Notice d`utilisation – PUMA HCV kit
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Notice d`utilisation – PUMA HCV kit
PRINCIPE DU TEST 1 1. Objectif d’utilisation Le kit PUMA HCV est un test de RT-PCR en temps réel permettant la détection quantitative du virus de l’hépatite C (charge virale) dans le plasma / sérum humain. En combinaison avec la présentation clinique et les autres marqueurs biologiques du statut de la maladie, la mesure de la charge virale VHC est destinée à être utilisée pour la surveillance de la progression de la maladie et le suivi de patients infectés par le VHC recevant ou non une thérapie antivirale. Le test repose sur le principe de l'amplification en temps réel de l'ARN viral présent dans les échantillons, ce qui permet la quantification précise des produits des PCR pendant la phase exponentielle du processus d’amplification. 2. Avantages Grace à la détection en temps réel du signal fluorescent pendant et/ou après chaque cycle PCR, les données de PCR quantitative peuvent être obtenues dans un délai très bref. Ainsi, aucun traitement post-PCR n'est requis, ce qui favorise non seulement une diminution considérable du risque de contamination du produit de PCR, mais permet également d'éviter d'ultérieures contaminations d'échantillons par des amplicons produits lors de réactions antérieures. 3. Mécanismes moléculaires Le test PUMA HCV exploite le principe de RT-PCR par hydrolyse d'une sonde nucléotidique doublement marquée avec un groupement 5' reporter fluorescent (ex : FAMTM) et un groupement 3' quencher non-fluorescent (ex : MGB). Pendant la PCR, les amorces sens et ami-sens s‘hybrident à une séquence spécifique au niveau des amplicons. La sonde contenue dans le même mélange réactionnel s‘hybride à une séquence cible de l‘amplicon. Lorsque la sonde est intacte, la proximité spatiale entre le reporter et le quencher inhibe la fluorescence du reporter principalement par un transfert d'énergie de type Förster. Pendant la PCR, la sonde se fixe spécifiquement entre les deux sites où sont hybridées les amorces sens et anti-sens et inhibe toute activité de la Taq polymérase. Dans le même temps, sa fonction 5'-3' exonucléase qui clive Ia sonde entre le reporter et le quencher est activée. Le reporter, libéré du quencher, émet un signal fluorescent enregistré en temps réel par des capteurs. Ainsi débarrassée des fragments de sonde, la séquence cible peut être lue et amplifiée par la Taq polymérase. L'augmentation du signal de fluorescence est détectée seulement si la séquence cible est complémentaire a la sonde et si elle est amplifiée pendant la PCR, Ainsi, une amplification non spécifique ne peut pas être détectée. Grâce à ce principe réactionnel, le signal de fluorescent est directement proportionnel à l'amplification de la cible pendant la PCR. 2 4. Phases réactionnelles L'évolution de l'amplification est représentée par une courbe d'allure sigmoïde, pouvant être divisée en deux phases : 1) Une phase correspondant à une amplification exponentielle au cours de laquelle la quantité de produit de PCR obtenue à chaque moment est directement fonction du nombre de copies initiales. Au début de la phase d‘amplification exponentielle, le moment où le signal sort du bruit de fond correspond à un nombre de cycles, appelé Ct (pour Cycle threshold). 2) L'amplification exponentielle est suivie d'une phase de plateau qui correspond à un ralentissement de l'amplification, dû à l'épuisement des réactifs. 5. Etapes opérationnelles Le kit PUMA HCV comprend deux grandes étapes opérationnelles : 1. Préparation de l'échantillon : l'ARN viral est extrait, purifié et concentré à l’aide de la technique d’extraction choisie (réactifs non fournis dans ce kit). Ex : QIAmp Viral RNA minikit (Qiagen) Volume d’échantillon : 140 µL ; Volume d’élution : 60 µL. 2. Rétro-transcription de l’ARN en ADN puis amplification de l’ADN généré. L’ARN du VHC est mesuré et quantifié. La charge virale de l’échantillon testé est obtenue en extrapolant de la droite d’étalonnage (gamme de standards fournie dans le kit), la charge virale correspondant à la valeur Ct de l’échantillon. Le kit PUMA HCV permet de tester jusqu’à 92 échantillons de patients (100 tests au total en incluant la gamme de standards et les contrôles). 