Synchronisation de répertoire - Département des Sciences de la Terre

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Bash
Les commandes réseaux
Synchronisation de répertoire
Principe
On liste les fichiers présents dans les deux répertoires et on copie vers la
destination uniquement ceux qui sont plus récents
Un essai en local
mkdir -p ~/rsync/SRC ~/rsync/DEST
cd ~/rsync
touch ~/rsync/SRC/titi.txt
rsync -avvP ~/rsync/SRC/ ~/rsync/DEST
touch ~/rsync/SRC/toto.txt
Utilisation en réseau
touch ~/rsync/SRC/tata.txt
rsync -avvP ~/rsync/SRC/ ssh.ens-lyon.fr:~/rsync/DEST
Très utile pour les sauvegardes ...
M.Ulvrova, L.Pouilloux (ENS LYON)
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Bash
Accéder en ssh à l’ENS Lyon
le serveur : ssh.ens-lyon.fr
Clients en mode texte
putty (Windows)
terminal Mac
terminal Linux
En mode graphique
Winscp (Windows)
Fugu (Mac)
gFTP
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Bash
Traitement de fichiers textes
Travailler en ligne de commande : Bash
2
Les commandes de bases
Ouvrir des fichiers
Un peu de programmation en Bash
Configurer son shell
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Bash
Visualiser le contenu d’un fichier
Parcourir le fichier
cd Matos
more hexa_aniso_stability.txt
cat hexa_aniso_stability.txt
Voir les extrémités du fichier
head hexa_aniso_stability.txt
tail hexa_aniso_stability.txt
tail -f ~/.bash_history
Ouvrez un autre terminal Ctrl + Shift ⇑ + n , tapez des commandes et
quittez le nouveau terminal avec exit ou Ctrl + d
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Bash
Sélectionner des élements dans un fichier
Par lignes : grep
grep 38 hexa_aniso_stability.txt
grep \.38 hexa_aniso_stability.txt
ls -l ~ | grep rwx
ls -al ~ | grep ’\.g’
Par sélection précise : awk
awk ’NR == 5 , NR == 10 {print $0 }’ hexa_aniso_stability.txt
awk ’NR<=200 {print NR" : "$1,$2}’ hexa_aniso_stability.txt
awk ’NR<=200 {print NR" : "$1,$2}’ hexa_aniso_stability.txt > test.
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Bash
Faire des substitutions dans un fichier
On va utiliser sed.
Remplacer des . par des ,
sed
sed
sed
sed
cat
s/+/-/ hexa_aniso_stability.txt
s/+/-/g hexa_aniso_stability.txt
s/"\."/,/g hexa_aniso_stability.txt
s/"\."/,/g hexa_aniso_stability.txt > new_file
newfile
Enchainer le tout
grep 38 hexa_aniso_stability.txt | awk ’NR<=50 {print $1,$4}’
| sed s/"\."/,/g > toto.csv && localc toto.csv
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Bash
2
Ouvrir des fichiers
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Bash
Créer un script Bash
Ouvrez votre éditeur favori (nano, gedit, vi) et créer un nouveau fichier
nommé premier script.sh
premier script.sh
#!/bin/bash
echo ’ceci est mon premier script’
ls -l ~/var/log
Rendre le script executable et le lancer
chmod u+x premier_script.sh
./premier_script.sh
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Bash
Les variables
Variables simples
var1=coucou
var2="a tout le monde"
echo $var1 $var2
var1=2
var2=3
var3=$(( $var1 + $var2 ))
echo $var3
Créer des variables à partir du résultat d’une commande
var=‘ls‘
echo $var
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Bash
Variables d’environnement et tableaux
Variables d’environnement
env
echo $USERNAME
echo $SHELL
Tableaux
tab[0]=toto
tab[1]=titi
echo $tab[0]
echo ${tab[0]}
Arguments du shell
$0 nom du script
$1 $2 parametre donner au script
$#
nombre de parametres
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Bash
Les structures conditionnelles
Structure de base
if <condition>; then
<commands>
fi
Quelques exemples
if [
then
fi
if [
then
else
fi;
case
"$stringvar" == "tux" ];
echo ’la mascotte de linux’;
! -f nom_fichier ];
echo ’no file’;
echo ’fichier present’;
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Bash
Conditions multiples
space=‘df -h | awk ’{print $5}’ | grep % | sort -n |
tail -1 | cut -d "%" -f1 -‘
case $space in
[1-6]*)
Message="All is quiet."
;;
[7-8]*)
Message="Start thinking about cleaning out some stuff.
is $space % full."
;;
9[1-8])
Message="Better hurry with that new disk... One partition
is $space % full."
;;
*)
Message="I seem to be running with an
nonexistent amount of disk space..."
;;
esac
echo $Message
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Bash
Les boucles for
Syntaxe générale
for variable in liste_valeurs
do instruction(s)
done
Un exemple avec une variable
var=’A B C’
for i in $var
do echo $i
done
Un exemple quand on connait le nombre d’itérations
for i in {0..10..2}
do
echo "Welcome $i times"
done
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Bash
Les boucles while et until
Syntaxe générale
COMPTEUR=0
while [ $COMPTEUR -lt 10 ]; do
echo The COMPTEUR is $COMPTEUR
let COMPTEUR=$COMPTEUR+1
done
Un exemple avec
COMPTEUR=20
until [ $COMPTEUR -lt 10 ]; do
echo COMPTEUR $COMPTEUR
let COMPTEUR=$COMPTEUR-1
done
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Bash
Convertir une série d’images
Le commande convert
permet de transformer une image (rotation, format, decoupage, ...)
