la plateforme de bio-cristallographie

Chers Collègues,
L’UMS BioCampus Montpellier a maintenant presque 4 ans. Grâce au travail de tous, nous sommes parvenus à mettre en place une structuration des plateformes qui est saluée par nos collègues chercheurs
montpelliérains et enviée par beaucoup de ceux qui exercent ailleurs en France. Nous aurons d’ailleurs
bientôt l’occasion d’avoir une évaluation extérieure de notre organisation par le comité mis en place par
l’INSERM qui nous rendra visite à la fin du mois de septembre. Cette bonne image doit être pour nous un
encouragement à poursuivre notre structuration et à regarder ce que nous pouvons encore améliorer.
C’est l’un des buts de la ‘’Journée des Plateformes Technologiques’’ que nous organisons pour la deuxième
fois cette année et qui s’adresse à l’ensemble des personnels travaillant sur les plateformes, statutaires et
CDD, affectés à BioCampus ou aux unités de recherche.
La matinée sera l’occasion de parfaire nos connaissances et les responsables de plateformes ont choisi 2
technologies qui leur semblaient particulièrement prometteuses dans le domaine de l’imagerie et pour
la génération de modèles animaux. Anna Castro (CRBM) viendra ensuite nous donner le ressenti d’une
utilisatrice régulière de plusieurs plateformes. Afin de continuer à proposer aux chercheurs les formations
qui répondent le plus à leurs attentes, nous envisageons de faire évoluer les Ateliers Technologiques que
vous organisez régulièrement. Geneviève Conéjéro (MRI), en lien avec les responsables de plusieurs autres
plateformes, nous présentera ce que pourrait être un atelier technologique d’un genre nouveau. La séance
de posters de la fin de matinée sera l’occasion pour chaque plateforme de présenter les nouveautés de son
domaine et/ou les nouvelles prestations mises en place.
Au cours de l’après-midi nous évoquerons des problèmes ayant trait au fonctionnement quotidien des
plateformes : gestion des utilisateurs à travers un portail d’inscription commun, démarche qualité et nouvelles règles de facturation. Enfin, Didier Ritter de la société Acobiom (ex-Skuldtech) viendra nous donner
le ressenti des industriels sur le fonctionnement des plateformes académiques.
J’espère que cette journée sera pour vous l’occasion de vous informer, d’échanger avec vos collègues des
autres plateformes et qu’elle constituera le prélude à une année professionnellement fertile.
Au plaisir de vous voir le 5 septembre…
Laurent Journot
Directeur de BioCampus Montpellier
3
DIRECTEUR
Laurent JOURNOT
SECRÉTAIRE GÉNÉRALE ET COORDINATRICE GÉNÉRALE
Brigitte COUETTE
ASSISTANTE COMMUNICATION
Sophie MORENO
AUTRES PERSONNES AYANT PARTICIPÉES AU BON FONCTIONNEMENT LE JOUR J
Gaëlle IBANEZ
Anne-Charlotte SAADA
Zoely RAKOTOMANGA-RAJAONAH
Marine GRIMAL
DÉVELOPPEUR WEB
Cyril SARRAUSTE de MENTHIÈRE
5
GENOPOLYS
Campus Arnaud de Villeneuve
141 rue de la cardonille
34396 Montpellier cedex 5
Avec les transports en commun (TaM) depuis le centre ville :
- Tram ligne 1, Direction Mosson, arrêt Occitanie
- Bus ligne 6, Direction Euromédecine, arrêt Occitanie
En voiture
Attention!! Genopolys ne dispose d’aucun parking! Merci de privilégier les transports en commun, ou de
vous garer au parking Occitanie.
Le portillon d’accès à Genopolys est situé entre le parking Occitanie et la station de tram, sur le trottoir d’en
face (portillon blanc).
7
9
8h30 - 9h00
9h00
ACCUEIL CAFÉ
Hall - Cafétéria
Hall Cafétéria
Introduction de la journée par Laurent Journot, Directeur de l’UMS
9h15
Amphithéâtre
Nouvelles technologies innovantes :
- Système Crisp R (Nadia GUETTARI et Julie MAUTORD, Sigma-Aldrich)
(Michel EYBALIN, INM)
10h00
(Anna Castro, CRBM)
10h45 - 11h00
11h00
PAUSE CAFÉ
Hall - Cafétéria
Ateliers technologiques transversaux :
- Vers un pipeline commun pour l’analyse des interactions protéine-protéine
(Édouard Bertrand, Responsable de la Plateforme MRI)
- Étude des interactions protéine-protéine dans les membranes par protéomique et
imagerie. Exemple: aquaporines végétales (Geneviève Conéjéro, Plateforme MRI)
11h45
Hall Cafétéria
Séance posters
12h15 - 13h30
13h30
DÉJEUNER
Hall - Cafétéria
Amphithéâtre
Présentation du portail d’inscription pour l’accès aux plateformes
(Corine TRAN-AUPIAIS, MRI-TIGR)
14h00
Présentation du service Qualité de l’Unité (Gaëlle IBANEZ, qualiticienne de l’UMS)
14h20
(Laurent JOURNOT, Directeur de l’UMS)
15h00 - 15h30
15h30
PAUSE CAFÉ
Hall - Cafétéria
Amphithéâtre
La relation Client - Fournisseur (Didier RITTER, Directeur
d’Acobiom)
16h00
Conclusion de la journée par Laurent Journot
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1
LA MISE EN PLACE D’UN SYSTÈME DE MANAGEMENT QUALITÉ AU SEIN DE LA PLATEFORME
TECHNOLOGIQUE DE PHARMACOLOGIE ET D’ANALYSES DE COMPLEXES PROTÉIQUES (ARPEGE)
Gaëlle IBANEZ
Administration
ARPEGE, plateforme de Pharmacologie et d’Analyses de Complexes Protéiques, est labellisée IBiSA depuis 2008. Elle fait partie de l’unité mixte de services «BioCampus Montpellier». Elle est composée d’un
plateau technique dans lequel travaillent 4 personnes. Elle est spécialisée dans l’analyse à moyen débit
des interactions moléculaires, (protéine-protéine, protéine-ligand, enzyme-substrat, messager-récepteur)
basées sur les principes de fluorescence et de transfert d’énergie par résonnance.
Le périmètre de la certification comprend la « Recherche, expertise et prestations en analyse pharmacologique, criblage et interactome dans le domaine de biologie » selon la norme ISO 9001 version 2008.
Une Politique Qualité a été définie par le responsable de la plateforme et présentée à tout le personnel
concerné. L’animation et le suivi mensuel de l’avancement de la démarche qualité, est réalisé en externe à
la plateforme par la Responsable Management Qualité de l’unité «BioCampus Montpellier».
Une description des étapes clés de la construction du Système de Management de la Qualité est présentée
en dernière partie du poster.
14
2
PORTAIL D’INSCRIPTION BIOCAMPUS
Corine TRAN-AUPIAIS, Volker BÄCKER, Olivier MIQUEL,
Stéphanie VAUDESCAL, Stéphane LABORIE, Sylvie JULIEN
Administration
Le site de Montpellier compte 12 plateformes technologiques dans le domaine des Sciences du vivant.
Nombre d’entre elles sont labellisées IBiSA, certaines sont certifiées ISO 9001, montrant ainsi le haut niveau de qualité des services rendus dans leurs domaines de compétence, leur activité principale. Elles se
retrouvent ensemble dans une structure adaptée, l’Unité Mixte de Service BioCampus Montpellier (BCM),
afin de soutenir la production de données et de résultats pour le secteur académique ou industriel. Par
contre, et principalement par manque de moyens humains, la plupart des plateformes n’ont pas pu développer leurs activités de soutien comme elles l’auraient souhaité.
