Récapitulatif de l`installation/mise à jour de DIOGENE

Récapitulatif de l’installation/mise à jour de DIOGENE
Ce document récapitule tout ce qu’il faut faire pour obtenir une installation de DIOGENE
fonctionnelle lorsqu’une distribution de Linux est installée sur le PC (généralement en ‘dual
boot’ avec Windows). Compte tenu de la multiplicité des distributions actuellement
disponibles et de leur évolution rapide quant aux paquetages qu’elles proposent, nous avons
choisi de prendre l’exemple d’Ubuntu Linux, la distribution la plus populaire actuellement.
Elle présente l’avantage d’être totalement gratuite, y compris pour les mises à jour, et elle est
de plus l’une des mieux francisées et documentées. La distribution Mandriva, que nous
avions privilégiée initialement, semble être en nette perte de vitesse, du fait de mauvais choix
stratégiques, de bugs nombreux et aussi de son coût non négligeable associé à une difficulté
certaine d’obtention des mises à jour. Pour la distribution Ubuntu, nous considérerons
uniquement le bureau Gnome (son bureau par défaut), ce qui nous permettra de traiter de
l’installation de ‘lanceurs’ associés à des icônes, qui simplifieront la mise à jour et l’utilisation
de DIOGENE. Nous renverrons à des passages des deux documents readme.pdf et
majdiogene.pdf chaque fois que nécessaire, pour éviter d’avoir à répéter ce qui s’y trouve
exposé en détail. Nous supposerons que l'utilisateur, après installation d'Ubuntu, a connecté
son PC à l'Internet sous Linux avec une ligne haut débit (ADSL ou autre). L'installation des
paquetages gérant les connexions internet est entièrement automatisée sous Ubuntu et donc,
le PC sera prêt à être connecté après la fin de l'installation de base.
1. Installation d’Ubuntu Linux (si le PC ne possède pas déjà Linux)
Tous les détails sont donnés dans l’ouvrage ‘Simple comme Ubuntu’, intégré à la
documentation (/usr/DIOGENE/documents) et téléchargeable depuis http://amap.cirad.fr . Le
chapitre 2 concerne l’installation proprement dite (en ‘double boot’ avec Windows), y
compris par téléchargement, et les chapitres 3 et 4 à une ‘prise de contact’ et à l’installation de
nouvelles applications (paquets). Cet ouvrage concerne la dernière version d’Ubuntu 7.04) au
moment où nous écrivons (25/09/2007). La version 7.10 est annoncée pour fin octobre 2007.
Les modes opératoires seront évidemment identiques à ceux décrits dans ce document et dans
l’ouvrage (ou très voisins si la distribution a été revue pour les parties concernées).
2. Installation des 'paquets' indispensables pour le fonctionnement de
DIOGENE (s'ils ne n'ont pas été installés automatiquement)
On utilisera le 'gestionnaire de paquets' Synaptic. Le bouton 'Rechercher', à droite de la ligne
de commandes, permet à la fois de visualiser ce qui est déjà installé (case correcpondant au
paquet surlignée) ou non (case non surlignée). L'installation se fera en cochant les cases
correspondant aux paquetages et validant les choix en cliquant sur le bouton 'Ajouter à la
sélection' qui apparaît alors, et enfin en cliquant sur le bouton 'Appliquer'. Pour toutes
précisions, voir l'ouvrage Simple comme Ubuntu pages 54 et suivantes.
Les saisies d'écran 1 à 7 ci-dessous donnent la liste des paquetages indispensables (cases
surlignées) et des logiciels simplement utiles : ceux-ci figurent dans les deux dernières saisies
d'écran concernant Gnuplot et OpenOffice. L'interfaçage de DIOGENE avec Gnuplot n'est
pas complètement finalisé mais le sera sans doute fin 2007 ou début 2008 ; cependant, rien
n'empêche de l'utiliser en mode 'manuel', DIOGENE éditant dès maintenant des fichiers
'compatibles Gnuplot' qui permettent d'obtenir des graphiques en qualité publication.