Aller dans Matos/images
Le script
#!/bin/bash
for f in $(find -type f -iname ’*.png’)
do
dest=‘echo ${f%.*}‘
echo "${f} to ${dest}.jpg"
convert "${f}" "${dest}.jpg"
done
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Bash
2
Ouvrir des fichiers
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Bash
Les alias
Ouvrez le fichier .bashrc
Principe
une chaine de caractère est associé à une commande prédéfinie
Exemples
alias info=’cd ~/InfoScientifique’
alias transfert_ssh_ens=’rsync -avvP ~/InfoScientifique/
ssh.ens-lyon.fr:
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Bash
Le PATH
Principe
le PATH est une variable d’environnement qui indique où aller chercher les
executables
Valeur par defaut
echo $PATH
Ajoutons un répertoire où l’on met nos scripts
mkdir -p ~/bin/scripts
Dans le fichier .bashrc :
export $PATH=$PATH:~/bin/scripts
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Bash
Mettons un peu de couleur
Le prompt
PS1=’${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[\033[01;33m\]\u
@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;35m\]\w\[\033[00m\]\$’
Quelques commandes
alias ls=’ls --color=auto’
alias grep=’grep --color=auto’
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LATEX
Produire des documents scientifiques : LATEX
1
Généralités informatiques
2
3
Principe général
Un premier document
Mettre en forme le texte
Les objets flottants
La gestion automatisée
Présentation PointPuissantTM
Poster
4
Création de cartes et de figures : GMT
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Traitement de données : Python
M.Ulvrova,
L.Pouilloux (ENS LYON)
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LATEX
LATEX
On va :
introduire le principe du langage
compiler un fichier LATEXet visualiser le PDF
organiser le document
mettre en forme de belles équations
gérer les images, les tables, etc ...
découvrir la puissance du langage (table des matières, index, listes de
tables et figures)
gérer la bibliographie
On appliquera tout cela à un rapport, une présentation et un poster.
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LATEX
3
Un premier document
Poster
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LATEX
Un fichier source transforé en PDF par la commande pdflatex
Séparation du contenu et de la mise en page
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LATEX
Un premier document
3
Un premier document
Poster
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LATEX
Un premier document
Compilons notre premier fichier
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\begin{document}
Bonjour tout le monde, ceci est mon premier document \LaTeX.
Comment ça marche ?
\end{document}
Ouvrir un terminal
Créer un répertoire Latex
Ouvrir un fichier hello.tex et y mettre le texte ci-dessus
Compiler le programme pdflatex hello.tex
Visualiser le document produit avec evince
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LATEX
Un premier document
Structure du fichier source
un entête ou header qui
contient :
I
Analysons le code
I
\documentclass{article}
\begin{document}
Bonjour tout le monde, ceci est
mon premier document \LaTeX.
I
un corps de document qui
contient tout ce qui sera
affiché (textes, figures,
tableaux)
Comment ça marche ?
\end{document}
la classe (article, book,
présentation, poster)
les packages utilisés
(accentuation, formules
mathématiques ...)
des informations (auteur,
titre, ...)
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Un premier document
Les classes et les options du documents
Quelques classes utiles
article
book
beamer
a0poster
Quelques options
a4paper
10pt
times, helvetica
twocolumn
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LATEX
Un premier document
Quelques packages indispensables
Les accents
\usepackage[latin1]{fontenc}
Les règles typographiques françaises
\usepackage[french]{babel}
Les mathématiques
\usepackage{amsmath}
Les figures
\usepackage{graphicx}
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LATEX
3
Un premier document
Poster
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LATEX
Taille de la police
\tiny Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
\scriptsize Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
\footnotesize Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
\small Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
\normalsize Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
\large Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
\Large Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
\LARGE Portez ce vieux whisky au juge blond qui
fume
Portez ce vieux whisky au juge blond
qui fume
\huge
Portez ce vieux whisky au juge
blond qui fume
\Huge
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LATEX
Mettre en valeur le texte
Texte en gras
{\bf Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume}
Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume
Texte en italique
{\it Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume}
Texte souligné
\underline{Portez ce vieux whisky au juge blond qui fume}
Texte en majuscules
{\sc Portez ce vieux Whisky au juge blond qui fume}
Portez ce vieux Whisky au juge blond qui fume
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LATEX
Alignement du texte
Par défaut le texte est justifé et aligné sur la gauche.
Centrer le texte
\begin{center}
Texte centr\’e
\end{center}
Texte centré
Décaler le texte à droite
\begin{flushright}
Texte d\’ecal\’e \‘a droite
\end{flushright}
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Texte décalé à droite
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LATEX
les listes
Listes à puces
\begin{itemize}
\item un element
\item un autre
\item encore un autre
\end{itemize}
un element
un autre
encore un autre
Les listes numérotées
\begin{enumerate}
\item un element
\item un autre
\item encore un autre
\end{enumerate}
1
un element
2
un autre
3
encore un autre
On peut bien évidemment les imbriquer ...
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LATEX
La structure du document
\section{Les \’el\’ements finis}
\subsection{Principe}
\subsubsection{Un peu d\’historique}
Mettez cela dans votre fichier et compilez ...
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LATEX
Les mathématiques
Introduire des maths au sein d’un texte
Consid\’erons $x\in
\mathbb{R}$ un
nombre al\’eatoire
Considérons x ∈ R un nombre
aléatoire
En laissant un espace avant et apès
Considérons
Consid\’erons $$x\in
\mathbb{R}$$ un
nombre al\’eatoire
x ∈R
un nombre aléatoire
Quelques exemples
$\int_{x=0}^{\infty}\frac
{\partial^2 f}{\partial x^2}
-\nabla \otimes f dx$
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R∞
∂2f
x=0 ∂x 2
− ∇ ⊗ fdx
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