BIO-3000 : Évolution

Faculté des sciences et de génie
Département de biologie
PLAN DE COURS
BIO-3000 : Évolution
NRC 81397 | Automne 2016
Préalables : BIO 2004
Mode d'enseignement : Présentiel
Temps consacré : 3-0-6
Crédit(s) : 3
L’évolution en tant que fait et théorie; postulats de Darwin. Forces évolutives agissant au sein des populations : sélection, dérive,
mutation, flux génique. Application de l’analyse évolutionniste à divers sujets : traits biodémographiques et comportementaux,
composition du génome, sélection sexuelle, interactions entre espèces, etc. Évolution et biodiversité : spéciation, extinction, radiation.
Plage horaire
Cours en classe
mardi
11h30 à 12h20
VCH-3850
Du 6 sept. 2016 au 16 déc. 2016
jeudi
10h30 à 12h20
VCH-2860
Du 6 sept. 2016 au 16 déc. 2016
Il se peut que l'horaire du cours ait été modifié depuis la dernière synchronisation avec Capsule. Vérifier l'horaire dans Capsule
Site de cours
https://sitescours.monportail.ulaval.ca/ena/site/accueil?idSite=72552
Coordonnées et disponibilités
Eléonore Durand
[email protected]
Disponibilités
Je suis généralement disponible le mardi après le cours
(12h20) et le jeudi après-midi (12h20 à 16h30).
Vous pouvez aussi me contacter par courriel pour poser des
questions spécifiques (et écrites en bon français), ou pour
prendre rendez-vous.
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Soutien technique
Pour recevoir du soutien technique relatif à l'utilisation de monPortail, contactez :
Comptoir LiberT (FSG)
Pavillon Adrien-Pouliot, Local 3709
[email protected]
418-656-2131 poste 4651
Session d'automne et hiver
Lundi
08h00 à 18h45
Mardi
08h00 à 18h45
Mercredi
08h00 à 18h45
Jeudi
08h00 à 18h45
Vendredi
08h00 à 16h45
Session d'été
Lundi
08h00 à 16h00
Mardi
08h00 à 16h00
Mercredi
08h00 à 16h00
Jeudi
08h00 à 16h00
Vendredi
08h00 à 16h45
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Sommaire
Description du cours .......................................................................................................................... 4
Introduction .......................................................................................................................................................................................................................... 4
Objectifs généraux ............................................................................................................................................................................................................... 4
Objectifs spécifiques ........................................................................................................................................................................................................... 4
Approche pédagogique ...................................................................................................................................................................................................... 4
Dates importantes ............................................................................................................................................................................................................... 4
Contenu et activités ........................................................................................................................... 5
Évaluations et résultats ..................................................................................................................... 5
Modalités d'évaluation ....................................................................................................................................................................................................... 5
Informations détaillées sur les évaluations sommatives ............................................................................................................................................ 5
Examen 1 ........................................................................................................................................................................................................................ 5
Examen 2 ........................................................................................................................................................................................................................ 6
Examen 3 ........................................................................................................................................................................................................................ 6
Politique sur l'utilisation d'appareils électroniques ..................................................................................................................................................... 6
Règles générales du département relatives aux évaluations sommatives .............................................................................................................. 6
Sommaire des résultats ...................................................................................................................................................................................................... 7
Barème de conversion ........................................................................................................................................................................................................ 7
Politique sur le plagiat et la fraude académique .......................................................................................................................................................... 7
Gestion des délais ................................................................................................................................................................................................................ 7
Qualité du français ............................................................................................................................................................................................................... 7
Évaluation de l'enseignement ........................................................................................................................................................................................... 8
Étudiants ayant un handicap, un trouble d’apprentissage ou un trouble mental ................................................................................................ 8
Matériel didactique ............................................................................................................................ 8
Matériel obligatoire ............................................................................................................................................................................................................. 8
Matériel complémentaire ................................................................................................................................................................................................... 8
Médiagraphie et annexes ................................................................................................................... 9
Bibliographie ......................................................................................................................................................................................................................... 9
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Description du cours
Introduction
Ce cours porte sur la théorie moderne de l'évolution biologique.
Le cours s'adresse d'abord aux personnes qui sont en 3e année du B. Sc. en biologie.
Pour suivre ce cours, vous devez avoir des connaissances de base en génétique, et idéalement en écologie, en physiologie, et sur les
différents types d'êtres vivants (plantes, animaux, bactéries, etc.). En temps opportun, les connaissances essentielles à la compréhension
du cours seront clairement identifiées, et les personnes qui jugent ne pas bien posséder ces connaissances seront invitées à faire les
révisions et lectures qui s'imposent.
