écran de bienvenue
Le bouton Menu (Menu) situé en haut à gauche de l’écran Welcome (Bienvenue) fournit les
options suivantes :
} View (Affichage) : fournit des options permettant d’afficher l’interface en plein écran ou
dans une fenêtre, ou de réduire l’interface.
} Tools (Outils) : permet d’accéder à la fenêtre Options et à l’option Show Log file
(Afficher le fichier journal) :
• Options (Options) : à partir de la fenêtre Options (Options), définissez les
paramètres par défaut de l’analyse. Consultez la section Fenêtre Options du menu à
la page 12.
• Show Log File (Afficher le fichier journal) : répertorie toutes les erreurs se
produisant dans le logiciel de commande. Le fichier est vide, sauf si une erreur
existe. Utilisez ce fichier journal à des fins de dépannage.
} Scanner : active la commande servant à initialiser manuellement le logiciel.
} About (À propos) : fournit des renseignements sur le matériel de l’instrument, les
versions de logiciels et les coordonnées de l’assistance.
} Exit (Quitter) : ferme l’interface du logiciel de commande.
Fenêtre Options du menu
La fenêtre Menu Options (Options du menu) fournit des paramètres pour définir le modèle
d’identifiant d’analyse, les emplacements des dossiers par défaut, un serveur LIMS, le nom
et le mot de passe de l’utilisateur. Vous pouvez aussi indiquer si des renseignements sur
l’état de l’instrument doivent être envoyés à Illumina.
12
Logiciel HiSeq 2500
Figure 9 Fenêtre Options du menu
} Run ID Template (Modèle d’identifiant d’analyse) : règle d’attribution des noms
utilisée pour générer des noms de dossier d’analyse.
} Default Output Folder (Dossier de sortie par défaut) : dossier de sortie par défaut pour
les analyses sur la Flow Cell A. Cet emplacement peut être modifié pour chaque
analyse.
} Default Output Folder2 (Dossier de sortie par défaut 2) : dossier de sortie par défaut
pour les analyses sur la Flow Cell B. Cet emplacement peut être modifié pour chaque
analyse.
} Default Temp Folder1 (Dossier temporaire par défaut 1) : emplacement pour l’écriture
des fichiers temporaires pendant une analyse.
} Run Setup Folder (Dossier de configuration de l’analyse) : emplacement des
formulaires d’échantillon LIMS.
} LIMS Server (Serveur LIMS) : nom du serveur pour les interactions avec le système
LIMS d’Illumina pris en charge.
} LIMS User Name (Nom d’utilisateur LIMS) : nom d’utilisateur utilisé lors de
l’authentification sur le LIMS d’Illumina.
} LIMS Password (Mot de passe LIMS) : mot de passe utilisé lors de l’authentification
sur le LIMS d’Illumina.
} Send instrument health information to Illumina to aid technical support (Envoyer les
renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina pour faciliter l’assistance
technique) : autorise l’instrument à envoyer des renseignements à BaseSpace à chaque
analyse. Tous les renseignements restent confidentiels. Illumina vous recommande
d’activer cette fonctionnalité.
13
Présentation
L’ordinateur de l’instrument HiSeq dispose d’une capacité de stockage de plus de 2,7 To
par Flow Cell. Les données provenant de la Flow Cell A sont stockées sur le disque D:, et
les données de la Flow Cell B sont stockées sur le disque E: .
À la fin de chaque cycle d’imagerie de chaque ligne, le logiciel vérifie l’espace disque
disponible sur les disques locaux D: et E: . Le logiciel ne vérifie pas l’emplacement réseau
au cours de l’analyse. Si l’espace disque descend sous le seuil de sécurité, le logiciel
interrompt l’analyse et met la Flow Cell en état de sécurité.
Si l’espace disque devient insuffisant, libérez de l’espace disque pour poursuivre l’analyse.
L’analyse reprend automatiquement lorsqu’un espace disque suffisant est disponible.
14
La fiche d’échantillon est un fichier généré par l’utilisateur au format *.csv qui contient des
renseignements sur l’analyse de séquençage. Lorsque l’analyse commence, le logiciel copie
la feuille d’échantillons dans le dossier d’analyse, où elle sera utilisée par la suite pour
l’analyse.
Les feuilles d’échantillons sont facultatives, sauf si vous utilisez l’environnement en nuage
BaseSpace pour effectuer l’analyse des données, si vous effectuez une analyse d’indexage
ou si vous envisagez de surveiller les performances de démultiplexage à l’aide du
visualiseur d’analyse de séquençage (SAV). Utilisez Illumina Experiment Manager (IEM)
pour créer une feuille d’échantillons avant de lancer l’analyse.
15
Présentation
Le séquençage sur le système HiSeq 2500 nécessite des réactifs et d’autres consommables
fournis dans des trousses Illumina. Les trousses requises dépendent du type d’analyse à
effectuer.
} Pour les analyses HiSeq v4 à débit élevé, consultez la section Consommables de
séquençage HiSeq v4 à la page 20.
} Pour les analyses TruSeq v3 à débit élevé, consultez la section Consommables de
séquençage TruSeq v3 à la page 48.
} Pour les analyses rapides, consultez la section Consommables requis pour un séquençage en
mode Rapid Run (Analyse rapide) à la page 82.
Consommables fournis par l’utilisateur
Consommable
Tween 20, liquide visqueux,
100 ml
ProClin 300, 50 ml
16
Lingettes imbibées
d’alcool isopropylique à 70 %
ou
d’éthanol à 70 %
Tubes de centrifugeuse, 250 ml
Fournisseur
Sigma-Aldrich, nº de
référence P7949
Sigma-Aldrich, nº de
référence 48912-U
VWR, nº de référence 95041-714
Fournisseur de laboratoire
général
Objet
Lavage de maintenance de
l’instrument.
Lavage de maintenance de
l’instrument.
Nettoyage de la Flow Cell et
de la platine de Flow Cell.
Corning, nº de référence 430776
Tubes coniques, 15 ml
Tubes coniques, 50 ml,
autonomes (facultatif)
Bonbonne, au moins six litres
Lavage de maintenance et
lavage à l’eau de
l’instrument.
Collecte et mesure des
volumes de déchets.
Lavage de maintenance et
lavage à l’eau de
l’instrument.
Stockage des Flow Cells.
général
Solution de lavage de
maintenance.
Chiffon de laboratoire, peu
pelucheux
Papier optique, 4 × 6 po
Extrémités de pipettes, 200 µl
Fournisseur
général
général
Extrémités de pipettes, 1000 µl
général
Brucelles en plastique à bout
carré
Eau de laboratoire, 18 M Ohm
McMaster-Carr, catalogue
nº 7003A22
Millipore
Objet
Utilisation générale.
Nettoyage du portoir de
Flow Cell.
Nettoyage de la Flow Cell.
Fractionnement des
volumes de trousses de
réactifs.
Fractionnement des
volumes de trousses de
réactifs.
Retrait des joints de la
Flow Cell.
Support de réactifs SBS,
position 2.
Lavage de l’instrument.
Tubes à microcentrifuger pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)
Consommable
Tube microcentrifuge, 1,5 ml
Tube microcentrifuge, 1,7 ml
Fournisseur
VWR, nº de référence 20170-038, nº de référence 20170-650 ou nº de
référence 89000-028
Axygen, nº de référence MCT-150-C
Axygen, nº de référence MCT-175-C
Sorenson BioScience, nº de référence 16070
17
Consommable
Gants jetables sans talc
Présentation
Les documents suivants sont disponibles en téléchargement dans le site Web d’Illumina.
Ressource
Description
Guide de préparation du site des
systèmes HiSeq 2500, 1500
et 2000 (nº 15006407_FRA)
Fournit les spécifications relatives à l’espace du laboratoire, les
exigences électriques et les considérations environnementales.
Guide de sécurité et de conformité
HiSeq (nº 15012614)
Fournit des renseignements concernant l’étiquetage de
l’instrument, les certifications de conformité et les questions de
sécurité.
Guide de préparation des réactifs
de la trousse HiSeq Cluster Kit v4
(réf. 15050104)
Fournit une description du contenu de la trousse d’amplifiats
ainsi que des instructions pour la préparation des
consommables préalable à l’analyse de séquençage.
de la trousse HiSeq Rapid Cluster
Kit v2 (réf. 15059131)
Fournit une description du contenu de la trousse rapide
d’amplifiats ainsi que des instructions pour la préparation des
consommables préalable à l’analyse de séquençage rapide.
de la trousse HiSeq SBS Kit v4
(réf. 15050108)
Fournit une description du contenu de la trousse SBS ainsi que
des instructions pour la préparation des consommables
préalable à l’analyse de séquençage.
de la trousse HiSeq Rapid SBS Kit
v2 (réf. 15058772)
Fournit une description du contenu de la trousse rapide SBS
ainsi que des instructions pour la préparation des
consommables préalable à l’analyse de séquençage rapide.
Dénaturation et dilution de
librairies pour HiSeq et GAIIx
(nº 15050107)
Fournit des instructions concernant la dénaturation et la
dilution des librairies préparées pour une analyse de
séquençage et des instructions au sujet de la préparation d’une
librairie de contrôle PhiX. Cette étape s’applique à la plupart
des types de librairies.
Consultez la page d’assistance HiSeq 2500 dans le site Web d’Illumina pour accéder à la
documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux
questions.
18
Chapitre 2 Effectuer une analyse HiSeq v4
Introduction
Chapitre 2
Effectuer une analyse
HiSeq v4
20
21
22
23
28
39
45
19
Effectuer une analyse HiSeq v4
Introduction
Pour effectuer une analyse HiSeq v4 sur le HiSeq 2500, préparez tous les réactifs pour votre
analyse, puis suivez les indications du logiciel pour configurer l’analyse. Les étapes de
configuration de l’analyse comprennent la saisie des paramètres de l’analyse, le
chargement et l’amorçage des réactifs, le chargement de la Flow Cell et la vérification de la
fluidique.
Consultez la page des spécifications du HiSeq 2500 dans le site Web d’Illumina pour en
savoir plus sur la durée des analyses ainsi que sur les autres caractéristiques de
performance.
Consommables de séquençage HiSeq v4
Nom de la trousse
HiSeq v4
Description
Trousse SBS HiSeq v4
Contient des réactifs SBS utilisés sur le système HiSeq 2500.
Trousse d’amplifiats PE
HiSeq v4
ou
trousse d’amplifiats à
lecture unique HiSeq v4
Contient des réactifs de génération d’amplifiats utilisés sur le cBot
et des réactifs d’indexage utilisés sur le HiSeq 2500.
La version PE de la trousse d’amplifiats comprend des réactifs
appariés utilisés sur le HiSeq 2500.
Chaque trousse d’amplifiats comporte une trousse d’accessoires
qui contient des joints de Flow Cell de remplacement et des
bouchons verseurs pour les flacons de réactif SBS.
Étapes de préparation des réactifs
Avant de configurer l’analyse, préparez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage et les
réactifs appariés, le cas échéant.
} Pour la préparation des réactifs SBS, consultez le Guide de référence de la trousse
SBS HiSeq v4 (référence 15050108).
} Pour la préparation des réactifs d’indexage et appariés, consultez le Guide de référence de
la trousse d’amplifiats HiSeq v4 (référence 15050104).
Préparez tous les réactifs avant de configurer l’analyse. Chargez les réactifs lorsque le
logiciel de commande vous invite à le faire. Lorsque vous utilisez la chimie HiSeq v4, il est
inutile de retourner à l’instrument pour charger des réactifs durant l’analyse.
20
Préparez les réactifs pour l’analyse. Pesez les réactifs après la préparation.
Pour en savoir plus sur la préparation des réactifs, consultez la section
Étapes de préparation des réactifs à la page 20.
Définissez les paramètres de l’analyse à l’aide du logiciel de commande.
Lorsque vous y êtes invité, chargez tous les réactifs pour l’analyse :
• Chargez les réactifs SBS pour la lecture 1 et la lecture 2.
• Pour les analyses indexées, chargez les réactifs d’indexage.
• Pour les analyses à lecture appariée, chargez les réactifs appariés.
Lorsqu’une Flow Cell est utilisée sur l’instrument, vérifiez que le flux est
correct.
Amorcez les réactifs SBS et mesurez les déchets d’amorçage.
Chargez la Flow Cell en amplifiats pour le séquençage. Vérifiez que le flux
est correct.
Démarrez l’analyse de séquençage.
[Facultatif] Après le cycle 1, inspectez le rapport de la première base, puis
continuez la lecture 1.
L’analyse se poursuit comme indiqué dans les paramètres de l’analyse.
Une fois l’analyse terminée, déchargez et pesez les réactifs.
Effectuez un lavage de l’instrument.
21
Le tableau suivant indique les types d’analyse de séquençage et le nombre de cycles
possibles pour chaque lecture lorsque vous utilisez la chimie HiSeq v4. Utilisez ces
renseignements comme référence lorsque vous configurez l’analyse.
Type d’analyse
Lecture unique,
sans index
Lecture unique,
index simple
Lecture 1
Index 1 (i7)
Index 2 (i5)
Lecture 2
Total
Cycles
≤ 126
Cycles de lecture
--
Cycles de lecture
--
Cycles
--
Cycles
≤ 126
≤ 126
--
--
8
--
≤ 133 ¹
≤ 134 ²
≤ 142
Lecture unique,
index double
Apparié,
sans index
Apparié,
index simple
≤ 126
6 ou 7 ¹
8²
8
≤ 126
--
--
≤ 126
≤ 252
≤ 126
--
≤ 126
Apparié,
index double
≤ 126
7¹
8²
8
7+8³
≤ 126
≤ 259 ¹
≤ 260 ²
≤ 275
¹ Nombre de cycles pour les bibliothèques à index simple
² Nombre de cycles pour les bibliothèques à index double
³ La lecture de l’index 2 d’une analyse appariée à index double comprend sept cycles supplémentaires
uniquement chimiques
22
Sur l’écran de bienvenue, sélectionnez Sequence | New Run (Séquence | Nouvelle
analyse).
L’interface du logiciel de commande vous guide tout au long des étapes de configuration
de l’analyse. Les étapes de configuration de l’analyse sont organisées en trois onglets : Run
Configuration (Configuration de l’analyse), Pre-Run Setup (Configuration avant analyse) et
Initiate Run (Lancement de l’analyse).
} Tous les écrans de configuration de l’analyse contiennent des listes déroulantes, des
cases à cocher ou des champs de texte pour les paramètres de l’analyse. Utilisez le
lecteur de code à barres portatif pour balayer l’identifiant de la Flow Cell ou de la
trousse de réactifs, ou entrez l’identifiant à l’aide du clavier de l’écran tactile. L’icône
du clavier
est située à droite des champs de texte.
} Sélectionnez Next (Suivant) pour passer à l’écran suivant ou Back (Retour) pour
revenir à l’écran précédent.
} Vous pouvez, à tout moment pendant les étapes de configuration de l’analyse,
sélectionner Cancel (Annuler) pour quitter la configuration de l’analyse et revenir à
l’écran de bienvenue.
Écran Integration (Intégration)
L’écran Integration (Intégration) permet de connecter l’analyse à BaseSpace.
Pour vous connecter à BaseSpace, effectuez les opérations suivantes :
1
Sélectionnez BaseSpace.
2
Sélectionnez l’une des options de l’environnement en nuage BaseSpace suivantes :
• Storage and Analysis (Stockage et analyse) : envoie les données de l’analyse à
BaseSpace pour une surveillance et une analyse des données à distance. Une fiche
d’échantillon est requise pour cette option.
• Run Monitoring Only (Surveillance de l’analyse uniquement) : envoie uniquement
les fichiers InterOp à BaseSpace, ce qui vous permet de surveiller votre analyse à
distance.
3
Connectez-vous à BaseSpace en utilisant l’adresse électronique et le mot de passe de
votre compte MyIllumina.
4
Sélectionnez Next (Suivant).
23
Pour continuer sans vous connecter à BaseSpace, effectuez les opérations suivantes :
1
Sélectionnez None (Aucune).
2
Écran Storage (Stockage)
1
Cochez la case Save to an output folder (Enregistrer vers un dossier de sortie), puis
sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à l’emplacement réseau de votre choix. Si
l’analyse est connectée à l’environnement en nuage BaseSpace, ce champ est facultatif.
2
Sélectionnez Zip BCL files (Compresser les fichiers BCL) pour réduire l’espace de
stockage requis. Si l’analyse est connectée à BaseSpace, l’option Zip BCL files
(Compresser les fichiers BCL) est sélectionnée par défaut.
REMARQUE
Le paramètre Bin Q-Scores (Éliminer les QScores) est activé par défaut afin de réduire
l’espace de stockage requis. Ce paramètre regroupe les scores de qualité sur une plage de
valeurs plus étendue sans affecter la précision ou les performances.
3
Sélectionnez l’une des options Save Auxiliary Files (Enregistrer les fichiers auxiliaires)
suivantes :
• Save All Thumbnails (Enregistrer toutes les vignettes) : enregistre toutes les
vignettes. Une vignette est un échantillon d’images en provenance de nombreuses
plaques dans chaque colonne de plaques, ou témoin, combinées en une seule
image vignette.
• Save All Thumbnails (Enregistrer toutes les vignettes) : enregistre les vignettes de
plaque. Les vignettes de plaque représentent une seule plaque plutôt qu’un
échantillonnage de plaques dans un témoin.
4
Écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell)
L’écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell) consigne des renseignements sur la
Flow Cell utilisée pour l’analyse. Tous les champs sont obligatoires.
1
24
Procédez au balayage du code à barres de la Flow Cell ou saisissez l’identifiant
(numéro de code à barres) de la Flow Cell à séquencer. L’identifiant de la Flow Cell sert
à déterminer le type de Flow Cell et la compatibilité des réactifs.
Confirmez que le type de Flow Cell est HiSeq Flow Cell v4. Le type de Flow Cell est
automatiquement sélectionné en fonction de l’identifiant de la Flow Cell.
3
Saisissez un nom d’expérience. Le nom de l’expérience s’affiche sur chaque écran pour
faciliter l’identification de l’analyse en cours.
4
Saisissez un nom d’utilisateur.
5
Écran Advanced (Paramètres avancés)
1
[Facultatif] Cochez la case Confirm First Base (Confirmer la première base).
Un rapport de la première base est automatiquement généré pour chaque analyse. Si
vous cochez cette option, le rapport de la première base s’ouvrira avant que l’analyse
puisse poursuivre.
2
[Facultatif] Dans les cases à cocher Align to PhiX (Aligner sur PhiX), décochez les cases
correspondant aux rainures ne contenant pas de PhiX.