3 COMPOSITION DU KIT Réactifs Type Volume ou Quantité par tube Nombre de tubes Conservation HCV Enzyme Mix RT, polymérase et tampon 1,1 ml 1 -20°C HCV + CI Oligos Sets Amorces et sondes (HCV + contrôle interne) 187 µl 1 -20°C Water Eau pour biologie mol. 1 ml 1 -20°C HCV RNA Panel * RNA-s : 5 concentrations de 7 3 2,5.10 à 5.10 UI/ml 500µl 5 -20°C HCV Positive Control ** RNA-s : 3.10 UI/ml 3 500 µl 1 -20°C HCV Negative Control ** Tampon 500 µl 1 -20°C RNA Internal Control * - Lyophilisé 1 -20°C * Le contrôle interne lyophilisé doit être resuspendu dans 600µl d’eau RNase / DNAse free (fournie). ** A extraire. STOCKAGE DES REACTIFS Le kit PUMA HCV est transporté à -20°C. A réception, le coffret doit être conservé à -20°C. Dans ces conditions, les réactifs sont stables jusqu’à la date de péremption indiquée sur l’étiquette. Dans tous les cas, il est recommandé de préparer des aliquots en microtubes stériles, apyrogènes et « nuclease free », de fermer Ies tubes avec les bouchons appropriés et les étiqueter soigneusement en indiquant le nom du réactif, le lot, et la date de péremption. 4 MATERIEL REQUIS MAIS NON FOURNI Pipettes 1-10 µL, 20-200 µL et 100-1000 µL. Embouts de pipettes avec filtre. Centrifugeuse de paillasse. Vortex de paillasse. Thermocycleur « ouvert » pour PCR en temps réel. Gants à usage unique. Microtubes stériles. Microplaques avec film adhésif. Kit d’extraction manuelle ou automatisée d’acides nucléiques (ARN) adapté au prélèvement. Réfrigérateur. Portoirs de tubes. L'instrument de PCR en temps réel utilisé pour le test est un système «ouvert» qui possède au moins les caractéristiques principales suivantes : - essais quantitatifs de PCR en temps réel. - bloc de thermocyclage programmable. - source d'excitation : LEDs, lampe ou laser; - jeux de filtres (longueurs d‘onde Excitation/Émission) adaptés pour la détection des fluorophores "reporter" des sondes FAM et Cy5. - connexion avec un ordinateur utilisant un logiciel spécifique d‘analyse permettant la récupération des données de fluorescence, la conduite des essais de quantification absolue, et l’interprétation des résultats. PRÉCAUTIONS D’EMPLOI Le kit PUMA HCV est un test exclusivement réservé à être utilisé par du personnel de laboratoire qualifié et soumis aux bonnes pratiques de laboratoire en biologie, conscient des risques biologiques et formé à l'analyse en biologie moléculaire. L'interprétation des résultats obtenus à partir de ce test est de la responsabilité du biologiste chef de laboratoire ou d'un technicien de laboratoire dûment autorisé. Des différences dans le traitement des échantillons et dans les procédures techniques peuvent conduire à des résultats ininterprétables. - - - Pour toute manipulation, porter des gants et revêtir une blouse de laboratoire. Le port de lunettes de sécurité est fortement recommandé pour la manipulation des échantillons de sérum/plasma et des composants du kit présentant un risque infectieux potentiel. Ne pas manger, boire, ou fumer dans les différentes zones de travail du laboratoire. Ne jamais pipeter les réactifs à la bouche. Eviter les contacts avec la peau et les muqueuses. Si les réactifs ou les échantillons entrent en contact avec la peau ou les yeux, laver abondamment avec une grande quantité d'eau et contacter un médecin si une irritation se développe. Utiliser les nouveaux cônes à filtres afin d’éviter les contaminations croisées entre les échantillons et les réactifs. 