La Table des matières, l'horaire des cours et le guide de lecture se trouvent dans la section 'Contenu et activités'
NOTE: Dans la première section du plan de cours généré automatiquement par ce site web, la description du cours est erronnée. On
devrait lire: "L’évolution en tant que fait et théorie; postulats de Darwin. Forces évolutives agissant au sein des populations : sélection,
dérive, mutation, flux génique. Application de l’analyse évolutionniste à divers sujets : traits biodémographiques et comportementaux,
composition du génome, sélection sexuelle, interactions entre espèces, etc. Évolution et biodiversité : spéciation, extinction, radiation."
Objectifs généraux
L’objectif général de ce cours est de présenter les éléments de base de la théorie moderne de l’évolution biologique, connue sous le nom
de la ‘Nouvelle Synthèse’. Celle-ci intègre génétique des populations et darwinisme classique. Le cours vise aussi à montrer comment une
perspective évolutive peut apporter un éclairage nouveau dans de nombreuses disciplines de la biologie.
Objectifs spécifiques
Les objectifs spécifiques du cours sont d’amener l’étudiant-e à:
- Connaître la nature et le mode d’action des forces évolutives (sélection, dérive, migration, mutation) ainsi que leurs effets sur la diversité
génétique et phénotypique des populations;
- Saisir l’importance capitale du niveau d’organisation populationnel en biologie évolutive;
- Pourvoir appréhender une situation biologique en fonction de l’action de ces forces évolutives, et ce pour différents types de traits
phénotypiques;
- Savoir interpréter une hypothèse phylogénétique;
- Connaître les hypothèses courantes portant sur la diversification du vivant à diverses échelles spatiales, temporelles et d’organisation
biologique.
Approche pédagogique
Le professeur donne des cours de type magistral
Les thèmes sont abordés sous l'angle conceptuel et sont toujours (ou presque) illustrés à l'aide de données empiriques, que ce soit des
observations en nature ou des données expérimentales. Dates importantes
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Dates importantes
Date de début du cours
6 septembre
Date limite d’abandon avec remboursement
20 septembre
Date limite de retour du matériel
-
Date d’abandon sans mention d’échec et sans remboursement
15 novembre
Date normale de fin du cours
16 décembre
Contenu et activités
Le tableau ci-dessous présente les semaines d'activités prévues dans le cadre du cours.
Titre
Date
Table des matières, horaire des cours
I-Introduction
II-Forces évolutives et génétique mendélienne au sein des populations
III- Adapations
IV - Histoire du vivant
glossaire
Note : Veuillez vous référer à la section Contenu et activités de votre site de cours pour de plus amples détails.
Évaluations et résultats
Modalités d'évaluation
Sommatives
Titre
Date
Mode de travail
Pondération
Examen 1
Le 6 oct. 2016 de 10h30 à
12h30
Individuel
30 %
Examen 2
Le 10 nov. 2016 de 10h30 à
12h30
Individuel
35 %
Examen 3
Le 15 déc. 2016 de 10h30 à
12h30
Individuel
35 %
Informations détaillées sur les évaluations sommatives
Examen 1
Date :
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Le 6 oct. 2016 de 10h30 à 12h30
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Date :
Le 6 oct. 2016 de 10h30 à 12h30
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
30 %
Remise de l'évaluation :
Local VCH 2860
Matériel autorisé :
aucun à part une calculatrice d'un modèle approuvé
Examen 2
Date :
Le 10 nov. 2016 de 10h30 à 12h30
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
35 %
Remise de l'évaluation :
Local VCH 2860
Matériel autorisé :
aucun à part une calculatrice d'un modèle approuvé
Examen 3
Date :
Le 15 déc. 2016 de 10h30 à 12h30
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
35 %
Remise de l'évaluation :
Local VCH 2860
Matériel autorisé :
aucun à part une calculatrice d'un modèle approuvé
Politique sur l'utilisation d'appareils électroniques
La politique sur l'utilisation d'appareils électroniques de la Faculté des sciences et de génie peut être consultée à l'adresse : http://www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg/documents/PDF/Calculatrices-autorisees-FSG.pdf.
Règles générales du département relatives aux évaluations sommatives
Les étudiants qui ont une lettre d'Attestation d'accommodations scolaires obtenue auprès d'un
conseiller du secteur Accueil et soutien aux étudiants en situation de handicap (ACSESH) doivent
rencontrer leur professeur au début de la session afin que des mesures d'accommodation en classe ou
lors des évaluations puissent être prévues et planifiées suffisamment à l'avance puis mises en place.