Par défaut, le logiciel Real-Time Analysis sélectionne toutes les rainures en vue de
l’alignement.
Vous pouvez également sélectionner les lignes de l’image de la Flow Cell pour ajouter
ou supprimer des lignes en vue d’un alignement PhiX.
REMARQUE
Les HCS v2.2 et RTA v1.18 ne nécessitent pas une ligne de contrôle dédiée. Par conséquent,
l’option d’attribution de ligne de contrôle n’est pas activée avec cette configuration du
logiciel.
3
Écran Recipe (Formule)
1
Sélectionnez l’une des options Index Type (Type d’index) suivantes :
• No Index (Sans index) : effectue une analyse à lecture unique ou à paires de bases
appariées sans index.
• Single Index (Index simple) : effectue une analyse à lecture unique ou à lecture
appariée avec une seule lecture d’indexage.
• Dual Index (Index double) : effectue une analyse à lecture unique ou à lecture
appariée avec deux lectures d’indexage.
25
2
• Custom (Personnalisé) : effectue une analyse à lecture unique ou à lecture à paires
de bases appariées avec un nombre personnalisé de cycles pour les lectures
d’index.
2
Si l’option Dual Index (Index double) ou l’option Custom (Personnalisé) sont choisies,
sélectionnez un format de Flow Cell, Single Read (À lecture unique) ou Paired End
(Apparié).
3
Entrez le nombre de cycles pour la lecture 1 et la lecture 2, le cas échéant.
REMARQUE
Une lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés. Par exemple, pour
effectuer 125 cycles pour la lecture 1, entrez 126.
Pour l’option d’indexage Custom (Personnalisé), saisissez le nombre de cycles pour les
lectures d’index. Les longueurs de séquences peuvent ne pas être identiques.
4
Vérifiez les paramètres de chimie par défaut suivants. Ces champs sont
automatiquement remplis selon l’option de type d’index sélectionné.
a SBS: HiSeq SBS Kit v4 (trousse SBS HiSeq v4)
b Index: HiSeq v4 Single Index (Index simple HiSeq v4) ou HiSeq v4 Dual Index
(Index double HiSeq v4)
c PE turnaround: HiSeq PE Cluster Kit v4 (Trousse d’amplifiats HiSeq PE v4)
5
[Facultatif] Cochez la case Use Existing Recipe (Utiliser la formule existante) pour
utiliser une formule personnalisée. Dans le cas contraire, laissez le logiciel créer la
formule à partir des paramètres d’analyse saisis.
Écran Sample Sheet (Fiche d’échantillon)
BaseSpace pour effectuer les analyses des données ou si vous effectuez une analyse
indexée.
1
Sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à l’emplacement de la feuille
d’échantillons.
2
REMARQUE
La version 2.2 du logiciel HiSeq Control Software permet un programme d’indexage
différent dans chaque rainure.
26
L’écran Reagents (Réactifs) consigne des renseignements sur les trousses de réactifs
utilisées pour votre analyse. L’identifiant de la trousse de réactifs (numéro du code à barres
commençant par RGT) est utilisé pour déterminer le type de la trousse de réactifs et la
compatibilité du mode d’analyse.
1
Numérisez ou entrez l’identifiant de la trousse de réactifs SBS.
2
Pour les analyses à lecture appariée, numérisez ou saisissez l’identifiant de la trousse
de réactifs pour la trousse d’amplifiats appariés.
3
Sélectionnez la trousse de réactifs SBS pour l’analyse :
• Sélectionnez 250 Cycles pour une trousse de 250 cycles. Le nombre de cycles
restants est de 275 par défaut.
• Sélectionnez 50 Cycles pour une trousse de 50 cycles. Le nombre de cycles restants
est de 74 par défaut.
• Sélectionnez Custom (Personnaliser) pour une trousse partielle ou plusieurs
trousses de 50 cycles. Dans le champ Cycles Remaining (Cycles restants), saisissez
le nombre de cycles SBS de réactifs restant.
REMARQUE
Pour les trousses partielles, le logiciel effectue un compte à rebours du nombre de cycles
saisi. Lorsqu’il reste peu de cycles, le logiciel vous invite à charger de nouveaux réactifs.
4
Sélectionnez Prime SBS Reagents (Amorcer les réactifs SBS) pour amorcer les réactifs
avant de commencer une analyse. Amorcez toujours les réactifs avant de charger une
nouvelle Flow Cell.
5
Écran Review (Révision)
1
Contrôlez les paramètres de l’analyse sur l’écran Review (Révision).
2
Sélectionnez Next (Suivant) pour continuer ou Back (Retour) pour changer des
paramètres.
27
Écran Reagents (Réactifs)
Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage
et les réactifs appariés destinés à l’analyse, puis amorcez les réactifs dans le système
fluidique. Le logiciel vous guide dans ces étapes à l’aide d’une série d’écrans dans l’onglet
Pre-Run Setup (Configuration avant analyse).
Consommables fournis par Illumina
} Huit bouchons verseurs
} Flacon de 250 ml (Corning, nº de référence 430776)
} Tubes coniques de 15 ml (Corning, nº de référence 430052)
} Eau de laboratoire
REMARQUE
Pour préparer le rinçage après analyse à la fin d’une analyse de séquençage, chargez 25 ml de
PW1 ou d’eau de laboratoire dans la position 2.
Le rinçage après une analyse ne remplace pas le lavage de l’instrument après une analyse.
Charger les réactifs SBS
1
Renversez chaque flacon à plusieurs reprises pour vous assurer que les réactifs sont
bien mélangés.
2
Débouchez chaque flacon de réactif et remplacez le bouchon par un bouchon verseur.
ATTENTION
Après avoir manipulé le flacon de CRM, jetez vos gants et remplacez-les par une nouvelle
paire.
3
Enregistrez le poids de chaque réactif sur le formulaire de suivi du laboratoire.
REMARQUE
La pesée des réactifs avant et après une analyse de séquençage confirme que les réactifs sont
correctement distribués.
4
28
Ouvrez la porte du compartiment à réactif.
Relevez les dispositifs d’aspiration du support de réactifs de séquençage en procédant
comme suit :
a Tirez la poignée vers vous, puis levez la poignée.
b Relâchez la poignée du dispositif d’aspiration dans la fente située en haut de la
rainure. Veillez à ce que la poignée du dispositif d’aspiration demeure de manière
sécurisée dans la fente.
6
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs.
7
Placez chaque tube de réactif sur le support, dans les positions numérotées associées.
Veillez à ce que l’extrémité conique du flacon repose dans l’encoche située à la base du
support.
Tableau 1 Positions des réactifs
Position Réactif
IRM
1
PW1
2
USM
3
Tampon SBS1 (SB1)
4
Tampon SBS2 (SB2)
5
Tampon SBS2 (SB2)
6
CRM
7
Tampon SBS3 (SB3)
8
Description
Mélange principal de réactifs d’incorporation
25 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire
Mélange universel pour balayage
Tampon à forte salinité
Tampon de lavage d’incorporation
Mélange de réactifs de clivage
Tampon de clivage
8
Ajoutez 25 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire au flacon en position 2.
9
Faites glisser le support de réactifs dans le compartiment des réactifs, en alignant le
support sur le guide surélevé du plancher du compartiment.
10 Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les flacons de réactif de séquençage comme
suit :
a Tirez la poignée du dispositif d’aspiration vers vous, puis baissez-la.
b Inspectez visuellement les dispositifs d’aspiration pour vérifier qu’ils ne se sont
pas pliés une fois abaissés dans les bouchons verseurs.
c Relâchez la poignée du dispositif d’aspiration dans la fente située à la base de la
rainure.
11 Cochez la case PW1 (25 ml) loaded [PW1 (25 ml) chargé].
29
5
Charger les réactifs d’indexage
1
Enregistrez le poids de chaque réactif sur le fichier de rapport de laboratoire.
2
Assurez-vous que le support apparié de la Flow Cell adjacente n’est pas en cours
d’utilisation. Les étapes qui font usage du support apparié comprennent la resynthèse
de la lecture 2, la préparation de la lecture d’index 1 (i7) et la préparation de la lecture
d’index 2 (i5).
3
Relevez les dispositifs d’aspiration du support de réactifs apparié en procédant comme
suit :
b Relâchez la poignée dans la fente située en haut de la rainure. Veillez à ce que la
poignée soit bien fixée dans la fente.
4
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs à l’aide de la
poignée du support.
5
Retirez les bouchons sur chacun des tubes de réactifs et placez chaque tube sur le
support dans la position numérotée pertinente ou selon l’étiquette de couleur
correspondante.
Tableau 2 Flow Cells à lecture unique
Position
Réactif
Description
15
16
17
FDR
HP9*
HP12
Réactif de dénaturation rapide (contient du formamide)
Primer de séquençage de l’index i5
*Le HP9 est uniquement nécessaire pour les analyses à index double. Si le HP9 n’est pas utilisé, chargez
un tube conique de 15 ml contenant 10 ml d’eau de laboratoire à la position nº 16.
Tableau 3 Flow Cells appariées
Position
Réactif
10
15
17
FRM*
FDR
HP12
Description
Mélange de resynthèse rapide
*Chargez le FRM en position 10 pour des analyses à index double sur une Flow Cell appariée. Du FRM
doit être chargé à la position 10 pour toutes les analyses à lectures appariées, quelles que soient les
options d’indexage.
30
Si vous effectuez une analyse à lecture unique, suivez les étapes suivantes pour
replacer le support dans le compartiment des réactifs. Dans le cas contraire, procédez
au chargement des réactifs appariés.
7
Placez des tubes coniques de 15 ml contenant 10 ml d’eau de laboratoire dans les
positions inutilisées du support apparié.
8
9
Si vous effectuez une analyse à lecture unique, abaissez les dispositifs d’aspiration
dans les tubes de réactifs appariés comme suit :
a Tirez la poignée vers vous, puis baissez la poignée.
pas pliés une fois plongés dans les tubes.
c Relâchez la poignée dans la fente située à la base de la rainure.
10 Sélectionnez Next (Suivant).
Charger les réactifs appariés
1
Enregistrez le poids de chaque réactif sur le fichier de rapport de laboratoire.
2
suit :
poignée soit bien fixée dans la fente.
3
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs à l’aide de la
4
Retirez les bouchons sur chacun des tubes de réactifs et placez chaque tube sur le
support dans la position numérotée pertinente ou selon l’étiquette de couleur
correspondante.
Tableau 4 Flow Cells appariées
Position
Réactif
10
FRM*
Description
31
6
Position
11
13
14
15
16
Réactif
FLM2
AMS
FPM
FDR*
HP11
Description
Mélange de linéarisation rapide 2
Mélange d’amplification rapide
Prémélange d’amplification rapide
Primer de séquençage pour la lecture 2
*Si vous avez chargé des réactifs d’indexage pour une analyse à index unique, le FDR est déjà chargé à la
position 10. Si vous avez chargé des réactifs d’indexage pour une analyse à double index, le FRM et
le FDR sont déjà respectivement chargés aux positions 10 et 15.
5
Placez des tubes coniques de 15 ml contenant 10 ml d’eau de laboratoire dans les
positions inutilisées du support apparié.
6
7
Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les tubes de réactifs appariés comme suit :
pas pliés une fois plongés dans les tubes.
8
Amorcer les réactifs
Les étapes d’amorçage des réactifs comprennent le nettoyage du portoir de Flow Cell, le
chargement d’une Flow Cell d’amorçage, la vérification de l’adéquation du flux et le
démarrage de l’amorce.
Nettoyer le portoir de la Flow Cell
1
Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.
ATTENTION
Ne placez pas les fluides sur la porte du compartiment de la Flow Cell ou sur la platine de la
Flow Cell quand la porte est ouverte. Renverser un produit dans cette zone peut
endommager l’instrument.
2
32
Vérifiez que le levier de la Flow Cell est en position OFF (désactivé).
3
Enfilez une nouvelle paire de gants en latex sans talc.
4
S’il reste une Flow Cell d’une analyse précédente, retirez-la et mettez-la de côté dans un
tube de tampon de stockage ou d’eau de laboratoire pour éviter qu’elle se dessèche. Elle
peut être utilisée pour vérifier que le flux est correct avant de charger la Flow Cell en
amplifiats.
5
À l’aide d’un tampon alcoolisé ou d’un tissu non pelucheux imprégné d’éthanol ou
d’isopropanol, essuyez soigneusement la surface du portoir de la Flow Cell jusqu’à ce
qu’elle soit propre.
ATTENTION
Veillez à ce que l’alcool ne s’écoule pas dans les orifices de décompression ou autour des
collecteurs. Utilisez si besoin un chiffon de laboratoire peu pelucheux pour sécher la platine.
6
Inspectez visuellement le portoir de la Flow Cell pour vous assurer qu’il ne contient
pas de peluche et que les trous de décompression ne sont pas obstrués.
Figure 11 Emplacements des trous de décompression
33
Figure 10 Levier de la Flow Cell en position 0
Charger une Flow Cell d’amorçage
À partir de l’écran Load Priming Flow Cell (Charger la Flow Cell d’amorçage), chargez une
Flow Cell utilisée pour l’étape d’amorçage. Après avoir chargé une Flow Cell utilisée,
vérifiez que la décompression la maintient en place.
REMARQUE
Illumina vous recommande d’utiliser la Flow Cell d’une analyse précédente pour l’amorçage
des réactifs en vue d’une analyse ultérieure ou d’un lavage de l’instrument après analyse.
1
Rincez la Flow Cell utilisée avec de l’eau de laboratoire. Séchez la Flow Cell à l’aide
d’un chiffon destiné au nettoyage des lunettes ou d’un chiffon non pelucheux.
2
Nettoyez la Flow Cell à l’aide de lingettes alcoolisées et d’un chiffon destiné au
nettoyage des lunettes.
REMARQUE
Ne retirez pas ou ne remplacez pas les joints de la Flow Cell lors de cette étape.
3
Placez la Flow Cell utilisée sur le portoir de Flow Cell, en orientant les ports d’entrée et
de sortie vers le bas et le code à barres vers la droite. Veillez à ce que la flèche sur le
côté gauche de la Flow Cell, qui indique le sens du flux, pointe vers l’instrument.
4
Faites glisser doucement la Flow Cell vers les broches des guides supérieurs et droits
jusqu’à ce qu’elle s’enclenche.
REMARQUE
Retirez votre main de la Flow Cell avant d’enclencher l’interrupteur à vide afin d’éviter que
l’alignement ne dévie avec le temps.
34
A
B
5
Broche de guidage supérieure
Broches de guidage de droite
Placez doucement le levier de la Flow Cell en position 1 pour engager la
décompression et maintenir la Flow Cell en place. Lorsque le levier de la Flow Cell
clignote en vert, la décompression est en cours. Si le levier n’est pas vert, consultez la
section Problèmes possibles de configuration de l’analyse à la page 149.
6
Attendez environ cinq secondes, puis placez lentement le levier de la Flow Cell en
position 2 (extrême droite). Lorsque le levier de la Flow Cell est vert et ne clignote plus,
cela signifie que les collecteurs sont en place et que la Flow Cell est prête à l’utilisation.
35
Figure 12 Flow Cell positionnée contre les broches de guidage du haut et de droite
7
Assurez-vous de cocher la case Vacuum Engaged (Décompression en cours) dans
l’écran de la Flow Cell d’amorce du chargement, puis sélectionnez Next (Suivant).
Vérifier que le flux est correct
La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et
que le collecteur est engagé.
1
Sélectionnez la solution 2 (eau de laboratoire) dans la liste déroulante.
ATTENTION
Utilisez de l’eau uniquement pour vérifier le flux sur une Flow Cell utilisée. N’utilisez jamais
d’eau pour vérifier le flux sur une Flow Cell en amplifiats.
36
2
Vérifiez les valeurs par défaut suivantes :
• Volume (Volume) : 125
• Aspirate Rate (Taux d’aspiration) : 250
• Dispense Rate (Taux de distribution) : 2 000
3
Sélectionnez Pump (Pompe).
4
Inspectez visuellement la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites
à proximité des collecteurs.
Si vous observez un excès de bulles, vérifiez que les joints ne sont pas obstrués,
réduisez le taux d’aspiration à 100 et pompez 125 µl d’eau supplémentaires vers la
Flow Cell. Si le problème persiste, retirez la Flow Cell, répétez les étapes de lavage, puis
rechargez la Flow Cell.
1
Retirez du conteneur à déchets les huit tuyaux d’évacuation correspondant à la
Flow Cell.
N’incluez ni les huit tuyaux de la Flow Cell opposée, ni le tuyau de la pompe de
condensation.
Figure 15 Positionnez le tube
A
B
Tuyaux d’évacuation de la Flow Cell pour les positions de réactifs 1 à 8
Tuyau de la pompe de condensation (ne pas retirer)
2
Placez les tuyaux d’évacuation dans un tube vide de 15 ml, à raison d’un tuyau
d’évacuation par tube de 15 ml. Les déchets d’amorçage sont récupérés et mesurés
après l’étape d’amorçage.
3
Sélectionnez Start Prime (Démarrer l’amorce). L’écran d’amorçage s’affiche et l’étape
d’amorçage démarre. Surveillez la progression de l’étape d’amorçage depuis l’écran
d’amorçage.
4
Lorsque l’étape d’amorçage est terminée, mesurez les déchets d’amorçage récupérés et
confirmez que le volume de chaque tube est de 1,75 ml pour un total de 14 ml. Le total
est calculé comme suit :
• 250 µl pour chaque position SBS, sauf pour la position 2 (250 × 7 = 1,75 ml)
• 1,75 ml pour chaque ligne (1,75 × 8 = 14 ml)
5
Enregistrez les résultats sur le formulaire de suivi de laboratoire.
6
Replacez le tube d’évacuation dans le conteneur à déchets avant de continuer.
37
Positionner les tuyaux et lancer l’amorçage
7
38
Les étapes pour charger la Flow Cell en amplifiats comprennent le retrait de la Flow Cell
d’amorçage, le nettoyage du portoir de la Flow Cell, le nettoyage de la Flow Cell, le
chargement de la Flow Cell et la confirmation que le flux est correct.
}
}
}
}
Chiffon sec destiné au nettoyage des lunettes
Éthanol à 70 % ou lingettes alcoolisées
Chiffon de laboratoire peu pelucheux
Une paire de plastistats
Retirer la Flow Cell utilisée
1
Placez doucement le levier de la Flow Cell en position 1 pour libérer les collecteurs.
2
Placez doucement le levier de la Flow Cell en position 0 pour désengager le joint de
décompression et libérer la Flow Cell.
39
3
Soulevez la Flow Cell utilisée du portoir de la Flow Cell.
