Interprétation des résultats d`une culture de lait

Mise en place d’une stratégie provinciale de santé
de la glande mammaire – 1ère partie
Interprétation des résultats
d’une culture de lait
Jean-Philippe Roy DMV, M.Sc.
Professeur adjoint
Clinique ambulatoire bovine
Faculté de Médecine Vétérinaire
Université de Montréal
Plan de la présentation
• Généralités
– Prélèvement
– Conservation et transport
– Se et Sp
– Analyse de laboratoire
• Interprétation des résultats
• Codification DSA
• Questions
Généralités - prélèvement
• Technique de prélèvement
– Très important pour éviter faux positifs et
échantillons contaminés
• « Trash in; trash out »
– Formation producteur
Généralités - prélèvement
Technique
•
•
•
•
•
Nettoyez les mains et mettez des gants.
Nettoyez grossièrement les trayons si la
préparation avant la traite n’a pas encore été
effectuée.
Tirez quelques jets de lait.
Bain de trayon prétraite 30 secondes, puis
essuyez avec une serviette.
Désinfection avec gazes d’alcool humectées.
Généralités - prélèvement
Technique - suite
•
•
•
•
Prélèvement aseptique.
Procédez au bain de trayon si la vache
échantillonnée n’est pas traite immédiatement.
Identifiez les tubes (vache, quartier, date,
raison).
Les échantillons doivent ensuite être réfrigérés
dès que possible ou congelés si > 24h avant
envoi.
Généralités - prélèvement
• Technique de prélèvement
– Volume nécessaire : 2 mL
– Prélèvement réservoir
• Agitation 5 min
• Par le dessus
Généralités - prélèvement
• Composite ou quartier?
– Composite est moins sensible que par
quartier
• Effet dilution
• Se composite vs quartier = 63% (Lam et al, JAVMA,
1996)
– Composite plus économique
– Augmentation volume inoculum (0.05 mL ou
0.1 mL) pour composite peut compenser
Généralités - prélèvement
• Composite ou quartier?
– Interprétation plus difficile
– Sensibilité (Se) influencée par:
• Nombre de quartiers infectés
• cfu
• Volume de lait de chaque quartier
– Compromis intéressant = selon résultats CMT
• N, T ou 1 = composite
• 2 ou 3 = par quartier
Généralités - prélèvement
• Moment idéal?
– Pré-traite augmente la sensibilité de 10 à 45%
selon la bactérie (Sears et al, JDS, 1991)
Généralités - conservation
• Congélation vs réfrigération
– Congélation augmente Se pour S. aureus
– Effet variable pour les streptocoques
– Congélation diminue Se pour coliformes
– Les mycoplasmes ne survivent pas à la
congélation
– Réfrigération = max 48 heures
– Congélation = max 1 mois
Généralités – Se et Sp
• La spécificité (Sp) de la bactériologie varie
de 90 à 100%
– Contamination lors du prélèvement
• La sensibilité (Se) varie selon:
– la bactérie
– le type d’échantillon
– la répétition des échantillonnages
– les procédures de laboratoire
Généralités – Se et Sp
• La sensibilité varie selon:
– la bactérie
• Excrétion cyclique
– le type d’échantillon
• frais ou congelé
• mammite clinique ou sous-clinique
• quartier ou composite
Généralités – Se et Sp
• La sensibilité varie selon:
– la répétition des échantillonnages
• Se S. aureus passe de 75% à 98% entre 1 et 3
échant. (0.1mL) Sears et al, JDS 1990
• Se composite passe de 63% à 95% entre 1 et 3
échant. Composite 0.01mL; Lam et al, JAVMA, 1996
– les procédures de laboratoire
• volume inoculum = seuil détection
• enrichissement
Généralités – analyse de laboratoire
Par étalement sur toute
la gélose = quantitatif
Par épuisement 4 quadrants
= semi-quantitatif
Généralités – analyse de
laboratoire
Nombre attendu
(cfu/mL)
107
Semi-quantitatif
+++
Quantitatif
(cfu/mL)
>5000
106
+++
>5000
105
++
>5000
104
++
>5000
103
+
1650
102
+
200
101
-
20
100
-
0
Semi-quantitatif n’est pas assez précis pour permettre l’interprétation des +.
