Phase pré analytique en Phase pré-analytique en microbiologie et

Phase pré‐analytique en Phase
pré analytique en
microbiologie et norme NF EN g
ISO 15 189
Dr. Patrice LAUDAT, ,
Laboratoire Arnaud, Tours
54 ème Journée de Biologie Clinique Necker-Institut Pasteur-18 janvier 2012-Paris.
Phase pré‐analytique en microbiologie et norme NF EN ISO
microbiologie et norme NF EN ISO 15 189.
Patrice LAUDAT
Patrice LAUDAT Laboratoire ARNAUD – Tours
[email protected]
Le contexte réglementaire français a changé
• Ordonnance du 13 janvier 2010 relative à la biologie médicale
• Code de la Santé Publique: Art. L 6221‐1 « Un laboratoire de biologie médicale (LBM) ne peut réaliser d’examen
biologie médicale (LBM) ne peut réaliser d
examen de de
biologie médicale sans accréditation »
• Accréditation délivrée par le COFRAC selon la Norme NF EN ISO 15 189
ISO 15 189
Contexte de la Microbiologie
Contexte de la Microbiologie
• ÉÉtapes pré‐analytiques, analytiques (examen direct , ensemencement, quantification parfois, identification, antibiogramme et interprétation) et post analytiques
antibiogramme et interprétation) et post‐analytiques.
• Microorganismes vivants , potentiellement virulents.
Microorganismes vivants potentiellement virulents
• Méthodes
Méthodes manuelles et automatisées, qualitatives
manuelles et automatisées qualitatives et et
« quantitatives ».
• Traçabilité de l
de l’ensemble
ensemble du processus du processus
• Validations indispensables pour toutes les étapes et techniques.
Les trois phases d’un examen de microbiologie médicale
Pré‐analytique
é
l i
‐Prélèvement d’un échantillon
élè
d’ é h ill
‐ Recueil des éléments cliniques pertinents
‐Préparation , transport Pé
ti
t
t et conservation t
ti
de l’échantillon jusqu’au laboratoire
Analytique ‐ Processus technique permettant l’obtention du résultat de l’analyse microbiologique
Post‐analytique
‐Validation ‐ Interprétation contextuelle du résultat
‐ Communication appropriée du résultat au prescripteur dans un délai compatible avec l’état de l’art
Ce qui n’est
Ce qui n
est pas du pré‐analytique
pas du pré analytique
• Analyses de biologie délocalisée : norme NF p
g
EN ISO 22870 = responsabilité du biologiste
• Dépistage « au lit du malade », au cabinet médical ou par le patient (exemple
médical ou par le patient (exemple bandelette urinaire ‐ BU) : les BU disposent d’un marquage DMDIV ( dispositif médical ’
(
f é
l
pour diagnostic in vitro) mais relèvent du décret actes infirmiers ( art. R.4311‐5.39 du CSP) = pas de responsabilité du biologiste
CSP) pas de responsabilité du biologiste
Examens microbiologiques : principaux objectifs
• Mise en évidence du ou des microorganismes p q
p
impliqués dans le processus infectieux
• Mesurer leurs sensibilités aux antimicrobiens
• Détecter le portage de certains agents
Dé
l
d
i
• Étudier l’épidémiologie
p
g communautaire et nosocomiale
• Déterminer le statut immunitaire vis‐à‐vis Dét
i
l t t ti
it i
i à i
d’un microorganisme
• Suivre l’évolution d’une infection traitée ou non
Microbiologie : une place particulière en bi l i
biologie.
• Au service :
– D’un patient
• Diagnostic d’une infection suspectée ou avérée
• En amont : prévention d’infection (MRSA, BLSE, VanR , C. difficile)
• En aval : assistance thérapeutique.