1
2
ATTENTION
Figure 18 Inspectez les trous de décompression
3
40
1
Retirez la Flow Cell de son conteneur en utilisant une paire de plastistats.
2
Rincez la Flow Cell avec de l’eau de laboratoire et séchez-la avec un chiffon sec destiné
au nettoyage des lunettes.
3
Pliez une lingette alcoolisée jusqu’à ce qu’elle fasse la taille de la Flow Cell environ.
4
Avec deux doigts, tenez les bords de la Flow Cell en amplifiats. Assurez-vous que les
ports d’entrée et de sortie sont orientés vers le haut.
5
Essuyez chaque côté de la Flow Cell d’un seul mouvement de balayage. Répétez
l’opération en repliant la lingette alcoolisée à chaque passage, jusqu’à ce que la
Flow Cell soit propre.
6
Séchez la Flow Cell à l’aide d’un chiffon sec destiné au nettoyage des lunettes.
7
Protégez la Flow Cell de la poussière jusqu’à ce que vous soyez prêt à la charger dans
l’instrument.
Charger la Flow Cell de séquençage
REMARQUE
Ne remplacez pas les joints de collecteur. Remplacez les joints de collecteur après l’analyse de
séquençage et avant le lavage de maintenance.
1
Placez la Flow Cell sur son portoir, en orientant les ports d’entrée et de sortie vers le
bas et le code à barres vers la droite. Assurez-vous que la flèche située sur le côté
gauche de la Flow Cell est orientée vers l’instrument.
2
41
Nettoyage de la Flow Cell
Figure 19 Flow Cell positionnée contre les broches des guides supérieurs et droits
A
B
REMARQUE
3
décompression et maintenir la Flow Cell en place. Lorsqu’un voyant vert clignote sur le
levier de la Flow Cell, la décompression est en cours. Si le voyant du levier n’est pas
vert, reportez-vous à la section Problèmes possibles de configuration de l’analyse à la
page 149.
42
Attendez environ 5 secondes, puis placez doucement le levier de la Flow Cell en
position 2. Lorsque le levier de la Flow Cell est vert fixe, les collecteurs sont en place et
la Flow Cell est prête à être utilisée.
5
l’écran Load Sequencing Flow Cell (Charger la Flow Cell de séquençage).
1
Sélectionnez la solution 5 dans la liste déroulante.
2
Saisissez les valeurs par défaut suivantes :
3
4
Inspectez visuellement la Flow Cell à la recherche de bulles dans les rainures ou de
fuites à proximité des collecteurs.
Si vous observez trop de bulles, vérifiez qu’il n’y a pas d’obstruction dans les joints du
collecteur, puis répétez le processus en utilisant la solution 6 pour éviter de vider la
position 5. Réduisez le taux d’aspiration à 100, puis injectez 250 µl supplémentaires
dans la Flow Cell.
43
4
44
5
Sélectionnez Next (Suivant). Assurez-vous que le levier de la Flow Cell est vert, puis
fermez la porte du compartiment de la Flow Cell.
6
Vérifiez que les cases Vacuum Engaged (Décompression en cours) et Door Closed
(Porte fermée) sont cochées, puis cliquez sur Next (Suivant).
7
Sélectionnez Start (Démarrer) pour lancer l’analyse de séquençage.
Surveillez les mesures d’analyse sur l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse), ainsi que
la fluidique et l’imagerie.
Figure 22 Écran Run Overview (Aperçu de l’analyse)
A
B
C
D
E
Barre de progression : utilisez la barre de progression pour suivre le nombre de cycles
terminés.
Graphique de la fluidique : développez la section de la fluidique pour surveiller les
étapes de la chimie.
Configuration de l’analyse : contrôlez les paramètres de l’analyse actuelle.
Graphique d’analyse : utilisez le graphique d’analyse pour surveiller les scores de
qualité par cycle.
Graphique d’images : utilisez le graphique d’images pour surveiller les intensités par
cycle.
Rapport de première base
Si vous avez sélectionné l’option Confirm First Base (Confirmer la première base) lors de
la configuration de l’analyse, la boîte de dialogue de confirmation de la première base
s’ouvre automatiquement une fois l’imagerie du premier cycle terminée. L’analyse
s’interrompt à cette étape.
1
Examinez le rapport de la première base dans la boîte de dialogue de confirmation.
2
Si les résultats sont satisfaisants, sélectionnez Continue (Continuer).
45
Procédures suivant l’analyse
Une fois l’analyse terminée, déchargez et pesez les réactifs, puis effectuez un lavage de
l’instrument. Pour de plus amples renseignements, consultez la section Procédures suivant
l’analyse à la page 113.
46
Chapitre 3 Effectuer une analyse TruSeq v3
Introduction
Chapitre 3
Effectuer une analyse
TruSeq v3
48
50
52
53
59
69
75
77
78
47
Effectuer une analyse TruSeq v3
Introduction
Pour exécuter une analyse TruSeq v3 sur le HiSeq 2500, préparez des réactifs SBS pour la
lecture 1 et des réactifs d’indexage avant de configurer l’analyse. Suivez les indications du
logiciel pour configurer l’analyse, notamment pour la définition des paramètres de
l’analyse, le chargement et l’amorçage des réactifs, le chargement de la Flow Cell et la
vérification de la fluidique.
Préparez et chargez les réactifs appariés et les réactifs SBS pour la lecture 2 une fois que la
lecture 1 et les lectures d’index sont finalisées.
Pour en savoir plus sur la durée de l’analyse et d’autres caractéristiques de performance,
consultez la page relative aux caractéristiques du HiSeq 2500 sur le site Web d’Illumina.
Consommables de séquençage TruSeq v3
Nom de la trousse
TruSeq v3
Description
Trousse SBS TruSeq v3
(200 cycles)
ou
trousse SBS TruSeq v3
(50 cycles)
Contient des réactifs SBS utilisés sur le système HiSeq 2500.
TruSeq PE Cluster Kit v3
ou
TruSeq SR Cluster Kit v3
Contient des réactifs de génération d’amplifiats utilisés sur le
cBot et des réactifs d’indexage utilisés sur le HiSeq 2500.
La version PE de la trousse d’amplifiats comprend des réactifs
appariés utilisés sur le HiSeq 2500.
Chaque trousse d’amplifiats comporte une trousse
d’accessoires qui contient des joints de Flow Cell de
remplacement et des bouchons verseurs pour les flacons de
réactif SBS.
} Pour la préparation des réactifs SBS, consultez le guide correspondant :
• Guide de préparation des réactifs de la trousse de SBS TruSeq v3 (200 cycles)
(référence 15023333)
48
49
Introduction
• Guide de préparation des réactifs de la trousse de SBS TruSeq v3 (50 cycles)
} Pour la préparation des réactifs d’indexage et des réactifs appariés, consultez le guide
correspondant :
• Guide de préparation des réactifs de la trousse d’amplifiats PE TruSeq v3
• Guide de préparation des réactifs de la trousse d’amplifiats à lecture unique TruSeq v3
Ces guides comprennent les instructions pour la préparation des primers de
séquençage fournis dans la boîte de primer de séquençage à index double TruSeq.
Préparez les réactifs SBS pour la lecture 1 et les réactifs d’indexage. Pesez les
réactifs après la préparation.
Définissez les paramètres de l’analyse à l’aide du logiciel de commande.
Lorsque vous y êtes invité, chargez tous les réactifs pour la lecture 1.
Chargez les réactifs SBS pour la lecture 2, sauf l’ICB.
Chargez les réactifs d’indexage.
correct.
Amorcez les réactifs SBS et mesurez les déchets d’amorçage.
Chargez la Flow Cell en amplifiats pour le séquençage. Vérifiez que le flux
est correct.
Démarrez l’analyse de séquençage.
[Facultatif] Après le cycle 1, inspectez le rapport de la première base, puis
continuez la lecture 1.
L’analyse se poursuit comme indiqué dans les paramètres de l’analyse.
Préparez les réactifs appariés et le nouvel ICB pour la lecture 2. Pesez les
réactifs après la préparation.
50
Chargez les réactifs appariés et le nouvel ICB pour la lecture 2.
Continuez l’analyse. Le logiciel amorce automatiquement les réactifs
appariés et effectue la resynthèse de la lecture 2 et la lecture 2.
Une fois l’analyse terminée, déchargez et pesez les réactifs.
Effectuez un lavage de l’instrument.
51
possibles pour chaque lecture lorsque vous utilisez la chimie TruSeq rapide. Utilisez ces
Type d’analyse
Lecture unique,
sans index
Lecture unique,
index simple
Lecture 1
Index 1 (i7)
Index 2 (i5)
Lecture 2
Total
Cycles
≤ 101
Cycles de lecture
--
Cycles de lecture
--
Cycles
--
Cycles
≤ 101
≤ 101
--
--
8
--
≤ 108 ¹
≤ 109 ²
≤ 117
Lecture unique,
index double
Apparié,
sans index
Apparié,
index simple
≤ 101
6 ou 7 ¹
8²
8
≤ 101
--
--
≤ 101
≤ 202
≤ 101
--
≤ 101
Apparié,
index double
≤ 101
7¹
8²
8
7+8³
≤ 101
≤ 209 ¹
≤ 210 ²
≤ 225
52
analyse).
du clavier
1
2
distance.
3
4
53
1
2
1
2
REMARQUE
3
suivantes :
image vignette.
4
Flow Cell utilisée pour l’analyse.
1
54
Numérisez le code à barres de la Flow Cell à séquencer ou entrez son identifiant (le
numéro du code à barres). L’identifiant de la Flow Cell sert à déterminer le type de
Flow Cell ainsi que la compatibilité des réactifs.
Confirmez que la Flow Cell est du type Flow Cell HiSeq v3, qui est automatiquement
sélectionné en fonction de l’identifiant de la Flow Cell.
3
4
5
1
puisse poursuivre.
2
Par défaut, Real-Time Analysis (RTA) sélectionne toutes les rainures en vue de
l’alignement.
Vous pouvez également sélectionner les rainures sur l’image de la Flow Cell pour
ajouter ou supprimer celles-ci en vue d’un alignement PhiX.
REMARQUE
Les logiciels HCS version 2.2 et RTA version 1.18 ne nécessitent pas de rainure de
contrôle dédiée. Par conséquent, l’option d’attribution d’une rainure de contrôle n’est
pas activée dans cette configuration logicielle.
3
[Facultatif] Sélectionnez Keep Intensity Files (Conserver les fichiers d’intensité) afin de
procéder ultérieurement à de nouvelles analyses ou à des traitements personnalisés.
Par défaut, cette option n’est pas sélectionnée. L’enregistrement des fichiers d’intensité
n’est pas requis pour les analyses sur instrument. Si cette option est activée, la taille du
dossier de sortie des données augmente considérablement.
4
Une formule est générée automatiquement à partir des renseignements saisis dans l’écran
Recipe (Formule).
55
2
1
d’index.
2
(Apparié).
3
REMARQUE
Une lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés. Par exemple,
pour effectuer 125 cycles pour la lecture 1, entrez 126.
4
Vérifiez les paramètres de chimie par défaut suivants. Ces champs sont
automatiquement remplis selon l’option de type d’index sélectionné.
a SBS: TruSeq SBS Kit v3
b Index: TruSeq Multiplex Sequencing Primer Box ou TruSeq Dual Index
Sequencing Primer Box
c PE turnaround: TruSeq PE Cluster Kit v3
5
[Facultatif] Sélectionnez Use Existing Recipe (Utiliser la formule existante) pour utiliser
une formule personnalisée. Dans le cas contraire, laissez le logiciel créer la formule à
partir des paramètres d’analyse saisis.
BaseSpace pour effectuer les analyses des données ou si vous effectuez une analyse
indexée.
56
Sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à l’emplacement de la feuille
d’échantillons.
2
REMARQUE
La version 2.2 du logiciel HiSeq Control Software permet un programme d’indexage
différent dans chaque rainure.
1
2
de réactifs pour la trousse d’amplifiats appariés.
3
REMARQUE
4
Sélectionnez Prime SBS Reagents (Amorcer les réactifs SBS) pour amorcer les réactifs
avant de commencer une analyse. Amorcez toujours les réactifs avant de charger une
nouvelle Flow Cell.
5
57
1
58
1
2
paramètres.
Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS et les réactifs
d’indexage destinés à l’analyse, puis amorcez les réactifs dans le système fluidique. Le
logiciel vous guide dans ces étapes dans une série d’écrans de l’onglet Pre-Run Setup
(Configuration avant analyse).
REMARQUE
Charger les réactifs SBS
1
Débouchez chaque flacon de réactif et mettez en place un bouchon verseur.
ATTENTION
Après avoir manipulé le flacon de CMR, jetez vos gants et remplacez-les par une nouvelle
paire.
2
REMARQUE
La pesée des réactifs avant et après une analyse de séquençage confirme que les réactifs sont
correctement distribués.
3
Ouvrez la porte du compartiment à réactif.
4
comme suit :
59
a
b
Tirez la poignée vers vous, puis levez la poignée.
Relâchez la poignée du dispositif d’aspiration dans la fente située en haut de la
5
6
Placez chaque tube de réactif sur le support, dans les positions numérotées associées.
Veillez à ce que l’extrémité conique du flacon repose dans l’encoche située à la base du
support.
Tableau 5 Positions des réactifs SBS
Position
Réactif
1
2
3
4
5
6
7
8
ICB
PW1 (25 ml)
SRE
Tampon SBS1 (SB1)
Tampon SBS2 (SB2)
Tampon SBS2 (SB2)
CMR
Tampon SBS3 (SB3)
Description
Mélange d’incorporation
Tampon de lavage
Réactif de mélange de dépistage
Tampon à forte salinité
Réactif de mélange de clivage
Tampon de clivage
7
Ajoutez 25 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire au flacon en position 2.
8
9
Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les flacons de réactif de séquençage comme
suit :
rainure.
10 Cochez la case PW1 (25 ml) loaded [PW1 (25 ml) chargé].
Charger les réactifs d’indexage
1
60
Assurez-vous que le support apparié n’est pas utilisé sur la Flow Cell adjacente. Les
étapes qui utilisent le support apparié comprennent la resynthèse de la lecture 2, la
préparation de la lecture d’index 1 (i7) et la préparation de la lecture d’index 2 (i5).
3
suit :
poignée demeure solidement dans la fente.
4
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs, à l’aide de la
5
Débouchez le tube de réactif et placez-le sur le support dans la position numérotée
correspondante ou la couleur d’étiquette correspondante.
Tableau 6 Analyse à index simple sur une Flow Cell à lecture unique ou une
Flow Cell à paires de bases appariées
Position
Réactif
Description
HP8
ou
Mélange
d’amorces de séquençage pour l’index 1
17
HP12
(i7)
HP3
Solution de dénaturation
18
HT2
Tampon de lavage
19
Tableau 7 Analyse à index double sur une Flow Cell à lecture unique
Position
Réactif
Description
16
HP9
17
HP8 ou
HP12
HP3
HT2
18
19
Mélange d’amorces de séquençage à lecture unique
pour l’index 2 (i5)
Mélange de primers de séquençage pour l’index 1 (i7)
Tampon de lavage
Tableau 8 Analyse à index double sur une Flow Cell à paires de bases appariées
Position
Réactif
Description
10
17
18
19
RMR
HP8 ou
HP12
HP3
HT2
Mélange de resynthèse
Mélange de primers de séquençage pour l’index 1
(i7)
Tampon de lavage
61
2
6
Placez des tubes coniques de 15 ml contenant 10 ml d’eau de laboratoire dans des
positions de supports non utilisées.
7
8
Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les tubes sur le support de réactif à paires de
bases appariées comme suit :
a Tirez la poignée vers vous, puis baissez la poignée tout en la tirant vers vous.
pas pliés une fois abaissés dans les tubes.
9
Fermez la porte du compartiment des réactifs.
chargement d’une Flow Cell d’amorçage, la vérification de l’adéquation du flux et le
démarrage de l’amorce.
1
ATTENTION
2
62
3
4
amplifiats.
5
ATTENTION
6
63
À partir de l’écran Load Priming Flow Cell (Charger la Flow Cell d’amorçage), chargez une
Flow Cell utilisée pour l’étape d’amorçage. Après avoir chargé une Flow Cell utilisée,
vérifiez que la décompression la maintient en place.
REMARQUE
Illumina vous recommande d’utiliser la Flow Cell d’une analyse précédente pour l’amorçage
des réactifs en vue d’une analyse ultérieure ou d’un lavage de l’instrument après analyse.
1
Rincez la Flow Cell utilisée avec de l’eau de laboratoire. Séchez la Flow Cell à l’aide
d’un chiffon destiné au nettoyage des lunettes ou d’un chiffon non pelucheux.
2
REMARQUE
Ne retirez pas ou ne remplacez pas les joints de la Flow Cell lors de cette étape.
3
Placez la Flow Cell utilisée sur le portoir de Flow Cell, en orientant les ports d’entrée et
de sortie vers le bas et le code à barres vers la droite. Veillez à ce que la flèche sur le
côté gauche de la Flow Cell, qui indique le sens du flux, pointe vers l’instrument.
4
REMARQUE
64
A
B
5
décompression et maintenir la Flow Cell en place. Lorsque le levier de la Flow Cell
clignote en vert, la décompression est en cours. Si le levier n’est pas vert, consultez la
section Problèmes possibles de configuration de l’analyse à la page 149.
6
65
7
1
ATTENTION
Utilisez de l’eau uniquement pour vérifier le flux sur une Flow Cell utilisée. N’utilisez jamais
d’eau pour vérifier le flux sur une Flow Cell en amplifiats.
66
2
3
4
réduisez le taux d’aspiration à 100 et pompez 125 µl d’eau supplémentaires vers la
1
Retirez du conteneur à déchets les huit tuyaux d’évacuation correspondant à la
Flow Cell.
N’incluez ni les huit tuyaux de la Flow Cell opposée, ni le tuyau de la pompe de
condensation.
Figure 28 Positionnez le tube
A
B
Tuyaux d’évacuation de la Flow Cell pour les positions de réactifs 1 à 8
Tuyau de la pompe de condensation (ne pas retirer)
2
Placez les tuyaux d’évacuation dans un tube vide de 15 ml, à raison d’un tuyau
d’évacuation par tube de 15 ml. Les déchets d’amorçage sont récupérés et mesurés
après l’étape d’amorçage.
3
Sélectionnez Start Prime (Démarrer l’amorce). L’écran d’amorçage s’affiche et l’étape
d’amorçage démarre. Surveillez la progression de l’étape d’amorçage depuis l’écran
d’amorçage.