OpenOffice constitue une autre alternative pour réaliser les graphiques (de même qu'Excel,
en important les sorties de DIOGENE sous Windows). En tout état de cause, il permet de
formater au mieux toutes les sorties, y compris les graphiques en mode alphanumérique. Pour
cela, il convient, comme sous Word, de réaliser la mise en pages en format paysage et en
caractères de 8, en utilisant une police à espacements fixes (par exemple, Courrier new). Pour
que le formatage soit optimal dans tous les cas de figure, réduire la marge 'haut' à 0.2 cms, la
marge 'bas' à 0.3 cms. Pour les marges 'gauche' et 'droite', on prendra 2.5 cms (marges par
défaut). Si, exceptionnnellement, il fallait agrandir le format (graphiques par exemple), choisir
0.1 pour la marge 'haut' et 2.0 pour les marges 'gauche' et 'droite'.
Saisie d'écran 1
Saisie d'écran 2
Saisie d'écran 3
2
Saisie d'écran 4
Saisie d'écran 5
Saisie d'écran 6
3
Saisie d'écran 7
3. Mise de l'utilisateur et de root en configuration csh
Le document readme.pdf donne tous les détails nécessaires pour cette phase de l'installation.
Cette la mise de l'utilisateur et de root en configuration csh est absolument indispensable pour
une installation fonctionnelle de DIOGENE.
4. Lancement du script d'installation
Cette opération, très simple, dépend des médias qui sont utilisés pour installer DIOGENE
(CD, clé USB ou téléchargement). Elle est décrite en détail dans les deux documents
readme.pdf et majdiogene.pdf.
5. Création de lanceurs pour faciliter l'utilisation de DIOGENE et ses
mises à jour
L'installation de lanceurs associés à des icônes permet d'automatiser et de rendre 'instinctives'
des tâches répétitives. Elle est particulièrement simple avec un bureau Gnome.
A partir des exemples actuellement implémentés en standard dont nous allons décrire le
processus de mise en place, tout utilisateur pourra facilement créer ses propres variantes.
5.1. Principe mis en oeuvre
Le système mis en place actuellement permet d'activer cinq commandes bash (scripts A...E)
destinées à lancer les le gestionnaire de menu déroulant (diogene), à initier la création d'une
chaîne de traitement en mode expert (dio), à réitérer une chaîne de traitement déjà créée en
lançant le moteur de réitération (jbstar), ou à exécuter une chaîne, réitérée ou non (gene). Il
s'agit des scripts A, B, C et D ci-dessous. Les exécutables sont lancés depuis le répertoire
/home[user]/donnees où sont censés se touver les fichiers de données. La commande E
(midas) sert d'amorce pour les mises à jour de DIOGENE et son articulation avec le script
instdio est détaillée dans le document majdiogene.pdf. On a donc affaire à un système à trois
étages : Le clic sur l'icône lance l'une des cinq commandes qui, à son tour, active un script ou
un programme.
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5.2. Création des lanceurs par l'utilisateur
Un clic droit sur sur le bureau affiche un menu dont l'une des options est 'créer un lanceur'. Un
clic gauche sur ce bouton affiche l'onglet repoduit par la saisie d'écran 8. Un clic sur le bouton
'Aucune icône' affiche une liste déroulante d'icônes (saisie d'écran 9) et l'on peut alors choisir
l'une d'entre elles en cliquant dessus ; elle prend alors la place du commentaire 'Aucune
icône'. Après sélection de l'icône, il suffit de renseigner les trois derniers champs de l'onglet
(le contenu du premier, 'Application' étant imposé). La zone 'Commentaire' servira à générer
la 'bulle' qui informera l'utilisateur sur la fonction de chaque icône lorsque le pointeur de la
souris la 'survolera'. Les saisies d'écran 10 à 14 montrent le contenu des cinq onglets
correspondant aux commandes décrites en 5.1. Naturellement, l'utilisateur est libre d'adapter
le contenu des champs à sa guise, sauf en ce qui concerne le champ 'Commande' dont le
contenu est évidemment imposé.