– De la collectivité locale ou régionale : hôpital
• Alerte sur les phénomènes épidémiques
• Gestion des épidémies
• Coopération avec EOH, CLIN et C‐CLIN
Coopération avec EOH CLIN et C CLIN
– De la collectivité nationale
• Niveaux 1, 2 et 3 du réseau Biotox
Niveaux 1 2 et 3 du réseau Biotox
Mise en
culture
Echantillon
J0
Aliquotage,
Prétraitement
C
Conservation
ti
Examen
microscopique
pq
Procédure OPERATIONNELLE
Selon décisions prises :
Identification, Abg, BM, téléph, …
Résultat final
Saisie des données
analytiques
y q
± Transmission
Saisie cumulative des données
analytiques ± Transmission
Lecture des cultures
Procédure DÉCISIONNELLE
C.A.T. en f° microscopie,
Identif présomptive colonies,
colonies
données cliniques, demande
Expression de la demande
et données cliniques
J≥1
Saisie cumulative des données
analytiques ± Transmission
Phase Pré
Pré-Analytique
Analytique J≤0
Echantillons biologiques
Personnel
préleveur
Patient
Echantillons
Matériel
Phase préanalytique
Enregistrement
Conformité
Transport
Phase pré-analytique
Diagramme d’Ishikawa
Phase pré analytique : ≤ J0
Phase pré‐analytique : ≤ J0
Etape cruciale pour le processus en aval
– Responsabilité du biologiste
Responsabilité du biologiste
– Clarté de la prescription médicale
– Choix du matériel de prélèvement
– Conditions de transport: délai, température…
– Documents associés (prescription adaptée?)
– Formation du personnel préleveur et à Formation du personnel préleveur et à
l’enregistrement.
La phase la plus concernée par les non‐conformités
PLAN EXPOSE
PLAN EXPOSE
• Prescription médicale/ NF EN ISO 15 189
• Réalisation du prélèvement
Réalisation du prélèvement
• Délai de transport et conservation des é h ill
échantillons
• La sécurité
• Les risques d’erreurs
• Refus d’analyse par le biologiste
• Automatisation et robotisation à J0
Automatisation et robotisation à J0
• Le personnel en microbiologie
Prescription médicale / norme NF EN ISO 15 189
• Acte de réflexion intellectuel
• Objectif diagnostique, pronostique, Objectif diagnostique, pronostique,
thérapeutique ou préventif
• Volonté de médicalisation
V l éd
édi li i de la profession
d l
f i
• Possibilité de modifier la prescription
p
p
• L’interprétation biologique est faite « en f ti d élé
fonction des éléments cliniques pertinents t li i
ti
t
que le clinicien lui aura communiqués »
Aide au processus d’accréditation en microbiologie: les sources d’information
y Norme NF EN ISO 15 189
• Documents COFRAC: avec points fastidieux
• Recueil des exigences spécifiques pour l’accréditation des LBM : SH REF 02 (septembre 2010)
• Guide technique d’accréditation en biologie médicale : SH G id
h i
d’
édi i
bi l i
édi l SH
GTA 01 (mai 2011)
• Une Société Savante: SFM
Une Société Savante: SFM
• Référentiels: REMIC V4, 2010, SFM et CA‐SFM, 2011/12 REVIR V2 2007 SFM
REVIR, V2, 2007, SFM • Groupe de travail: QUAMIC, SFM
• Des documents réalisés par, et pour des microbiologistes
D d
t é li é
t
d
i bi l i t
Norme EN NF ISO 15 189: contenu et but
Norme EN NF ISO 15 189: contenu et but
• Chapitres 1 à 3 pas d’exigences spécifiques, introduction et terminologie.
