streptocoques / enterocoques

STREPTOCOQUES
ENTEROCOQUES
Dr H. ZIANE
Service de microbiologie
CHU Mustapha Bacha
Cours CES microbiologie année 2013 2014
Introduction
Bactéries commensales de l’homme et des
animaux: muqueuses, (peau)

-
Muqueuses oropharyngées: Streptocoques,
pneumocoques +++, Entérocoques +
- Muqueuses digestives: Streptocoques +, Entérocoques +++
Pathogènes opportunistes
 Plusieurs genres, espèces
 Certaines : pathologies humaines
 Infections graves**
 Evolution de la résistance: PSDP, VRE, MDR

Famille Streptococcaceae
Propriétés communes
Morphologie : Cocci à Gram + (<2 µm) , immobiles
groupés en chaînettes ou paires
exceptions : Aerococcus et Pediococcus = tétrades
• Culture : exigeants
- milieux
enrichis avec 5% de sang (sauf Enterococcus)
petites colonies : Hémolyse ,  ou absente
- anaérobies préférentiels , aérotolérants (24h, 37°C)
• Caractères biochimiques : catalase –
cytochrome oxydase -
Famille Streptococcaceae
Sensibilité aux antibiotiques
- Sensibilité aux ß-lactamines des streptocoques
ßhémoyltiques
- Résistance aux céphalosporines (3G*) des
Entérocoques.
- Résistance naturelle aux aminosides (bas
niveau)
- Résistance naturelle aux quinolones
- Sensibilité aux glycopeptides (sauf Pediococcus,
Leuconostoc et certaines espèces enterocoques)
Streptococcus et Enterococcus:
Structure de la paroi

Couche Peptidoglycan épaisse

Acide Teichoique

Couche des carbohydrates (C)

Capsule chez S. pneumoniae et les
cultures jeunes de nombreuses
espèces.
(absente chez groupe des viridans).
Classification des streptocoques

Pouvoir hémolytique:
◦ Bêta
complète
◦ Alpha
incomplète (dite verdissante)
◦ Non hémolytique

Classification immunologique : groupe de Lancefield:
Structure antigénique de la paroi (A, B, C, D, G…...)
Antisérum
A
B
+
C
…

Colonie
Espèces: caractères biochimiques et génétiques
production d'enzymes
et
hydrolyse de substrats (protéines, polyosides…)
Classification de Lancefield

La présence, dans la paroi, d'un polyoside C spécifique a permis à
LANCEFIELD la classification en groupes antigéniques:
− Agents groupables (20 nommés de A à H et K à V)
− Agents non groupables.
Les streptocoques bêta hémolytiques ou pyogènes:
− Streptocoques du groupe A (SGA) (S. pyogenes)
− Streptocoques des groupes B, C, G, F.
 Les streptocoques α et non hémolytiques:
− Streptocoques et entérocoques du groupe D (S. bovis, E. faecalis,
E. faecium, E. durans)
− Groupes E, H et les non groupables.
 Les streptocoques α et bêta hémolytiques:
− Streptocoques du groupe F
− Groupe non désigné (S. pneumoniae).

Streptocoques d’intérêt médical
- 3 genres : Streptocoque, Enterocoque, Lactocoque .
- Taxonomie moléculaire: 160 espèces et germes apparentés (20 genres)
Streptococcus (44 espèces)
Enterococcus (18 )
Abiotrophia (3)
Aerococcus (2)
Alloiococcus (1)
Gemella (4)
Leuconostoc (1)
Lactococcus (7)
Pediococcus (5)
Intérêt Médical
Hémolyse
Béta-hémolytiques
(=hémolyse totale)
Ag Lancefield
A
Escpèce
S. pyogenes
B
S. agalactiae
C-G
Non-hémolytique
-flore oropharyngée
-rarement sepsis
-infections
respiratoires mineures
F
S. milleri (act. S. intermedius*)
D
Entérocoques
-S. faecalis
-S. faecium
Non-entérocoques
-S. bovis
Alpha-hémolytique
(hémolyse incomplète)
Non-groupables
Clinique
-pharyngite, otite
sinusite
-scarlatine
-érysipèle
-fièvre puerpérale
-RAA - GNA
-sepsis du nouveau-né
-méningite du
nouveau-né
-sepsis chez l'adulte
S. viridans
S. mitis
S. salivarius
S. mutans
-endocardite
-abcès (cerveau,
poumons, foie)
-sepsis intraabdominal
-cellulite
-infections urinaires,
abdominales, cutanées
-endocardite
-endocardite (cas du
tube digestif dans 30%
de cas)
-endocardite lente
-flore buccale
-Caries/plaques
Streptocoques
coques Gram + en chainettes (x 100)
hémolyse 
hémolyse 
Streptococcus et Enterococcus
Habitat et Infections