5 - - - Utiliser des consommables « nuclease-free « (ex. pipettes, cônes, tubes). Les échantillons doivent être manipulés et éliminés comme s'ils étaient à risques infectieux. Ils nécessitent les précautions d'usage, telles celles décrites dans « Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories (BMBL) » (www.cdc.gov/biosafety/publications/bmbl5/BMBL.pdf). Nettoyer et désinfecter soigneusement tous les plans de travail avec une solution préparée extemporanément à 0,5% d'hypochlorite de sodium dans de l'eau déminéralisée ou distillée. Après chaque essai, les consommables (et déchets) doivent être considérés comme contaminés et traités avec une solution d'hypochlorite de sodium à 0.5% ou avec tout autre agent d'inactivation. Se laver soigneusement les mains après toutes manipulations. Eliminer les réactifs non utilisés, les déchets et les échantillons testés selon la réglementation en vigueur dans le pays aux niveaux local, régional et national. Tous les réactifs ont été spécialement formulés pour être utilisés dans ce test de PCR quantitatif. Aucune substitution ne doit être faite afin d’assurer des performances optimales. Les composants de ce kit sont testés comme une seule association : ne pas mélanger les réactifs de lots différents. La qualité de l’amplification dépend aussi de la qualité de l'extraction de I'ARN et de sa préservation. Utiliser de préférence la technique d'extraction recommandée. Omunis n’est pas responsable de la qualité des résultats obtenus avec des éléments, du matériel et un protocole non recommandé. Ne pas utiliser des réactifs d'extraction au-delà de la date de péremption indiquée. Ne pas utiliser le kit au-delà de sa date de péremption. CONDITIONS D'UTILISATION Le flux de travail dans le laboratoire de biologie moléculaire doit être unidirectionnel, en commençant dans la zone de pré-amplification et en finissant dans la zone d'amplification. Le mélange réactionnel (mix) doit être préparé dans une pièce séparée ou sous une hotte de sécurité biologique. Pour assurer la séparation des phases de préparation de l'échantillon, du mix et de l'amplification, chaque zone de travail et/ou pièce doit avoir ses propres équipements (cf. Matériels requis et non fournis) incluant les pipettes, les embouts de pipettes, les réactifs, etc... Ces équipements ne doivent pas quitter la zone à laquelle ils ont été attribués. L'utilisation de la méthode de charge virale de I'ARN VHC doit être limitée à du personnel bien entraîné aux techniques de PCR et plus spécifiquement au processus entier (préparation de l'échantillon et essai de RT-PCR) de l'essai PUMA HCV (combiné avec une extraction). 6 PRELEVEMENTS ET PREPARATION DES ECHANTILLONS 1. Prélèvements Des échantillons de sérum ou de plasma peuvent être testés indifféremment avec le kit PUMA HCV. Dans le cas d’une analyse à partir de plasma, le sang doit être prélevé dans des tubes stériles avec un anticoagulant de type EDTA ou citrate. En effet, l'héparine inhibe la réaction de PCR temps réel et ne doit pas être utilisée avec le kit PUMA HCV. L’ajout d’anticoagulants n’est pas nécessaire dans le cas d’une analyse à partir de sérum (tube sec). 2. Préparation des échantillons Une fois prélevés, les échantillons peuvent être conservés soit à température ambiante pendant maximum 4h, soit à -20°C pour des durées plus longues. Un échantillon de sérum/plasma peut être congelé et décongelé deux fois sans impact négatif significatif sur le rendement en ARN extrait et donc sur le signal obtenu après amplification. Si des cryoprécipités sont visibles, ils peuvent être enlevés par centrifugation brève et les échantillons doivent être traités immédiatement. Cette étape n’aura pas d’impact sur les résultats du test. La préparation de la gamme, des contrôles et de l’échantillon de sérum/plasma pour l'isolement de I’ARN, se fera à l’aide d’un kit d’extraction non fourni. Le kit est validé pour une extraction avec le kit d’extraction manuel QIAmp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) et