Haplotypes - HFA

Interpréter et Utiliser les nouvelles informations génétiques
La génomique nous permet de connaître plus d'informations sur les bovins à un plus jeune âge que
nous n’avons jamais connu auparavant. Avec cette nouvelle technologie, les généticiens découvrent
des caractères qui étaient précédemment inconnus ou incapables d'être mesuré puisque personne
ne pouvait prétendre comment ils s’exprimaient.
Les chercheurs de l’USDA ont récemment découvert trois haplotypes impactant la fertilité dans la
race Holstein. Un haplotype est une combinaison d'allèles (des segments d'ADN) aux emplacements
divers sur un chromosome qui sont transmis par petits groupes ou plus exactement sous forme de
courts segments d’ADN connus sous le nom d’haplotypes. Référencé comme HH1, HH2 et HH3, ces 3
haplotypes de la race Holstein causeraient la mort embryonnaire ou fœtale lorsqu’ils sont présents
par paires ou de forme homozygote, c'est-à-dire, l’embryon ou le fœtus qui hérite l’haplotype
désigné tant du père que de la mère. Dans un troupeau, cela s’illustre par des échecs à l’IA ou à la
conception avec des intervalles, des cycles plus grands et une baisse du taux de réussite à l’IA. Les
chercheurs ont constaté qu’aucun individu vivant géntotypé n’était porteur de pair d’haplotypes. Ce
scénario est fortement peu probable basé sur des probabilités de population, à moins que les
animaux concernés n'aient pas survécu à la naissance.
Nous nous attendons, basé sur la théorie et l'expérience dans d'autres espèces, que chaque race
bovine (incluant la race Holstein) a de nombreux haplotypes différents qui ont une influence sur
divers caractères qui interviennent à très faible fréquence. Il est fortement probable que l'on
découvrira des haplotypes supplémentaires dans la race Holstein au fur et à mesure que les données
s'accumuleront. L'impact des haplotypes sur certains caractères peut être plus ou moins fort et il est
important que la réponse aux éleveurs des informations soit appropriée basée sur l'ampleur de
l'impact et de la fréquence de l’haplotype. Les informations qui suivent ont pour rôle de présenter
l’impact de ces hamplotypes nouvellement découvert en race Holstein sur la fertilité et expliquer
comment les éleveurs peuvent mieux raisonner leurs accouplements dans leurs troupeaux.
Test et Identification en race Holstein
On peut découvrir ces haplotypes par le Test Génomique 50K SNP et les résultats de ce test seront
utilisés pour désigner les animaux porteurs ou indemnes. Les trois haplotypes sont présent à des
fréquences entre 3 et 6% dans la population Holstein.
Depuis août 2011, le statut des taureaux testés et génomiques américains sont connus et disponibles
sur le site Bovec sur la page de chaque taureau.
Pour distinguer des taureaux porteurs et indemnes en race Holstein, il a été désigné les codes
suivants pour les Haplotypes 1, 2 et 3 (HH1, HH2 et HH3) :
C = Porteur (HH1C, HH2C, HH3C)
T = Indemne (HH1T, HH2T, HH3T)
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Modèle de transmission.
Il est important de noter que chacun des haplotypes, HH1, HH2 et HH3, sont présents sur différents
chromosomes et doivent être analysé comme des caractères séparés, indépendants l'un de l'autre.
Par exemple, l’haplotype HH1 peut causer la mort embryonnaire ou fœtale, l'embryon devrait hériter
l’haplotype HH1 du père et de la mère. Les haplotypes suivent un modèle de transmission identique
aux gènes dominants/récessifs.
Exemple 1: vache porteuse HH1C (porteur = Rr) x taureau porteur HH1C (porteur = Rr)
x
R
r
R
r
RR Rr
Rr rr
R = haplotype normal
r = haplotype HH1 (responsable de la mutation)
Résultat de la descendance : 25 % seraient homozygotes pour l’haplotype HH1 défavorable (rr) et ne
survivraient pas à la naissance. Parmi les descendants vivant, un tiers seraient homozygotes pour
l’haplotype favorable (RR) et le deux-tiers seraient porteurs de l’haplotype défavorable HH1 (Rr). Ou
25% des veaux indemne et 50% de veaux porteurs de l’haplotype HH1.
Exemple 2 : Statut d’une vache inconnue (mais père HH1C) x taureau HH1C
On ne connaît pas le résultat génomique d’une vache mais nous savons que son père est porteur de
l’haplotype HH1C. Si cette vache est accouplée avec un taureau porteur de HH1C, la probabilité que
l’embryon issu de cet accouplement exprimera l’haplotype homozygote défavorable et n’aboutira à
aucun veaux vivants sera de 12.5 %.