• Chapitre 4 est le socle du système de «
Ch it 4 t l
l d
tè
d pilotage
il t
» où ù
management: achats (logiciels), recours aux consultants, recrutements, investissements…..mais à quel coût ? À suivre
recrutements, investissements…..mais à quel coût ? À suivre
• Chapitre 5: formalisation des pratiques techniques avec des exigences renforcées sur la traçabilité et les validations des g
ç
méthodes: partie métier
But final: obtenir la confiance dans la validité des résultats
5.4 NF EN ISO 15 189 :
Procédures pré‐analytiques
• 5.4.1 : feuille de prescription ,ordonnance g p q
avec données démographiques et renseignements cliniques et/ou épidémiologiques (fiche)
épidémiologiques (fiche)
‐ prélèvements à visée diagnostique/ é é
épidémiologique l
‐ spécimen et nature des analyses
spécimen et nature des analyses
‐date et heure de prélèvement et de réception
• Contrat tacite entre 3 parties : prescripteur, patient et biologiste
Procédures pré‐analytiques : Articles L.6211‐14 et L.6211‐17
• Impose la signature d’une convention entre p
q
LBM et préleveurs externes qui fixe les procédures applicables.
• En cas de prélèvement par un auxiliaire En cas de prélèvement par un auxiliaire
paramédical extérieur au LBM, le patient prend toujours contact préalablement
é l bl
avec le l
LBM. Le biologiste détermine les examens à réaliser et les procédures applicables.
Ecoute et contractualisation avec les clients
• Besoins clients identifiés : tous moyens
• Contrats formalisés : exigences et Contrats formalisés : exigences et
engagements des 2 parties, respect du guide du préleveur renseignements cliniques delai
du préleveur, renseignements cliniques, delai de réponse…
• Revue régulière des contrats : indicateurs de suivi, non‐conformités,
suivi, non
conformités, délais …
délais …
• Réclamations des clients tracées : actions correctives
ti
• Enquêtes de satisfaction des clients à faire
Exemples de renseignement cliniques à obtenir
• Bactériologie : nature du prélèvement, site , g
p
(
urgence de la réponse (examen direct/cytologie), symptômes cliniques , antibiothérapie infection nosocomiale
antibiothérapie , infection nosocomiale, endocardite , méningite………
• Biologie moléculaire : simple si Chlamydiae , l
lé l
l
hl
si VIH VHC VHB quantification , génotypage ,.
• Sérologie infectieuse : hors femme enceinte et réglementaire informations
et réglementaire , informations complémentaires ( vaccins……)…….. 5.4.2 : manuel de prélèvements
• Liste des analyses du LBM
• Informations sur le choix des méthodes sur le choix des méthodes
disponibles et les indications médicales
• Informations pour le patient / préparation I f
i
l
i
/ é
i
pour le prélèvement
• Procédures : identification de l’échantillon primaire prélèvement matériel
primaire, prélèvement, matériel…
• Instructions : type et quantité d’échantillon, exigences particulières (délai, transport, °C..)
Manuel de prélèvements suite
Manuel de prélèvements, suite
• Fourni aux préleveurs
• Formation et contractualisation : traçabilité Formation et contractualisation : traçabilité
de la formation et de la prise de connaissance
• Investissement des microbiologistes dans la formation des préleveurs : choix du matériel adapté
• Tout échantillon non‐conforme refusé et t é
tracé
• Dérogations possibles formalisées
Points critiques en microbiologie
SH GTA 01 ‐COFRAC
• Prélèvement réalisé de manière aseptique p
avant antibiothérapie
• Réactifs commerciaux et non périmés
• Délai entre prélèvement et analyse : critique
Dél i
élè
l
ii
• Cas des échantillons pré‐traités dans un autre p
laboratoire : mêmes exigences
• Qualification : validation des acquis
Q lifi ti
lid ti d
i
• Actes opérateurs‐dépendant : compétence
• Analyses de bactériologie à traiter en 1er
Réalisation du prélèvement : acte‐clé
Réalisation du prélèvement : acte
clé
• Préleveur : habilité, identifié et « respect des précautions standard »
p
• Prélèvement : respect des procédures du LBM choix du matériel identification
LBM, choix du matériel, identification, conditionnement, quantité
• Si visée diagnostique : début du processus infectieux, avant antimicrobiens, éviter les
infectieux, avant antimicrobiens, éviter les flores commensales, privilégier les prélèvements profonds ou invasifs
prélèvements profonds ou invasifs
Schéma général de la significativité des microorganismes dans les prélèvements
Nature du prélèvement
d
élè
Flore commensale
l
l
S il d i ifi i é
Seuil de significavité
Catégorie 1 :
Prélèvements au niveau des sites « normalement stériles »: LCR, hémocultures, liquides séreuses, biopsies…
Non
Non Catégorie 2 :
Autres prélèvements : urines, respiratoires
Oui Oui Catégories 3 :
Prélèvements fortement
Prélèvements fortement colonisés : peau, selles, téguments, muqueuses,
g g
gorge
Oui Non Délai de transport et conservation des échantillons
• Analyse d’organismes vivants, parfois j
virulents et sujets à leur environnement: transport, délai, conditionnement inadaptés faussent les résultats par excès
faussent les résultats par excès (prolifération)ou par défaut (germes fragiles).
