BIO-1006 : Biostatistique - PIXEL

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BIO-1006 : Biostatistique
NRC 17853
Hiver 2014
Mode d'enseignement : Présentiel
Temps consacré : 3-1-5
Crédit(s) : 3
Méthode scientifique et importance de la statistique en biologie.
Échantillonnage. Statistiques descriptives. Présentation des données.
Distributions statistiques. Test d’hypothèses statistiques. Comparaison de
variances, de moyennes et de fréquences. Corrélation. Régression. Analyse de
variance. Tests non paramétriques.
Plage horaire :
Cours en classe
mardi
09h30 à 12h20
Laboratoire (17889)
lundi
13h30 à 15h00
Laboratoire (17890)
lundi
15h30 à 17h00
Laboratoire (17891)
vendredi 13h30 à 15h00
PLT-2751
Du 13 janv. 2014 au 25 avr. 2014
ABP-0222
Du 13 janv. 2014 au 25 avr. 2014
ABP-0222
Du 13 janv. 2014 au 25 avr. 2014
ABP-0222
Du 13 janv. 2014 au 25 avr. 2014
Il se peut que l'horaire du cours ait été modifié depuis la dernière
synchronisation avec Capsule. Vérifier l'horaire dans Capsule
Site de cours :
https://www.portaildescours.ulaval.ca/ena/site/accueil?idSite=52050
Coordonnées et disponibilités
Frédéric Maps
Professeur
VCH 2046-A
[email protected]
418 656 2131 poste 2691
Disponibilités :
Dépannage: la mardi après les cours, de 13h30 à 16h00 au VCH 2046-A.
Frédéric Maps
Enseignant
[email protected]
Soutien technique :
Pour recevoir du soutien technique relatif à l'utilisation du Portail des Cours,
contactez :
Équipe TacTic (FSG)
Pavillon Adrien-Pouliot, Local 3718
http://tactic.fsg.ulaval.ca
[email protected]
418-656-2131 poste 8747
Toutes sessions (du 1 janvier au 31 décembre)
Lundi
09h00 à 16h00
Mardi
09h00 à 16h00
Mercredi
09h00 à 16h00
© Université Laval
Mis à jour le 17 avr. 2014 16:55
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Jeudi
Vendredi
09h00 à 16h00
09h00 à 16h00
Page 2 de 12
Sommaire
Description du cours ......................................................................................................................... 4
Introduction .................................................................................................................................. 4
Approche pédagogique .................................................................................................................... 4
Objectifs généraux ......................................................................................................................... 4
Dates importantes .......................................................................................................................... 4
Cours 2.0 ...................................................................................................................................... 4
Contenu et activités .......................................................................................................................... 5
Évaluations et résultats .................................................................................................................... 5
Examens et Travaux Pratiques ......................................................................................................... 5
Modalités d'évaluation ..................................................................................................................... 5
Informations détaillées sur les évaluations sommatives ....................................................................... 6
Examen 1 ................................................................................................................................. 6
Examen 2 ................................................................................................................................. 6
Rapport TP1 .............................................................................................................................. 6
Rapport TP2 .............................................................................................................................. 6
Rapport TP3 .............................................................................................................................. 6
Rapport TP4 .............................................................................................................................. 7
Rapport TP5 .............................................................................................................................. 7
Rapport TP6 .............................................................................................................................. 7
Rapport TP7 .............................................................................................................................. 7
Rapport TP8 .............................................................................................................................. 7
Rapport TP9 .............................................................................................................................. 7
Rapport TP10 ............................................................................................................................ 7
Politique sur l'utilisation d'appareils électroniques ............................................................................... 7
Règles générales du département relatives aux évaluations sommatives ................................................ 8
Sommaire des résultats .................................................................................................................. 8
Barème de conversion .................................................................................................................... 9
Politique sur le plagiat et la fraude académique .................................................................................. 9
Gestion des délais .......................................................................................................................... 9
Qualité du français ........................................................................................................................ 10
Évaluation de l'enseignement ......................................................................................................... 10
Étudiants ayant un handicap, un trouble d’apprentissage ou un trouble mental ..................................... 10
Matériel didactique ......................................................................................................................... 10
Matériel obligatoire ....................................................................................................................... 10
Matériel complémentaire ............................................................................................................... 10
Spécifications technologiques ......................................................................................................... 11
Médiagraphie et annexes ................................................................................................................ 11
Portail thématique de la Bibliothèque .............................................................................................. 11
Médiagraphie ............................................................................................................................... 11
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Description du cours
Introduction
Le cours s'adresse d'abord aux personnes inscrites en biologie. Ce cours vise à familiariser l’étudiant avec les
méthodes statistiques de base utilisées dans un contexte biologique.