Interprétation des résultats
Ce n’est pas une science exacte!!!
Doit tenir compte:
– du type et de la conservation de l’échantillon
– des analyses de laboratoire
– de l’historique de la vache (ex: CCS)
– de l’historique du troupeau (ex: bain trayon)
Interprétation des résultats
Grille d’interprétation
– Grande variabilité dans la littérature et entre
les experts
– Toujours pour des échantillons par quartier
– Pas de différence selon la raison
d’échantillonnage
– Enrichissement pas inclus dans les grilles
– Contaminé = plus de 2 bactéries
– Nouvelle grille en développement (RCRMB –
Ian Dohoo)
Interprétation des résultats
• Interprétation la plus utilisée = NMC
– Pas complète
– Pour échantillon par quartier
– Culture primaire seulement
– Échelle de codification avec zone grise
1- Non significatif
2- Questionnable
3- Probablement significatif
4- Hautement significatif
CFU (colony forming units)
Bactérie
1
pure
2-9
pure mixte
>9
pure mixte
S. aureus
3
4
4
4
4
Strep. agalactiae
4
4
4
4
4
Strep. spp
2
3
2
4
3
E. coli
2
3
2
4
2
Klebsiella
2
3
2
4
2
Enterobacter
2
3
2
4
2
Serratia
2
3
2
4
2
Pseudomonas
2
3
2
4
4
Pasteurella
4
4
4
4
4
Levures
2
3
1
4
2
Prototheca
2
3
3
4
3
C. bovis
1
2
2
4
3
Staph. spp
1
2
2
4
2
Proteus
2
3
1
4
2
Nocardia
2
3
2
4
3
Interprétation des résultats
• Grille FMV simplifiée
– Un quartier (ou la vache) est considéré infecté
si:
• Présence de ≥ 100 cfu/mL en culture pure ou
mixte de S. aureus, Strep. agalactiae ou
mycoplasme y compris en enrichissement
• Présence de > 100 cfu/mL en culture pure ou de ≥
1000 cfu/mL en culture mixte d’un autre pathogène
majeur
• Présence de ≥ 1000 cfu/mL en culture pure ou de
≥ 2000 cfu/mL en culture mixte d’un pathogène
mineur
Interprétation des résultats
• Grille FMV simplifiée
– Pathogènes majeurs
•
•
•
•
•
•
•
•
A. pyogenes
E. coli / Coliformes
Klebsiella
Levures / prototheca
Nocardia
Pasteurella
Pseudomonas
Listeria
Salmonella
Strep. dysgalactiae
Strep. uberis
Serratia
Interprétation des résultats
• Grille FMV simplifiée
– Pathogènes mineurs
•
•
•
•
•
•
•
•
Acinetobacter
Aerococcus
Bacillus
Corynebacterium
Enterobacter
Enterococcus
Leuconostoc
Micrococcus
Proteus
Staph. spp (SCN)
Staph. hyicus
Strep. spp
Codification DSA
• Résultat CMT
– entrée directe
• EXM\CMT|3+;0;0;0
– Module EXM
Codification DSA
Codification DSA
Codification DSA
• Prélèvement échantillon de lait
– Entrée directe
• CULT|V;Q1\CULT|V;Q2;Q3;Q4
– Module EXM
Codification DSA
Codification DSA
Codification DSA
C ou 1,2,3,4
Codification DSA
• Résultats de culture
– Entrée directe
• CULT|V;Q1;15ETC;44AB;4\SP|S.AUREUS\CULT|
V;Q2;Q3;Q4;*NG;2
– Module EXM
Codification DSA
Codes bactéries dans DSA
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
AB : Staphylococcus aureus
AC : Aerococcus spp
ACB : Acinetobacter spp
AP : Arcanobacterium pyogenes
BC : Bacillus spp.