• Variété du type d’échantillons : sang, urines, éé
’é h
ll
selles, liquides , pus, pièces anatomiques….
• Ce qui impose :prélèvement ciblé ,milieu de transport adapté (délai idéal < 2 h sinon ) un
transport adapté (délai idéal < 2 h sinon ), un dialogue avec les cliniciens. Milieux spéciaux « dits de transport » : milieu Amies et milieu M4RT • Permettent la survie et non croissance de g
nombreux microorganismes
• Milieux tamponnés , réducteurs et pauvres en éléments nutritifs
en éléments nutritifs
• Conservent l’humidité de l’échantillon
• Evitent le stress oxydatif
• Maintiennent le rapport entre les M i ti
tl
t t l
populations microbiennes initiales Dispositif médical pour diagnostic in vitro : DMDIV (CE)
• Le laboratoire doit maitriser la phase pré‐
y q
p
analytique et doit procéder à la vérification (validation) des modifications apportées lors d’écarts
d
écarts aux recommandations fournisseurs
aux recommandations fournisseurs
• Important pour les milieux transports : CLSI/NCCLS, 2003, Quality control of /
l
l f
microbiological transport systems, Approved standard M40‐A vol 23 N°34.
Conditions pré‐analytiques conformes au REMIC – SFM (V4 – 2010)
Paramètre
è
Fréquence
é
Température
é
Délai analyse
él i
l
Matériel
éi l
Urines ECBU
Continue
Ambiante 24 h
Flacon stérile + ac.borique
Urines ECBU
Continue
2‐8 °C
< 12 h
Flacon stérile
Pus Continue Ambiante 24 h
Écouvillon transport transport
(Amies)
Pus Continue Ambiante < 2 h
Écouvillon Hémocultures
5‐10 ml sang Continue Ambiante < 12 h
Flacons aéro
et/ou ana
LCR
Continue Continue
24/24 h
Ambiante
Ambiante <2h
< 2 h
Flacons stériles Flacons
stériles
2
Génital Continue Ambiante 24 h
Écouvillons 2 (Amies)
Génital PCR ,virologie
Continue Ambiante 24 h
Écouvillons M4RT
Conditions pré analytiques :Suite
Conditions pré‐analytiques :Suite
Paramètre è
Fréquence é
Température é
Délai analyse
él i
l
Matériel éi l
Coproculture
Selles (3 noix)
Continue 2‐8 °C
< 12 h
Flacon stérile
Toxine C.difficile
7/7 j
Continue 2‐8 °C
< 12 h
Flacon stérile
Asp.bronchique
Asp
bronchique Continue Continue
Spermoculture
Ambiante
<2h
< 2 h
Flacon stérile
Flacon stérile
Crachats BK
Continue 2‐8 °C
< 48 h
Flacon stérile 3j
Liquide
ponction
Continue Ambiante < 2 h
<12 h
Flacon stérile
Flacon hémoculture
Per‐opératoire
orthopédie
Continue Ambiante < 2 h
Flacons stériles (5 idéal) broyage
y g
Anaérobies Continue Ambiante Vol > 2ml < 6 h Flacon stérile Vol < 2ml <1h* *ou 24 h+ M transport
ECBU :Système de transport avec acide borique Ecouvillons en nylon ou dacron en milieu de transport
Choisir un milieu liquide de transport évalué
La sécurité
La sécurité
• Respecter les « Précautions dites standard »
• Fermeture hermétique des flacons
Fermeture hermétique des flacons
• Procédures de désinfection connues et réalisées
é li é
• Sachets protecteurs et séparés du bon
p
p
• Gestion des DASRI
• Ne jamais décapuchonner les aiguilles , pas de seringue transport avec aiguille
Les risques d’erreurs
Les risques d
erreurs
•
•
•
•
•
•
•
•
Identification et étiquetage
Antiseptique préalable
Antiseptique préalable
Transport ou stockage impropre
Milieu de transport absent ou inaproprié
Traitement en cours
Traitement en cours
Contamination par flore endogène
Site inaccessible : ponction hémorragique
Matériel de prélèvement deffectueux
