projet_ Michotey-Bonin

Proposition de sujet de thèse 2012
(A remplir par les équipes d'accueil et à retourner à Isabelle HAMMAD : [email protected]
MASTER : Océanographie – Option Biologie et Ecologie Marine
Ordre de priorité de la proposition(1) :
Candidat(e)(1)
Nom - Prénom :
Date de naissance :
Cursus de second cycle (origine, années, mention) :
Mention et classement au Master (Xème sur Y) :
Sujet de doctorat proposé
Intitulé : « LA NITRIFICATION ANAEROBIE EN MILEIU MARIN, ETUDE PHYSIOLOGIQUE ET GENETIQUE
Descriptif : L’existence d’un nouveau métabolisme bactérien du cycle de l’azote, la nitrification anaérobie
dépendante des oxydes de manganèse, vient d’être mise en évidence par l’isolement d’un sédiment marin d’une
souche bactérienne appartenant aux Marinobacter et exprimant ce processus (Projet INSU-EC2CO-MicroBiEn,
2007-2009). Cette nouvelle voie métabolique a des implications sur les flux globaux d’azote puisque la zone de
couplage entre les processus de production du nitrate/nitrite (nitrification aérobie et anaérobie) et d’élimination
de l’azote sous forme de N2 (dénitrification, anammox) ou de recyclage sous forme de NH4 (DNRA), n’est
plus restreinte aux zones d’interface aérobie/anaérobie mais est étendue aux zones anaérobies contenant des
oxydes de manganèse (MnOx ; MnO2 état oxydation Mn-IV MnOOH état oxydation Mn-III). La nature et
l’intensité du couplage entre ces différents processus a des implications sur l’état d’eutrophisation de
l’écosystème. Le projet NITANA est un projet d’écologie microbienne de degré de complexité et d’intégration
croissant, qui regroupe des partenaires de compétences variées et complémentaires : écologistes microbiens,
microbiologistes généticiens, biochimistes, géochimistes et benthologues. Les objectifs de ce travail visent à (i)
caractériser le/les gènes impliqués dans la nitrification anaérobie par des études transcriptomiques et
biochimiques sur une souche isolée et de rechercher ensuite la présence de ce gène dans les génomes séquencés
disponibles et dans la souchothèque marine du MIO; (ii) de réaliser des études de physiologie et d’expression
de gènes en culture sur la souche afin d’identifier les paramètres régulant ce processus in vitro,)
Programme finançant la recherche :
obtenu :
prévu: depot d’une ANR.
Directeur(s) de thèse proposé(s)
(limiter au plus à deux personnes principales, dont au moins une titulaire de l'HDR)
Directeur HDR proposé
Nom - Prénom : MICHOTEY Valérie
Corps : Pr 1
Laboratoire : : MIO-équipe MEB
[email protected]
-Desnues C, Michotey V, Wieland A, Zhizang C, Fourçans A, Duran R & Bonin P (2007) Seasonal and diurnal
distributions of denitrifying and eubacterial communities in intertidal microbial mat (Camargue , France) Water
Res. 41:3407-3419 (IF 2.6)
-Minjeaud L, Bonin P & Michotey V. (2008) Nitrogen fluxes from marine sediments: Quantification of the
associated co-occuring bacterial process Biogeochem.90:141-157.
-Javanaud C, Michotey V, Guasco S, Garcia N, Anschutz P, Canton M, Bonin P (2011). Anaerobic
ammonium oxidation mediated by Mn-oxide: from sediment to strain level. Res Microbiol
doi:10.1016/j.resmic.2011.01.011 (IF:2.1)
-Armitano J, Baraquet C, Michotey V, Méjean V, Jourlin-Castelli C. (2011) The chemical-in-µwell: a new
high-throughput technique to identify substrates eliciting chemotactic response in motile bacteria Res Microbiol
162:934-938 (IF:2.4)
-Michotey V, Guasco S, Boeuf D, Morezzi N, Durieux B, Charpy L, Bonin P. Saptio-temporal diversity of
free-living and particles-attached prokaryotes in the tropical lagoon of the Ahe atoll (Tuamoto Archipelago) and
its surrounding oceanic waters (2012). Marine Pollution Bulletin. (sous presse) (IF: 2.35) doi
:10.1016/j.marpolbul.2012.01.009
-Grégoire P, Fardeau ML, Guasco S, Lagière J, Camba Jr, Michotey V, Bonin P and Ollivier B.Desulfosoma
profundis sp. nov., a thermophilic bacterium, isolated from a deep thermal spring in France. Antonie van
Leeuwenhoek.(sous presse) DOI 10.1007/s10482-011-9675-x (IF 1.67)
Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années
Nom : Javanaud Cédric
Intitulé : Relations entre le cycle de l’azote et le cycle du manganèse
Type d'allocation : MRT
Date de début de l'allocation de doctorat : 2006
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : avril 2011
Programme finançant la recherche : ANR PROTIDAL, CNRS-EC2CO Mn’&N
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Chargé scientifique association Goodplanet
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....50.........%
Nom : Imen Zahgmouri
Intitulé : Influence de la variation de salinité sur la nitrate réduction dans les sédiments de l’étang de
Berre
Type d'allocation : ministère recherche Tunisie
Date de début de l'allocation de doctorat : 2009
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : dec 2012