4
Lorsque l’étape d’amorçage est terminée, mesurez les déchets d’amorçage récupérés et
confirmez que le volume de chaque tube est de 1,75 ml pour un total de 14 ml. Le total
est calculé comme suit :
• 250 µl pour chaque position SBS, sauf pour la position 2 (250 × 7 = 1,75 ml)
• 1,75 ml pour chaque ligne (1,75 × 8 = 14 ml)
5
6
Replacez le tube d’évacuation dans le conteneur à déchets avant de continuer.
67
Positionner les tuyaux et lancer l’amorçage
7
68
Les étapes pour charger la Flow Cell en amplifiats comprennent le retrait de la Flow Cell
d’amorçage, le nettoyage du portoir de la Flow Cell, le nettoyage de la Flow Cell, le
chargement de la Flow Cell et la confirmation que le flux est correct.
}
}
}
}
Chiffon sec destiné au nettoyage des lunettes
Éthanol à 70 % ou lingettes alcoolisées
Chiffon de laboratoire peu pelucheux
Une paire de plastistats
Retirer la Flow Cell utilisée
1
2
69
3
1
2
ATTENTION
3
70
1
2
3
4
5
6
7
l’instrument.
REMARQUE
1
bas et le code à barres vers la droite. Assurez-vous que la flèche située sur le côté
gauche de la Flow Cell est orientée vers l’instrument.
2
71
A
B
REMARQUE
3
décompression et maintenir la Flow Cell en place. Lorsqu’un voyant vert clignote sur le
levier de la Flow Cell, la décompression est en cours. Si le voyant du levier n’est pas
vert, reportez-vous à la section Problèmes possibles de configuration de l’analyse à la
page 149.
72
position 2. Lorsque le levier de la Flow Cell est vert fixe, les collecteurs sont en place et
la Flow Cell est prête à être utilisée.
5
l’écran Load Sequencing Flow Cell (Charger la Flow Cell de séquençage).
1
Sélectionnez la solution 5 dans la liste déroulante.
2
3
4
Inspectez visuellement la Flow Cell à la recherche de bulles dans les rainures ou de
Si vous observez trop de bulles, vérifiez qu’il n’y a pas d’obstruction dans les joints du
collecteur, puis répétez le processus en utilisant la solution 6 pour éviter de vider la
position 5. Réduisez le taux d’aspiration à 100, puis injectez 250 µl supplémentaires
dans la Flow Cell.
73
4
74
5
Sélectionnez Next (Suivant). Assurez-vous que le levier de la Flow Cell est vert, puis
fermez la porte du compartiment de la Flow Cell.
6
7
A
B
C
D
E
terminés.
qualité par cycle.
cycle.
1
2
75
76
Avant l’achèvement de la lecture 1 et des lectures d’index, préparez des réactifs pour la
resynthèse de la lecture 2 et le nouvel ICB pour la lecture 2.
Pour les instructions de préparation des réactifs, consultez le Guide de préparation des réactifs
de la trousse d’amplifiats PE TruSeq v3 (référence 15023336). Ce guide comprend les
instructions pour la préparation des réactifs de séquençage fournis dans la boîte de primer
de séquençage à index double TruSeq.
REMARQUE
Pour obtenir des performances optimales, Illumina vous recommande de préparer un
nouveau mélange d’incorporation ICB pour la lecture 2.
77
Après la fin de la lecture 1 et de toutes les lectures d’index, chargez les réactifs appariés
pour la resynthèse de la lecture 2, ainsi qu’un nouveau flacon d’ICB pour la lecture 2.
Chargement des réactifs à paires de bases appariées
1
2
Assurez-vous que le support à paires de bases appariées n’est pas utilisé pour la
resynthèse de la lecture 2, la préparation de la lecture d’index 1 (i7) ou la préparation
de la lecture d’index 2 (i5) dans la Flow Cell opposée.
3
suit :
poignée demeure solidement dans la fente.
4
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs, à l’aide de la
5
Débouchez tous les tubes de réactifs.
6
Placez chacun des tubes de réactif sur le support dans les positions numérotées
correspondantes.
Tableau 9 Positions des réactifs à paires de bases appariées
Position
Réactif
Description
10
11
12
13
14
15
16
18
19
78
RMR
LMX2
BMX
AMX2
APM2
AT2
HP7 ou HP11
HP3
HT2
Mélange de resynthèse
Mélange de linéarisation 2
Mélange de blocage
Mélange d’amplification 2
Prémélange AMX2
Formamide 100 %
Primer de séquençage pour la lecture 2
Tampon de lavage
7
8
Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les tubes de réactif à paires de bases
appariées comme suit :
pas pliés une fois abaissés dans les tubes.
Charger l’ICB pour la lecture 2
1
Enregistrez le poids du réactif sur le formulaire de suivi du laboratoire.
2
comme suit :
a Tirez la poignée du dispositif d’aspiration vers vous, puis levez-la.
3
4
Retirez le flacon du réactif de l’ICB existant de la position 1 du support de réactifs et
retirez le bouchon verseur du flacon.
5
Placez le bouchon verseur sur le nouveau flacon d’ICB et chargez le flacon à la
position 1. Assurez-vous que l’extrémité conique du flacon repose dans l’encoche située
à la base du support.
6
7
Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les flacons de réactif de séquençage comme
suit :
79
REMARQUE
Pour les analyses à lecture appariée à index double, le RMR est chargé avec des réactifs
d’indexage avant de commencer l’analyse. Pour les analyses à index simple ou sans index, le
RMR est chargé avec les réactifs appariés.
a
b
c
8
80
Tirez la poignée du dispositif d’aspiration vers vous, puis baissez-la.
Inspectez visuellement les dispositifs d’aspiration pour vérifier qu’ils ne se sont
Relâchez la poignée du dispositif d’aspiration dans la fente située à la base de la
rainure.
Fermez la porte du compartiment de réactifs et sélectionnez Next (Suivant) pour
reprendre l’analyse.
Chapitre 4 Effectuer une analyse rapide
Introduction
Flux de travail de séquençage Rapid Run (Analyse rapide)
82
84
85
87
88
94
104
110
81
Chapitre 4
Effectuer une analyse rapide
Introduction
Le mode Rapid Run (Analyse rapide) fournit deux options pour l’étape de génération
d’amplifiats, soit sur le cBot, soit sur le HiSeq 2500. La génération d’amplifiats sur le cBot
permet l’utilisation de deux librairies, une pour chaque rainure, sur la Flow Cell rapide à
deux rainures. Après l’hybridation et la première extension du modèle sur le cBot, le reste
du processus de génération d’amplifiats est effectué sur le HiSeq.
Après la préparation des réactifs, les étapes de configuration de l’analyse comprennent la
saisie des paramètres de l’analyse, le chargement et l’amorçage des réactifs, le chargement
de la Flow Cell et la vérification de la fluidique. Si la génération d’amplifiats est réalisée
sur le HiSeq 2500, l’étape d’amorçage des réactifs n’est pas nécessaire dans la
configuration de l’analyse.
Pour en savoir plus sur la durée de l’analyse et d’autres caractéristiques de performance,
consultez la page relative aux caractéristiques du HiSeq 2500 sur le site Web d’Illumina.
Consommables requis pour un séquençage en mode Rapid Run (Analyse
rapide)
Nom de la trousse Rapid Run
(Analyse rapide)
Description
HiSeq Rapid SBS Kit v2
ou
TruSeq Rapid SBS Kit (v1)
Contient des réactifs SBS utilisés sur le HiSeq 2500 et les
bouchons verseurs pour les flacons de réactifs SBS.
HiSeq Rapid PE Cluster Kit v2
ou
HiSeq Rapid SR Cluster Kit v2
ou
TruSeq Rapid PE Cluster Kit (v1)
ou
TruSeq Rapid SR Cluster Kit (v1)
Contient les réactifs de génération d’amplifiats et
d’indexage utilisés sur le système HiSeq 2500 et un
ensemble de joints de Flow Cell.
Les versions « PE » des trousses d’amplifiats
comprennent les réactifs appariés utilisés sur le
HiSeq 2500.
Avant de configurer l’analyse, préparez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage et les
réactifs appariés.
82
Préparez tous les réactifs avant de configurer l’analyse. Chargez les réactifs lorsque le
logiciel de commande vous invite à le faire. Lorsque vous utilisez la chimie d’analyse
rapide, il est inutile de retourner à l’instrument pour charger des réactifs durant l’analyse.
83
Introduction
} Pour la préparation des réactifs SBS, consultez le guide correspondant :
• Guide de préparation des réactifs de la trousse HiSeq Rapid SBS Kit v2
• Guide de préparation des réactifs de la trousse de SBS Truseq rapide (200 cycles)
• Guide de préparation des réactifs de la trousse de SBS Truseq rapide (50 cycles)
} Pour la préparation des réactifs d’indexage et des réactifs appariés, consultez le guide
correspondant :
• Guide de préparation des réactifs de la trousse HiSeq Rapid Cluster Kit v2
• Guide de préparation des réactifs de la trousse d’amplifiats PE TruSeq rapide
• Guide de préparation des réactifs de la trousse d’amplifiats à lecture unique TruSeq rapide
Flux de travail de séquençage Rapid Run (Analyse
rapide)
Préparez tous les réactifs pour l’analyse et préparez le modèle de
bibliothèque.
À l’aide du logiciel de commande, effectuez une vérification de volume et
définissez les paramètres de l’analyse.
Pour la génération d’amplifiats sur l’instrument, chargez tous les réactifs
destinés à l’analyse ainsi que le modèle de librairie préparé.
Pour la génération d’amplifiats sur le cBot, chargez tous les réactifs destinés
à l’analyse.
correct.
Pour la génération d’amplifiats sur le cBot, amorcez les réactifs SBS et
mesurez les déchets d’amorçage.
Démarrez l’analyse de séquençage. Après le cycle 1, inspectez le rapport de
première base (paramètre facultatif), puis continuez la lecture 1.
L’analyse de séquençage se poursuit avec l’inversion Paired End et la
lecture 2 sans que vous ayez à intervenir.
Une fois l’analyse terminée, déchargez et pesez les réactifs. Effectuez un
lavage à l’eau après analyse.
84
possibles pour chaque lecture lorsque vous utilisez la chimie d’analyse rapide. Utilisez ces
Tableau 10 HiSeq Rapid SBS Kit v2
Type
Cycles de Cycles de
d’analyse
la
lecture
lecture 1
de l’index 1 (i7)
Lecture
≤ 251
-unique,
sans index
Lecture
≤ 251
7¹
unique,
8²
index simple
Lecture
≤ 251
8
unique,
index double
Apparié,
≤ 251
-sans index
Apparié,
≤ 251
7¹
index simple
8²
Apparié,
≤ 251
8
index double
Tableau 11 TruSeq Rapid SBS Kit (v1)
Type d’analyse Cycles de Cycles de
la
lecture
lecture 1
de l’index 1 (i7)
Lecture unique,
≤ 101
-sans index
Lecture unique,
≤ 101
7¹
index simple
8²
Lecture unique,
≤ 101
8
double index
Cycles de
lecture
de l’index 2 (i5)
--
Cycles de
la
lecture 2
--
Nombre
total
de cycles
≤ 251
--
--
≤ 258 ¹
≤ 259 ²
8
--
≤ 267
--
≤ 251
≤ 502
--
≤ 251
7+8³
≤ 251
≤ 509 ¹
≤ 510 ²
≤ 525
Cycles de
lecture
de l’index 2 (i5)
--
Cycles de
la
lecture 2
--
Nombre
total
de cycles
≤ 101
--
--
8
--
≤ 108 ¹
≤ 109 ²
≤ 117
85
Types d’analyses pour la chimie en mode Rapid Run
(Analyse rapide)
Type d’analyse
Analyse
appariée,
sans index
Analyse
appariée,
index simple
Analyse
appariée,
double index
Cycles de
la
lecture 1
≤ 101
Cycles de
lecture
de l’index 1 (i7)
--
Cycles de
lecture
de l’index 2 (i5)
--
Cycles de
la
lecture 2
≤ 101
Nombre
total
de cycles
≤ 202
≤ 101
7¹
8²
--
≤ 101
≤ 209 ¹
≤ 210 ²
≤ 101
8
7+8³
≤ 101
≤ 225
86
À partir de l’écran Welcome (Bienvenue), sélectionnez Sequence | New Run (Séquence |
Nouvelle analyse). L’écran Volume Check (Vérification du volume) s’affiche.
Écran Volume Check (Contrôle du volume)
1
Lorsque vous êtes invité par le logiciel à effectuer une vérification du volume,
sélectionnez Yes (Oui).
2
Placez les tuyaux d’évacuation 1, 2, 3, 6, 7 et 8 de la Flow Cell actuelle dans un flacon
d’un litre rempli d’eau désionisée. Le positionnement des tuyaux dans de l’eau
désionisée permet d’éviter d’endommager les pompes de réactifs.
3
Chargez de l’eau de laboratoire dans chacune des huit positions SBS, des dix positions
du support apparié et de la position de la librairie de la Flow Cell actuelle.
4
Fermez la station de chargement.
5
Cochez la case Water loaded and template loading station closed (Eau chargée et porte
de la station de chargement de modèle fermée).
6
7
Assurez-vous qu’une Flow Cell rapide usagée est chargée dans l’instrument. Saisissez
l’identifiant de la Flow Cell usagée.
8
9
Sélectionnez Pump (Pompe) pour confirmer le flux.
10 Placez les tuyaux 4 et 5 dans des tubes coniques vides et distincts d’une contenance de
15 ml.
11 Sélectionnez Next (Suivant). La vérification du volume commence.
Lorsque la vérification du volume est terminée, le volume attendu est de 9,5 ml ± 10 %
pour chaque tube.
12 Replacez tous les tuyaux dans le flacon à déchets.
87
analyse).
du clavier
88
1
2
distance.
3
4
1
2
1
2
REMARQUE
3
suivantes :
image vignette.
4
Flow Cell utilisée pour l’analyse.
1
Sélectionnez un type de trousse de réactifs : TruSeq Rapid v1 ou HiSeq Rapid v2.
89
2
Procédez au balayage du code à barres de la Flow Cell ou saisissez l’identifiant
(numéro de code à barres) de la Flow Cell à séquencer. L’identifiant de la Flow Cell sert
à déterminer le type de Flow Cell et la compatibilité des réactifs.
3
Confirmez que le type de Flow Cell est correct : TruSeq Rapid Flow Cell v1 ou HiSeq
Rapid Flow Cell v2. Le type de Flow Cell est automatiquement sélectionné en fonction
de l’identifiant de la Flow Cell.
4
5
6
1
puisse poursuivre.
2
Par défaut, Real-Time Analysis sélectionne toutes les rainures en vue de l’alignement.
Vous pouvez également sélectionner les rainures sur l’image de la Flow Cell pour
ajouter ou supprimer celles-ci en vue d’un alignement PhiX.
REMARQUE
Les logiciels HCS version 2.2 et RTA version 1.18 ne nécessitent pas de rainure de
contrôle dédiée. Par conséquent, l’option d’attribution d’une rainure de contrôle n’est
pas activée dans cette configuration logicielle.
90
3
[Facultatif][Pour TruSeq Rapid v1] Sélectionnez Keep Intensity Files (Conserver les
fichiers d’intensité) afin de procéder ultérieurement à de nouvelles analyses ou à des
traitements personnalisés.
Par défaut, cette option n’est pas sélectionnée. L’enregistrement des fichiers d’intensité
n’est pas requis pour les analyses sur instrument. Si cette option est activée, la taille du
dossier de sortie des données augmente considérablement.
4
Une formule est générée automatiquement à partir des renseignements saisis dans l’écran
Recipe (Formule).
1
d’index.
2
(Apparié).
3
REMARQUE
Une lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés. Par exemple,
pour effectuer 100 cycles pour la lecture 1, entrez 101.
4
Vérifiez les paramètres de chimie suivants. Ces champs sont remplis automatiquement
selon le type de trousse de réactifs et l’option de format de Flow Cell sélectionnés.
a SBS: TruSeq Rapid SBS Kit v1 ou HiSeq Rapid SBS Kit v2
b Cluster Kit: TruSeq Rapid PE Cluster Kit v1, TruSeq Rapid SR Cluster Kit v1,
HiSeq Rapid PE Cluster Kit v2, ou HiSeq Rapid SR Cluster Kit v2
5
[Facultatif] Cochez la case Use Existing Recipe (Utiliser la formule existante) pour
utiliser une formule personnalisée. Dans le cas contraire, laissez le logiciel créer la
formule à partir des paramètres d’analyse saisis.
91
BaseSpace pour effectuer l’analyse des données, si vous effectuez une analyse d’indexage
ou si vous envisagez de surveiller les performances de démultiplexage à l’aide du
visualiseur d’analyse de séquençage (SAV). Pour plus de renseignements, consultez le
Guide de l’utilisateur du visualiseur d’analyse de séquençage (nº 15020619).
1
Sélectionnez l’une des options suivantes pour spécifier la méthode de génération
d’amplifiats :
• Sélectionnez On-Board Cluster Generation (Génération d’amplifiats intégrée) pour
réaliser une génération d’amplifiats sur instrument.
• Si la génération d’amplifiats a débuté sur le cBot, sélectionnez Template
Hybridization on cBot (Hybridation du modèle sur le cBot).
2
3
Dans le champ Sample Sheet (Fiche d’échantillon), sélectionnez Browse (Parcourir) et
accédez à l’emplacement de la fiche d’échantillon.
4
92
1
2
de réactifs pour la trousse d’amplifiats.
3
• [Pour la trousse HiSeq Rapid SBS Kit v2] Sélectionnez 500 Cycles (500 cycles) pour
une trousse de 500 cycles. Le nombre de cycles restants est défini sur 525 par
défaut.
REMARQUE
4
1
2
paramètres.
93
Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS, les réactifs de
génération d’amplifiats et d’indexage ainsi que les réactifs appariés destinés à l’analyse,
puis amorcez les réactifs dans le système fluidique. Le logiciel vous guide dans ces étapes
dans une série d’écrans de l’onglet Pre-Run Setup (Configuration avant analyse).
REMARQUE
Charger les réactifs de génération d’amplifiats et SBS
Assurez-vous que les réactifs SBS sont prêts à être chargés sur l’instrument.
} Un flacon de 250 ml (Corning, nº de référence 430776)
} Un tube de type Eppendorf à bouchon basculant par Flow Cell (1,5 ou 1,7 ml).
N’utilisez pas de tubes à bouchon vissable.
Procédure
94
1
Consignez le poids de chaque réactif dans le fichier de rapport de laboratoire.
2
Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.
comme suit :
4
Faites glisser le support de réactifs SBS hors du compartiment de réactifs.