Dès lors, BioCampus a manifesté son intérêt pour une structuration commune des activités de soutien
de ses plateformes et leur standardisation avec pour objectif l’amélioration et la simplification de l’accès
utilisateur, en même temps, bien sûr, qu’une optimisation des performances de leurs activités principales.
Sous l’égide de la Direction de BCM, la première brique du système d’information de l’Unité est née avec
la création d’un portail d’inscription des utilisateurs pour le compte des plateformes. Ce portail est donc la
porte d’entrée pour l’utilisation des prestations proposées par les plateformes. L’équipe TIGR (Technologie
Informatique et Gestion des Ressources), grâce à l’expérience en mise en œuvre de système d’information
pour le compte de la plateforme MRI, a proposé et conçu ce portail. Avec le soutien de l’UMS, celui de la
plateforme MRI et la participation de toutes les plateformes, ce portail est maintenant mis à disposition de
la communauté : www.portail.biocampus.cnrs.fr
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3
IMGT/HIGHV-QUEST FOR NGS ANTIBODY REPERTOIRE ANALYSIS
Véronique GIUDICELLI, Eltaf ALAMYAR, Géraldine FOLCH,
Joumana JABADO-MICHALOUD, Patrice DUROUX, Marie-Paule LEFRANC
IMGT: the international ImmunoGeneTics information system (IGH) / Bioinformatique (IMGT)
IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® (http://www.imgt.org) created in 1989
at Montpellier, France, by Marie-Paule Lefranc (CNRS and Université Montpellier 2), is at the birth of immunoinformatics.
IMGT® manages the immunogenetics data, and more particularly the sequences, genes and structures
of immunoglobulins (IG) or antibodies and T cell receptors (TR). Standardization and data integration are
obtained through the IMGT-ONTOLOGY concepts of identification (IMGT standardized keywords), classification (IMGT standardized nomenclature: IMGT gene and allele names approved by HGNC and used by
NCBI Gene), description (IMGT standardized labels) and numerotation (IMGT unique numbering and IMGT
Colliers de Perles: widely used for antibody engineering and humanization).
IMGT® comprises seven databases (including IMGT/mAb-DB), seventeen tools and more than 15,000 pages
of Web resources. To answer the needs of high throughput and Next Generation Sequencing (NGS) data,
the IMGT/HighV-QUEST tool was developed which analyses up to 500,000 long sequences (e.g., from 454)
1
by run .
The results, based on IMGT-ONTOLOGY, include identification of the closest germline genes and alleles
for genotype and haplotype analysis, and standardized characterization of the ‘IMGT clonotypes (AA)’ for
antibody clonal diversity and expression and achieve, for the first time, a degree of resolution for NGS verifiable by the user at the sequence level. Amino acid frequency can be determined at each CDR-IMGT and
FR-IMGT positions. This tool provides a paradigm for IG clonal diversity and expression repertoire analysis
from NGS and high resolution results for antibody engineering and combinatorial library construction.
____________________
[1] Nat. Commun. 4:2333 (2013) PMID: 23995877
16
4
PLATEAU UNIFIÉ DE BIO-INFORMATIQUE STRUCTURALE
Gilles LABESSE, Jean-Luc PONS, Jérôme GRACY, Muriel GELIN
Plateforme Intégrée de Biologie Structurale (PIBS) / Bio-informatique Structure
Nous présenterons les possibilités offertes par notre plateau de bio-informatique structurale pour la modélisation macromoléculaire tridimensionnelle et le criblage virtuel de petites molécules que nous avons
récemment parallélisé pour l’appliquer sur des ensembles conformationnels de cibles thérapeutiques.
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5
LA PLATEFORME DE BIO-CRISTALLOGRAPHIE
Jean-François GUICHOU, Stefano TRAPANI, François HOH, Muriel GELIN
Plateforme Intégrée de Biologie Structurale (PIBS) / Plateau Bio-cristallographie
La plate-forme de Bio-cristallographie fait partie du CBS. Elle se décompose en deux parties. La première
concerne la cristallogenèse. La seconde partie découle naturellement de la première et concerne la diffraction, la détermination des structures 3D et leur affinement.
Mission
Cette plate-forme est une structure d’accès privilégié pour les équipes du CBS, mais également ouverte
aux équipes extérieures. Sa mission première est de suivre et superviser la réalisation de projets nécessitant l’approche de la Bio-Cristallographie.
Il s’agit notamment :
d’assurer et d’encadrer l’accès aux appareillages de mesures (le robot de cristallisation, le diffractomètre sur place et au synchrotron)
d’évaluer la faisabilité (temps, coût..) des projets présentés et de fixer les priorités ;
de définir les moyens à mettre en œuvre;
d’assurer les opérations de collecte des données et de leur traitement ;
d’assurer le suivi des projets ;
Cristallogenèse
Nous offrons la possibilité de tester plus de 2200 conditions de cristallisations, grâce à l’utilisation d’un
robot de dispense de nano-gouttes. Si ces premiers tests aboutissent à des (micro-)cristaux, des criblages
autour des conditions de cristallogenèse pourront être effectués afin d’améliorer la qualité et la taille de
des cristaux.
Détermination de Structures
L’obtention de cristaux ayant un pouvoir diffractant d’au moins 3 A, permettra d’envisager la détermination de la structure. La résolution de la structure sera effectuée par remplacement moléculaire.
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6
SCREENING OF AN IMMOBILIZED LIBRARY OF COMPOUNDS
USING IN SITU DIFFRACTION
Gilles LABESSE, Muriel GELIN, François HOH, Jean-Luc FERRER, Jean-François GUICHOU
Plateforme Intégrée de Biologie Structurale (PIBS) / Plateau Bio-cristallographie
Fragment Based Drug Design (FBDD)1 has emerged as an alternative to High Throughput Screening
(HTS) as an initial step for drug discovery. FBBD is based on identifying small chemical molecules - called
fragments - which bind usually weakly to their biological target due to their small size. Binding detection by X-ray crystallography provide valuable informations to guide the growth or combination of bound
fragments into improved lead compounds with higher affinity. However, this remains a low-throughput
approach.
In parallel, in situ diffraction technique is nowadays considered as a breakthrough in protein crystallogra2,3
phy . It actually allows the rapid analysis of macromolecules crystals still in their crystallization media,
without the need for handling crystals. It is also amenable to automatization.
The merging of these two techniques leads to a novel approach for ligand screening by X-ray crystallography. We shall described in detail the co-crystallization process set up in 96-well plates. Applications to
various tests cases including several therapeutic targets will be highlighted. Further developments to fully
automatize the procedure will be discussed.
____________________
[1] Kumar et al. (2012) Current Medicinal Chemistry 19, 5128-5147.
[2] Ferrer et al. (2013) Expert Opinion on Drug Discovery 7, 835-847.
[3] le Maire et al. (2011) Acta Cryst. D67, 747-755.
19
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PRÉSENTATION DU PLATEAU TECHNIQUE DE RMN
André PADILLA, Philippe BARTHE, Pau BERNARDO, Martin COHEN-GONSAUD,
Hélène DÉMÉNÉ, Karine de GUILLEN, Christian ROUMESTAND, Nathalie SIBILLE, Yinshan YANG
Plateforme Intégrée de Biologie Structurale (PIBS) / R.M.N.