Habitat
◦
◦
◦
◦
◦
◦
Commensaux
Homme, animaux.
Voies respiratoires
Tractus gastro-intestinal.
Tractus uro-genital.
Environnement.
◦ Infections
◦
Nature et gravité dependent des espèces et des groupes
antigéniques
STREPTOCOQUES BETA HEMOLYTIQUES
Les Streptocoques pyogènes
- Espèces
les plus pathogènes
- Hémolyse ß fréquente et Ag de Lancefield
I ) Streptococcus pyogenes = SBH «
Pouvoir pathogène
- Bactérie strictement humaine
- Portage nez / gorge fréquent (10-40 %)
- Transmission inter-humaine (salive, lésions infectées)
- Infections + fréquentes chez enfant 5-10 ans
- Structure antigénique : - polyoside C (groupe A de Lancefie
- protéine M de paroi (> 60 sérotypes
inhibe la phagocytose
confère une immunité protectrice
I ) Streptococcus pyogenes

-
Production de nombreuses toxines protéiques dont :
la streptolysine O : immunogénique (ASLO)
la streptolysine S : responsable de l'hémolyse ß
- la streptodornase B (désoxyribonucléase) : immunogénique
-
- les streptokinases : dégradent le caillot de fibrine
immunogéniques (ASK)
- la hyaluronidase : dépolymérise l'acide hyaluronique
immunogéniques (ASH)
- Toxines superantigéniques :
Toxines érythrogènes (érythème de la scarlatine, antiphagocytair
Toxines SSA (Streptococcal superantigen) choc toxique
Les infections dues à S. pyogenes
• Angine bactérienne**,
• otites (enfants), sinusites, adeno-phlegmons
• Agent de la scarlatine (toxine érythrogène)
incubation courte, angine, fièvre, érythème diffus, desquamation
• Infections cutanées
Impétigo : pyodermite superficielle crouteuse, suintante, contagion ++
Erysipèle : dermo-épidermite rouge et douloureuse, fièvre, frissons
Cellulite nécrosante : infection sous-cutanée extensive gravissime
évolution très rapide
“Flesh-Eating Bacteria”
• Systémiques: - Choc toxique streptococcique (origine cutanée +
- Scarlatine (toxi-infection, origine pharyngée)
• Autres : Surinfections de plaies,Abcès, panaris
Les infections dues à S. pyogenes
Les complications post-streptococciques
- Manifestations inflammatoires provoquées par une réponse immune d
auto AC, activation du complément, dépôt de complexes immuns).
 2 à 3 semaines après infection cutanée ou angine
1 - Le Rhumatisme Articulaire Aigu :
polyarthrite aiguë des grosses articulations
atteinte cardiaque (myocarde, péricarde et valves)
survient dans les semaines suivant l'infection (angine)
2-
Atteinte neurologique (chorée aiguë de Sydenham
3- La Glomérulonéphrite Aiguë :
- atteinte rénale pouvant évoluer vers insuffisance rénale
4 - L'érythème noueux
- apparition de nodules sous-cutanés douloureux, violacés
Diagnostic

Prélèvements:

Examens bactériologiques:

Sérologie:
◦ gorge, aspiration de pus, ponctions de liquides , hémocultures,…
◦ Examen direct (cocci Gram + chaînettes)
◦ Colonies bêta hémolytiques, groupage, tests biochimiques
◦ Test de détection directe de S. pyogenes (frottis pharyngé)
◦ ASLO: 8 à 10 jours après, infection pharyngée
◦ Antistreptodornases: 3 semaines après, origine pharyngée ou
cutanée
S. pyogenes : Traitement
Pénicillines (toujours sensibles),
 Macrolides (parfois résistants)

II) Streptococcus agalactiae

Streptocoque bêta hémolytique groupe B
◦ Il existe des souches non hémolytiques

Colonise le tube digestif
◦ Présence dans le tractus urogénital
◦ Portage vaginal chez femme enceinte (30 %)
◦ Présence pharyngée et cutanée moins fréquente
Infections dues à S. agalactiae