5
Débouchez chaque flacon de réactif et mettez en place un bouchon verseur. Replacez le
bouchon sur le flacon de CRM en dernier lieu, puis remplacez vos gants.
6
Placez chaque tube de réactif SBS sur le support, dans les positions numérotées
associées. Veillez à ce que l’extrémité conique du flacon repose dans l’encoche située à
la base du support.
Tableau 12 Position des réactifs SBS HiSeq Rapid v2
Position
Réactif
Description
1
IMT
Mélange principal d’incorporation
2
PW1
3
USM
Mélange de numérisation universel
4
PW1
5
USB
Tampon de séquençage universel
6
USB
7
CRM
Mélange principal de réactif de clivage
8
CWM
Mélange de lavage de clivage
Tableau 13 Position des réactifs SBS TruSeq Rapid (v1)
Position
Réactif
Description
1
IMM
Mélange principal d’incorporation
2
PW1
3
SRM
Mélange principal de réactif de dépistage
4
PW1
5
USB
6
USB
7
CRM
Mélange principal de réactif de clivage
8
PW1
7
Chargez 25 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire dans les positions suivantes :
95
3
• [Pour la trousse HiSeq Rapid SBS Kit v2] Positions 2 et 4.
• [Pour la trousse TruSeq Rapid SBS Kit] Positions 2, 4 et 8.
8
Faites glisser le support de réactifs SBS dans le compartiment des réactifs, en alignant
le support sur le guide surélevé du plancher du compartiment.
9
Cochez la case PW1 (25 ml) loaded [PW1 (25 ml) chargé].
10 Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs PE.
11 Débouchez tous les tubes de réactif et placez-les sur le support dans la position
numérotée correspondante.
Tableau 14 Flow Cell à lecture unique
Position
Réactif
Description
10
PW1
11
PW1
12
PW1
13
AMS
Prémélange rapide
14
FPM
Réactif de dénaturation rapide (contient du
15
FDR
formamide)
Primer d’index i5
16
HP9*
Primer d’index i7
17
HP12*
Primer de la lecture 1
18
HP10
Solution de linéarisation rapide
19
FLS
*Le HP9 est uniquement nécessaire pour les analyses à index double. Le HP12 est nécessaire pour
toutes les options d’indexage. Si vous n’utilisez ni HP9 ni HP12, chargez un tube conique de
15 ml rempli de 10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire en position 16 pour l’HP9 et en position 17
pour l’HP12.
Tableau 15 Flow Cell appariée
Position
Réactif
10
FRM
11
FLM2
12
FLM1
13
AMS
14
FPM
96
Description
Mélange de linéarisation rapide 2 (lecture 2)
Mélange de linéarisation rapide 1 (lecture 1)
Prémélange rapide
Réactif
FDR
16
17
18
19
HP11
HP12*
HP10
PW1
Description
Réactif de dénaturation rapide (contient du
formamide)
Primer de lecture 2
Primer d’index i7
Primer de la lecture 1
*Le HP12 n’est nécessaire que pour les analyses indexées. Si le HP12 n’est pas utilisé, chargez un
tube conique de 15 ml contenant 10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire à la position nº 17.
12 Ajoutez 10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire dans des tubes coniques de 15 ml dans
les positions suivantes :
• Analyse à lecture appariée : position 19
Analyse sans index : position 17
• Analyse à lecture unique : positions 10, 11 et 12
Analyse sans index : positions 16 et 17
13 Faites glisser le support PE dans le compartiment des réactifs, en alignant les supports
sur le guide surélevé du plancher du compartiment.
14 Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les flacons de réactif de séquençage comme
suit :
rainure.
Charger le modèle
Chargez le modèle de librairie pour effectuer la génération d’amplifiats sur l’instrument.
Pour obtenir des instructions concernant la préparation de librairies, consultez Dénaturation
et dilution de librairies pour HiSeq et GAIIx (nº 15050107).
REMARQUE
Si la génération d’amplifiats a été réalisée sur le cBot, placez deux tubes de type Eppendorf
contenant 1 ml d’eau désionisée dans la station de chargement au lieu de suivre les
instructions ci-dessous.
97
Position
15
1
Versez 420 µl de modèle de librairie préparé dans un tube de type Eppendorf de 1,5 ml
ou de 1,7 ml.
2
Chargez le modèle sur la station de chargement comme suit :
a Soulevez la porte de la station de chargement.
b Retirez le tube de type Eppendorf contenant l’eau et remplacez-le par le tube de
type Eppendorf contenant 420 µl de modèle de la bibliothèque préparé.
c Sécurisez les couvercles sous la barre derrière les tubes pour éviter les interférences
avec les dispositifs d’aspiration.
Figure 36 Station de chargement
REMARQUE
Le liquide restant dans le tube après l’analyse est hautement dilué et non adapté pour
une utilisation ultérieure.
d
Fermez lentement la porte de la station de chargement, en vous assurant que les
dispositifs d’aspiration et les tubes de type Eppendorf sont parfaitement alignés
lorsque le couvercle est fermé.
3
Cochez la case Template loaded and template loading station closed (Modèle chargé
et porte de la station de chargement de modèle fermée).
4
REMARQUE
Amorcez les réactifs uniquement si les trousses de chargement d’échantillons HiSeq ou
TruSeq Rapid Duo ont été utilisées pour réaliser l’hybridation du modèle sur le cBot. Sinon,
ignorez l’amorçage des réactifs et passez à la section Chargement d’une Flow Cell à la page 104.
98
1
ATTENTION
2
3
4
amplifiats.
5
ATTENTION
99
chargement d’une Flow Cell usagée, la vérification de l’adéquation du flux et le démarrage
de l’amorce.
6
REMARQUE
Utilisez une Flow Cell utilisée pour amorcer les réactifs. N’utilisez pas la Flow Cell que vous
souhaitez séquencer.
1
Rincez une Flow Cell utilisée avec de l’eau de laboratoire. Séchez-la à l’aide d’un
chiffon destiné au nettoyage des lunettes ou d’un chiffon non pelucheux.
2
REMARQUE
Ne retirez pas et ne remplacez pas les joints de collecteur.
100
3
Placez la Flow Cell utilisée sur le portoir, en orientant les ports d’entrée et de sortie vers
le bas et le code à barres vers la droite. Assurez-vous que la flèche qui indique le sens
du flux, située sur le côté gauche de la Flow Cell, est orientée vers l’instrument.
4
A
B
Broche du guide supérieur
Broches des guides droits
REMARQUE
5
décompression et maintenir la Flow Cell en place. Lorsque le levier de la Flow Cell est
vert, la décompression est en cours.
6
101
7
Entrez l’identifiant de la Flow Cell.
REMARQUE
Pour l’amorçage, vous pouvez utiliser une Flow Cell TruSeq Rapid ou une Flow Cell
HiSeq Rapid v2.
8
Une fois que la Flow Cell utilisée est chargée, vérifiez que le flux est correct. La vérification
du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et que le collecteur
est engagé.
1
ATTENTION
Utilisez de l’eau uniquement pour vérifier l’adéquation du flux sur une Flow Cell utilisée.
N’utilisez jamais d’eau pour vérifier le flux sur une Flow Cell en amplifiats.
102
2
• Aspirate Rate (Taux d’aspiration) : 1 500
3
4
Inspectez visuellement la Flow Cell à la recherche de bulles dans les rainures et de
Positionnement du tube et amorçage des réactifs
1
Desserrez les tuyaux d’évacuation correspondant à la Flow Cell et retirez-les du
conteneur à déchets. N’incluez ni les huit tuyaux de la Flow Cell opposée, ni le tuyau
de la pompe de condensation.
2
Placez les tuyaux 4 et 5 dans des tubes de 15 ml distincts.
3
Placez les tuyaux 1, 2, 3, 6, 7 et 8 dans un flacon contenant de l’eau de laboratoire.
4
5
Sélectionnez Start Prime (Démarrer l’amorce) pour démarrer l’amorçage. Vous pouvez
surveiller la progression de l’amorçage depuis l’écran Prime (Amorce).
6
Lorsque l’amorçage est terminé, mesurez les déchets d’amorçage recueillis et vérifiez
que le volume est de 2,5 ml ± 10 %, c’est-à-dire 500 µl par réactif et par rainure.
7
Replacez les tuyaux 4 et 5 dans le conteneur à déchets avant de continuer. Laissez les
tuyaux d’évacuation 1, 2, 3, 6, 7 et 8 dans le flacon contenant de l’eau de laboratoire.
8
103
réduisez le taux d’aspiration à 1 000 et pompez 250 µl d’eau supplémentaires vers la
L’étape suivante consiste à retirer la Flow Cell utilisée et à charger la Flow Cell que vous
souhaitez séquencer.
REMARQUE
Si la génération d’amplifiats a été réalisée sur le cBot, chargez la Flow Cell en amplifiats. Pour
une génération d’amplifiats sur l’instrument, chargez une nouvelle Flow Cell.
Retrait de la Flow Cell utilisée
1
Ouvrez la porte du compartiment de la Flow Cell.
104
2
3
4
1
2
ATTENTION
3
105
1
2
3
4
5
6
7
l’instrument.
REMARQUE
106
1
bas et le code à barres vers la droite. Assurez-vous que la flèche qui indique le sens du
flux, située sur le côté gauche de la Flow Cell, est orientée vers l’instrument.
2
A
B
Broche du guide supérieur
Broches des guides droits
REMARQUE
3
décompression et maintenir la Flow Cell en place. Lorsque le levier de la Flow Cell est
vert, la décompression est en cours.
4
position 2. Lorsque le levier de la Flow Cell est vert et ne clignote plus, les collecteurs
sont en place et la Flow Cell est prête à être utilisée.
107
5
l’écran load sequencing flow cell (charger la Flow Cell de séquençage).
Vérification de l’adéquation du flux
108
1
Sélectionnez la solution 5 (USB) dans la liste déroulante.
2
Veillez à ce que les valeurs par défaut suivantes soient saisies :
• Aspirate Rate (Taux d’aspiration) : 1 500
3
Veillez à ce que les tuyaux d’évacuation des déchets 1, 2, 3, 6, 7 et 8 débouchent dans
une bouteille d’eau propre et que les tuyaux 4 et 5 débouchent dans le conteneur à
déchets.
4
5
Si vous observez un excès de bulles, vérifiez que les joints du collecteur ne sont pas
obstrués, puis répétez le processus.
a Sélectionnez la solution 6 (USB) pour éviter que la position 5 s’appauvrisse en
USB.
b Réduisez le taux d’aspiration à 1000, puis injectez 250 µl d’USB supplémentaire
sur la Flow Cell.
6
Après avoir vérifié que le flux est correct, sélectionnez Next (Suivant) pour continuer.
Assurez-vous que le levier de la Flow Cell est vert, puis fermez la porte du
compartiment de la Flow Cell.
8
9
109
7
A
B
C
D
E
terminés.
qualité par cycle.
cycle.
110
1
2
111
112
Chapitre 5 Procédures suivant l’analyse
Introduction
114
115
116
121
123
125
126
113
Chapitre 5
Introduction
Les procédures suivant l’analyse incluent le retrait et la pesée des réactifs ainsi que le
lavage de l’instrument. Un lavage à l’eau, qu’il est possible de remplacer par un lavage de
maintenance après une analyse à débit élevé, est obligatoire après chaque analyse. Illumina
vous recommande un lavage de maintenance.
Les lavages réguliers de l’instrument assurent des performances continues de la manière
suivante :
} Rinçage de tous les résidus de réactif et d’échantillon des tuyaux du système fluidique
et des dispositifs d’aspiration.
} Prévention de l’accumulation de sel et de la cristallisation dans les tuyaux du système
fluidique et les dispositifs d’aspiration.
} Prévention de la contamination croisée par l’analyse précédente, y compris de la
contamination croisée suivant le changement de mode.
REMARQUE
Un lavage à l’eau est réalisé à la fin d’une analyse dans le but de laver le système et de
vérifier la fluidique. Au moment de la configuration d’une analyse, le logiciel vérifie qu’un
lavage à l’eau ou un lavage de maintenance a été effectué dans les 24 dernières heures. Un
lavage de maintenance est requis tous les dix jours. Lorsque dix jours se sont écoulés depuis
le dernier lavage de maintenance, le logiciel vous invite à effectuer un lavage de
maintenance.
114
1
Ouvrez la porte du compartiment des réactifs.
2
Relevez les dispositifs d’aspiration correspondant au support SBS et au support
apparié en procédant comme suit :
a Tirez la poignée du dispositif d’aspiration vers l’extérieur.
b Levez la poignée du dispositif d’aspiration tout en la tirant vers l’extérieur.
c Relâchez la poignée du dispositif d’aspiration dans la fente située en haut de la
3
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment des réactifs, à l’aide de la
4
Retirez chaque flacon du support de réactifs et enregistrez le poids mesuré sur le
formulaire de suivi de laboratoire.
Consultez la page d’assistance du système HiSeq 2500 dans le site Web d’Illumina
pour télécharger un fichier de rapport de laboratoire interactif.
5
[Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Retirez les tubes de la station de
chargement de librairies.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent
survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Mettez
au rebut les conteneurs et tout contenu inutilisé conformément aux normes de sécurité
gouvernementales en vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements, consultez la
fiche signalétique (SDS) de cette trousse, à votre disposition sur
115
Un lavage de maintenance est obligatoire tous les dix jours ou lorsque vous passez du
mode débit élevé au mode rapide ou inversement. Il est également facultatif après une
analyse à débit élevé. Illumina vous recommande de réaliser un lavage de maintenance
après une analyse à débit élevé.
L’écran Load Gasket (Charger le joint) s’ouvrira lorsque vous passerez du mode rapide au
mode débit élevé ou inversement et tous les dix jours au moment d'un lavage de
maintenance. Dans ces situations, remplacez le joint à dix ports dans le collecteur avant et
le joint à huit ports dans le collecteur arrière avant de réaliser le lavage, même si cet écran
ne s’affiche pas.
Un lavage de maintenance consiste à laver le système avec les solutions Tween 20 et
ProClin 300.
}
}
}
}
Lingettes imprégnées d’éthanol
Huit flacons de 250 ml (Corning, réf. 430776)
Dix tubes de 15 ml (Corning, réf. 430052)
[Pour le mode Rapid Run (Anlayse rapide)] Un tube de type Eppendorf par Flow Cell
pour laver la station de chargement
} Tween 20 (Sigma-Aldrich, réf. P7949)
} ProClin 300 (Sigma-Aldrich, réf. 48912-U)
Préparer la solution de lavage
Préparez cinq litres de solution de lavage de maintenance à utiliser avec un seul
instrument. La solution peut être utilisée trois fois au maximum et conservée à température
ambiante jusqu’à trente jours.
REMARQUE
Mettez la solution de lavage au rebut conformément aux normes de sécurité
gouvernementales en vigueur dans votre région.
116
Préparez 250 ml de solution Tween 20 à 10 % en combinant les volumes suivants et en
versant d’abord l’eau :
• Eau de laboratoire (225 ml)
• Tween 20 (25 ml)
2
Placez un barreau d’agitateur dans une bonbonne vide ayant une contenance minimale
de six litres.
3
Combinez les volumes suivants dans la bonbonne, en versant d’abord l’eau :
• Eau de laboratoire (750 ml)
• Tween 20 à 10 % (250 ml)
• ProClin 300 (1,5 ml)
Ces volumes donnent environ une solution de Tween 20 à 2,5 % et une solution de
ProClin 300 à 0,15 %.
4
Placez la bonbonne sur une plaque d’agitation et agitez jusqu’à ce que la solution soit
parfaitement mélangée.
5
Ajoutez à la solution quatre litres d’eau de laboratoire. Ces volumes donnent environ
une solution de Tween 20 à 0,5 % et une solution de ProClin 300 à 0,03 %.
6
Continuez l’agitation jusqu’à ce que la solution soit parfaitement mélangée.
7
Mettez-la de côté dans un conteneur fermé et à température ambiante jusqu’à ce que
vous soyez prêt à remplir les tubes et les flacons de réactifs de solution de lavage ou à
les réapprovisionner.
Lavages au Tween 20 et au ProClin 300
1
Dans l’écran Welcome (Bienvenue), sélectionnez Wash | Maintenance (Lavage |
Maintenance).
2
[Pour les modes à débit élevé] Sélectionnez Yes (Oui) pour laver les positions des
réactifs appariés lorsque l’analyse de séquençage prévoyait une lecture d’indexage ou
une inversion appariée. Sinon, sélectionnez No (Non). Sélectionnez Next (Suivant) pour
continuer.
3
Si vous utilisez une nouvelle solution de lavage, préparez les composants de lavage
comme suit :
a Remplissez huit flacons SBS de 250 ml de solution de lavage.
b Remplissez dix tubes appariés de 12 ml de solution de lavage.
117
1
c
[Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Remplissez des tubes de
type Eppendorf de 1,6 ml de solution de lavage et chargez-les dans la station de
chargement.
Si vous réutilisez la solution de lavage, réapprovisionnez les flacons et les tubes issus
du lavage précédent.
4
Si la solution de lavage n’a jamais été utilisée, attribuez une position du support de
réactifs à chaque flacon et à chaque tube et reproduisez ces positions lors des lavages
ultérieurs. En cas de non-respect de cette instruction, la solution de lavage risquerait
d’être contaminée par les réactifs restant dans les dispositifs d’aspiration.
5
Chargez les flacons et les tubes sur l’instrument dans les positions attribuées du
support de réactifs.
6
Cochez la case Wash solution loaded and template loading station closed (Solution de
lavage chargée et porte de la station de chargement de modèle fermée).
7
8
Retirez la Flow Cell de la platine de Flow Cell et mettez-la de côté jusqu’à ce que vous
soyez prêt à recharger la même Flow Cell avant de commencer le lavage.
9
Revêtez une nouvelle paire de gants, puis appliquez une légère pression sur un des
côtés du joint avant jusqu’à ce que l’autre côté se soulève. Utilisez une petite pince
pour attraper et retirer le joint. Répétez l’opération pour retirer le joint arrière.
Figure 49 Retrait des joints de collecteur usagés
10 Positionnez un joint à dix ports neuf dans le collecteur avant et un joint à huit ports
neuf dans le collecteur arrière.
11 Rechargez la Flow Cell.
118
14 Effectuez une vérification de la fluidique :
a Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante. Acceptez les valeurs par défaut
de la pompe.
b Sélectionnez Pump (Pompe).
c Inspectez visuellement la Flow Cell à la recherche de bulles dans les rainures et de
fuites à proximité des collecteurs. La présence de bulles supplémentaires est
normale lors d’un lavage au Tween 20 et au ProClin 300 et n’affecte pas le volume
distribué.