Le plateau technique de spectroscopie RMN de la Plateforme Intégrée de Biologie Structurale (PIBS) est
situé au Centre de Biologie Structurale (CBS). L’accès aux équipements (spectromètres et stations informatiques de traitement) est ouvert aux laboratoires de recherches publics ou privés.
Le plateau de RMN dispose d’un parc de très haut niveau, régulièrement mis à niveau, composé de 3 spectromètres RMN : Bruker 500 MHz, 600 MHz et 700MHz. Le 500 et le 700 MHz sont équipés de cryo- sondes
et peuvent analyser des quantités faibles (30 nmol) d’échantillons en solution. Le 600 MHz est équipé d’un
système haute pression qui est utilisé pour les études du repliement des protéines.
Le plateau technique de RMN est ouvert aux laboratoires publics ou du secteur industriel. Selon la complexité de l’analyse, de l’expertise des utilisateurs ou de leurs souhaits, le plateau de RMN propose des
services allant de la simple mise à disposition des équipements à la prestation de service complète. Nous
vous invitons à nous contacter pour étudier votre projet qu’il soit dans le cadre d’une prestation ou d’une
collaboration scientifique.
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PLATEAU D’EXPLORATION FONCTIONNELLE SENSORIELLE ET MOTRICE DE L’INM
Anne-Laure BONNEFONT, Jérôme SARNIGUET, Marc LENOIR
Élevage et exploration fonctionnelle (RAM) / Exploration fonctionnelle sensorielle et motrice. (Site St Eloi)
Le plateau d’Exploration Fonctionnelle Sensorielle et Motrice est spécialisé dans l’analyse de modèles
in vivo, essentiellement murins, reproduisant les grandes pathologies sensorielles et motrices affectant
l’humain : cécités, surdités, acouphènes, vertiges, douleur, déficits locomoteurs et articulaires. Il est situé
dans les locaux de l’animalerie de l’INM, qui accueille différentes espèces de rongeurs sur une surface
totale de 450 m² divisée en deux secteurs de confinement (A1 et A2) et héberge les modèles expérimentaux des deux unités INSERM présentes à l’INM (844 et 1051) et de l’Institut de Médecine Régénératrice
et de Biothérapies (IRMB). Le plateau d’exploration fonctionnelle se répartit sur 5 salles indépendantes
les unes des autres et a deux objectifs principaux :
1. Explorer la fonction des systèmes articulaires, locomoteurs, visuels, auditifs, et somesthésiques
2. Développer des protocoles de thérapie cellulaire et génique dans le cadre d’essais pré-cliniques. Le
plateau est équipé de systèmes d’analyse comportementale et électrophysiologique de pointe :
Locomotion : Catwalk, open-field automatisé, video-tracking automatisé, rotarod,
tapis roulant.
Proprioception et nociception : gradient thermique, plaque chauffante, Von Frey
dynamique, Randall-Sellito, analgésie plantaire, balance pondérale
Equilibre : test vestibulo-oculaire .
Vision : Opto-cinétique, imagerie par tomographie, fond d’œil, potentiels évoqués
visuels, électrorétinographe
Audition : Potentiels évoqués auditifs, produits de distorsions acoustiques.
Il fait partie du Réseau des Animaleries de Montpellier (RAM), plateforme de l’UMS Biocampus. Il est
ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique académique et privée pour héberger des modèles
animaux et phénotyper leurs capacités sensorielles et motrices
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ZONE PROTÉGÉE A (ZPA) : CENTRE D’ÉLEVAGE ET DE PRODUCTION DE SOURIS
Sandie MENNECHET, Ana Bella AZNAR, Eric JOUFFRE, Arnaud LECLER, Guillaume VASSEUR
Élevage et exploration fonctionnelle (RAM) / Transgenèse et Technologies Associées. (Site Route de Mende)w
La ZPA, animalerie de confinement A1 de 650m² de statut SOPF (Specific and Opportunistic Pathogen
Free) est dédiée à l’élevage. Elle peut accueillir 15 000 souris (taux d’occupation actuel de 25%) avec une
possibilité d’extension.
Inaugurée en septembre 2012, La ZPA est ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique montpelliéraine. L’équipe zootechnique a en charge plus de 100 lignées murines et elle produit et constitue les lots
expérimentaux, pour les scientifiques travaillant sur différents sites de recherche montpelliérains (CRBM,
DIMNP, IGF, IGH, IGMM, IRCM, U1046). Afin de conserver le statut SOPF, les souris devant entrer dans cette
zone sont systématiquement redérivées et sont ensuite hébergées uniquement en portoirs ventilés avec
un change sous hotte.
Etant donné la capacité d’accueil importante, une attention particulière a été apportée sur les conditions
de travail de l’équipe zootechnique : automatisation d’une partie de la laverie, matériel produit sur mesure,
bruits environnants réduits au maximum.
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ZONE PROTÉGÉE B : ANIMALERIE D’EXPÉRIMENTATION DU CAMPUS ROUTE DE MENDE
Sandie MENNECHET, Sarah COUDERC, Marc PLAYS,
Melody CHAVERNAC, Thomas MARTINEZ, Alexandre MINEIKOS
Élevage et exploration fonctionnelle (RAM) / Transgenèse et Technologies Associées. (Site Route de Mende)
La ZPB, animalerie de confinement A1 de 150m², est la structure historique de l’IGMM, de statut SPF
(Specific Pathogen Free). Cette zone a une capacité d’accueil maximale de 5000 souris. Elle est orientée
sur l’expérimentation animale bien que de l’élevage y soit encore réalisé. Les souris immunodéficientes
peuvent être manipulées dans la ZPB qui est équipée de portoirs ventilés, hotte de change et PSM.
L’animalerie héberge essentiellement les souris des équipes scientifiques de la route de Mende.
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LE SERVICE CRYO DU RAM : UN SUPPORT OPÉRATIONNEL POUR LA CRYOPRÉSERVATION,
LA REVITALISATION ET LA REDÉRIVATION DE LIGNÉES MURINES GÉNÉTIQUEMENT MODIFIÉES
Anne SUTTER, Laurent LE CAM
Élevage et exploration fonctionnelle (RAM) / Transgenèse et Technologies Associées. (Site Route de Mende)
Le service CRYOpréservation/redérivation du réseau des animaleries montpelliéraines (RAM), a pour
principales missions la cryopréservation, la revitalisation, et la redérivation des lignées de souris génétiquement modifiées.
Ouvert en octobre 2013, le service propose des prestations de service dans le domaine de la cryopréservation de lignées sous forme de sperme ou d’embryons et assure l’archivage et le stockage à long terme de
ces paillettes sur 2 sites distincts pour plus de sécurité. La cryopréservation apporte une solution d’intérêt
pour la sécurisation des projets de recherche mais également pour la rationalisation des lignées qui ne
sont plus utilisées activement. Elle permet de réduire très significativement les coûts de maintien d’une
lignée moins utilisée. Le service du RAM assure la congélation de vos lignées selon des protocoles standardisés en intégrant des contrôles qualités adéquats réalisés par fécondation in vitro (FIV). La FIV constitue
par ailleurs une méthode de choix pour la redérivation et l’import de lignées ne présentant pas le statut
sanitaire adéquat. L’échange de lignées entre chercheurs et l’importation de nouvelles lignées dans le réseau RAM peut également se faire par le biais de ces paillettes congelées. La lignée pourra être revitalisée
à la demande des utilisateurs par FIV ou transfert d’embryons.