Absences lors d’examens, d’évaluations ou de remises de travaux L’article 270 du règlement des études de l’Université Laval (édition du 1er mai 2009 mise à jour en juin 2011) prévoit que la reprise d’une
évaluation est possible pour des motifs sérieux et qu’elle se fait selon les modalités prévues par l’unité responsable du cours.
Tout étudiant qui ne peut se présenter à un examen, doit en informer le professeur ou chargé de cours dans un délai maximum de 3 jours
ouvrables suivant la tenue de l’examen pour établir une date de reprise de l'examen.
Les seuls motifs acceptables pour s’absenter à un examen sont les suivants :
• incapacité pour l’étudiant de se présenter à l’examen durant la plage horaire prévue, suite à une convocation par une cour de justice
• problème d’ordre médical confirmé par un billet précis du médecin; le problème peut toucher l’étudiant lui-même, son ou sa
conjointe ou un de ses enfants
• mortalité d’un proche, à être documentée par une preuve de décès de la personne. Le terme proche vise notamment les personnes
suivantes : le conjoint ou la conjointe, un enfant, le père ou la mère, le beau-père ou la belle-mère, un grand-père ou une grand-mère,
un frère ou une sœur
Les pièces justificatives doivent être présentées au professeur responsable du cours et ce dans les meilleurs délais.
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Aucune justification d’absence reliée à des événements sportifs (sauf pour les athlètes de niveau Rouge et Or qui devront prévenir à
l’avance le professeur de leur absence à un examen), à un travail, à un conflit d’horaires avec d’autres cours ou examens, à des horaires
de voyage conflictuels (ex : billets d’avion déjà achetés), ou à des motifs religieux n’est acceptable. Le fait de s’inscrire à deux cours
consécutifs dont les examens ont également lieu de façon consécutive n’est pas un motif acceptable. Les conflits d’horaire doivent être
résolus au tout début de la session, avant la fin de la période de modification du choix de cours, à l’initiative de l’étudiant lui-même. Un
étudiant inscrit au cours après cette date est réputé ne pas avoir de conflit d’horaire pour se présenter à ses examens.
Toute absence justifiée à un examen entraîne l’obligation pour un étudiant de passer un examen de reprise. L’étudiant a l’obligation de
se rendre disponible à la date fixée par le professeur sans quoi il obtiendra la note zéro pour cet examen. Cette date ne doit pas entrer en
conflit avec l’horaire de cours de l’étudiant ni avec l’horaire des examens déjà cédulés.
Sommaire des résultats
Cette sous-section n'a pas encore été complétée par votre enseignant.
Barème de conversion
Cote
% minimum
% maximum
Cote
% minimum
% maximum
A+
90
100
C+
66
69,99
A
86
89,99
C
62
65,99
A-
82
85,99
C-
58
61,99
B+
78
81,99
D+
54
57,99
B
74
77,99
D
50
53,99
B-
70
73,99
E
0
49,99
Politique sur le plagiat et la fraude académique
Règles disciplinaires
Tout étudiant qui commet une infraction au Règlement disciplinaire à l'intention des étudiants de l'Université Laval dans le cadre du
présent cours, notamment en matière de plagiat, est passible des sanctions qui sont prévues dans ce règlement. Il est très important
pour tout étudiant de prendre connaissance des articles 28 à 32 du Règlement disciplinaire. Celui-ci peut être consulté à l'adresse
suivante:
http://www2.ulaval.ca/fileadmin/Secretaire_general/Reglements/Reglement_disciplinaire.pdf
Plagiat
Tout étudiant est tenu de respecter les règles relatives au plagiat. Constitue notamment du plagiat le fait de:
i. copier textuellement un ou plusieurs passages provenant d'un ouvrage sous format papier ou électronique sans mettre ces passages
entre guillemets et sans en mentionner la source;
ii. résumer l'idée originale d'un auteur en l'exprimant dans ses propres mots (paraphraser) sans en mentionner la source;
iii. traduire partiellement ou totalement un texte sans en mentionner la provenance;
iv. remettre un travail copié d'un autre étudiant (avec ou sans l'accord de cet autre étudiant);
v. remettre un travail téléchargé d'un site d'achat ou d'échange de travaux scolaires.
L'Université Laval étant abonnée à un service de détection de plagiat, il est possible que l'enseignant soumette vos travaux pour analyse.