15 Retirez du conteneur à déchets les huit tuyaux d’évacuation correspondant à la
Flow Cell. N’incluez ni les huit tuyaux de la Flow Cell opposée, ni les tuyaux de la
pompe de condensation.
16 [Pour les modes à débit élevé] Groupez les huit tuyaux d’évacuation à l’aide d’un
parafilm en veillant à ce que toutes les extrémités soient au même niveau. Placez les
extrémités des tuyaux groupés dans un flacon de 250 ml.
17 [Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Placez les extrémités des tuyaux 4 et 5
dans un récipient vide. Placez les extrémités de tous les autres tuyaux dans un flacon
d’eau propre pour éviter que de l’air ne pénètre dans les pompes des seringues.
18 Sélectionnez Next (Suivant) pour lancer le lavage.
19 Une fois le lavage terminé, sélectionnez Return to Start (Retourner au début).
119
12 Assurez-vous de cocher la case Vacuum Engaged (Décompression en cours) dans
l’écran Load Wash Flow Cell (Charger la Flow Cell de lavage).
20 Mesurez le volume distribué.
REMARQUE
Tous les flacons et tous les tubes sont remplis au maximum de leur capacité de manière à
assurer un rinçage total des dispositifs d’aspiration. Cependant, le volume distribué dans
chaque position varie. C’est pourquoi les flacons et les tubes contiennent des volumes
différents lorsque le lavage est terminé.
Positions
Huit positions SBS
Dix positions PE
Une position de
librairie
Toutes les positions
Volume distribué – Flow Cell à
débit élevé
82 ml
76 ml
Vide
Volume distribué – Flow Cell
rapide
29 ml
30 ml
1,2 ml
19,75 ml par rainure
30,1 ml par rainure
21 Détachez les tuyaux d’évacuation et replacez-les dans le conteneur à déchets.
120
Un lavage à l’eau est obligatoire après chaque analyse de séquençage. Après une analyse à
débit élevé, il est possible de le remplacer par un lavage de maintenance.
Si l’instrument n’a pas été utilisé pendant une journée ou plus, procédez à un lavage à
l’eau avant de commencer une nouvelle analyse de séquençage.
}
}
}
}
Huit flacons de 250 ml (Corning, réf. 430776)
Dix tubes de 15 ml (Corning, réf. 430052)
Eau de laboratoire
[Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Un tube de type Eppendorf à bouchon
basculant par Flow Cell
Procédure
1
Dans l’écran Welcome (Bienvenue), sélectionnez Wash | Water (Lavage | Eau).
2
Sélectionnez Yes (Oui) pour laver les positions des réactifs appariés. Sinon,
sélectionnez No (Non) pour laver uniquement les positions des réactifs SBS.
Sélectionnez Next (Suivant) pour continuer.
3
Chargez l’instrument avec de l’eau de laboratoire, comme suit :
a Remplissez huit flacons SBS de 20 ml d’eau de laboratoire.
b Remplissez dix tubes appariés de 10 ml d’eau de laboratoire.
c [Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Remplissez le tube de type Eppendorf
de 1 ml d’eau de laboratoire.
4
Assurez-vous qu’une Flow Cell utilisée est chargée. Si nécessaire, chargez une Flow
Cell utilisée. Sélectionnez Next (Suivant).
5
Effectuez une vérification de la fluidique :
a Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante. Acceptez les valeurs par défaut
de la pompe.
b Sélectionnez Pump (Pompe).
121
c
6
Retirez du conteneur à déchets les tuyaux d’évacuation correspondant à la Flow Cell.
N’incluez ni les tuyaux d’évacuation de la Flow Cell opposée, ni les tuyaux de la
pompe de condensation.
7
[Pour les modes à débit élevé] Groupez les tuyaux d’évacuation à l’aide d’un parafilm
en veillant à ce que toutes les extrémités soient au même niveau. Placez les extrémités
des tuyaux groupés dans un flacon de 250 ml.
8
[Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Placez les extrémités des tuyaux 4 et 5
dans un récipient vide. Placez les extrémités de tous les autres tuyaux dans un flacon
d’eau propre pour éviter que de l’air ne pénètre dans les pompes des seringues.
9
Sélectionnez Next (Suivant) pour lancer le lavage à l’eau.
Positions
Huit positions SBS
Huit positions SBS et dix positions appariées
[Mode Rapid Run (Analyse rapide)] Huit positions SBS, dix positions
appariées et une position de chargement de librairie
Durée
approximative
20 minutes
60 minutes
10 minutes
10 Lorsque le lavage est terminé, mesurez le volume distribué et notez-le dans le fichier de
rapport de laboratoire.
Positions
Huit positions SBS
Huit positions SBS et dix positions appariées
[Mode Rapid Run (Analyse rapide)] Huit positions SBS, dix positions appariées et
une position de chargement de librairie
Volume
distribué
32 ml
72 ml
9,5 ml par
ligne
11 Séparez les tuyaux d’évacuation et replacez-les dans le flacon à déchets.
122
Utilisez la commande Mode Select (Sélection du mode) à partir de l’écran Welcome
(Bienvenue) pour passer du mode de débit élevé au mode Rapid Run (Analyse rapide) et
inversement.
Seules les analyses avec le même mode peuvent être réalisées simultanément. Ainsi, les
changements de modes sont appliqués à la fois à la Flow Cell A et à la Flow Cell B. Si
l’une des deux Flow Cell est en cours d’utilisation, il est impossible de changer le mode.
Un lavage de maintenance ainsi qu’un remplacement de joint sont requis lors d’un
changement de mode. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Réaliser un
lavage de maintenance à la page 116.
Passer du mode High Output (Débit élevé) au mode Rapid Run (Analyse
rapide)
Pour passer du mode High Output (débit élevé) (HiSeq v4 ou TruSeq v3) au mode Rapid
Run (Analyse rapide), un lavage de maintenance en mode rapide est requis.
Caractéristiques
Lavage de maintenance rapide
Type de Flow Cell
Flow Cell rapide (deux rainures)
Joint de Flow Cell
Joint à dix ports et joint à huit ports
Réactifs
Tween 20 et ProClin 300
Volumes attendus (ml)
60,2 ml
Durée (minutes)
60 minutes
Passer du mode Rapid Run (Analyse rapide) au mode High Output (Débit
élevé)
Pour passer du mode Rapid Run (Analyse rapide) au mode High Output (Débit élevé)
(HiSeq v4 ou TruSeq v3), un lavage de maintenance en mode rapide suivi d’un lavage de
maintenance de débit élevé sont nécessaires.
123
Caractéristiques
Lavage de
maintenance rapide
Lavage de maintenance
de débit élevé
Type de Flow Cell
Flow Cell rapide (deux
rainures)
Flow Cell débit élevé
(huit rainures)
Joint de Flow Cell
Joint à dix ports et joint
à huit ports
Joint à dix ports et joint à
huit ports
Volumes attendus (ml)
60,2 ml
158 ml
Durée (minutes)
60 minutes
130 minutes
Durée totale du changement de
mode
124
≈ 3 heures
Utilisez les instructions suivantes pour préparer l’instrument à rester à l’état inactif
pendant une période pouvant aller jusqu'à 10 jours. Pour les périodes de plus de 10 jours,
consultez la rubrique Arrêt de l’instrument à la page 126.
1
Effectuez un lavage de maintenance complet pour bien rincer le système. Pour plus de
renseignements, consultez la section Réaliser un lavage de maintenance à la page 116.
2
Laissez la Flow Cell sur la platine de Flow Cell avec le levier de Flow Cell en
position 2. Ainsi, les collecteurs restent en position relevée.
3
[Pour les modes de débit élevé] Chargez 10 ml d’eau de laboratoire dans chacune des
positions des réactifs dans les supports de réactifs. Abaissez ensuite les dispositifs
d’aspiration.
4
[Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Chargez 10 ml d’eau de laboratoire dans
chacune des positions des réactifs dans les supports de réactifs et 1 ml d’eau de
laboratoire dans la position de station de chargement. Abaissez ensuite les dispositifs
d’aspiration.
5
N’éteignez pas l’instrument.
6
Avant de réutiliser l’instrument, réalisez un lavage à l’eau. Pour plus de
renseignements, consultez la section Réalisation d’un lavage à l’eau à la page 121.
125
Arrêtez le système seulement si vous n’envisagez pas de l’utiliser dans les dix prochains
jours ou plus. Si vous envisagez d’utiliser l’instrument dans les dix prochains jours,
consultez la section Inutilisation de l’instrument à la page 125.
Utilisez la procédure suivante pour préparer la fluidique et arrêter le système en toute
sécurité.
1
Procédez à un lavage de maintenance pour rincer le système. Pour plus de
renseignements, consultez la section Réaliser un lavage de maintenance à la page 116.
2
Retirez la Flow Cell de la platine de Flow Cell.
3
À l’aide d’une lingette alcoolisée ou d’un tissu non pelucheux imprégné d’éthanol ou
ATTENTION
126
4
[Pour les modes de débit élevé] Chargez 10 ml d’eau de laboratoire dans chacune des
positions des réactifs dans les supports de réactifs. Abaissez ensuite les dispositifs
d’aspiration.
5
[Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Chargez 10 ml d’eau de laboratoire dans
chacune des positions des réactifs et 1 ml d’eau de laboratoire dans chaque position de
la station de chargement. Abaissez ensuite les dispositifs d’aspiration.
6
Mettez l’instrument hors tension.
7
Pour redémarrer l’instrument, chargez de l’eau dans toutes les positions de réactifs,
mettez l’instrument sous tension et effectuez un lavage à l’eau. Pour plus de
renseignements, consultez la section Réalisation d’un lavage à l’eau à la page 121.
Chapitre 6 Real-Time Analysis
Introduction
Vignettes
128
129
132
134
139
142
144
145
127
Chapitre 6
Real-Time Analysis
Real-Time Analysis
Introduction
Le logiciel Real-Time Analysis (RTA) effectue l’analyse des images et la définition des bases
sur le HiSeq 2500 pendant le séquençage, ce qui permet d’économiser un temps précieux
lors des analyses de données ultérieures.
128
Real-Time Analysis s’exécute sur l’ordinateur de l’instrument. Il réalise la définition des
bases et attribue un score de qualité à chaque définition de base.
Le logiciel suit l’état de chaque plaque et détermine quand faire passer celle-ci à l’étape
suivante du processus. Lorsqu’une plaque doit changer d’étape, Real-Time Analysis génère
un fichier de sortie pour l’étape venant de se terminer et passe à l’étape suivante. Le
logiciel peut ainsi déterminer l’état de chaque plaque en se fondant sur les fichiers
existants. Si l’analyse temps réel est terminée, Real-Time Analysis enregistre les données de
l’analyse et peut reprendre le traitement.
Données d’entrée de Real-Time Analysis
Real-Time Analysis nécessite les fichiers d’entrée suivants :
} Les fichiers d'intensité des amplifiats, qui contiennent les résultats d’analyse des
images.
} RunInfo.xml, que le logiciel de commande génère automatiquement au début de chaque
analyse. À partir de ce fichier, Real-Time Analysis lit le nom de l’analyse et le nombre
de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
} HiSeq.Configuration.xml, qui est un fichier de configuration de l’instrument au format
XML.
} RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
Real-Time Analysis utilise les paramètres de l’analyse entrés au cours de la configuration
de l’analyse et reçoit des commandes du logiciel de commande comprenant des
renseignements sur le moment du lancement et l’emplacement du fichier RunInfo.xml.
Données de sortie de Real-Time Analysis
Les plaques sont de petites zones d’imagerie sur la Flow Cell. Elles constituent pour la
caméra une unité de vision. Pour chaque plaque analysée, Real-Time Analysis génère un
ensemble de fichiers de définition de bases dont la qualité est notée et des fichiers de
filtrage : ce sont les fichiers de sortie primaires. D’autres fichiers accompagnent les fichiers
de sortie primaires générés.
} Fichiers de définition des bases : pour chaque plaque analysée, un fichier de définition
des bases compressé (*.bcl) est généré pour chaque plaque par cycle. Le fichier de
129
Présentation de Real-Time Analysis (Analyse temps
réel)
Real-Time Analysis
définition des bases contient la définition des bases et le score de qualité qui lui est
associé.
} Fichiers de filtrage : chaque plaque génère des renseignements sur le filtre inclus dans
un fichier de filtrage (*.filter) pour chaque plaque au cours de la totalité de l’analyse. Le
fichier de filtrage précise si les amplifiats ont franchi les filtres.
} Fichiers d’emplacement des amplifiats : un fichier d’emplacement des amplifiats
(*.locs) contient les coordonnées X et Y de chaque amplifiat sur la Flow Cell.
} Fichiers de statistiques : pour chaque cycle, un fichier de statistiques (*.stats) est généré.
Les fichiers de statistiques contiennent les statistiques globales du cycle.
Les fichiers de sortie primaires sont utilisés pour l’analyse ultérieure des données. Utilisez
le logiciel bcl2fastq pour réaliser le démultiplexage et la conversion des fichiers .bcl en
fichiers FASTQ, qui peuvent être utilisés comme fichiers d’entrée pour l’alignement. Pour
convertir des données à partir du système HiSeq, utilisez la version 1.8.4 du logiciel
bcl2fastq ou une version supérieure.
Real-Time Analysis réalise des mesures en temps réel portant sur la qualité de l’analyse.
Ces mesures sont stockées dans des fichiers InterOp. Il s’agit de fichiers binaires regroupant
les mesures relatives aux plaques et aux cycles ainsi que les mesures réalisées lors des
lectures. Ces fichiers sont nécessaires pour afficher les mesures dans le visualiseur
d’analyse de séquençage (SAV). Pour afficher les mesures générées par Real-Time Analysis,
utilisez la version 1.8.20 du visualiseur d’analyse de séquençage (SAV) ou une version
supérieure.
Pour plus de renseignements, consultez la section Fichiers de sortie de séquençage à la
page 139
Traitement des erreurs par Real-Time Analysis
Real-Time Analysis conserve les fichiers journaux dans le dossier RTALogs. Si une erreur
se produit, elle est enregistrée dans un fichier journal d’erreurs nommé *Error.txt.
REMARQUE
Le logiciel crée le fichier journal d’erreurs uniquement si une erreur se produit.
Transfert de données
Tout au long de l’analyse, Real-Time Analysis copie automatiquement les données générées
à partir des fichiers d’images brutes vers l’emplacement spécifié du dossier de sortie. Si les
analyses d’images sont lentes, Real-Time Analysis s’arrête et met la Flow Cell en état de
sécurité. Le traitement reprend quand des données d’images sont disponibles.
130
Si vous utilisez BaseSpace, Illumina recommande une vitesse de connectivité réseau
minimum de 10 Mbit/s. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de préparation du
site des systèmes HiSeq 2500, 1500 et 2000 (nº 15006407_FRA).
Le transfert de données est terminé lorsqu’un fichier de marqueurs nommé Basecalling_
Netcopy_complete.txt est généré. Un de ces fichiers est généré pour chaque lecture et un
autre est généré pour l’ensemble de l’analyse.
131
REMARQUE
Si Real-Time Analysis s’interrompt, l’analyse reprend automatiquement au bon endroit de la
Flow Cell au cours du cycle suivant. Ne redémarrez pas Real-Time Analysis manuellement.
Real-Time Analysis
Real-Time Analysis génère automatiquement des indicateurs de qualité lorsque l’analyse
d’images commence. Cependant, toutes les mesures ne sont pas disponibles lors des
premiers cycles, car certains processus nécessitent plusieurs cycles pour générer des
données.
132
Données
Cycle
Analyse des images
Après le cycle 5.
Pendant les cinq premiers cycles de l’analyse, le logiciel génère un
modèle d’emplacements des amplifiats.
Définition des bases
Après le cycle 12.
La définition des bases commence une fois la matrice de couleurs
établie, au cycle 12.
Estimations de mise en
phase
Après le cycle 25.
Les corrections de mise en phase pour les 25 premiers cycles
déterminent l’estimation de mise en phase.
Scores de qualité
Après le cycle 25.
Un score de qualité est généré pour les lectures qui réussissent le
filtrage de qualité. Puisque les scores de qualité nécessitent les
intensités corrigées de futurs cycles, l’évaluation de la qualité
vient toujours après la définition des bases.
Taux d’erreur
Après le cycle 25.
Les taux d’erreurs ne seront générés qu'en présence
d'amplifiats PhiX, si vous avez sélectionné l’option Align to PhiX
(Aligner sur PhiX) au moment de configurer l’analyse.
Contrôles en ligne
Au cycle 52 de chaque lecture ou à la fin de l’analyse pour les
analyses de moins de 52 cycles.
Les contrôles en ligne sont générés uniquement pour les
méthodes de préparation de librairies TruSeq.*
Nombre d’index
Une fois les lectures d’index terminées.
Le nombre d’index par rainure est généré uniquement
lorsqu’une feuille d’échantillons est fournie.
Visualiseur d’analyse de séquençage
Le visualiseur d’analyse de séquençage affiche des mesures réalisées au cours de l’analyse
de séquençage. Les mesures apparaissent sous forme de tracés, de graphiques et de
tableaux. Le visualiseur d’analyse de séquençage s’ouvre automatiquement une fois les
mesures de l’analyse disponibles.
Sélectionnez Refresh (Réactualiser) à tout moment pour visualiser les indicateurs
actualisés.
Pour plus de renseignements, consultez le Guide de l’utilisateur du visualiseur d’analyse de
séquençage (nº 15020619).
133
*Le visualiseur d’analyse de séquençage v1.8.44 et ses versions ultérieures ne comportent plus l’onglet
TruSeq Controls (Commandes TruSeq), où SAV indiquait les résultats de l’analyse des contrôles en
ligne.
Real-Time Analysis
Le logiciel Real-Time Analysis et le logiciel de commande respectent le flux de travail
d’analyse temps réel. Le flux de travail comprend les étapes suivantes :
} Génération du modèle : établit les emplacements des amplifiats.
} Enregistrement et extraction des intensités : enregistre l’emplacement de chaque image
sur la Flow Cell et détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat.
} Correction par matrice de couleurs : corrige les interférences entre les canaux.
} Correction empirique de la mise en phase : corrige les effets de la mise en phase et de
la mise en préphase.
} Définition des bases : détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.
} Notation de la qualité : attribue un score de qualité à chaque définition des bases.
Génération du modèle
La première étape du flux de travail est la génération du modèle, qui définit la position de
chaque amplifiat dans une plaque à l’aide des coordonnées X et Y. Le modèle est utilisé
comme référence pour l’étape suivante d’enregistrement et d’extraction des intensités.