Infection materno-fœtale in utero:
◦ Dés les premiers jours de la naissance
◦ septicémie, méningite, pneumonie
◦ Mortalité 15-50%

Infection du NNé lors de l’accouchement:
◦ 1 semaine à 3 mois après la naissance
◦ Surtout méningite
◦ Mortalité 2 – 10% , séquelles+++

Autres infections (enfant ou adulte)
◦ Infections urinaires
◦ Fasciites, méningites
immunodéprimée).

ou
pneumonies
(personne
âgée
Prélèvements
Liquide gastrique, placenta, LCR (Ag), hémocultures….
ou
III) Autres Streptocoques bêta hémolytiques

S. dyslagactiae
◦ Groupe en C ou G
◦ Infections pharyngées ou cutanées
◦ GNA possible

S. anginosus (ancien S. milleri)
◦ Complexe: S. anginosus, S. intermedius, S. constellatus
◦ Groupes F, C, G ou non groupables
◦ Suppurations profondes (digestives, hépatiques, cérébrales,
pleuresies).

Espèces animales pouvant contaminer l’homme:
◦ S. porcinus: peut grouper en B, inf. materno-fœtale
◦ S. canis: groupe G, infections cutanées, septicémies
Streptocoques alpha ou non hémolytique

Streptocoques oraux
◦ Cavité buccale, adhérence aux muqueuses
◦ Endocardites +++, abcès cérébraux
◦ Groupe mitis/oralis/gordonii et groupe mutans/sobrinus

Complexe Streptococcus bovis (entériques)
◦
◦
◦
◦

Groupe souvent en D
Plusieurs espèces: S. bovis, S. gallolyticus
Bactériémie à point de départ digestif, endocardites ++
Pathologies coliques sous-jacentes
Streptocoques déficients
◦ Genres Abiotrophia ou Granulicatella
◦ Endocardites ++
Entérocoques (1)
Genre Enterococcus (majorité des anciens streptocoques entériques)
 Cocci Gram + en longues chaînettes, coccobacilles.


Croissance en présence de sels biliaires ou de NaCl.
Groupe souvent en D,
 alpha ou non hémolytique, rarement bêta hémolytique.


Espèces les plus fréquentes:
◦ E. faecalis (urines +++, hémocultures +)
◦ E. faecium (urines +, hémocultures +++)
Infections dues aux Entérocoques

Commensale du tube digestif.




Infections urinaires
Infections biliaires, suppurations abdominales
Septicémie, endocardite
association avec entérobactéries, anaérobies.


Sensibilité modérée ou résistance aux pénicillines
Résistance rare aux glycopeptides (épidémies
VRE)
Nécessite
souvent
des
associations
d’antibiotiques

Streptococcus pneumoniae
Diplocoques lancéolés entourés d'une capsule
- Germe fragile, culture délicate, milieux enrichis 5% de sa
S/CO 2
- Colonies alpha-hémolytiques sur gélose au sang
- Sensibles à l’optochine, lysées par la bile
- Portage oropharyngé très fréquent (petit enfant, hiver)
- > 90 sérotypes capsulaires
- Immunité protectrice après l'age de 3 ans
-
Infections pneumococciques
Invasives / non invasives
- Plus fréquentes aux extrêmes de la vie
- Souvent auto-infection à partir de l'oro-pharynx
- Accompagne souvent les infections virales respiratoires
- Principale cause de l'otite moyenne aiguë du nourrisson
- Sinusites aiguës
- Infections respiratoires basses :
- pneumonie franche lobaire aiguë
- bronchites
- bronchopneumonies
- pleurésie purulente
- principale cause de Méningite bactérienne
- conjonctivites, endocardites, péritonites, septicémie
Traitement des infections pneumococciques
- Préventif : la vaccination
- Vaccin polysaccharidique capsulaire (23 sérotypes)
. inactif avant l'âge de 2 ans
sujets âgés, insuffisants respirat
. destinés aux sujets "à risque"(immunodéprimés,
:
- Vaccin conjugué à l'anatoxine tétanique (7 , 10, 13 sérotypes)
. efficace de 2 mois-5 ans
. Efficace dans la prévention des IPD ( la méningite)
- Curatif : antibiothérapie
- depuis 2000, plus de 50% de souches de sensibilité réduite à PéniG
- En Algérie : 40% de PSDP
- souches MDR
- Résistance associée fréquente aux macrolides, cyclines, ≥ 30%
cotrimoxazole
- Depuis 2006 : tendance à une diminution de la résistance : rôle de la vaccination ?
- En pratique : amoxicilline ou céphalosporines de 3G ont une meilleure activité
que la Pénicilline G en cas de sensibilité réduite:
Amoxicilline dans les pneumonies et C3G dans les méningites
Genres apparentés aux streptocoques
Catalase négative (sauf Alloiococcus, catalase faible)
 Peuvent être soit en formation de chaînette, soit
en formation d’amas ou de tétrades
 Certains sont résistants à haut niveau à la
vancomycine