Gestion des délais
-
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Qualité du français
En conformité avec la Politique sur l’usage du français à l’Université Laval, des Dispositions relatives à l’application de la politique sur
l’usage du français à l’Université Laval et la Politique facultaire ou départementale sur l’usage du français, le français utilisé dans vos
travaux doit être impeccable. Ainsi, la qualité du français sera évaluée à hauteur de 10 % dans tout travail ou examen. Un membre du
personnel enseignant peut refuser de corriger un travail montrant une très mauvaise qualité du français et le retourner à l’étudiant pour
qu’il le recommence. Le cas échéant, les pénalités associées au retard de la remise du travail seront assumées par l’étudiante ou
l’étudiant selon les critères présentés dans le plan de cours.
[Si aucune politique n’existe dans la faculté ou le département, seulement préciser les pénalités pour la remise de travaux dont la qualité
du français est mauvaise.]
Évaluation de l'enseignement
Il est possible que le cours que vous suivez soit évalué. Si tel est le cas, vous serez invité à remplir en classe un questionnaire
d’appréciation. Votre opinion est très importante car elle permettra d’améliorer la qualité de ce cours. Nous comptons donc grandement
sur votre collaboration.
Étudiants ayant un handicap, un trouble d’apprentissage ou un trouble mental
Les étudiants qui ont une lettre d'Attestation d'accommodations scolaires obtenue auprès d'un conseiller du secteur Accueil et soutien
aux étudiants en situation de handicap (ACSESH) doivent impérativement se conformer à la politique d'Accommodations scolaires aux
examens de la Faculté des sciences et de génie qui peut être consultée à l'adresse : http://www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg/documents/PDF/Politique-Facultaire-Accommodements.pdf
Matériel didactique
Matériel obligatoire
• Aucun matériel n’est strictement obligatoire. Les notes de cours (documents pdf, voir section suivante), une présence et une
attention soutenue à tous les cours peuvent permettre à certain-e-s étudiant-e-s de bien performer dans ce cours. La lecture dans
l'ouvrage recommandé ou dans d'autres ouvrages similaires est un excellent complément au cours.
Matériel complémentaire
ième
• Livre recommandé: Herron, J. C. & Freeman, S. 2014. Evolutionary Analysis. 5
édition. Prentice-Hall. • La structure du cours correspond à quelques détails près à la structure de cet ouvrage.
• Les chapitres et sections de chapitres les plus pertinentes, et dans certains cas primordiales à la compréhension de plusieurs
cours, seront identifiés sur le site web du cours
• Options d’achat :
• Édition reliée : en vente à la coop universitaire Zone. Le prix pour les membres est de $159,89. http://catalogue.pearsoned.ca/educator/product/Evolutionary-Analysis/9780321616678.page
• Edition non reliée : environ 120$, non disponible chez Zone, vous devez le commander vous-même
• http://catalogue.pearsoned.ca/educator/product/Evolutionary-Analysis-Books-a-la-Carte-Edition-5E/9780321928160.page
• Droits d’accès au livre électronique (pour une période de 180 jours) : environ 70$, vous devez faire la démarche vous-même
• http://catalogue.pearsoned.ca/educator/product/Evolutionary-Analysis-CourseSmart-eTextbook-5E/9780321706966.page
• Le site web du livre de Herron& Freeman (en anglais) propose des questions, exercices, etc., même si vous n'avez pas acheté le
livre: http://wps.aw.com/bc_freeman_evol_5/239/61342/15703574.cw/index.html
Présentations ‘Power Point’:
• Des fichiers ‘PDF’ correspondant au canevas de base des cours magistraux seront disponibles sur le site web du cours, section
Contenu et Activités. Les fichiers ne contiennent pas l’intégralité des présentations en classe, et ce de façon délibérée. Certains
exemples et calculs additionnels seront présentés en classe (au tableau).
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Dossiers Excel (Partie II du cours) :
• Des dossiers Excel seront placés sur le site web du cours. Ces dossiers peuvent vous aider à mieux comprendre les concepts abordés
dans la partie II du cours (Forces évolutives et génétique mendélienne au sein des populations). Une démonstration en classe vous
entraînera à l’utilisation de ces dossiers. Chaque dossier comprendra trois feuilles :
1. une feuille récapitulative présentant les éléments théoriques déjà vus en classe.
2. une feuille d’analyse présentant les étapes d’analyse relatives au sujet théorique. À l’aide de données réelles ou simulées, un
problème y est posé et résolu. Il est possible de faire varier des paramètres clé afin de saisir leur influence sur les résultats obtenus.