Le service CRYO du RAM propose également de gérer les exports de ces lignées vers des collaborateurs
éventuels.
Enfin, dans le cadre de ses missions visant à favoriser les collaborations entre équipes de recherche
académiques, le service CRYO du RAM centralise les informations associées aux lignées cryopréservées. Un fichier centralisant les informations associées aux lignées Cre et aux lignées rapporteurs (GFP,
b-Gal, etc...) qui ont été congelées sera diffusé au sein du réseau RAM, dans le respect de la confidentialité associée aux projets de recherches, des utilisateurs de ces lignées, et des règles administratives
régulant leur utilisation (MTAs).
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LA DÉMARCHE QUALITÉ DANS DES INFRASTRUCTURES CONFINÉES
DE NIVEAU DE SÉCURITÉ BIOLOGIQUE 3 : RETOUR D’EXPÉRIENCES.
Jacques-Damien ARNAUD, Maria-Teresa ALVAREZ,
Nadine MESTRE-FRANCES, Laurent LE CAM, Gaëlle IBANEZ
Élevage et exploration fonctionnelle (RAM) / Établissement Confiné d’Expérimentation. (Site Triolet)
L’Établissement Confiné d’Expérimentation (ECE) est l’un des plateaux techniques du Réseau des animaleries de Montpellier (RAM BioCampus Montpellier). L’ECE a décidé de mettre en œuvre dès 2012 une démarche qualité afin garantir la maîtrise des risques biologiques et accroître son rayonnement. L’expertise
de la qualiticienne de l’UMS BioCampus Montpellier a facilité la mise en place de cette démarche qualité
selon la norme ISO 9001 version 2008.
Les difficultés rencontrées ont été de convaincre et de sensibiliser l’ensemble du personnel et des utilisateurs du plateau, de comprendre et assimiler la norme ISO 9001 et l’adapter à notre fonctionnement. Les
différents audits réalisés nous ont aidé à dépasser ces difficultés et ont été source d’amélioration ainsi que
de nouvel élan.
Actuellement, les premiers bénéfices de cette démarche sont :
une meilleure écoute des utilisateurs (ce qui nous permet de répondre au mieux à
leurs besoins en tant que plateau)
une meilleure prise en compte des dysfonctionnements qui est source d’amélioration.
L’objectif est maintenant d’étendre cette démarche qualité au niveau des autres plateaux techniques du
RAM.
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LABORATOIRE TRANSCRIPTOME IRMB
Véronique PANTESCO
Plateforme MGX / Puces à ADN Affymetrix (IRB)
Activité
La plate-forme est impliquée dans :
• La Classification et l’Identification fine de marqueurs pronostics pour le myélome multiple et les leucémies aiguës.
• La mise en évidence de bio-marqueurs dans les cellules du Cumulus pour apprécier la qualité embryonnaire en fécondation in vitro.
• Recherche d’Anomalies Génétiques de petite taille pour les cas d’autisme et/ou retard mental (karyotype moléculaire).
• La Détection de polymorphismes ou de mutations au niveau des gènes Cancer.
• La Cartographie des zones de fixation de protéines sur la chromatine et l’étude des phénomènes
épigénétiques.
• L’analyse des variants génétiques parmi les 231 gènes intervenant lors du métabolisme et du transport des drogues.
• L’identification des petits ARNs régulateurs.
• L’identification de variants génétiques de Plasmodium falciparum (paludisme) chez des patients en
rechute après traitement et rémission.
• Des études qui touchent l’environnement et la survie en milieu pollué: l’analyse phylogénétique de
bactéries commensales du tube digestif de poissons exotiques en milieu hostile (pollué).
• Une évolution vers l’analyse Single Cell (transcriptome par PCR et/ou séquençage sur cellule unique)
Les Offres :
• Analyse de la qualité des ARNs totaux
• Biopuces Affymetrix pangénomiques – miRNA v4 – Transcriptome à partir de 600pg d’ARN total
• Biopuces Affymetrix – Cytogénétique : Cytoscan HD ou SNP6 – OncoScan (FFPE) – DMET (Drug Metabolism & Transport)
• Prestation Single cell Fluidigm - PCR 96 X 96 (sur cellule unique)
• Analyse bioinformatique
Les Équipements :
Nanodrop (1ng/μl) - Fluorospectrophotomètre (1pg/μl) - BioAnalyzer 2100 d’Agilent - robot Qiacube
purificateur d’acides nucléiques et de protéines - Station GeneChip d’Affymetrix 3000 7G pour puces
cartridge - Station GeneAtlas d’Affymetrix pour strips de puces - Système Fluidigm comprenant : un
système C1 – HX (96puits) - MX (48puits) - un Biomark
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PHÉNOTYPAGE DES SOURIS DE LABORATOIRE : EXAMEN HÉMATOLOGIQUE
Charlène BERTHET, Yoan BUSCAIL, Malik LUTZMANN,
Sandrine HILAIRET, Charles BRET, Nelly PIROT, Florence BERNEX
Réseau d’Histologie Expérimentale de Montpellier (RHEM) / Plateau central de l’IRCM
Les souris génétiquement modifiées sont de plus en plus utilisées en recherche pour modéliser, comprendre et soigner les maladies humaines. L’analyse phénotypique de ces modèles, en particulier leur
analyse histologique, est devenue incontournable. Pour dépister des anomalies sanguines, une analyse
tissulaire seule est insuffisante, elle nécessite d’être complétée par une analyse hématologique.
Pour proposer cet examen hématologique à ses chercheurs, le Réseau d’Histologie Expérimentale de
Montpellier (RHEM) a développé, à l’aide d’un automate dédié, une procédure d’obtention de la Numération et Formule Sanguine (NFS) sur du sang provenant de modèles murins. Cette analyse sanguine permet, sur une faible quantité de sang, d’obtenir rapidement une analyse quantitative (numération) et qualitative (formule) des cellules sanguines, tels que les globules blancs, globules rouges, plaquettes ou encore
mesure le taux d’hémoglobine et l’hématocrite.
A l’analyse sanguine nous associons un frottis sanguin qui va permettre d’observer les cellules sanguines
et de dépister des anomalies de forme et/ou de taille des cellules, ainsi que la présence de cellules anormales. Des colorations spéciales ont été développées, telles que la coloration de May-Grünwald Giemsa
qui permet de distinguer morphologiquement les cellules sanguines et la coloration au bleu de Crésyl
Brillant qui met en évidence les réticulocytes.
Nous présenterons la méthodologie mise en place, puis nous discuterons les applications d’un examen
hématologique par l’illustration de l’analyse de modèles de souris génétiquement modifiées présentant
des anomalies hématologiques.
27
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PLATEAU DE L’IRCM APPARTENANT AU RÉSEAU D’HISTOLOGIE EXPÉRIMENTALE DE MONTPELLIER
Nelly PIROT, Yohan NOËL, Charlène BERTHET,
Yoan BUSCAIL, Joëlle SIMONY-LAFONTAINE, Florence BERNEX, Laurent LE CAM
Réseau d’Histologie Expérimentale de Montpellier (RHEM) / Plateau central de l’IRCM
Le Réseau d’Histologie Expérimentale de Montpellier (RHEM) est un réseau de plateaux techniques de
plusieurs instituts de recherche Montpelliérains dédiés à l’analyse histologique des modèles expérimentaux.