avec le kit d’extraction automatisé Viral NA (Diasorin) et l’automate Arrow (Nordiag) selon le protocole du fabricant. AJOUT ET EXRACTION DU CONTROLE INTERNE Le kit PUMA HCV inclut un contrôle interne d’extraction ARN. Celui-ci doit être ajouté au tampon de lyse avant l’extraction à raison de 4 µL par échantillon. L’extraction d’ARN peut ensuite être réalisée selon le protocole du fabricant. PRÉPARATION DE LA REACTION DE PCR 1. Préparation du mélange réactionnel Calculer le nombre d’échantillons à tester, sans oublier les cinq points de la gamme de standard VHC de charge virale décroissante (2,5.107 5.106 5.105 5.104 et 5.103 UI/ml). Le contrôle positif et le contrôle négatif et un blanc (ex : eau pour biologie moléculaire). Dans un microtube stérile de 1.5 ml ou 2 ml, préparer le mélange réactionnel suivant pour chaque échantillon. Pour N échantillons, multiplier par «N+10%» tous les volumes indiqués : 7 2. Préparation de la plaque PCR Homogénéiser le mélange réactionnel obtenu la solution obtenue en vortexant. Centrifuger brièvement le tube afin de récupérer les éventuelles gouttelettes présentes sur les bords du tube ou dans le capuchon. Répartir dans chacun des puits de la microplaque PCR adaptée au système d’amplification 12 µl du mélange réactionnel précédent. S’assurer de ne pas faire de bulles lors du dépôt du mélange dans la microplaque. Homogénéiser en vortexant quelques secondes chacun des 5 tubes contenant les points de la gamme (2,5.107, 5.106, 5.105, 5.104 et 5.103 UI/ml), contrôles (positifs et négatifs) ou échantillons (patients et eau) puis centrifuger brièvement les tubes avant ouverture pour faire tomber les gouttes se trouvant dans le capuchon. Déposer 8 µl de chaque point de gamme, contrôle et échantillon dans les puits à tester de la plaque contenant 12 µl de mélange réactionnel. Chaque puits à tester contient alors un volume total de 20 µl. Fermer soigneusement la microplaque PCR avec le film adhésif approprié et la placer dans l’instrument de PCR en temps réel. Lancer l’amplification selon le programme donné (cf tableau ci-dessous) Note: pour des instructions détaillées concernant un essai de quantification, se référer au manuel d'utilisation spécifique à l'instrument de PCR en temps réel et son logiciel. a) Après avoir soigneusement scellé la plaque de PCR avec un film adhésif adapté, installer la plaque dans l’instrument de PCR en temps réel. Note: à partir de cette étape et jusqu'à élimination de la plaque analysée, contenant des cibles amplifiées, ne jamais déplacer ou enlever le film adhésif couvrant la plaque b) Effectuer l‘essai de PCR en temps réel selon la programmation des paramètres suivants: 8 Le kit PUMA HCV peut être utilisé avec différents systèmes ouverts d’amplification/analyses. A ce jour, les tests ont été optimisés avec le LightCycler 480 II Real-Time PCR (Roche). Il est nécessaire de vérifier que les systèmes utilisés ont été installés, calibrés et vérifiés d’après les recommandations et les instructions du fabricant. ANALYSE DES RESULTATS DONNEES ET INTERPRETATION DES 1. Paramétrage du logiciel Lorsqu’un logiciel spécifique dédié au système de PCR en temps réel est utilisé, consulter le manuel d’utilisation décrivant la saisie des données et le mode opératoire pour la quantification de la charge virale. Le logiciel permet au moins de : - - Choisir le type de fluorophore Ajuster le seuil ou l'établir automatiquement pour chaque puits-test Reporter la répartition des standards, contrôles et échantillons à tester dans le plan de plaque Construire la droite d‘étalonnage utilisée pour le dosage quantitatif Etablir la feuille de résultats décrivant les données de chaque puits-test dont : la position du puits, le fluorophore mesuré, l'identification de l'échantillon, la valeur de Ct, la quantité initiale de la cible dans l'échantillon (ex. valeur en UI/ml ou log10 de la quantité). Reporter toutes les données d‘analyses Après la fin de l'essai de PCR en temps réel et la récupération des données : 1. Vérifier et déterminer le réglage du seuil; 2. Noter les valeurs de Ct de chaque point de gamme HCV (intersection entre le seuil et la courbe d'amplification); 3. Vérifier ensuite, vérifier les critères d‘acceptation de l'essai avant d'interpréter les résultats de chaque échantillon. 