Exemple 3 : Accouplements de vaches et taureaux porteurs de différents haplotypes néfastes à la
fertilité (HH1C x HH2C)
Si vous accouplez deux animaux qui sont porteurs d’haplotypes différents - une vache qui est porteur
HH1 (HH2T, HH3T) et un taureau qui est porteur HH2 (HH1T, HH3T), on pourrait s'attendre aux
résultats suivants dans les descendants :
25% de veaux indemnes (HH1T et HH2T)
25 % de veaux porteurs de l’haplotype HH1 (HH1C, HH2T)
25 % de veaux porteurs de l’haplotype HH2 (HH1T, HH2C)
25 % de veaux porteurs pour les 2 haplotypes (HH1C et HH2C)
Parmi la population de taureaux disponibles en juillet 2011, 1349 taureaux étaient disponibles à
l’utilisation aux USA (testés et génomiques). De ces 1349 taureaux, 195 étaient porteurs de l’un des
haplotypes impactant la fertilité et seulement 1 possédait 2 haplotypes néfastes. La probabilité qu'un
taureau ait au moins un de ces haplotypes est de 14,45%, ou distinctement 5,0% pour HH1, 4,1%
pour HH2 et 5,5% pour HH3. Malgré la haute probabilité qu'un animal soit porteur d’un haplotype, la
probabilité d'accoupler deux animaux ayant le MÊME haplotype impactant la fertilité est très faible.
Par exemple, la probabilité d'accoupler deux animaux HH1C est 2,5 fois sur 1000 ou 2,5%.
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Comment cela affecte-t-il votre Programme de sélection ?
Les connaissances sont des forces lorsqu’elles permettent d’améliorer la génétique de votre
troupeau et réduire la fréquence des haplotypes défavorables ainsi que les gènes récessifs de la race
Holstein. Étant donné que des haplotypes défavorables existent dans quasiment toutes les familles
de vache et qu’il est fortement probable que nous en découvrirons de plus en plus à mesure que les
tests génomiques continueront à se développer, on s'attend à ce que de nombreux taureaux et
vaches élites soient porteurs d'un ou plusieurs haplotypes défavorables. Nous identifions la valeur
génétique que possèdent les animaux et avons connaissance de ce qui serait perdu si les éleveurs
éliminent ou réduisent l’utilisation de ces animaux génétiquement supérieurs.
Comme mentionné ci-dessus, ces haplotypes impactant la fertilité sont hérités complètement
indépendamment l'un de l'autre. Etant donné que la fréquence de n'importe quel haplotype est
basse, beaucoup d’accouplements potentiels sans le même haplotype existent dans la population
Holstein. Les animaux avec de haute valeur génétique qui sont porteurs d'un haplotype néfaste à la
fertilité devraient toujours être conservés pour la reproduction. Les éleveurs doivent s’assurer que
ces vaches soient accouplées avec des taureaux indemnes. Dans les cas d'accouplements d’animaux
porteurs, nous voyons vraiment une réduction significative du taux de réussite à l’IA. La combinaison
de tous les accouplements d’animaux porteurs parmi les trois haplotypes impactant la fertilité
représente seulement 0.7% des cas.
L'utilisation du Taux de gestation des Filles pour Améliorer la Fertilité
L’index Taux de gestation des filles (DPR) est la meilleure méthode pour des éleveurs souhaitant
améliorer la fertilité et l’index DPR inclut vraiment les effets associés des haplotypes nouvellement
découverts. Une approche potentielle serait de choisir des taureaux qui répondent le mieux aux
objectifs de votre élevage et utiliser ensuite les informations disponibles sur les haplotypes des
animaux pour éviter des accouplements à risque. Si les éleveurs utilisent uniquement les
informations sur les haplotypes pour faire leurs choix de taureaux et d’accouplements, il est probable
que leur impact pourrait être exagéré. Comme les effets des haplotypes néfastes à la fertilité est déjà
inclus dans DPR, des éleveurs qui sélectionnent sur DPR et éliminent complètement les animaux
porteurs de leur programme d’accouplement réaliseraient une sélection double sur les effets
négatifs des haplotypes. L'Association Holstein les USA encouragent des éleveurs à prêter attention
aux pedigrees, faire en sorte de connaître le statut de ses animaux et être attentifs aux statuts des
taureaux utilisés dans son troupeau.
L’objectif est de réduire les impacts négatifs sur le taux de réussite de ces haplotypes, éviter des
accouplements à risque.
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