Parmi les 6 plateaux, 2 dits «centraux», celui de l’Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier
(IRCM) et celui de l’Institut des Neurosciences de Montpellier (INM), proposent, en plus de la mise à disposition d’équipement, des prestations de services.
Plus précisément, les missions du plateau d’histologie de l’IRCM sont :
de proposer des prestations de services (inclusion, coupes, colorations, immunomarquages) dans le domaine de l’histologie expérimentale et plus principalement
sur échantillons inclus en paraffine,
de développer de nouvelles techniques histologiques (colorations spéciales, technologie des « Tissue Micro Array »), - de conseiller et former,
de mettre à disposition des appareils et des consommables,
d’archiver et valoriser les ressources biologiques.
Par ailleurs, depuis janvier 2012, une expertise anatomopathologique est proposée aux utilisateurs.
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LA PLATEFORME D’HISTOLOGIE DE L’INSTITUT DES NEUROSCIENCES DE MONTPELLIER (INM)
Chantal RIPOLL, Marisa TEIGELL, Isabelle SASSETI, Rachelle FOUGÈRE, Jean-Philippe HUGNOT
Réseau d’Histologie Expérimentale de Montpellier (RHEM) / Plateau central de l’INM
La plateforme d’histologie de l’Institut des Neurosciences de Montpellier (INM) appartient au Réseau
d’Histologie Expérimentale de Montpellier RHEM dédié à l’analyse histo-pathologique des modèles expérimentaux. Cette plateforme est ouverte à toute personne ayant des besoins occasionnels ou permanents
en histologie expérimentale, notamment dans le domaine des neurosciences. L’originalité est de fournir
une solution complète, allant de la préparation des échantillons biologiques jusqu’à leur analyse sur un
même site, avec une expertise particulière dans le domaine des Neurosciences, le système nerveux central
et périphérique incluant les organes des sens (vision, audition, somesthésie). La plateforme d’Histologie de
l’INM propose aux différents acteurs scientifiques académiques et privés, une large palette de méthodes
d’étude en histologie photonique et électronique, des compétences et l’accès à des équipements de qualité.
1. Mise à disposition d’appareillages, de consommables, de postes techniques : La plateforme RHEMINM propose également du matériel et des réactifs, ainsi que de l’espace de laboratoire pour la réalisation des expériences par simple réservation sur le site RHEM. Les utilisateurs ont à leur disposition des
protocoles, fiches informatives des produits ainsi que l’expertise du personnel sur place.
2. Prestations de service en cryosection : prise en charge de l’échantillon, congélation, coupes à congélation : reconstitution de la totalité de l’organe sur lame.
3. Prises en charge de projets « de l’animal à l’observation » : perfusion intracardiaque, dissections, inclusions, coupes, mise au point d’Immunomarquages.
4. Enseignement et formation :
Formations à la carte des utilisateurs aux techniques de microscopie photonique et
électroniques.
Formations nationales dispensées depuis 2010 dans le cadre de la Formation Permanente de l’INSERM, Ateliers BioCampus en 2015.
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PRISE EN CHARGE DE PROJET EN HISTOLOGIE PAR LA PLATEFORME RHEM-INM
Marisa TEIGELL, Isabelle SASSETI, Rachelle FOUGÈRE, Chantal RIPOLL, Jean-Philippe HUGNOT
Réseau d’Histologie Expérimentale de Montpellier (RHEM) / Plateau central de l’INM
La plateforme d’Histologie du RHEM-INM propose la prise en charge de projets, afin de répondre aux
besoins des utilisateurs académiques ou privés. Grâce à la qualification et l’expérience du personnel, notre
structure permet la réalisation complète (ou partielle) d’un projet histologique complet débutant par la
prise en charge de l’animal (vivant ou non) jusqu’à la prise d’images, avec, à disposition, une gamme de
techniques et protocoles histologiques validés. La plateforme possède notamment une expertise dans
l’histologie du système nerveux central et périphérique incluant les organes des sens (vision, audition,
somesthésie).
Les projets sont discutés et planifiés lors de rendez-vous avec les utilisateurs afin d’optimiser les méthodes
et le temps de réalisation. Un devis provisoire est ensuite établi ; le protocole expérimental pourra être
modifié en fonction de l’évolution des résultats. Les lames peuvent être observées sur site, en microscopie
optique à fond clair et en fluorescence, les résultats sont ensuite interprétés au cours de réunions avec le
responsable technique et scientifique du plateau.
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BIOLOGICAL IMAGE ANALYSIS WITH IMAGEJ MACRO TOOL SETS
Volker BÄCKER
Montpellier RIO Imaging (MRI) / TIGR
At the imaging facility Montpellier RIO Imaging we create custom solutions for image analysis and automation tasks based on ImageJ in the form of ImageJ macro tool sets. Macro tool sets are easy to install,
provide a simple graphical interface, allow to set options and can call plugins for more complex tasks. The
first button of each tool set opens the help and installation page of the tool set on the wiki of the facility’s project management and task-tracking tool. The wiki contains installation and usage instructions, the
tool set macro, links to plugins and other dependencies and example images. A tool set often contains a
manual version of the macro that can be used to test the macro on the current image and a batch version
that will run the same macro on a set of images.
The tool sets for biological image analysis include:
adipocytes
multi-well arabidopsis seedling images
color of artemia
bacteria colonies
segment like objects
intensity ratio between nuclei and cytoplasm
virus infections in leaves
cell surfaces in transmission or phase contrast images
rosettes of arabidopsis plants
microtubules in 3D images
plant roots
interdigitation index and thickness in skin images
wound healing.
manual particle tracking
segmentation of nuclei (separation of touching objects)
The tool sets concerning the workflow include:
cropping of regions from big images
conversion of image formats
navigation within a set of images
transformation of ROIs
order of ROIs in the ROI-manager
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THE MRI SCREENING FACILITY
Julien BELLIS, Cédric HASSEN KHODJA,
Virginie GEORGET, Frédéric LIONNETON, Edouard BERTRAND
Montpellier RIO Imaging (MRI) / Département Optique : MRI-CRBM
The MRI-CRBM screening facility aims at providing a service to screen various libraries (drugs, siRNA) on
plate compatible models for the Montpellier scientific community. The major goal of the facility is to provide a complete service from libraries management, plate handling to data acquisition and statistical data
analysis.
A specificity of the service is the automated image analysis of cellular/subcellular events. The facility is
equipped with a Tecan robot allowing extensive 96 well plates handling capabilities (pipeting, washing,
mixing, dilution) and plate reading thanks to an INFINITE F500 Tecan plate reader directly connected to the
robot. In addition the facility is equipped with a cell dispenser (Multi-drop from Thermo) and an automated
microscope (Arrayscan Cellomics from Thermo). The Arrayscan comes with an integrated image analysis
software allowing image analysis in parallel to image acquisition. Image analysis can also be performed in
a separate fashion after acquistion using free softwares such as CellProfiler. Measurements extracted from
the image analysis are then used for statistical analysis and hits identification. Data analysis is performed
using R, a free and open source software. An html report can be generated to summarize the results. Since
the facility provides a plate handling service based on automation of the pipetting steps it can be used for
siRNA based screens but also for chemical libraries screens.
The service is located in the CRBM building on the CNRS campus and welcomes any projects requiring
automation of plates handling. In the near future we plan to interact more closely with others screening
services available in Montpellier to share tools developed at the facility. The facility is funding through the
France Bio Imaging (FBI) iniative.