En raison du réseau aléatoire des amplifiats sur la Flow Cell classique, la génération du
modèle nécessite les données images des cinq premiers cycles de l’analyse. Une fois
l’imagerie du dernier cycle de modèle pour une plaque réalisée, le modèle est généré.
Les positions des amplifiats pour chacune des plaques s’inscrivent dans un même fichier
d’emplacement des amplifiats (*.locs) ou sont compressées dans un fichier d’emplacement
des amplifiats (*.clocs). Pour plus de renseignements, consultez la section Fichiers de sortie
de séquençage à la page 139.
Enregistrement et extraction des intensités
L’enregistrement et l’extraction des intensités commencent une fois que le modèle des
positions des amplifiats est généré.
} Lors de chaque cycle suivant la génération du modèle, l’enregistrement aligne les
images produites en fonction du modèle.
} L’extraction des intensités consiste à déterminer une valeur d’intensité pour chaque
amplifiat du modèle pour une image donnée.
Si l’une des images d’un cycle ne peut pas être enregistrée, aucune définition des bases
n’est générée pour cette plaque du cycle. Utilisez le visualiseur d’analyse de séquençage
134
Correction par la matrice de couleurs
Après l’enregistrement et l’extraction des intensités, Real-Time Analysis corrige les
interférences entre les canaux. Les interférences se produisent par exemple lorsqu’un
amplifiat possède une intensité dans le canal C, mais également dans le canal A. À l’aide
d’une matrice de couleurs 4 x 4, Real-Time Analysis génère des intensités corrigées par la
matrice exemptes d’interférences ou avec des interférences réduites, et équilibre les
différences d’intensité générale entre les canaux de couleur.
Correction de la mise en phase empirique
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d’ADN dans un amplifiat s’étend d’une
base par cycle. La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu’un brin se retrouve
hors phase par rapport au cycle d’incorporation en cours.
} La mise en phase se produit lorsqu’un brin est en retard d’une base.
} La mise en préphase se produit lorsqu’un brin est en avance d’une base.
Figure 50 Mise en phase et en préphase
A
B
Lecture avec une base présentant une mise en phase
Lecture avec une base présentant une mise en préphase
Real-Time Analysis corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase à l’aide
de l’algorithme de correction empirique de la mise en phase, qui optimise la qualité des
données à chaque cycle tout au long de l’analyse.
135
(SAV) pour examiner les vignettes et trouver les images dont l’enregistrement a échoué.
Utilisez les fichiers de décalage pour la résolution des problèmes d’enregistrement. Pour
plus de renseignements, consultez la section Fichiers de sortie de séquençage à la page 139.
Real-Time Analysis
Les résultats de la mise en phase et en préphase sont enregistrés dans un fichier nommé
EmpiricalPhasing_[rainure]_[lecture]_[plaque].txt situé dans le dossier
Data\Intensities\BaseCalls\Phasing.
Définition des bases
Une fois la couleur des intensités brutes corrigée, ainsi que la mise en phase et la mise en
préphase, le canal de couleur dont l’intensité est la plus forte correspond à la définition de
base pour cet amplifiat dans ce cycle. La définition des bases sur le système HiSeq 2500
avec Real-Time Analysis commence après le cycle 12.
La définition des bases consiste à déterminer une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat
d’une plaque donnée lors d’un cycle spécifique. Les définitions de bases sont enregistrées
dans des fichiers de définition des bases (*.bcl). Il s’agit de fichiers binaires comportant un
octet par définition et par score de qualité. Chaque fichier de définition des bases contient la
définition des bases et le score de qualité qui lui est associé. Pour qu’une base puisse être
définie pour un amplifiat, celui-ci doit d’abord franchir le filtre de pureté. Les amplifiats
qui ne passent pas le filtre ou qui ne peuvent pas être définis car ils sont en dehors de
l’image ou parce que l’enregistrement de l’image a échoué sont des « no-calls » (sans
définition). On représente un « no-call » par la mention « (N) ».
Amplifiats passant par le filtre
Pendant les 25 premiers cycles de la lecture 1, le filtre de pureté supprime les amplifiats les
moins fiables des résultats d’analyse. Les amplifiats passent le filtre si deux définitions de
base ou moins présentent une valeur de pureté inférieure à 0,6 dans les 25 premiers cycles.
La pureté est le rapport de l’intensité de base la plus forte divisée par la somme de
l’intensité de base la plus forte et de celle la suivant immédiatement. Dans les rapports
d’analyse, on représente le pourcentage d’amplifiats passant le filtre par la mention
« %PF ».
Les amplifiats sont formés dans une puce à ADN au réseau aléatoire et localisés pendant
la génération du modèle. Les amplifiats de faible qualité sont supprimés du décompte
d’amplifiats bruts pendant la génération du modèle, ce qui entraîne un pourcentage
relativement élevé d’amplifiats passant le filtre.
136
Un score de qualité, ou « Q-score », permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la
définition des bases. Un score de qualité plus élevé implique qu’une définition des bases
est plus fiable et plus susceptible d’être correcte.
Le score de qualité constitue un moyen simple de communiquer la probabilité de petites
erreurs. On représente un score de qualité sous la forme « Q(X) », où X est le score. Le
tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la probabilité d’une erreur.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Probabilité d’une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
REMARQUE
La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred. Pour
obtenir plus de renseignements, consultez en.wikipedia.org/wiki/Phred_quality_score.
La notation de la qualité calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque
définition de bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un
tableau de qualité. Les tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité
extrêmement précis pour des analyses générées par une configuration spécifique de
plateforme de séquençage et de version de chimie.
Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de
définition de bases (*.bcl). Pour plus de renseignements, consultez la section Fichiers de
sortie de séquençage à la page 139.
Compartimentage par score de qualité
Real-Time Analysis regroupe les scores de qualité selon des plages ou compartiments
spécifiques et attribue une valeur à chaque plage. Le compartimentage par score de qualité
réduit considérablement les besoins d’espace de stockage, sans affecter la précision ou le
fonctionnement des applications en aval.
Le compartimentage par score de qualité contribue à l’efficacité du traitement des analyses
et du transfert de données associés au débit élevé du système HiSeq 2500. Le fichier *.bcl
qui en résulte est plus petit en raison des algorithmes de compression, qui parviennent à
137
Notation de la qualité
Real-Time Analysis
mieux compresser le fichier. La quantité de données écrites sur l’ordinateur de l’instrument
est réduite. Les données sont transférées à un emplacement réseau, ce qui permet de copier
le fichier plus vite.
138
Type de fichiers
Description, emplacement et nom des fichiers
Fichiers de définition
des bases
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des
bases qui contient la définition des bases ainsi que le score de qualité
encodé.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : pour chaque rainure, les fichiers
sont enregistrés dans des dossiers par cycle.
s_[Rainure]_[Plaque].bcl.gz : « Rainure » représente le numéro à un
chiffre de la rainure et « Plaque » le numéro à quatre chiffres de la
plaque. Les fichiers de définitions des bases sont compressés selon la
méthode gzip.
Fichiers d’emplacement
des amplifiats
Pour chaque plaque, un fichier d’emplacement des amplifiats contient
les coordonnées XY de chaque amplifiat. Les fichiers d’emplacement
des amplifiats sont le résultat de la génération du modèle.
Data\Intensities
Fichiers de filtrage
Les fichiers de filtrage spécifient si les amplifiats ont franchi les filtres.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles
de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont enregistrés dans
un dossier pour chaque rainure et chaque plaque.
s_[rainure]_[plaque].filter
Fichiers InterOp
Ces fichiers de rapport binaires sont utilisés par le Visualiseur
d’analyse de séquençage (SAV). Les fichiers InterOp sont mis à jour
tout au long de l’analyse.
Dossier InterOp
Fichiers journaux
Les événements sont consignés et mis à jour tout au long de l’analyse.
Data\RTALogs
139
Real-Time Analysis
Type de fichiers
Fichiers de décalage
Deux fichiers de décalage sont créés pour chaque analyse :
• offsets.txt : contient les décalages de plaque pour chaque cycle et
chaque canal par rapport au modèle.
• SubTileOffsets.txt : contient le déplacement mesuré pour chaque
quadrant de chaque image par rapport au cadre de référence.
Data\Intensities\Offsets
Fichiers de mise en
phase
Contient les informations de mise en phase empirique par plaque. Les
fichiers de mise en phase sont créés au moment de la définition des
bases du premier cycle, puis mis à jour à chaque cycle après la
définition des bases.
Data\Intensities\BaseCalls\Phasing
EmpiricalPhasing_[rainure]_[lecture]_[plaque].txt : la plaque est
représentée par un nombre à quatre chiffres qui indique la surface, le
témoin et la plaque.
Fichier de configuration
de Real-Time Analysis
140
Créé au début de l’analyse, le fichier de configuration de Real-Time
Analysis indique les paramètres de l’analyse.
Data\Intensities
RTAConfiguration.xml
Fichiers de statistiques
Des statistiques sont créées à chaque cycle lors de la définition des
bases.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont enregistrés dans
un dossier pour chaque rainure et dans un sous-dossier pour chaque
cycle.
Fichier de
renseignements sur
l’analyse
Indique le nom de l’analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la
lecture est une lecture indexée et le nombre de témoins et de plaques
sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur l’analyse est créé au
début de l’analyse.
[Dossier racine]
RunInfo.xml
Fichiers des vignettes
Ils contiennent des images vignettes pour chaque canal et plaque de
chaque témoin. Une vignette est générée à chaque cycle pendant
l’imagerie.
Thumbnail_Images\L00[X]\C[X.1] : les fichiers sont stockés dans un
dossier pour chaque rainure et dans un sous-dossier pour chaque
cycle.
s_[rainure]_[plaque]_[canal].jpg : la plaque est représentée par un
nombre à quatre chiffres qui indique la surface, le témoin et la plaque.
Consultez la section Numérotation des plaques à la page 144.
141
Type de fichiers
Real-Time Analysis
Config : paramètres de configuration de l’analyse.
Data
Intensities
BaseCalls
L00[X] : fichiers de définition des bases de chaque rainure, rassemblés
dans un fichier par cycle.
Phasing : fichiers de mise en phase empirique, un fichier par plaque à
chaque cycle.
L00[X] : fichiers d’emplacements cumulés des amplifiats pour chaque
rainure.
Offsets : deux fichiers contenant les décalages de l’analyse.
RTAConfiguration.xml
Images
Focus
L00[X] : images de mise au point pour chaque rainure.
InterOp : fichiers binaires utilisés par le visualiseur d’analyse de séquençage.
Logs : fichiers journaux décrivant les événements liés au fonctionnement de
l’instrument.
Recipe : fichier de formule propre à l’analyse portant l’identifiant de la cartouche
de réactifs.
RTALogs : fichiers journaux décrivant les événements liés à Real-Time Analysis.
Thumbnail_Images : vignettes des neuf emplacements de chaque plaque, générées
pour chaque cycle et pour chaque base.
RunInfo.xml
RunParameters.xml
142
Le dossier de l’analyse est le dossier racine réceptionnant les données de sortie d’une
analyse de séquençage. Lors de la configuration de l’analyse, le logiciel vous invite à saisir
le chemin d’accès au dossier de l’analyse. Par défaut, le dossier est nommé selon le format
suivant :
AAMMJJ_<nom de l’ordinateur>_<numéro d’analyse>_<identifiant de la Flow Cell>
Par exemple : 110114_SN106_0716_A90095ACXX
Le numéro de l’analyse augmente d’une unité chaque fois que vous effectuez une analyse
sur l’instrument. L’identifiant de la Flow Cell saisi lors des étapes de paramétrage de
l’analyse s’ajoute au nom du dossier de l’analyse.
Le dossier de l’analyse est écrit dans le chemin de sortie indiqué sur l’écran Scan
(Balayage) lors de la configuration de l’analyse. Le dossier temporaire de l’analyse pour la
Flow Cell A est écrit sur le disque D: et le dossier temporaire de l’analyse pour la Flow
Cell B est écrit sur le disque E: .
143
Nom et chemin d’accès du dossier de l’analyse
Real-Time Analysis
À chaque cycle, le processus d’imagerie décompose la Flow Cell HiSeq à débit élevé en
quatre-vingt seize plaques pour chacune des deux rainures (supérieure et inférieure).
Chaque rainure comporte trois témoins, et chaque témoin, seize plaques. Le processus
d’imagerie décompose la Flow Cell rapide en soixante-quatre plaques. Chaque rainure
comporte deux témoins, et chaque témoin, seize plaques.
Le nom de la plaque est un nombre à quatre chiffres qui représente la position sur la Flow
Cell.
} Le premier chiffre représente la surface :
• 1 indique le haut
• 2 indique le bas
} Le second chiffre représente le témoin :
• 1 indique le premier témoin
• 2 indique le second témoin
• 3 indique le troisième témoin (le cas échéant)
REMARQUE
Un témoin est une colonne de plaques dans une ligne de Flow Cell.
} Les deux derniers chiffres (de 01 à 16) représentent la plaque. La numérotation des
plaques commence par 01 au niveau de la sortie de la Flow Cell et va jusqu’à 16 au
niveau de l’entrée.
Figure 51 Numérotation des plaques
Cet exemple montre une plaque depuis la surface supérieure d’une Flow Cell, le
deuxième témoin et la septième plaque.
144
Vous pouvez configurer le logiciel de commande pour générer des vignettes au format de
fichier *.jpg. Des vignettes sont générées pour chaque cycle et chaque base.
Le logiciel de commande recueille les images des neuf sections d’une plaque. Ces neuf
images sont fusionnées en une seule vignette, qui peut être utilisée pour le dépannage
d’une analyse. Les vignettes ne conviennent pas aux analyses d’images, mais peuvent être
utilisées pour le dépannage.
Figure 52 Vignette
145
Vignettes
Vignettes
146
Chapitre 7 Dépannage
Introduction
148
149
151
152
153
154
157
159
147
Chapitre 7
Dépannage
Dépannage
Introduction
Cette section décrit ce que vous pouvez faire en cas de problème pendant une analyse de
séquençage et la façon d’effectuer une vérification de la fluidique à partir de l’écran
Welcome (Bienvenue).
148
Problème
Le logiciel n’a pas été
initialisé.
Le levier de la
Flow Cell est orange.
Le levier de Flow Cell
est orange clignotant.
Le levier de Flow Cell
est vert clignotant.
Cause possible
Le logiciel n’a pas pu
initialiser des
périphériques internes.
Action
Fermez le message d’erreur, puis relancez le
logiciel de l’instrument.
Si le problème persiste, redémarrez l’ordinateur
de l’instrument. Avant de le redémarrer,
éteignez d’abord l’instrument pour vous assurer
que le lecteur DoNotEject (Ne pas éjecter) est
correctement reconnu.
Si le problème persiste après le redémarrage de
l’ordinateur de l’instrument, arrêtez l’instrument,
attendez au moins 60 secondes, puis redémarrezle.
La Flow Cell n’est pas
Retirez la Flow Cell et répétez les opérations de
bien positionnée.
nettoyage.
La décompression n’est Assurez-vous que les joints sont présents et bien
pas étanche.
positionnés.
Les collecteurs ne se
Rechargez la Flow Cell.
lèvent pas.
Si les étapes précédentes échouent, essayez de
remplacer les joints, puis rechargez la Flow Cell.
La décompression est
Retirez la Flow Cell et répétez les opérations de
fournie, mais elle est
nettoyage.
insuffisante.
Assurez-vous que les joints sont présents et bien
positionnés.
Rechargez la Flow Cell.
Si les étapes précédentes échouent, essayez de
remplacer les joints, puis rechargez la Flow Cell.
La pression de vide est Faites basculer le levier de la Flow Cell en
bonne.
position 2.
149
Dépannage
Problème
Mauvaise distribution
des liquides.
150
Cause possible
Bulles potentielles dans
le système.
Action
Repositionnez la Flow Cell et vérifiez que les
trous sont orientés vers le bas.
Recherchez la présence de précipité blanc autour
des joints. En cas de présence de précipité,
remplacez les joints. Remplacez toujours les
joints avant un lavage de maintenance de
l’instrument.
Confirmez que l’ensemble des dispositifs
d’aspiration est complètement abaissé et que
chaque dispositif d’aspiration est en contact avec
les réactifs.
1
Attendez que l’analyse sur la Flow Cell adjacente commence une étape de chimie, puis
sélectionnez Pause (Interrompre). Le menu Pause (Interrompre) s’affiche.
REMARQUE
Interrompez toujours l’analyse en cours pendant une étape de chimie plutôt que pendant
une étape d’imagerie.
2
Sélectionnez Normal Pause (Interruption normale).
3
Attendez que le logiciel ait terminé l’étape de chimie en cours. Le système est
automatiquement placé en état de sécurité.
4
Après l’interruption de l’analyse adjacente, configurez la nouvelle analyse.
5
Après avoir chargé la nouvelle Flow Cell pour la nouvelle analyse, fermez la porte du
compartiment.
6
Sélectionnez Start (Démarrer) pour lancer la nouvelle analyse de séquençage.
7
Sélectionnez Resume (Reprendre) sur la Flow Cell adjacente pour reprendre l’analyse.
Le logiciel contrôle automatiquement les processus de chimie et d’imagerie sur les deux
Flow Cells.
151
Dépannage
Sur l’écran Welcome (Bienvenue), le bouton Check (Vérifier) déclenche une vérification de
la fluidique. Utilisez cette option lors de l’installation de l’instrument et lors de la
résolution des problèmes de la fluidique.
152
1
Chargez une Flow Cell utilisée sur l’instrument.
2
Remplissez huit flacons SBS de solution PW1 ou d’eau de laboratoire, puis chargez-les
dans le support de réactifs correspondant. Chargez le support dans l’instrument.
3
Sélectionnez Check (Vérifier) sur l’écran de bienvenue.
4
Sélectionnez la solution 5 (SB2) dans la liste déroulante. Si vous effectuez une
vérification de la fluidique avec une Flow Cell utilisée, sélectionnez la solution 2, qui
est de l’eau.
5
• Volume : 250
• [Pour les modes HiSeq v4 et TruSeq v3] Aspirate Rate (Taux d’aspiration) : 250
• [Pour le mode Rapid Run (Analyse rapide)] Aspirate Rate (Taux d’aspiration) :
1500
• Dispense Rate (Taux de distribution) : 2000
6
Sélectionnez Pump (Pompe). Si vous avez besoin d’interrompre la vérification de la
fluidique, sélectionnez Pause (Interrompre).
7
Si un trop grand nombre de bulles est présent, vérifiez les joints de collecteur à la
recherche d’obstructions, réduisez le taux d’aspiration à 100 et pompez 250 µl d’eau
supplémentaires vers la Flow Cell.