Cette introduction à la biostatistique permettra à l’étudiant d'explorer des données avec methode et d’effectuer
certaines analyses statistiques simples sans avoir recours à des logiciels de statistiques spécifiques. Le cours
apportera à l’étudiant une bonne introduction à la logique et au vocabulaire employé dans le domaine de la
biostatistique.
Approche pédagogique
Le cours est composé d’une partie théorique consistant en des exposés magistraux sur les différentes méthodes
d'exploration de données et de statistiques.
Des exercices pratiques en laboratoire sont proposés afin d’appuyer les exposés théoriques. Ces périodes
de laboratoire ont pour objectif d’initier l’étudiant(e) à toutes les étapes du traitement et de l’analyse des
données. Microsoft Excel est utilisé pour la grande majorité des exercices, en complément une introduction au
logiciel R (http://cran.r-project.org/) sera proposé tout au long de la session.
Objectifs généraux
Plus spécifiquement, au terme de ce cours, vous serez en mesure :
de donner du sens à un (des) jeu(x) de données
de synthétiser et présenter l'information sous forme de graphiques
de présenter des statistiques descriptives
d'effectuer des tests statistiques afin de tester des hypothèses
Dates importantes
Date de début du cours
14 janvier
Date limite d’abandon avec remboursement
27 janvier
Date limite de retour du matériel
Date d’abandon sans mention d’échec et sans remboursement
24 mars
Date normale de fin du cours
25 avril
Cours 2.0
Pendant le cours, l'utilisation des téléphones cellulaires sera interdite, mais celle des ordinateurs
portables sera autorisée pour prendre des notes ou annoter les notes de cours, à condition que le wifi soit
éteint !
Pas de texting, facebooking, scrapbooking etc. pendant le cours ! Les communications pourront être
reprises pendant la pause.
L'enseignant pourra exclure de la séance de cours toute personne qui ne respecterait pas ces règles
de conduite.
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Contenu et activités
Le tableau ci-dessous présente les semaines d'activités prévues dans le cadre du cours.
Titre
Date
Semaine 1 : Introduction + analyse exploratoire des données
Semaine 2 : analyse exploratoire des données + Statistiques descriptives (TP1)
Semaine 3 : Lois de probabilité / Estimation (TP2)
Semaine 4 : Comparaison de moyennes (TP3)
Semaine 5 : Comparaison de moyennes... suite (TP4)
Semaine 6 : Analyse de la variance (TP5)
Semaine 7 : Examen 1 (35%)
Semaine 8 : Semaine de lecture
Semaine 9 : Analyse de la variance... suite (TP6)
Semaine 10 : Corrélation / Régression (TP7)
Semaine 11 : Régression... suite (TP8)
Semaine 12 : Régression multiple (TP9)
Semaine 13 : Tableaux de contingence (TP10)
Semaine 14 : Conclusion + Révisions
Semaine 15 : EXAMEN 2 (35%)
TP
R
Corrigés des TP
Lectures
Documents Examen I & II (incluant corrigés)
Note : Veuillez vous référer à la section Contenu et activités de votre site de cours pour de plus amples détails.
Évaluations et résultats
Examens et Travaux Pratiques
Examens partiels
Il y aura deux examens partiels au cours de la session. Les examens partiels visent à évaluer les
apprentissages acquis au cours de la période précédent chaque examen. La pondération des deux examens est
de 35%.
Travaux pratiques
Il y aura 10 travaux pratiques au cours de la session. Les travaux pratiques ont pour objectif de permettre à
l’étudiant d’appliquer certaines analyses statistiques simples dans un contexte biologique.
Modalités d'évaluation
Sommatives
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Sommatives
Titre
Date
Mode de travail
Pondération
70 %
Examens (Somme des évaluations de ce regroupement)
Examen 1
Le 25 févr. 2014 de 09h30 à 12h20
Individuel
35 %
Examen 2
Le 22 avr. 2014 de 09h30 à 12h20
Individuel
35 %
30 %
Travaux pratiques (Somme des évaluations de ce regroupement)
Rapport TP1
Dû le 31 janv. 2014 à 15h00
En équipe
3 %
Rapport TP2
Dû le 3 févr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP3
Dû le 10 févr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP4
Dû le 17 févr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP5
Dû le 24 févr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP6
Dû le 17 mars 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP7
Dû le 24 mars 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP8
Dû le 31 mars 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP9
Dû le 7 avr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Rapport TP10
Dû le 14 avr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Informations détaillées sur les évaluations sommatives
Examen 1
Date et lieu :
Mode de travail :
Pondération :
Remise de l'évaluation :
Le 25 févr. 2014 de 09h30 à 12h20, PLT-2744,PLT-2751
Il y aura 2 salles d'examen: 2744-PLT et 2751-PLT
Individuel
35 %
Dans votre salle d'examen au surveillant.