CHE : coliformes hémolytiques
CN : coliformes
CO : contaminant
CS : Corynebacterium
EC : E. coli
ETB : Enterobacter spp
ETC : entérocoques
KB : Klebsiella spp.
LEVU: levure, fungus
MC : Micrococcus spp
Codes bactéries dans DSA
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
MY : Mycoplasma spp.
NA : Nocardia
NG : négatif
PAST: Pasteurella
PR : Proteus spp.
PS : Pseudomonas
PT : Prototheca
SA : Streptococcus agalactiae
SAL : Salmonella spp
SB : Streptococcus bovis
SD : Streptococcus dysgalactiae
SE : Serratia marcescens
SHY : Staphylococcus hyicus
SS : Staphylococcus spp. (SCN)
ST : Streptococcus spp.
SU : Streptococcus uberis
Codification DSA
Nombre ou +, ++, +++, ++++
* = enrichissement
Codification DSA
Liste des codes d’interprétation dans DSA
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
Réservoir
Pas de croissance significative
Suspect
S. aureus
S. agalactiae
S. aureus + S. agalactiae
Mycoplasme
Coliformes / E.coli / Klebsiella
Strep. spp
Staph. spp (SCN)
Corynebacterium
Levures
Contaminé
Autres
Strep. uberis
Strep. dysgalactiae
Codification DSA
Codification DSA
Codification DSA
Interprétation des résultats
• Exemples
Raison
M
V
V
V
L
L
Résultat
12 EC
12 SS; * SS
4 CN; 8 SS; 1 AB; *SS
13 SS; 2 EC; *BC
10 SS; *AB;
12 SD; 2 AB;
Interprétation
Interprétation des résultats
• Exemples
Raison
M
V
V
V
L
L
Résultat
12 EC
12 SS; * SS
4 CN; 8 SS; 1 AB; *SS
13 SS; 2 EC; *BC
10 SS; *AB;
12 SD; 2 AB;
Interprétation
8
Interprétation des résultats
• Exemples
Raison
M
V
V
V
L
L
Résultat
12 EC
12 SS; * SS
4 CN; 8 SS; 1 AB; *SS
13 SS; 2 EC; *BC
10 SS; *AB;
12 SD; 2 AB;
Interprétation
8
10
Interprétation des résultats
• Exemples
Raison
M
V
V
V
L
L
Résultat
12 EC
12 SS; * SS
4 CN; 8 SS; 1 AB; *SS
13 SS; 2 EC; *BC
10 SS; *AB;
12 SD; 2 AB;
Interprétation
8
10
13 ou 3 ou 4
Interprétation des résultats
• Exemples
Raison
M
V
V
V
L
L
Résultat
12 EC
12 SS; * SS
4 CN; 8 SS; 1 AB; *SS
13 SS; 2 EC; *BC
10 SS; *AB;
12 SD; 2 AB;
Interprétation
8
10
13 ou 3 ou 4
2
Interprétation des résultats
• Exemples
Raison
M
V
V
V
L
L
Résultat
12 EC
12 SS; * SS
4 CN; 8 SS; 1 AB; *SS
13 SS; 2 EC; *BC
10 SS; *AB;
12 SD; 2 AB;
Interprétation
8
10
13 ou 3 ou 4
2
4
Interprétation des résultats
• Exemples
Raison
M
V
V
V
L
L
Résultat
12 EC
12 SS; * SS
4 CN; 8 SS; 1 AB; *SS
13 SS; 2 EC; *BC
10 SS; *AB;
12 SD; 2 AB;
Interprétation
8
10
13 ou 3 ou 4
2
4
4
Conclusion
• L’interprétation des résultats de culture de lait
dépend de plusieurs facteurs tels que le type
d’échantillon, la conservation de l’échantillon, la
raison de l’échantillonnage, l’historique, etc…
• Interprétation du laboratoire ≠ interprétation
clinique
• Le logiciel DSA permet de gérer très
efficacement les informations des cultures de lait
Questions