Saisie d'écran 8
Saisie d'écran 9
Saisie d'écran 10
Saisie d'écran 11
5
Saisie d'écran 12
Saisie d'écran 13
Saisie d'écran 14
Commandes bash associées au système de lanceurs
A. Script diogene_run
#!/bin/bash
DATADIR=~/donnees
XTERM=`which xterm`
DIOGENE_CMD=/usr/DIOGENE/diogene
GEOM=260x130
SHELL_CMD=/bin/csh
echo $DATADIR
echo $XTERM
echo $DIOGENE_CMD
echo $GEOM
$XTERM -ls -geometry $GEOM -e "cd $DATADIR ; $DIOGENE_CMD"
B. Script dio_run
#!/bin/bash
DATADIR=~/donnees
XTERM=`which xterm`
DIO_CMD=/usr/DIOGENE/dio
GEOM=260x130
SHELL_CMD=/bin/csh
echo $DATADIR
echo $XTERM
echo $DIO_CMD
echo $GEOM
$XTERM -ls -geometry $GEOM -e "cd $DATADIR ; $DIO_CMD"
C. Script jbstar_run
#!/bin/bash
DATADIR=donnees
XTERM=`which xterm`
JBSTAR_CMD=/usr/DIOGENE/jbstar
GEOM=260x130
SHELL_CMD=/bin/csh
echo $DATADIR
echo $XTERM
echo $JBSTAR_CMD
echo $GEOM
$XTERM -ls -geometry $GEOM -e "cd $DATADIR ; $JBSTAR_CMD"
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D. Script gene_run
#!/bin/bash
DATADIR=~/donnees
XTERM=`which xterm`
GENE_CMD=/usr/DIOGENE/gene
GEOM=260x130
SHELL_CMD=/bin/csh
echo $DATADIR
echo $XTERM
echo $GENE_CMD
echo $GEOM
$XTERM -ls -geometry $GEOM -e "cd $DATADIR ; $GENE_CMD"
E. Script midas_run
#!/bin/bash
DATADIR=~/
XTERM=`which xterm`
MIDAS_CMD=midas
GEOM=260x130
SHELL_CMD=/bin/csh
echo $DATADIR
echo $XTERM
echo $MIDAS_CMD
echo $GEOM
$XTERM -ls -geometry $GEOM -e "cd $DATADIR ; $MIDAS_CMD"
6. Résumé, conclusions et perspectives
Après une installation 'standard' d'Unbuntu Linux, il faut ajouter les paquetages
supplémentaires indispensables ou simplement utiles pour le fonctionnement de DIOGENE et
la mise en forme de ses résultats. Ces opérations se feront au mieux en étant connecté à
Internet, le gestionnaire de paquetages Synaptic allant automatiquement chercher les
programmes sur les sites appropriés dans leurs versions les plus récentes. Il est ensuite
indispensable de configurer root et l'utilisateur en csh avant le lancer le script d'installation
(pour une première installation). Le document readme.pdf donne toutes précisions à ce sujet.
Par la suite, les mises à jour seront presque ou totalement automatisées 'selon que l'on a ou
non mis en place le lanceur de l'amorce midas. Le document majdiogene.pdf fait un point
détaillé sur les mises à jour. Pour compléter ce document, la lecture des premiers chapitres de
l'ouvrage Simple comme Unbuntu est fortement recommandée.
Le seul point délicat dans l'installation de Linux en 'double boot' avec Windows est la création
des partitions Linux (après une indispensable défragmentation des disques logiques
Windows). L'utilisation, préalable à l'installation proprement dite, du logiciel Partition
Magic (Symantec) permettra de sécuriser au maximum cette opération. Un logiciel libre
d'origine Framasoft, Gparted-live est également disponible (téléchargeable gratuitement).
En conclusion, si l'installation de DIOGENE stricto sensu est très simple (et a fortiori sa mise
à jour), l'installation préalable de Linux avec les paquetages appropriés est plus délicate. Mais,
avec la documentation actuellement disponible sur Internet et les progrès réalisés par les
gestionnaires de paquetages, elle reste néanmoins à la portée de non-informaticiens. Il est
enfin probable que, dès 2008, seront commercialisées des clé USB de 8 GO, pour un coût de
moins de 100 €, permettant d'utiliser DIOGENE sans avoir à l'installer. Une solution
alternative est également à étudier : des disques durs externes USB couplés à une mémoire
flash. Cette dernière formule, un peu plus 'encombrante', permettrait de disposer d'un espace
de stockage pratiquement illimité.
Montpellier le 28/09/2007
Avec la collaboration de F. Théveny (lanceurs) et de Sèverine Bérard (mise en page)
Ph. Baradat
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