2. Critères de validation de l’essai Gamme des Standards : - La valeur de la pente est comprise entre -3,6 et -2,9 inclus. - Le coefficient de corrélation R2 de la courbe est compris entre 0,95 et 1,00 inclus, avec idéalement R2 0,98. Contrôle négatif : Idéalement, la fluorescence émise par un contrôle négatif ne doit pas couper la ligne de seuil. C’est un indicateur d’amplification non spécifique. Si la fluorescence dépasse le seuil, vérifier la présence d’une courbe atypique (voir ci-dessous). Dans le cas d’une courbe d’amplification, une contamination ou une erreur de distribution dans la plaque est à supposer. 9 Contrôle positif : La valeur du contrôle positif doit être mesurée avant 32 cycles. En l’absence d’amplification d’un contrôle positif, cela laisse supposer la présence d’un inhibiteur de PCR ou une erreur dans la distribution des réactifs. Dans ce cas il est nécessaire de renouveler la série d’analyse. Courbe atypique : Certains échantillons présentent des courbes atypiques qui ne sont pas caractéristiques de courbes d’amplification. Dans ce cas, il ne faut pas considérer le résultat comme interprétable et renouveler l’analyse de l’échantillon. Contrôle interne d’extraction et d’amplification (tube « HCV Internal Control ») Pour une utilisation du contrôle interne comme mentionné dans le protocole, en supposant une extraction de 100% d’efficacité et en utilisant 1:10 de l’ARN extrait dans la réaction, une valeur de Ct de 28 est attendue. Cependant, cette valeur peut varier de manière significative selon l’efficacité de l’extraction, la quantité d’ARN ajoutée dans la réaction de PCR et des paramètres de l’instrument d’analyse utilisé. Des valeurs de Ct dans une plage de 28±3 sont considérées comme normales. Quand l’amplification du gène cible résulte en un nombre élevé de copies, le contrôle interne fourni peut ne pas produire de courbe d’amplification (notamment pour des charges virales supérieures à 10 000 IU/ml). Ce résultat est normal et n’invalide pas le test. Il doit être interprété comme un résultat positif malgré l’absence de signal du control interne. Ce phénomène est le résultat d’une compétition dans l’amplification de la cible entre le contrôle interne et la cible virale dans le cas d’un nombre élevé de copies. 3. Interprétation des résultats Si les propriétés de la gamme des standards ne sont pas atteintes ou si les critères de validation des contrôles positifs et négatifs ne sont pas remplis, la série entière d’analyses doit être renouvelée. Un résultat est considéré positif quand la charge virale VHC mesurée est supérieure au seuil de 80 IU/ml. Un résultat de charge virale VHC détectée inférieur au seuil de 700 U/I ml peut aussi être considéré comme positif, mais la valeur de charge virale ne peut pas être précisément quantifiée. Il est recommandé d’indiquer pour ces échantillons « détectable en dessous du seuil de quantification ». Un résultat est négatif, ou « non détecté », quand aucune valeur n’est obtenue ou que la valeur est inférieure au seuil de détection (70 UI/ml). L'essai est invalidé, si les propriétés de la droite d'étalonnage ne sont pas atteintes, ou si un des contrôles (négatif ou positif) n‘entre pas dans les critères attendus, précédemment décrits. Par conséquent, l'analyse entière (préparation et isolement de I’ARN des échantillons, standards et contrôles, et amplification) doit être renouvelée. 10 PERFORMANCES 1. Comparaison technique Les performances du kit PUMA HCV ont été comparées à la technique COBAS Taqman HCV Test v2.0 (Roche Diagnostics). 