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IMAGERIE NON-LINÉAIRE POUR LA DÉTECTION DE MOLÉCULES
SANS FIXATION ET SANS MARQUAGE
Hassan BOUKHADDAOUI, Julie BAPTISTE, Amal RZIGUI,
Corinne SONRIER, Chamroeun SAR, Jean VALMIER, Nicolas TRICAUD
Plateforme Montpellier RIO Imaging (MRI) / Département Optique : MRI-INM
La microscopie multiphotonique est un outil puissant dans l’imagerie profonde des tissus et permet
grâce à la richesse des phénomènes non linéaires qu’elle peut générer, d’obtenir des informations morpho-fonctionnelles sur un tissu, sans nécessiter aucun marquages.
L’objectif de ce projet est d’utiliser le nouveau microscope multiphotonique OPO localisé à l’INM pour
développer une méthode permettant l’observation de phénomène in vivo sans marquage. En plus des
signaux de fluorescence produits par le processus d’excitation multiphotonique, les phénomènes non
linéaires, tels que la génération de seconde et troisième harmonique (SHG et THG), fournissent des informations utiles sur les propriétés optiques de l’architecture tissulaire et cellulaire.
Nous avons voulu développer une technique d’imagerie, destinée à l’in vivo, permettant de visualiser les
changements structuraux, sans marquages. Nous nous sommes tournés vers l’imagerie multiphotonique
qui permet de visualiser le collagène, la myéline, les lipides et autres structures, par génération de seconde
et troisième harmonique, apportant ainsi des informations morpho-fonctionnelles sans nécessiter de marquages. La détection de ces phénomènes non linéaires peut être réalisée simultanément et en parallèle
avec des marquages fluorescents, ce qui permet d’obtenir plusieurs informations (jusqu’à 4 sur notre microscope) sur un même échantillon de tissu. Enfin la possibilité de détecter les molécules sans marquage
permet dans certaines conditions l’analyse d’échantillons ou d’organismes non fixés.
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OMERO: A NEW WAY TO MANAGE AND ANALYZE BIOLOGICAL MICROSCOPY DATA
Julio MATEOS-LANGERAK, Volker BAECKER, Marc LARTAUD, Julien BELLIS, Olivier MIQUEL,
Corine TRAN-AUPIAIS, Amelie SARRAZIN, Julien CAU, Geneviève CONÉJERO, Edouard BERTRAND
Plateforme Montpellier RIO Imaging (MRI)
Microscopy core facility users are often confronted with the complexity of the digital imaging era. Digital imaging has obvious advantages, but the large amount of data and the complexity of file formats and
analysis tools available requires a centralized storage and management solution. Common practice is the
use of poor solutions in terms of data security, integrity and traceability. OMERO is an open-source clientserver software that handles scientific images in a secure central repository. It allows to view, organize,
analyze and share data from anywhere with Internet access, work with the images from a desktop application (Windows, Mac or Linux), from the web or from 3rd party software.
At MRI we are offering OMERO to users as a professional solution to manage and analyze their data in a
centralized, non destructive and file format agnostic way. Here we summarize the advantages and features of working with OMERO as well as the prospects of its framework. OMERO is developed by the OME
consortium, a joint project between universities, research establishments, industry and the software development community. MRI is involved in the development of OMERO and will adapt the existing tools to fit
the specific needs of the Montpellier users community.
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LE DÉPARTEMENT DE CYTOMÉTRIE DE MRI
Nadia VIÉ, Myriam BOYER-CLAVEL, Yann BORDAT,
Emilie LOPEZ, Christophe DUPERRAY, Amélie SARRAZIN
Plateforme Montpellier RIO Imaging (MRI) / Département Cytométrie : MRI-IGMM
Au sein de la plate-forme technologique Montpellier Rio Imaging (MRI), l’une des plateformes de l’UMS
Biocampus Montpellier, le département de cytométrie propose deux services de tri cellulaire gérés par un
opérateur et met à disposition 10 analyseurs incluant la formation et l’assistance des utilisateurs.
Les analyseurs présents sur le département permettent la détection de 3 à 18 paramètres pour des applications telles que les marquages de surface, les marquages intracellulaires, la viabilité, l’apoptose, la détection de la GFP, le cycle cellulaire…
Cette offre est répartie sur 5 instituts : IRCM, IRMB, IGMM, DBS, IGH.
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L’IMAGERIE DU VIVANT AU SEIN DE LA PLATEFORME
IMAGERIE DU PETIT ANIMAL DE MONTPELLIER (IPAM)
Muriel BUSSON, Chrystel LAFONT, Charlotte FARAH,
Sylvain RICHARD, Antonio MARAVER, Patrice MOLLARD
Imagerie du Petit Animal (IPAM) / Bioluminescence et Scintigraphie (IRCM)
L’imagerie préclinique in vivo offre des moyens exceptionnels pour la recherche en sciences du vivant et
le développement de nouvelles stratégies médicales.
La plateforme Imagerie du Petit Animal de Montpellier (IPAM) regroupe des plateaux techniques permettant l’imagerie physiopathologique des petits animaux. La plateforme est ouverte aux équipes académiques et industrielles. Ses modalités d’imagerie complémentaires fournissent des informations anatomiques, moléculaires et fonctionnelles, dans le temps et dans l’espace (4D). Elle étudie des structures de
toutes les tailles (du μm au m), et de la cellule à l’organisme entier.
IPAM propose des services de développement, d’encadrement et de prestations d’imagerie sur 3 plateaux :
-
Imagerie de Fluorescence haute résolution (IGF, Patrice Mollard & Chrystel Lafont),
Echographie & physiopathologie cardiovasculaire (U1046 INSERM, Sylvain Richard
& Charlotte Farah),
Bioluminescence, SPECT-CT (IRCM, Antonio Maraver & Muriel Busson).
Deux plateaux partenaires sont associés à IPAM concernant les services d’imagerie in vivo :
Résonance magnétique (Triolet, BionanoMRI, Christophe Goze-Bac),
Microtomographie X (UMII, Isem-MRI, Renaud Lebrun).
IPAM travaille en collaboration avec les autres plateformes de l’UMS Biocampus, telles que le Réseau d’Histologie Expérimentale de Montpellier, le Réseau des Animaleries de Montpellier et Montpellier Rio Imaging. Elle fait également partie du club d’imagerie du Cancéropôle Grand Sud Ouest et est membre international de la plateforme nationale d’imagerie d’Irlande NBIPI.
Enfin, IPAM vient d’obtenir la certification ISO 9001 sur l’ensemble de ses prestations.
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DNA COMBING FACILITY – PEIGNAGE MOLÉCULAIRE
Marjorie DRAC, Etienne SCHWOB
Plateforme Montpellier DNA Combing (MDC) / Peignage moléculaire (IGMM)
The Montpellier DNA Combing Facility (MDC) allows scientists to use DNA Combing1 to study genome
replication at the level of single DNA molecules. MDC offers a number of services to private and academic
laboratories throughout the world. Due to intellectual property rights, the mere distribution of silanized
glass coverslips for DNA combing is restricted to CNRS units. However DNA combing experiments and
analysis can be performed for all our customers, as collaborations.
The silanization of glass coverslips is performed in vapour phase using 7-octenyl-trichlorosilane to achieve
uniform self-assembled monolayers. High hydrophobicity, measured by water droplet contact angle, ensures efficient binding of single DNA molecules via their slightly denatured ends. Every coverslip batch
is also tested by immuno-detection of combed DNA molecules to check for the linearity and density of
fibers, and for good signal/noise ratio. Full biological analyses can be performed for our customers, starting from cells embedded in agarose plugs.