Examen 2
Date et lieu :
Mode de travail :
Pondération :
Le 22 avr. 2014 de 09h30 à 12h20, VCH-2850
Individuel
35 %
Rapport TP1
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
31 janv. 2014 à 15h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP2
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
3 févr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP3
Date de remise :
Mode de travail :
10 févr. 2014 à 17h00
En équipe
Pondération :
3 %
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Pondération :
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP4
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
17 févr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP5
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
24 févr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant l'examen.
Rapport TP6
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
17 mars 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP7
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
24 mars 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP8
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
31 mars 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP9
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
7 avr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant les TPs.
Rapport TP10
Date de remise :
Mode de travail :
Pondération :
14 avr. 2014 à 17h00
En équipe
3 %
Boîte de dépot
Pendant le cours.
Politique sur l'utilisation d'appareils électroniques
L'utilisation d'appareils électroniques (cellulaire ou autre appareil téléphonique sans fil, pagette, baladeur,
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agenda électronique, etc.) est interdite au cours d'une séance d'évaluation et de toute autre activité durant
laquelle l'enseignant l'interdit.
De plus, lorsque l'usage de la calculatrice est permis, alors seuls certains modèles de calculatrices sont
autorisés durant les séances d'évaluation.
Les modèles suivants sont autorisés :
Hewlett Packard
HP 20S, HP 30S, HP 32S2, HP 33S, HP 35S
Texas Instrument
TI-30Xa, TI-30XIIB, TI-30XIIS, TI-36X, BA35
Sharp
EL-531*, EL-546*, EL-520*
Casio
FX-260, FX-300 MS, FX-300W Plus, FX-991MS, FX-991ES, FX-991W,
FX-991ES Plus C
* Calculatrices Sharp: sans considération pour les lettres qui suivent le numéro
Dans tous ces cas, la calculatrice doit être validée par une vignette autocollante émise par la COOP étudiante
ZONE.
Règles générales du département relatives aux évaluations sommatives
Les étudiants qui ont une lettre d'Attestation d'accommodations scolaires obtenue auprès d'un
conseiller du secteur Accueil et soutien aux étudiants en situation de handicap (ACSESH) doivent
rencontrer leur professeur au début de la session afin que des mesures d'accommodation en classe ou
lors des évaluations puissent être prévues et planifiées suffisamment à l'avance puis mises en place.
Absences lors d’examens, d’évaluations ou de remises de travaux
L’article 270 du règlement des études de l’Université Laval (édition du 1er mai 2009 mise à jour en juin 2011)
prévoit que la reprise d’une évaluation est possible pour des motifs sérieux et qu’elle se fait selon les modalités
prévues par l’unité responsable du cours.
Tout étudiant qui ne peut se présenter à un examen, doit en informer le professeur ou chargé de cours dans un
délai maximum de 3 jours ouvrables suivant la tenue de l’examen pour établir une date de reprise de l'examen.
Les seuls motifs acceptables pour s’absenter à un examen sont les suivants :
incapacité pour l’étudiant de se présenter à l’examen durant la plage horaire prévue, suite à une
convocation par une cour de justice
problème d’ordre médical confirmé par un billet précis du médecin; le problème peut toucher l’étudiant
lui-même, son ou sa conjointe ou un de ses enfants
mortalité d’un proche, à être documentée par une preuve de décès de la personne. Le terme proche vise
notamment les personnes suivantes : le conjoint ou la conjointe, un enfant, le père ou la mère, le
beau-père ou la belle-mère, un grand-père ou une grand-mère, un frère ou une sœur
Les pièces justificatives doivent être présentées au professeur responsable du cours et ce dans les meilleurs
délais.
Aucune justification d’absence reliée à des événements sportifs (sauf pour les athlètes de niveau Rouge et Or
qui devront prévenir à l’avance le professeur de leur absence à un examen), à un travail, à un conflit d’horaires
avec d’autres cours ou examens, à des horaires de voyage conflictuels (ex : billets d’avion déjà achetés), ou à
des motifs religieux n’est acceptable. Le fait de s’inscrire à deux cours consécutifs dont les examens ont
également lieu de façon consécutive n’est pas un motif acceptable. Les conflits d’horaire doivent être résolus au
tout début de la session, avant la fin de la période de modification du choix de cours, à l’initiative de l’étudiant
lui-même. Un étudiant inscrit au cours après cette date est réputé ne pas avoir de conflit d’horaire pour se
présenter à ses examens.