3. une feuille d’exercices ou de questions spécifiques.
Articles scientifiques (la plupart en anglais)
• La lecture du grand classique de Gould et Lewontin sera obligatoire (Section III.1 du cours). L’article vous sera fourni en français
(1982, version écourtée) et en anglais (1979, version intégrale) en temps et lieu.
• Des articles scientifiques en lien direct, ou en complément de la matière vue en classe seront disponibles sur le site web du cours en
temps opportun. Ces articles sont mis à disposition des esprits curieux qui voudraient approfondir les thèmes abordés en classe.
Médiagraphie et annexes
Bibliographie
Les principaux livres utilisés pour la préparation du cours sont énumérés ici . Vous pourrez faire des lectures complémentaires dans les
er
ouvrages marqués d'un "*", lesquels son placés à la réserve de la bibliothèque du 1 cycle.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
e
*Herron, J. C. et Freeman, S. 2014. Evolutionary Analysis. 5 édition. Prentice-Hall Inc. e
*Freeman, S. et J. C. Herron. 2007. Evolutionary Analysis. 4 édition. Prentice-Hall Inc.
*Futuyma, D. J. 2013. 3e edition. Evolution. Sinauer Associates *Futuyma, D. J. 2007. 2e edition Evolution. Sinauer Associates
e
*Futuyma, D. J. 1997. Evolutionary Biology. 3 édition. Sinauer Associates.
e
*Ridley, M. 2004. Evolution. 3 édition. Blackwell Scientific.Cambridge University Press, New York • Traduction française d'une version antérieure: Ridley, M. 1997. Évolution Biologique. De Boeck, Ed..
e
7. *Maynard Smith, J. 1998. Evolutionary genetics. 2 édition. Oxford University Press.
8. Michael P. Muehlenbein, ed. 2010. Human evolutionary biology. Cambridge Univ. Press, New York
9. *Lewin, R. et Foley, R. 2004. Principles of human evolution. Blackwell Publishing
D'autres ouvrages d'intérêt potentiel; tous 'faciles' à lire. Il s'agit de livres de vulgarisation scientifique ("pop science") que des étudiants
de biologie sauront apprécier à un degré supérieur. Plusieurs sont disponibles à la bibliothèque scientifique.
1. Dawkins, R. 2009 The greatest show on Earth: the evidence for evolution. Free Press ed. Une démonstration éloquente des
évidences de l'évolution et des mécanismes impliqués. Style 'grand publique' mais néanmois très nuancé • traduction française: Dawkins, R. 2010 Le plus grand spectacle du monde. Ed. Robert Lafont.
2. Judson, O.2002. Dr Tatiana’s sex advice to all creation: the definitive guide to the evolutionary biology of sex . une analyse
évolutive tout en humour sur les forces affectant la vie sexuelle, ou son absence, dans le monde animal. Aussi rigolo qu'instructif
• traduction française: Judson, O. 2004 Manuel universel d'éducation sexuelle à l'usage de toutes les espèces selon Mme le Dr
Tatiana. Éditions du Seuil. 3. Maynard Smith, J. et E. Szathmary. 1999. The origins of life. Oxford University Press. Une vision originale sur les grandes transitions
pendant le cours de l'évolution des formes de vie sur Terre
4. Raup, D. M. 1991. Extinction: bad genes or bad luck?. W. W. Norton & Company Inc., New York. Un exemple magistral d'un
argumentation scientifique rigoureuse. Ecrit AVANT la découverte du cratère de l'horizon Crétacé-Tertiaire ayant permis d'associer
l'extinction des dinosaures à des événements non-adaptatifs. Cet auteur avait suggéré, sur la seule base de la logique reliant des
arguments fondés, qu'il pourrait en être ainsi. Un événement plutôt rare!
5. Carroll, S.B. 2005. Endless forms most beautiful: the new science of Evo-Evo. Relation personnelles des découvertes de l'auteur et
de ses collègues qui ont initié le rapprochement entre les sciences de la paléontologie, de la phylogénie, et des nouvelles
connaissances dans la biologie moléculaire du développement et ainsi permis l'avènement de la science de l'Évo-Dévo.
6. Weiner, Jonathan. 1996 The beak of the Finch. Relation du travail du couple Rosemary et Peter Grant sur les pinsons des Galapagos
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6. Weiner, Jonathan. 1996 The beak of the Finch. Relation du travail du couple Rosemary et Peter Grant sur les pinsons des Galapagos
par un journaliste scientifique.
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