Programme finançant la recherche : projet axe transverse MIO
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) :
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....50.........%
Nom : Patrick Grégoire
Intitulé caractérisation géo-microbiologique des aquifères thermaux du bassin aquitain
Type d'allocation : Bourse société thermale
Date de début de l'allocation de doctorat : sept 2008
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : dec 2011
Programme finançant la recherche : projet axe transverse Société thermale
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Post doc Université Berkeley
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....10.........%
Nom : Sheryl Fernandes
Intitulé Cycle de l’azote dans les mangroves
Type d'allocation : Bourse de l’ambassade de France en Inde –Ministère des affaires étrangères
Date de début de l'allocation de doctorat : sept 2008
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : dec 2011
Programme finançant la recherche : Université de Goa (Inde°)
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Post doc Aix Marseille Université -Research associate
en Inde à partir de juin 2012
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....6 mois à 100...%
Autre directeur proposé
Nom - Prénom :Bonin Patricia
Corps : DR2
Laboratoire (i.e. formation contractualisée de rattachement, éventuellement équipe au sein de cette formation) : MIO-équipe
MEB
Adresse mail : [email protected]
Minjeaud L, Michotey V, Garcia N, & Bonin P (2009)Seasonal variation in di-nitrogen fluxes and associated
processes (denitrification, anammox and nitrogen fixation) in sediments subject to shellfish farming influence.
Aquatic Sciences 71:425-435.(IF 1.9)
Fernandes SO , Bonin P, Michotey V ,. Loka Bharathi P.A (2010) Denitrification: an important pathway for
nitrous oxide production in tropical mangrove sediments (Goa, India).. Journal of environmental quality.
39:1507-1516 (IF: 2.1)
Grégoire P, Fardeau ML, Joseph M, Guasco S, Hamaide F, Biasutti S, Michotey V, Bonin P Bernard Ollivier.
(2011) Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic
anaerobic bacterium pertaining to the phylum “Chloroflexi”, isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine
Basin. . Syst Appl Microbiol (sous presse) doi:10.1016/j.syapm.2011.02.004 (IF : 3.0)
Javanaud C, Michotey V, Guasco S, Garcia N, Anschutz P, Canton M, Bonin P (2011). Anaerobic ammonium
oxidation mediated by Mn-oxide: from sediment to strain level. Res Microbiol 162:848-857 (IF:2.4)
Fernandes S,. Michotey V, Guasco S, Patricia C. Bonin P, Bharathi L.(2012) Denitrification prevails over
anammox in tropical mangrove sediments (Goa, India). Marine Environmental Research 74: 9–19 (IF 1.95)
Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années
Nom : Javanaud Cédric
Intitulé : Relations entre le cycle de l’azote et le cycle du manganèse
Type d'allocation : MRT
Date de début de l'allocation de doctorat : 2006
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : avril 2011
Programme finançant la recherche : ANR PROTIDAL, CNRS-EC2CO Mn’&N
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Chargé scientifique association Goodplanet
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....50.........%
Nom : Imen Zahgmouri
Intitulé : Influence de la variation de salinité sur la nitrate réduction dans les sédiments de l’étang de Berre
Type d'allocation : ministère recherche Tunisie
Date de début de l'allocation de doctorat : 2009
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : dec 2012
Programme finançant la recherche : projet axe transverse MIO
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) :
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....50.........%
Nom : Patrick Grégoire
Intitulé caractérisation géo-microbiologique des aquifères thermaux du bassin aquitain
Type d'allocation : Bourse société thermale
Date de début de l'allocation de doctorat : sept 2008
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : dec 2011
Programme finançant la recherche : projet axe transverse Société thermale
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Post doc Université Berkeley
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....10.........%
Nom : Sheryl Fernandes
Intitulé Cycle de l’azote dans les mangroves
Type d'allocation : Bourse de l’ambassade de France en Inde –Ministère des affaires étrangères
Date de début de l'allocation de doctorat : sept 2008
Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : dec 2011
Programme finançant la recherche : Université de Goa (Inde°
Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Post doc Aix Marseille Université -Research associate
en Inde à partir de juin 2012
Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : ....6 mois à 100...%