Toute absence justifiée à un examen entraîne l’obligation pour un étudiant de passer un examen de reprise.
L’étudiant a l’obligation de se rendre disponible à la date fixée par le professeur sans quoi il obtiendra la note
zéro pour cet examen. Cette date ne doit pas entrer en conflit avec l’horaire de cours de l’étudiant ni avec
l’horaire des examens déjà cédulés.
Sommaire des résultats
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Barème de conversion
Cote
% minimum
% maximum
Cote
% minimum
% maximum
A+
90
100
C+
66
69,99
A
86
89,99
C
62
65,99
A-
82
85,99
C-
58
61,99
B+
78
81,99
D+
54
57,99
B
74
77,99
D
50
53,99
B-
70
73,99
E
0
49,99
Politique sur le plagiat et la fraude académique
Règles disciplinaires
Tout étudiant qui commet une infraction au Règlement disciplinaire à l'intention des étudiants de l'Université
Laval dans le cadre du présent cours, notamment en matière de plagiat, est passible des sanctions qui sont
prévues dans ce règlement. Il est très important pour tout étudiant de prendre connaissance des articles 28 à
32 du Règlement disciplinaire. Celui-ci peut être consulté à l'adresse suivante:
http://www.ulaval.ca/sg/reg/Reglements/Reglement_disciplinaire.pdf
Plagiat
Tout étudiant est tenu de respecter les règles relatives au plagiat. Constitue notamment du plagiat le fait de:
i. copier textuellement un ou plusieurs passages provenant d'un ouvrage sous format papier ou
électronique sans mettre ces passages entre guillemets et sans en mentionner la source;
ii. résumer l'idée originale d'un auteur en l'exprimant dans ses propres mots (paraphraser) sans en
mentionner la source;
iii. traduire partiellement ou totalement un texte sans en mentionner la provenance;
iv. remettre un travail copié d'un autre étudiant (avec ou sans l'accord de cet autre étudiant);
v. remettre un travail téléchargé d'un site d'achat ou d'échange de travaux scolaires.
L'Université Laval étant abonnée à un service de détection de plagiat, il est possible que l'enseignant soumette
vos travaux pour analyse.
Gestion des délais
Les TPs devront être remis la semaine suivante en début de labo
pour le groupe BIO-1006C, le vendredi suivant à 13h30 au plus tard;
pour le groupe BIO-1006A, le lundi suivant à 13h30 au plus tard;
pour le groupe BIO-1006B, le lundi suivant à 15h au plus tard.
En cas de retard dans la remise d'un TP, 10 % sera soustrait de la note du travail par jour de retard.
Dans ce cas, le TP sera à déposer au secrétariat de biologie (VCH 3058) à l'attention de F. Maps.
Le TP ne sera pas corrigé s’il est remis plus de 4 jours en retard !
pour le groupe BIO-1006C, le mardi suivant à 13h30 au plus tard;
pour le groupe BIO-1006A, le vendredi suivant à 13h30 au plus tard;
pour le groupe BIO-1006B, le vendredi suivant à 15h au plus tard.
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Qualité du français
En conformité avec la Politique sur l’usage du français à l’Université Laval, des Dispositions relatives à
l’application de la politique sur l’usage du français à l’Université Laval et la Politique facultaire ou
départementale sur l’usage du français, le français utilisé dans vos travaux doit être impeccable. Ainsi, la
qualité du français sera évaluée à hauteur de 5% dans les examens et 10% dans les travaux longs ou
rapports de TP. La qualité du français ne concerne pas que l'orthographe, mais également la clarté de
l'expression des idées et de la communication dans son ensemble !
Un membre du personnel enseignant peut refuser de corriger un travail montrant une très mauvaise qualité du
français et le retourner à l’étudiant pour qu’il le recommence. Le cas échéant, les pénalités associées au retard
de la remise du travail seront assumées par l’étudiante ou l’étudiant selon les critères présentés dans le plan de
cours (voir ci-dessus).
Évaluation de l'enseignement
Il est possible que le cours que vous suivez soit évalué. Si tel est le cas, vous serez invité à remplir en classe un
questionnaire d’appréciation. Votre opinion est très importante car elle permettra d’améliorer la qualité de ce
cours. Nous comptons donc grandement sur votre collaboration.