2. Matériel utilisé L’extraction de l’ARN du VHC a été réalisée par la technique automatisée Qiacube DSP virus Spin kit (Qiagen) à partir d’un prélèvement de 400 µL de sérum et avec une élution de 50 µL. La rétro-transcription et l’amplification ont été réalisées avec le LightCycler 480 II Real-Time PCR (Roche). 3. Matériel biologique utilisé Un total de 43 échantillons de sérum de patients testés positifs pour le VHC (concentration médiane de la charge virale = 5,66 log10 IU/ml) et de 21 échantillons de sérum de patients testés négatifs pour le VHC (incluant 5 échantillons positifs en ADN VHB, 1 échantillon positif en ARN VIH) ont été fournis par le service spécialisé d’un laboratoire externe (échantillons testés par la technique COBAS Taqman HCV Test v2.0 de Roche). 4. Performances Sensibilité 100% (43/43) des échantillons ont été trouvés positifs par le kit PUMA HCV (concentration médiane de la charge virale = 5,38 log10 IU/ml). Spécificité 100% (21/21) des échantillons ont été trouvés négatifs par le kit PUMA HCV. Limite de détection La limite de détection du test est de 80 IU/ml. Elle a été calculée en utilisant 19 concentrations (10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200 IU/ml) d’un échantillon de référence « 2nd WHO International Standard for HCV RNA Nucleic Acid Amplification Techniques (NIBSC 06/102) » dans 10 tests différents. Linéarité de la gamme des Standards La linéarité de la gamme des standards a été mesurée en réalisation 10 analyses indépendantes pour chaque point de dilution de la gamme : R2 = 0,987. Variabilité intra-essais La variation intra-essais a été mesurée en testant dans une seule PCR, 9 réplicats de 5 échantillons cliniques quantifiés par la technique Roche (420, 8700, 25000, 510000, 9460000 IU/ml). Le coefficient de variation moyen intra-essais est 3,1% (1,76 à 5,79%). 11 Variabilité inter-essais La variation inter-essais a été mesurée en testant : 10 analyses indépendantes de 10 échantillons cliniques quantifiés par la technique Roche (2.104, 3.104, 105, 1,25.105, 106, 2,6.106, 3,7.106, 4,2.106, 6,9.106 IU/ml), par le même opérateur. Le coefficient de variation moyen inter-essais est 2,7% (1,49 à 5,89%). Table 1. Variabilité intra et inter-essais. Intra-run Sample 1 (2,62 Log10 IU/ml) Sample 2 (3,94 Log10 IU/ml) LPC (4,40 Log10 IU/ml) Sample 4 (5,71 Log10 IU/ml) Sample 5 (6,98 Log10 IU/ml) Average (6,30 Log10 IU/ml) Inter-run STD 1 (6,84 Log10 IU/ml) STD 2 (6,41 Log10 IU/ml) STD 3 (6,62 Log10 IU/ml) STD 4 (6,00 Log10 IU/ml) STD 5 (4,48 Log10 IU/ml) HPC (6,00 Log10 IU/ml) STD 6 (5,00 Log10 IU/ml) STD 7 (5,10 Log10 IU/ml) STD 8 (6,57 Log10 IU/ml) STD 9 (3,30 Log10 IU/ml) Average (5,99 Log10 IU/ml) Mean (Ct) SD (Ct) %CV 34,53 29,82 28,18 24,36 20,62 27,50 0,61 0,63 0,54 0,95 1,19 0,78 1,76 2,12 1,91 3,90 5,79 3,09 20,28 22,64 20,77 23,73 27,30 22,44 27,56 26,30 20,55 31,65 25,70 0,60 1,33 0,45 1,22 0,41 0,39 0,42 0,59 0,39 0,85 0,53 2,95 5,89 2,17 5,14 1,49 1,73 1,53 2,24 1,90 2,68 2,01 Détection des génotypes VHC Le virus de l’hépatite C est composé de 6 génotypes. La capacité du test à détecter les différents génotypes du VHC a été évaluée à l’aide du « non-WHO Reference Material 2nd HCV RNA Genotype Panel for NAAT (NIBSC code: 08/264) » contenant les 6 génotypes différents. La totalité des génotypes du panel a été détectée (100%). 12 Fig. 1. Corrélation PUMA HCV Kit et CTM. Fig. 2. Bland–Altman entre CTM et Puma HCV Kit. Comparaison de la technique Roche et du test PUMA HCV pour la quantification de l’ARN du VHC dans le sérum de 64 patients. NOTE Il convient de notifier tout incident grave, en lien avec le dispositif, au fabricant et à l'autorité compétente de l'État membre dans lequel l'utilisateur est établi. SIGNIFICATION DES SYMBOLES UTILISES Référence Nombre de réactions Température de stockage Fabricant Date d’expiration Numéro de lot Attention 13