Fiche descriptive de logiciel

Projet PLUME (http://www.urec.cnrs.fr/plume)
Fiche descriptive de logiciel
Logiciel
Populations
Rédacteur de la fiche
Olivier Langella
CNRS
UMR de Génétique
Végétale du Moulon
Date rédaction :
• 18 avril 2007
Mots-clés :
• libre, gratuit, interne, linux, Mac OS X, Windows, calcul, recherche, biologie, bioinformatique, génétique, population
Page principale du site web du logiciel :
. http://bioinformatics.org/~tryphon/populations/
Description :
• Fonctionnalités générales :
• Calculs de distances génétiques entre populations ou individus basés sur les
fréquences allèliques. 15 méthodes de calculs de distances sont proposées :
➢ DAS, shared allele distance (Chakraborty et Jin., 1993)
➢ Nei, minimum genetic distance, Dm (Nei,1987)
➢ Nei, standard genetic distance, Ds (Nei, 1987)
➢ Cavalli-Sforza and Edwards, Dc (1967)
➢ Nei et al's, Da (1983)
➢ Latter, Fst (1972)
➢ Prevosti et al.'s, Cp (1975)
➢ Rogers', Dr (1972)
➢ Reynolds J. unweighted, Dru (1983)
➢ Reynolds J. weighted, Drw (1983)
➢ Reynolds J. least squares, Drl (1983)
Microsatellites distances
➢ Goldstein et al., dmu2 (1995a)
➢ Average Square Distance ( ASD , Goldstein, Slatkin 1995)
➢ Shriver et al's, Dsw (1995)
➢ Lev A. Zhivotovsky, DR (1999)
•
•
•
•
Reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir de matrices de distances
(UPGMA ou Neighbor Joining)
Bootstrap sur les locus ou les individus
Pas de limite sur les nombres de locus, populations, individus, types d'individus
(haploïdes, diploïdes... nploïdes)
Conversion de formats (Genepop, Genetix, Msat, Populations...)
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•
Autres fonctionnalités ou ressources intéressantes :
• Populations met l'accent sur la facilité d'utilisation: les options sont très simples,
les formats de fichiers sont reconnus automatiquement, les erreurs de formatage
des fichiers sont indiquées avec des messages précis indiquant le numéro de ligne
et la nature du problème... les fonctionnalités de base, la rapidité de traitement et la
grande facilité d'utilisation du logiciel ont largement contribué à son succès.
Plates-formes (donner 2 listes : serveur et client si besoin)
• Linux, Mac OS X et autres UNIX, Windows
Version majeure courante :
• 1.2.30
Distributions ou systèmes d'exploitation dans lesquels le logiciel est intégré (non exhaustif) :
•
Téléchargement :
• http://bioinformatics.org/project/?group_id=84
Licence :
•
Licence Publique Générale (GNU
GPL)
•
http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
Coût :
•
gratuit
Support via le contributeur au projet PLUME (limité à l'installation et dans la limite des
disponibilités du contributeur) :
• Documentation, correction de bogues: [email protected]
Listes de diffusion ou de discussion, support et forums :
• (Anglais) http://bioinformatics.org/project/?group_id=84
Documentation utilisateurs :
• (Anglais) http://bioinformatics.org/~tryphon/populations/
Divers (astuces, quelques conseils pour commencer, actualités, sécurité, ...) :
•
Autres logiciels de fonctionnalités équivalentes (non exhaustif) :
• Phylip (gratuit http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html)
• Génétix (gratuit http://www.genetix.univ-montp2.fr/genetix/genetix.htm)
• Genepop (gratuit http://genepop.curtin.edu.au/)
• ARLEQUIN (gratuit http://cmpg.unibe.ch/arlequin)
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Interopérabilité :
• Populations a son propre format d'entrée mais supporte aussi bien les formats Génétix et
Genepop (lecture et écriture) et permet la conversion des données entre la plupart de
logiciels de génétiques des populations (formats Genepop, Génétix, Admix, LEA).
• Lecture et écriture de matrices de distances depuis les formats : ntsyspc, phylip, xgobi,
ASCII texte tabulé.
• Ecriture d'arbres phylogénétiques au format Phylip
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes :
• La documentation est assez pauvre.
Langues :
• Anglais (gettext est intégré, la traduction de Populations est possible)
Type de structure associée au développement du produit :
• Le projet est hébergé par le site « bioinformatics.org ». Le créateur du logiciel Populations
est l'auteur de cette fiche, Olivier Langella.
Eléments de pérennité du logiciel :
• Le code source est disponible et maintenu par Olivier Langella sur le serveur subversion
de « bioinformatics.org »
Contributions :
• Toute contribution est la bienvenue : rapport de bogue, documentation, nouveaux
algorithmes pour le calcul de distances.
• L'équipe de développement est ouverte aux personnes intéressées (sur bioinformatics.org)
Références d'utilisateurs institutionnels (ou éléments permettant d'évaluer le nombre
d'utilisateurs du produit) :
• Populations est utilisé par plusieurs laboratoires au CNRS ou à l'INRA (LEGS, laboratoire
de Génétique Végétale du Moulon).
• Il est régulièrement cité dans les publications scientifiques (49 citations depuis 2001 dans
des publications internationales à comité de lecture)
Pour envoyer des commentaires sur cette fiche :
• [email protected]
Si cette fiche vous a été utile ou si vous avez été confronté à des difficultés, Plume vous
remercie de bien vouloir lui faire part de votre avis en écrivant au contributeur et à l'équipe
plume.
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