MDC will prepare genomic DNA, comb it and measure replication parameters such as fork velocity, fork
asymmetry, inter-origin distances and global instant fork density. Images are analysed using dedicated
homemade software (IDeFIx), and data provided with statistical assessment.
MDC is contracted every year by 10-15 labs locally and throughout the world. Since 2005 more than 40
publications have been achieved with the support of DNA combing facility. In 2014, the facility co-authors
3 publications and will benefit from a CNRS IE position.
____________________
[1] Bensimon et al, Phys. Rev. Lett. 74, 4754 - 4757 (1995)
37
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AN ADVANCED PLATFORM FOR RECEPTOR BIOLOGY AND PHARMACOLOLOGY INVESTIGATION
Damien MAUREL, Isabelle BRABET,
Claire VOL, Sandra AGNEL, Laurent PRÉZEAU
ARPEGE / Pharmacologie-Criblage-Interactome (IGF)
The platform ARPEGE is dedicated to extensive analysis of the structural and functional features of signaling protein complexes. It permits the characterization of all kinds of specific interactions either between
ligand and target or between protein partners in signaling protein complexes. Using a wide variety of advanced analysis techniques, it is possible to perform multiple cell-based assays in order to extensively analyze protein target features like ligand-binding (Kd and Ki determination), receptor dimerization, second
messengers production (cAMP, IP1, calcium) or protein phosphorylation (phospho-ERK).
The available equipment includes a selection of the most efficient and sensitive fluororescence plate readers (PHERAstar, RUBYstar, INFINITE F500, MITHRAS, FLEXstation) adapted to analyses in medium-throughput format (96/384-well plates).
More recently, the platform acquired two label-free devices, the xCELLigence (impedance) and EPIC BT
(Dynamic Mass Redistribution) allowing the measurement of cellular events (adhesion, migration, proliferation, cell death, etc.) without modifying the cells or the target of interest. The ARPEGE platform service
offering is made available to academic laboratories, biotech as well as pharma and other industrial companies.
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PRÉSENTATION DE MONTPELLIER GENOMIC COLLECTIONS
Frédéric LIONNETON, Sylvie FROMONT, Marie-Cécile ROBERT, Edouard BERTRAND
Protéines Recombinantes (ProRec) / Montpellier Genomic Collections (MGC) (CRBM)
Montpellier Genomic Collections propose un service de clonage haut débit. La plateforme gère 4
banques d’ORFeome. La version 5.1 qui représente 15483 ORF humains clonées, soit 12794 gènes humains
non redondants, la version 8, contenant 12 230 clones humains soit 11149 ORF non redondants, la version
Life Technologie 17434 clones humains avec codon stop et un ORFeome souris de 2114 clones. Les ORF
clonées contiennent la séquence codante localisée entre le codon d’initiation et le codon stop, excluant
les régions 5’ et 3’ non traduites (5’ et 3’ UTR). Le système de clonage Gateway permet ainsi d’ajouter un
tag en 3’ ou 5’ de l’ORF d’intérêt. La plateforme gère et enrichit une banque de vecteurs de destinations
compatible avec le système de clonage Gateway.
Nos prestations consistent à sortir des clones, créer de nouveaux clones dans des vecteurs pDON et transférer les ORF dans différents vecteurs de destinations. Nous avons également automatisé plusieurs prestations telles que l’extraction d’ADN plasmidique en format 12, 48 et 96 échantillons, le passage d’échantillon
ADN, ARN sur l’électrophorèse à capillaire LabChip GX caliper ainsi que l’extraction d’ADN génomique à
partir de queue de souris.
MGC est également impliquée dans une collaboration trans-plateforme avec Montpellier Rio Imaging afin
de proposer une nouvelle prestation de criblage de banque SiRNA en image haut débit ou haut contenu.
La plateforme est située sur le site route de Mende au Centre de Recherche en Biochimie Macromoléculaire.
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PLATEFORME DE PROTÉOMIQUE CLINIQUE
Laurence MOLINA, Ève DUPAS,
Nicolas SALVETAT, Florian SALIPANTE, Franck MOLINA
Pôle Protéomique de Montpellier (PPM) / Protéomique Clinique (PPC)-CHRU/PPC-SysDiag (St Eloi-SysDiag)
La Plateforme de Protéomique Clinique (PPC/Sysdiag) vise à exploiter les derniers développements technologiques et bioinformatiques en protéomique sur des échantillons biologiques humains pour la découverte, la validation et l’utilisation de biomarqueurs dans des pathologies complexes. Ses domaines de
compétences techniques sont l’évaluation de la qualité des prélèvements biologiques, la mise en place
de programme de recherche de biomarqueurs sur différents types d’échantillons biologiques humains
complexes (liquide, tissus, cellules), la validation analytique et/ou clinique de biomarqueurs par différentes
approches, la purification et l’identification de biomarqueurs et enfin l’analyse biostatistique et le développement d’algorithmes décisionnels adaptés aux questions cliniques adressées.
Les missions fixées pour la plateforme PPC s’articulent autour de 4 axes :
1. Rechercher des biomarqueurs et les mécanismes moléculaires associés,
2. Développer de nouvelles approches méthodologiques pour la protéomique clinique dans le domaine de la préparation des échantillons biologiques (préfractionnement, enrichissement en protéines
faiblement abondantes,...), de la séparation des protéines et de l’analyse bioinformatique des données,
3. Faire de la veille technologique afin d’implanter et exploiter les techniques indipensables au développement de la protéomique clinique ,
4. Mettre en place des formations théoriques universitaires et des formations pratiques professionnelles
sur sites ou hors sites Enfin PPC est impliquée dans le Pôle de Compétitivité Eurobiomed afin de faciliter
le lien translationnel entre la recherche académique et l’idustrie dans le domaine du diagnostic et de la
médecine personnalisée.
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QUANTITATIVE PROTEOMICS AT THE FUNCTIONAL PROTEOMICS PLATFORM
Martial SÉVENO, Clément ASSAILLIT, Séverine CHAUMONT-DUBEL, Edith DEMETTRE,
Geoffrey HINSINGER, Eric THOUVENOT, Serge URBACH, Franck VANDERMOERE, Oana VIGY et Philippe MARIN
Pôle Protéome de Montpellier (PPM) et Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle (FPP)
La plateforme de Protéomique Fonctionnelle (FPP, http://www.fpp.cnrs.fr/), localisée à l’IGF et dirigée par
Philippe Marin et Martial Séveno, est une des quatre plateforme du Pôle Protéome de Montpellier (PPM).
La plateforme traite plus de 60 projets par an dans le cadre de collaborations scientifiques ou de prestations de service au bénéfice de nombreux laboratoires académiques et privés principalement localisés
dans la région Languedoc-Roussillon. Les études réalisées par la plateforme couvrent un large domaine
incluant l’identification à grande échelle des protéines, l’interactomique, l’étude de modifications post-traductionnelles, la caractérisation de biomarqueurs et l’étude de différents mécanismes cellulaires par des
approches quantitatives (ciblées ou non).
Depuis 2008, la plateforme s’est spécialisée dans les analyses à haute résolution, permises par la spectrométrie de masse à transformée de Fourier (FT-MS) et est équipée de la technologie Orbitrap (un LTQ Orbitrap XL-ETD acquis en 2008, une Orbitrap Elite et un Q-Exactive acquis en 2013). En effet, les spectromètres
de masse à transformée de Fourier font partis des appareils les plus performants pour l’identification et la
quantification des protéines grâce à leur très haute résolution, à leur excellente précision de mesure pour
une très large gamme de masses et à une meilleure sensibilité, comparées à d’autres analyseurs de masse.