Matériel de prélèvement deffectueux Echantillons justifiant d’un refus pour analyse microbiologique
• Non ou mal étiquetés ( sauf dérogation)
• Reçus dans des flacons endommagés et non Reçus dans des flacons endommagés et non
étanches (en particulier pour site stérile)
• Visiblement contaminés
Vi ibl
i é
• Conditions de conservation non respectées
p
• Inappropriés aux analyses demandées
• Identique à un autre échantillon reçu le même jour ( sauf LCR, Hémoc.,état clinique, contrôle sérologique légal..) Automatisation et robotisation à J0
Automatisation et robotisation à J0
• Disponibilité de nouveaux automates et robots en Microbiologie et en Biologie Moléculaire.
• Evolution réglementaire: permet d’envisager des plateaux
techniques partagés pour plusieurs sites.
partagés pour plusieurs sites
• Preuve
Preuve que le processus est déjà engagé: nombre des LBM que le processus est déjà engagé: nombre des LBM
inscrits au contrôle national de qualité en bactériologie:
‐ 2009: 2009: 2905
‐ 2011: 1118 données Afssaps
Phase Analytique J 0
Automates
Echantillons
Environnement
Contexte
Personnel
Technique
Phase préanalytique
Automates
Phase analytique
Diagramme d’Ishikawa
Automates à J0
Automates à J0
• Colorateurs : (Gram, Auramine, Ziehl, MGG)
• Automates pour Hémocultures
Automates pour Hémocultures
• Cytomètre en flux pour les urines :
‐ IQ 200 (Iris)
‐ Sysmex UF 1000 (bioMérieux)
Sysmex UF 1000 (bioMérieux)
‐ Urised (i2A)
y Ensemenceurs
y Biologie moléculaire temps réel
Biologie moléculaire temps réel
Colorateurs
Automates à J0 : Hémocultures
Automates à J0 : Hémocultures
I2A URISED® / Menarini
Sysmex /bioMérieux UF‐1000i
UF‐1000i®
IRIS iQ200®
Automates à J0 : Bio. Mol.
GeneXpert Ceipheid
Automates à J0 : ensemenceurs
Automates à J0
: ensemenceurs
• Non robotisé :
‐ Prévi Isola bioMérieux
Prévi Isola bioMérieux
• Robots : ‐ WASP COPAN/SIEMENS
WASP COPAN/SIEMENS
‐ INNOVA BD
‐ Kiestra Lab Automatisation
‐ Prélude I2A
Prélude I2A
Automates à J0 : ensemenceurs
Automates à J0
: ensemenceurs
Les ensemenceurs à J0
• Automatisation de certaines phases de culture
Automatisation de certaines phases de culture
• Facteur de : – Standardisation
– Traçabilité – Gain de temps – Réduction de la variabilité interopérateur
Réduction de la variabilité interopérateur
• Etiquetage
Etiquetage boite par boite : suivi du dossier boite par boite suivi du dossier
patient
• Suivi des N° de lot des milieux
Choix critères : robot, marquage CE, évaluations disponibles
WASP Evaluation sur site
WASP‐Evaluation sur site
Standardisation de l’ensemencement
Standardisation de l
ensemencement
Standardisation de l’ensemencement
Standardisation de l
ensemencement
Evaluation sur site : répétabilité
Evaluation sur site : répétabilité
Evaluation sur site : contamination
Evaluation sur site : contamination
Evaluation sur site : pouvoir de séparation
Vérification quantification
Vérification quantification
Quantification WASP
Quantification WASP
Quantification en Manuel
Quantification en Manuel
Quantification en Manuel
Quantification en Manuel
Réduction de la variabilité inter opérateur
• Matériel : pastille 7100 CFU E.coli
éi l
ill 100 C
li
• WASP/ Manuel
N°
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
NB
Col
WA
SP
71
75
61
66
63
84
73
76
67
75
NB
Col
Ma
70
50
38
55
15* 3*
NC NC
• WASP Valeur moyenne : 71.1 (écart type 6.59 ).