Étudiants ayant un handicap, un trouble d’apprentissage ou un trouble mental
Les étudiants qui ont une lettre d'Attestation d'accommodations scolaires obtenue auprès d'un conseiller du
secteur Accueil et soutien aux étudiants en situation de handicap (ACSESH) doivent impérativement se
conformer à la politique d'Accommodations scolaires aux examens de la Faculté des sciences et de génie qui
peut être consultée à l'adresse : http://www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg/documents/PDF/Politique-Facultaire-Accommodements.pdf
Matériel didactique
Matériel obligatoire
Les notes de cours (diapositives.pdf) seront disponibles sur le portail au plus tard le lundi précédent le cours.
Bien évidemment, il ne s'agit que d'un support au cours et les notes de cours fournies ne se substituent pas au
cours lui-même ! (J'en dis plus que j'en écris...).
Matériel complémentaire
Biostatistique pour les sciences de la vie et de la santé (vi tome)
Auteur : Triola, Marc M, Triola, Mario F
Éditeur : Pearson Education(Paris, 2009)
ISBN : 9782744073496
Comprendre et réaliser les tests statistiques à l'aide de R : manuel pour les débutants
Auteur : Millot, Gaël
Éditeur : De Boeck(Bruxelles, 2008)
ISBN : 9782804101794
Biostatisque
Auteur : Bruno Scherrer
ISBN : 9782896320059
Biostatisque (2e édition)Auteur : Bruno ScherrerÉditeur : Gaetan Morin & Ass.Vol. 1, ISBN:
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9782896320059Vol. 2, ISBN: 9782896320066
Biometry : the principles and practice of statistics in biological research
Auteur : Sokal, Robert R, Rohlf, F. James
ISBN : 9780716786
Biometry : the principles and practice of statistics in biological research (4e édition)Auteur :
Sokal, Robert R, Rohlf, F. JamesÉditeur : W.H. Freeman & Company (2012)ISBN :
978-0-716-78604-7
The R Book
Auteur : Michael J. Crawley
ISBN : 9780470973
The R BookAuteur : Éditeur : John Wiley & Sons, LtdISBN : 978-0-470-97392-9
Spécifications technologiques
L’ensemble du matériel didactique est disponible sur la plateforme de diffusion de cours. Chaque semaine, vous
êtes invité à consulter la section Contenu et activités décrivant les activités d’apprentissage. Le site web du
cours vous offre aussi un outil de dépôt de vos travaux électroniques.
Médiagraphie et annexes
Portail thématique de la Bibliothèque
La Bibliothèque de l’Université Laval offre à ses usagers l’accès à des informations et des outils en recherche
documentaire regroupés par discipline :
Livres, articles, documents multimédias, etc.
Bases de données de la discipline
Nouveautés
Suggestions de votre conseiller à la documentation
Trucs et astuces
Etc.
Pour explorer les ressources de votre discipline, cliquez sur le lien suivant :
www.bibl.ulaval.ca/mieux/chercher/index_portails
Médiagraphie
Parce qu'ici on forme des biologistes et des écologistes informés et à l'esprit ouvert, voici quelques liens
d'actualité que je trouve interessants... et si vous fouillez bien, vous trouverez des stats là-dedans...
À propos de la différence entre corrélation et causalité...
URL :
http://www.lactualite.com/blogues/le-fouineur/les-gens-intelligents-necoutent-pas-beyonce-et-ne-lisent-pas-la-bible/?u
Site consulté par l'enseignant le 31 mars 2014
Site qui démonte intélligemment la théorie récente sur les supposés méfaits du gluten !
URL :
http://demeter.uqar.ca/Triticum/index.php/Pourquoi_Davis_est_dans_le_champ_%28de_bl%C3%A9%29
Site consulté par l'enseignant le 24 mars 2014
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Un blog de science (modélisation des écosystèmes marins, entre autres...)
URL :http://www.seascapemodeling.org/seascape_projects/
Site consulté par l'enseignant le 31 janvier 2014
Un SUPER site (eng) pour réviser les bases, et même calculer plein de truc sans ouvrir R...
URL :http://vassarstats.net/index.html
Site consulté par l'enseignant le 13 février 2014
Pour répondre à mononc' "Coudon, c'est-tu à cause du réchauffement qu'y neige en Louisianne? "
URL :http://www.dfo-mpo.gc.ca/science/publications/article/2014/01-23-14-fra.html
Le nerf de la guerre...
URL :
http://www.ledevoir.com/economie/actualites-economiques/398569/l-ecofiscalite-pour-accelerer-le-virage-vert
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