Si BaseSpace n’est pas disponible, ouvrez les Services Windows pour vous assurer que
BaseSpace Broker a démarré. Si ce n’est pas le cas, redémarrez-le. Si les services sont en
cours d’exécution et BaseSpace reste indisponible, veuillez communiquer avec l’assistance
technique d’Illumina.
153
Dépannage
Arrêter une analyse peut être nécessaire si celle-ci a été paramétrée de manière incorrecte, si
la qualité des données est mauvaise ou en cas d’erreur relative au matériel. Afin que la
reprise de l'analyse soit possible, assurez-vous de sélectionner les options d’arrêt normal.
Option d’arrêt
Normal Stop (Arrêt
normal)
(End of Lane\Chemistry)
[Fin de rainure\chimie]
Normal Stop (Arrêt
normal)
(End of Cycle) (Fin de
cycle)
Immediate Stop (Arrêt
immédiat)
1
Option Real-Time
Analysis
Keep As Is
(Conserver tel quel)
Complete For Run
(Terminer pour
l’analyse)
Complete For Read
(Terminer pour la
lecture)
Keep As Is
(Conserver tel quel)
Complete For Run
(Terminer pour
l’analyse)
Complete For Read
(Terminer pour la
lecture)
Aucune option
Capable de reprendre ?
Oui. L’analyse reprend dès la prochaine
commande de chimie ou d’imagerie.
Non. Il est impossible de reprendre l’analyse.
Oui. L’analyse reprend au début de la lecture
suivante.
Oui. L’analyse reprend au cycle suivant.
Non. Il est impossible de reprendre l’analyse.
Oui. L’analyse reprend au début de la lecture
suivante.
Non.
Sur l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse), sélectionnez Stop (Arrêt). Le menu
d’arrêt s’affiche.
Figure 53 Stop the Run (Arrêter l’analyse)
154
2
Sélectionnez l’une des options d’arrêt suivantes :
3
Sélectionnez une option d’arrêt :
4
Sélection l’une des options Real-Time Analysis suivantes :
• Keep As Is (Conserver tel quel) : l’analyse est arrêtée sans aucune modification de
l’analyse temps réel. L’analyse peut reprendre au point où elle a été arrêtée.
• Complete For Run (Terminer l’analyse) : l’analyse temps réel s’arrête. Les
renseignements relatifs à l’analyse, les paramètres de l’analyse et les fichiers de
formule sont mis à jour pour refléter le nombre total de cycles une fois le dernier
cycle terminé. Real-Time Analysis redémarre ensuite et termine la définition des
bases pour l’analyse jusqu’au point où celle-ci a été arrêtée. L’analyse ne peut pas
reprendre.
• Complete For Read (Terminer la lecture) : l’analyse temps réel s’arrête. Les
renseignements relatifs à l’analyse, les paramètres de l’analyse et les fichiers de
formule sont mis à jour pour limiter la longueur de la lecture en cours au dernier
cycle terminé. Les lectures ultérieures ne sont pas affectées. Real-Time Analysis
redémarre ensuite et termine l’analyse de la lecture en cours. L’analyse peut
reprendre au début de la lecture suivante.
5
Une fois l’analyse arrêtée, sélectionnez Return to Start (Retour au démarrage) sur
l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse). L’écran de bienvenue apparaît.
Reprendre une analyse arrêtée
Une analyse peut être reprise seulement si elle été arrêtée en toute sécurité à l’aide d’une
option d’arrêt normal et d’une des options de Real-Time Analysis permettant de reprendre
l’analyse.
REMARQUE
Si une génération d’amplifiats ou une chimie appariée est en cours sur l’autre côté de la
platine, l’analyse ne peut être reprise tant que le processus n’est pas terminé.
1
Sur l’écran de bienvenue, sélectionnez Sequence (Séquence), puis Resume Run
(Reprendre l’analyse). L’écran Resume (Reprendre) s’affiche.
155
• Normal Stop (End of Lane\Chemistry) [Arrêt normal (Fin de rainure\chimie)] :
n’arrête l’analyse qu’une fois la commande actuelle de chimie ou d’imagerie
terminée, puis place la Flow Cell en état de sécurité.
• Normal Stop (End of Cycle) [Arrêt normal (Fin de cycle)] : arrête l’analyse une fois
que le cycle en cours est terminé, puis place la Flow Cell en état de sécurité.
• Immediate Stop (Arrêt immédiat) : arrête l’analyse sans terminer l’opération en
cours et ne place pas la Flow Cell en état de sécurité. Vous ne pouvez pas
reprendre une analyse arrêtée à l’aide de l’option d’arrêt immédiat.
Dépannage
2
Sélectionnez le dossier correspond à l’analyse dans la liste déroulante.
REMARQUE
Le logiciel reprend l’analyse au point où celle-ci a été arrêtée et par défaut à la bonne
configuration sur l’écran Resume (Reprendre).
3
Confirmez les paramètres sur l’écran Resume (Reprendre) ou sélectionnez
l’emplacement adéquat de l’analyse pour la reprendre.
• Resume At (Reprendre à) répertorie les lectures ou les points de l’analyse où la
reprise est possible.
• Start At Cycle (Commencer au cycle) indique le cycle de reprise.
ATTENTION
Illumina ne recommande pas de reprendre une analyse au point de rotation des lectures
appariées, sauf pour la réhybridation du primer de la lecture 2.
4
Confirmez les réglages sur l’écran Resume (Reprendre) ou sélectionnez les commandes
d’imagerie et de chimie pour reprendre. Pour plus de renseignements, consultez la
section Exemples de paramètres pour la reprise d’une analyse à la page 156.
5
Sélectionnez Next (Suivant) pour continuer. Le logiciel vous guide tout au long des
dernières étapes de configuration de l’analyse.
Exemples de paramètres pour la reprise d’une analyse
Si l’analyse a été arrêtée après la ligne d’imagerie 1 au cycle 23, le logiciel configure
automatiquement les paramètres de reprise d’analyse de la lecture 1 au cycle 23. Le
système affiche les paramètres suivants sur l’écran Resume (Reprendre) :
} Resume At (Reprendre à) : Lecture 1
} Start At Cycle (Commencer au cycle) : 23
Figure 54 Exemple de reprise au cycle 23
Puisque dans cet exemple, l’analyse a été arrêtée au cours d’une étape d’imagerie, l’option
Imaging (no chemistry) (Imagerie [sans chimie]) est sélectionnée automatiquement.
156
ATTENTION
N’interrompez pas une analyse au cours de l’imagerie. Utilisez les fonctionnalités normales
d’arrêt, de fin du cycle ou de fin de rainure pour arrêter une analyse que vous reprendrez
ensuite.
Interrompez une analyse à partir de l’écran Run overview (Aperçu de l’analyse).
Interrompre une analyse peut être nécessaire pour vérifier ses composants, par exemple les
volumes des réactifs, avant de la reprendre. Lors d’un fonctionnement normal, interrompre
une analyse n’est pas nécessaire.
1
Sur l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse), sélectionnez Pause (Interrompre). Le
menu d’interruption s’ouvre.
Figure 55 Options d’interruption
2
Sélectionnez Normal Pause (Interruption normale).
3
Sélectionnez Yes (Oui) pour confirmer la commande d’interruption. Le logiciel termine
la commande de chimie ou d’imagerie en cours et place la Flow Cell en état de sécurité.
4
Sélectionnez Resume (Reprendre) pour reprendre l’analyse.
Changer des réactifs en cours d’analyse
Si vous avez commencé l’analyse avec un volume partiel de réactifs, utilisez la fonction
Change Reagents (Changer les réactifs) pour interrompre l’analyse et réapprovisionner les
réactifs.
1
Sur l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse), sélectionnez Pause (Interrompre). Le
menu d’interruption s’ouvre.
2
Sélectionnez Change Reagents (Changer les réactifs).
3
Sélectionnez Yes (Oui) pour confirmer la commande d’interruption. Le logiciel termine
la commande de chimie ou d’imagerie en cours, place la Flow Cell en état de sécurité et
ouvre l’écran Reagents (Réactifs).
4
Sur l’écran Reagents (Réactifs), saisissez les paramètres de réactifs suivants :
• L’identifiant de la trousse de réactifs pour les nouveaux réactifs.
157
Dépannage
• Le nombre de cycles correspondant à la durée attendue des réactifs.
REMARQUE
La case à cocher de l’amorçage est désactivée sur l’écran Change Reagents (Changer les
réactifs). L’amorçage n’est pas nécessaire.
5
158
Sélectionnez Next (Suivant) pour passer au chargement des réactifs.
Une analyse de réhybridation répète l’étape d’hybridation du primer de séquençage. Si les
mesures d’analyse montrent des nombres d’amplifiats faibles, des intensités d’amplifiats
faibles ou tout autre problème, effectuez une réhybridation du primer pour préserver la
Flow Cell. Une réhybridation du primer n’endommage pas les amplifiats de la Flow Cell.
Flow Cell HiSeq v4
Toutes les étapes de réhybridation s’effectuent sur le HiSeq 2500. La trousse contient des
primers pour la lecture 1, la lecture d’index 1, la lecture d’index 2 pour les Flow Cells à
lecture unique et la lecture 2.
Nom de la trousse de réhybridation
Instructions sur le flux de travail
Trousse de réhybridation multiprimers
HiSeq v4
Nº de référence GD-403-4001
Guide de réhybridation du primer HiSeq
Flow Cell HiSeq v3
La réhybridation du primer de lecture 1 est effectuée sur le cBot. La trousse comprend une
plaque de réactifs cBot contenant le primer HP6 de séquençage de lecture 1. Pour les
bibliothèques Nextera, utilisez HP10 de la boîte de primer de séquençage à index double
TruSeq.
Trousse de réhybridation multiprimers
cBot TruSeq v2
Réhybridation du primer de lecture 1 sur le cBot
Flow Cell rapide
Toutes les étapes de réhybridation s’effectuent sur le HiSeq 2500. La trousse contient des
primers pour la lecture 1, la lecture d’index 1, la lecture d’index 2 pour les Flow Cells à
lecture unique et la lecture 2.
159
Dépannage
160
HiSeq Rapid Rehyb Kit
Réhybridation du primer d’analyse rapide HiSeq
Trousse de réhybridation TruSeq rapide
Réhybridation du primer d’analyse rapide TruSeq
%
%PF 136
A
afficher le fichier journal 12
aide
documentation 18
aide, technique 165
amorçage
préparation 37, 67, 103
volume de déchets 37, 67, 103
amplifiats passant le filtre 136
analyses décalées 151
arrêt d’une analyse 154
arrêt de l’instrument 126
arrêt normal 154
assistance clientèle 165
assistance technique 165
B
BaseSpace
feuilles d’échantillons 15
C
capteurs d’indication 10
changement de mode 123
chargement de Flow Cell
amorçage de Flow Cell 34, 64
bulles, fuites 36, 43, 66, 73
flow cell de séquençage 41, 71
chargement de réactifs 94
chargement des réactifs 30-31, 78
bouchons verseurs 28
consommables 28
pesée 28
positions SBS 28
PW1 en position 2 28
compartiment de Flow Cell 3, 5
Index
Index
compartiment de réactifs 4
compartiment des réactifs 3
compartiment fluidique 3
composants
compartiment de Flow Cell 3, 5
compartiment de réactifs 4
compartiment des réactifs 3
compartiment fluidique 3
module optique 3
compression des données 137
configuration de l’analyse
chargement de Flow Cell 41, 71
vérifier que le flux est correct 36, 43,
66, 73
consommables
fournis par l’utilisateur 16
trousses de séquençage Illumina 20,
48, 82
consommables de séquençage 20, 48, 82
consommables fournis par
l’utilisateur 16
correction par la matrice de
couleurs 135
cycles, surveillance 45, 75, 110
D
définition des bases
cycle 12 136
score de qualité 136
dépannage 149
chargement de Flow Cell 149
enregistrement 134
fluidique 152
documentation 18, 165
dossier de sortie
emplacement par défaut 12
double indexage
paramètres de l’écran Recipe
(Formule) 25, 56, 91
161
Index
sur une Flow Cell appariée 25, 56,
91
É
échelle Phred 137
écran Flow Cell Setup (Configuration de
la Flow Cell) 24, 54, 89
écran Reagents (Réactifs) 27, 57, 92
écran Recipe (Formule) 87
écran Review Run Setup (Révision de la
configuration de l’analyse) 87
écran Scan (Numérisation) 87
écran Welcome (Bienvenue) 8
commandes 9
menu 12
E
emplacement des amplifiats
fichiers 129, 139
génération du modèle 134
emplacements des dossiers, paramètres
par défaut 12
enregistrement, emplacements des
amplifiats 134
environnement en nuage BaseSpace
feuille d’échantillons 26, 57
erreurs et avertissements
icônes d’état 11
espace disque, vérification 14
étapes de chimie, surveillance 45, 75,
110
état de l’instrument 12
extraction des intensités 134
F
feuille d’échantillons
environnement en nuage
BaseSpace 26, 57
présentation 15
fichier de configuration RTA.exe 129
fichier de configuration, Real-Time
Analysis 129, 140
fichiers d’emplacements 139
fichiers de définition des bases 129, 139
fichiers de filtrage 129, 139
fichiers de sortie 139
définitions des bases 129
162
emplacements des amplifiats 129
fichiers de statistiques 129
fichiers InterOp 129, 140
fichiers journaux, Real-Time
Analysis 139
fichiers RunInfo.xml 140
filtre de pureté 136
Flow Cell
amplifiats passant le filtre 136
chargement 39, 69, 104
dépannage 149
identifiant de la Flow Cell 24, 54, 87,
89
levier 34, 41, 64, 71, 100, 106
nettoyage 41, 71, 106
numérotation des plaques 144
portoir de Flow Cell 32, 62, 99
positions des amplifiats 134
puce à ADN au réseau aléatoire 136
fluidique, dépannage 149, 152
flux de travail
analyses décalées 151
formation en ligne 18
G
génération du modèle 134
I
icône d’alerte d’état 11
icônes
alerte d’état 11
erreurs et avertissements 11
images
enregistrer des échantillons
d’images 24, 54, 89
surveillance 45, 75, 110
vignettes 24, 54, 89, 141
inactivation de lʼinstrument 125
incorporation de la première base
confirmation 25, 45, 55, 75, 90, 110
emplacement du rapport 25, 55, 90
indicateurs d’activité 10
intensités des amplifiats 45, 75, 110,
135
interférence 135
N
lavage à l’eau 9
consommables 121
durée 121
volumes attendus 121
lavage de l’instrument 116
lavage de maintenance 9, 116
durée 123-124
lavages
lavage à l’eau 121
lavage de maintenance 116
solution de lavage de maintenance
préparation 117
lecteur DoNotEject 6
levier de Flow Cell
position 0 32, 62, 99
position 1 34, 41, 64, 71
position 2 34, 41, 64, 71
logiciel
à propos de, version 12
afficher en plein écran 12
afficher le fichier journal 12
dépannage 149
écran Welcome (Bienvenue) 8
Experiment Manager (Gestionnaire
d’expériences) 15
HiSeq Control 14
HiSeq Control Software 8
initialisation 6
Real-Time Analysis 8
visualiseur d’analyse de séquençage
(SAV) 8
logiciel bcl2fastq 129
logiciel HiSeq Control Software 8, 14
logiciel Real-Time Analysis 8
no-calls 136
nom de l’expérience 24
numérotation des plaques 144
M
mise en phase empirique 135
mise en phase, mise en préphase 135
mise hors tension de l’instrument 126
modes
changement 123
modes de séquençage
changement 123
module optique 3
P
page d’état 45, 75, 110
pesée des réactifs
après analyse 115
avant l’analyse 28
portoir de Flow Cell
broches de guidage 34, 41, 64, 71
emplacements des trous de
dépression 32, 62, 99
positions des réactifs
appariés 30-31, 78
indexation 60
SBS 28
positions des réactifs SBS 28
probabilité d’une erreur 137
programme d’indexage 26, 57
Q
Q-scores 137
R
rapport de la première base 45, 75, 110
rapports
incorporation de la première
base 25, 45, 55, 75, 90, 110
réactifs
amorçage 37, 67, 103
appariés 30-31, 78
chargement 30-31, 60, 78
chargement, ICB 79
chargement, SBS 94
déchargement 115
écran Reagents (Réactifs) 27, 57, 92
enregistrement de l’identifiant de la
trousse 27, 57, 92
Real-Time Analysis
analyse interrompue, reprise
automatique 130
avec une analyse arrêtée 154
compartimentage par score de
qualité 137
163
Index
L
Index
correction par la matrice de
couleurs 135
fichiers d’entrée 129
fichiers de sortie 129, 139
fichiers journaux 139
mesures d’analyse 132
mise en phase 135
résultats 139
score de qualité 137
RunInfo.xml 139
S
scores de qualité 137
compartimentage 137
génération 132
séquençage à index
réactifs, chargement 60
séquençage à lectures appariées
réactifs, chargement 30-31, 78
serveur LIMS 12
solution de lavage de maintenance
mise au rebut 116
préparation 117
stockage 116
statistiques
fichiers 129
surveillance de l’analyse 45, 75, 110
T
témoin 24, 54, 89
V
vérification du système 9
vérifier que le flux est correct, valeurs
par défaut 36, 43, 66, 73
visualiseur d’analyse de séquençage
fichiers InterOp 129
présentation 133
(SAV) 8
164
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique
d’Illumina.
Tableau 16 Coordonnées générales d’Illumina
Adresse
5200 Illumina Way
San Diego, CA 92122, États-Unis
Site Web
www.illumina.com
Courriel
[email protected]
Tableau 17 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région
Amérique du Nord
Allemagne
Autriche
Belgique
Danemark
Espagne
Finlande
France
Numéro de la
personne-ressource
1.800.809.4566
0800.180.8994
0800.296575
0800.81102
80882346
900.812168
0800.918363
0800.911850
Région
Irlande
Italie
Norvège
Pays-Bas
Royaume-Uni
Suède
Suisse
Autres pays
Numéro de la
personne-ressource
1.800.812949
800.874909
800.16836
0800.0223859
0800.917.0041
020790181
0800.563118
+44.1799.534000
Fiches signalétiques
Les fiches techniques SDS sont consultables dans le site Web d’Illumina à l’adresse
Documentation produit
De la documentation produit au format PDF est disponible en téléchargement dans le
site Web d’Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis
cliquez sur Documentation & Literature (Documentation et littérature).
165
Illumina
San Diego, Californie 92122 États-Unis
+(1) 800 809 ILMN (4566)
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