y
(
yp
)
• Manuel Valeur moyenne : 38.5 (écart type 23.13 ).
Traçabilité et respect du temps minimal d’incubation de 18 H
• Essentiel pour les prélèvements polymicrobiens
p
y
: ECBU, pus superficiels, p
p
suppurations de classe II et III..
• Indispensable pour les milieux sélectifs : pour les milieux sélectifs :
MRSA, EBLSE ……
• Gestion avec « 2 étuves » ce qui permet d’assurer
d
assurer la lecture correcte des milieux.
la lecture correcte des milieux.
• En attente d’une gestion automatisée idéale : « l’incubation intelligente».
l’i b ti i t lli t
Le personnel en microbiologie • Formation complexe pour le personnel spécialisé
Formation complexe pour le personnel spécialisé
– Techniques de bactériologie classique (savoir‐faire acquis sur plusieurs années)
– Connaissances anatomiques solides
– Connaissance des divers dispositifs médicaux
– Connaissances en pathologie infectieuse pour lier la bactériologie à la clinique
– Connaissance de ses propres limites et responsabilités pour Connaissance de ses propres limites et responsabilités po r
faire intervenir le biologiste
– Communication positive, esprit d
Communication positive, esprit d’équipe
équipe
– Formation permanente dans le laboratoire et hors de celui‐ci : lectures, réunions
– Programme de contrôle des connaissances
Accréditation: état des lieux ( site du COFRAC‐11/ 2011). Norme 15 189
• Nombre total LBM accrédités en Santé Humaine (SH) : 205.
• Mais : 60 types EFS, spécialisés ( toxicologie, génétique….).
• Soit 145 LBM à activité médicale: 133 privés et 12 CH.
• Accréditation en bactériologie: 23 / 145 (16 %).
22 privés et 1 CH
• Accréditation en virologie: 4 (2 CH et 2 privés)
• Idem en mycologie‐parasitologie
Coûts liés à l’accréditation / norme ISO 15189
total = 444 000 euros dépenses initiales
Données SNMB mai 2011
Surcoût personnel ETP 40 000
Qualiticien 40 000
V lid i
Validation méthodes éh d
240 000
240 000
CIQ et EEQ 5 000
Logiciel dédié
Logiciel dédié 45 000
45 000
Mise niveau matériel 25 000
Agencements locaux 10 000
Maintenances supplémentaires 5 000
Achats métrologie 8 000
Accompagnement
15 000
Audits 3 000
Audits COFRAC
Audits COFRAC 8 000
8 000
+ Suivi : 145 000 euros / an Conclusion
• Si
Si l’analyse d’un échantillon ne donne pas le l’ l
d’ é h ill
d
l
résultat escompté : revoir les modalités des prélèvements autre site moment du prélèvement
prélèvements, autre site, moment du prélèvement, milieux de transport, délai…..5M
• La qualité du dialogue entre le prescripteur et le biologiste est primordiale
biologiste est primordiale
• SSupports écrits (manuel prélèvement) et t é it (
l élè
t) t
procédures diffusées sont indispensables
Indispensable REMIC
Indispensable REMIC
• FIN MERCI
FIN MERCI