L’implantation récente d’un Q-Exactive permet à la FPP d’apporter une réponse performante au nombre
croissant de demandes d’analyses protéomiques quantitatives des équipes de recherche régionales.
Le poster de la FPP présente, à titre d’exemple, différentes techniques de protéomique quantitative avec
ou sans marquage disponibles sur la plateforme.
41
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PRODUCTION DE VECTEURS LENTIVIRAUX
Céline LEMMERS, Sophie VIVIER, Yea-Lih LIN, Clément METTLING, Arnaud MONTEIL
Plateforme de Vectorologie de Montpellier (PVM) / Lentivecteurs (IGF)
Le plateau Lentivecteurs de la plateforme de Vectorologie de Montpellier a pour objectif premier de
fournir une activité de service consistant en la production de particules lentivirales recombinantes.
Elle propose également une activité de conseil afin d’aider les équipes demandeuses quant aux choix des
meilleures stratégies expérimentales à mettre en place dans leurs programmes de recherche (choix de la
protéine d’enveloppe ou pseudotypage, utilisation de promoteurs spécifiques, choix du meilleur vecteur,
….).
En parallèle, une activité de développement est mise en place. Cette activité a pour objectif d’optimiser
les vecteurs actuels afin de répondre aux besoins des laboratoires demandeurs et d’explorer la possibilité
d’utiliser d’autres systèmes viraux.
42
ALCON Carine
MRI
[email protected]
BONNEFONT Anne-Laure
RAM
[email protected]
ARNAL Florence
RAM
[email protected]
BOUKHADDAOUI Hassan
MRI
[email protected]
BAECKER Volker
MRI
[email protected]
BOYER-CLAVEL Myriam
MRI
[email protected]
BELLIS Julien
MRI
[email protected]
BRABET Isabelle
ARPEGE
[email protected]
BERNEX Florence
RHEM
[email protected]
BRON Patrick
PIBS
[email protected]
BERTHET Charlène
RHEM
[email protected]
BUSSON Muriel
IPAM
[email protected]
BERTRAND Edouard
MRI
[email protected]
CASTRO Anna
CRBM
[email protected]
BERTRAND-GADAY Christelle
RAM
[email protected]
CAU Julien
MRI
[email protected]
45
46
CAVELIER Patricia
RHEM
[email protected]
DUBOIS Émeric
MGX
[email protected]
CERQUEIRA Frédérique
MGX
[email protected]
DUPERRAY Christophe
MRI
[email protected]
CHAUMONT-DUBEL Séverine
PPM
[email protected]
EYBALIN Michel
INM
michel.eybalin@inserm
CLERTE Caroline
PIBS
[email protected]
FARAH Charlotte
IPAM
[email protected]
CONÉJÉRO Geneviève
MRI
[email protected]
FOLCH Géraldine
IMGT
[email protected]
COUETTE Brigitte
Secrétaire Générale & Coord. Scientifique
[email protected]
FORICHON Luc
RAM
[email protected]
DE GUILLEN Karine
PIBS
[email protected]
FROMONT Sylvie
ProRec
[email protected]
DEMETTRE Edith
PPM
[email protected]
GALLARDO Frédéric
RAM
[email protected]
DESMARAIS Erick
MGX
[email protected]
GAVOIS Elodie
RAM
[email protected]
DIAKOU Vicky
MRI
[email protected]
GRIMAL Marine
Gestionnaire
[email protected]
DRAC Marjorie
MDC
[email protected]
Sigma-Aldrich
GUETTARI Nadia
[email protected]
GUICHOU Jean-Francois
PIBS
[email protected]
JULIEN Sylvie
MRI
[email protected]
GUILLEMIN Jennifer
RAM
[email protected]
KOUAL Rachid
MGX
[email protected]
HAJJOUL Houssam
MRI
[email protected]
KREMER Eric
PVM
[email protected]
HASSEN-KHODJA Cedric
MRI
[email protected]
LABESSE Gilles
PIBS
[email protected]
HENRIQUET Corinne
PPM
[email protected]
LABORIE Stephane
MRI
[email protected]
HOH Francois
PIBS
[email protected]
LAI KEE HIM Joséphine
PIBS
[email protected]
IBANES Sandy
PVM
[email protected]
LEBRUN Renaud
MRI
[email protected]
IBANEZ Gaëlle
Responsable Qualité
[email protected]
LE CAM Laurent
RAM
[email protected]
JABADO-MICHALOUD Joumana
IMGT
[email protected]
LEFRANC Marie-Paule
IMGT
[email protected]
JOURNOT Laurent
MGX
[email protected]
LEMMERS Celine
PVM
[email protected]
JUBLANC Elodie
MRI
[email protected]
LIONNETON Frédéric
ProRec
[email protected]
47
48
LOPEZ Emilie
MRI
[email protected]
MORENO Sophie
Assistante communication
[email protected]
MANEZ Aurore
MGX
[email protected]
MOURNET Pierre
MGX
[email protected]
MARIN Philippe
PPM
[email protected]
PADILLA Andre
PIBS
[email protected]
MAUTORD Julie
Sigma-Aldrich
[email protected]
PANTESCO Véronique
MGX
[email protected]
MATEOS LANGERAK Julio
MRI
[email protected]
PARRINELLO Hugues
MGX
[email protected]
MAUREL Damien
ARPEGE
[email protected]
PAYSAN-LAFOSSE Typhaine
IMGT
[email protected]
MENNECHET Sandie
RAM
[email protected]
PEDACI Francesco
MRI
[email protected]
MIQUEL Olivier
MRI
[email protected]
PIROT Nelly
RHEM
[email protected]
MOLINA Laurence
PPM
[email protected]
PRÉZEAU Laurent
ARPEGE
[email protected]
MOLLARD Patrice
IPAM
[email protected]
PUGNIÈRE Martine
PPM
[email protected]
MONTEIL Arnaud
PVM
[email protected]
RAKOTOMANGA Zoely
Responsable service gestion
[email protected]
RIALLE Stéphanie
MGX
[email protected]
SCHWOB Etienne
MDC
[email protected]
RICHARD Sylvain
IPAM
[email protected]
SÉVENO Martial
PPM
[email protected]
RIPOLL Chantal
RHEM
[email protected]
SEVERAC Dany
MGX
[email protected]
RITTER Didier
Acobiom (Directeur)
[email protected]
SUTTER Anne
RAM
[email protected]
RIVALLAN Ronan
MGX
[email protected]
TEIGELL WEBB Maria Luisa
RHEM
[email protected]
ROBERT Marie-Cécile
ProRec
[email protected]
TRAN-AUPIAIS Corine
MRI
[email protected]
ROHMER Marine
MGX
[email protected]
URBACH Serge
PPM
[email protected]
SAADA Anne-Charlotte
Assistante RH
[email protected]
VAUDESCAL Stéphanie
MRI
[email protected]
SALIPANTE Florian
PPM
[email protected]
VIE Nadia
MRI
[email protected]
SARRAZIN Amélie
MRI
[email protected]
VIGNES Hélène
MGX
[email protected]
SASSETTI Isabelle
RHEM
[email protected]
VOL Claire
ARPEGE
[email protected]
49
UMS BioCampus Montpellier
c/o IGF
141 rue de la Cardonille
34094 MONTPELLIER CEDEX 5
Tel : 04.34.35.92.11
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