Aerococcus viridans: ubiquiste
 Aerococcus urinae: infections urinaires, septicémies
 Alloiococcus otitidis: otites chroniques
 Leuconostoc et Pediococcus: R à la vancomycine

Diagnostic bactériologique
Prélèvements
Divers selon le site d’infection
Prélèvements de site stérile
- LCR, hémoculture, liquides de ponctions
(liquide pleural, liquide articulaire, liquide d’ascite,……)
 Prélèvements de site colonisés
- urine, sphère ORL(gorge, oreille..)
- Prélèvements
respiratoires:
expectoration,
PDP,


aspirations….


Autres : pus, ….
Conditions de prélèvements importantes:
désinfection
Condition de transport: milieu de transport «
Portagerm »
Méthode diagnostic

A- Diagnostic direct +++ (mise en évidence de
la bactérie ou de ses antigènes)
1/ Examen direct :
Coloration de Gram
– Cocci à Gram positif
– Chaînette +/- longues ou diplocoques (S.
pneumoniae)
Méthode diagnostic
2/ Culture
 Milieux de culture :
GSF, CNA, colombia,
chromogène (spécifiques strepto B).

S/CO2 à 37 C pdt 24- 48h

Sur gélose au sang : petites colonies grisâtres,
translucides, en grain de semoule, entourées ou pas
d'une zone d'hémolyse.
En bouillon : les streptocoques poussent en donnant
des flocons et un dépôt au fond du tube dû aux longues
chainettes et évoquant de la mie de pain

Méthode diagnostic

3/ Identification
- Hémolyse, Gram, catalase, oxydase
- Antigénicité (groupe de Lancefield)
- Galerie d'identification biochimique (API 20 Strep, rapid ID 32 Strep),
automates.
4/ Etude de la sensibilité aux ATBs
- Antibiogramme : selon standardisation (CA-SFM, CLSI, EUCAST).
- Détermination des CMI: E tests, CMI milieux liquides, solides, automates
- Streptocouqes groupe viridans (PG, Amx)
- Pneumocoques (PG, Amx, Ctx, souche non méningée
PG, Ctx, Imp souche méningée)
- Recherches complémentaires: Enterococcus++
céfinase, test de trèfle (Amp R), screening à la vancomycine et PCR

Schéma d’identification
SBH A
sensible à Bacitracine, résistant au SXT
Schéma d’identification
Identification biochimique 1

PYR hydrolyse
◦ Substrat L-pyrrolidonyl--napthlyamide (PYR) hydrolysé par
Streptococcus groupe A et Enterococcus sp.
◦ Aussi spécifique que la culture en 6.5% NaCl pour Enterococcus sp.
◦ Plus spécifique que la Bacitracin pour streptococcus pyogenes.
-
PYR test positif pour
S.pyogenes et Enterocoque.
+
• Hydrolyse de l’Hippurate
Differencie Streptococcus du groupe B des autres Streptococcus beta hémolytiques,
Streptococcus du groupe B hydrolyse les hippurates de
sodium
Identification biochimique II

Christie-Atkins, Munch-Petersen (CAMP) test
◦ Détecte l’apparition d’hémolyse qui se produit lorsque la b-lysine et
les hémolysines de streptocoques du groupe B entrent en contact
avec Staphylocoque.
SBH « B » montre l’hémolyse en
forme de flèche près de la strie de
Staphylocoque.
• Hydrolyse Bile /Esculine: la culture en 40% de bile et l’ hydrolyze
d’Esculine caractérisent les Streptocoques qui possédent l’antigéne D
“ Streptococcus group D et Enterococcus sont Esculine +”
• La croissance dans 6,5% de bouillon de NaCl:
Distinction des Streptocoques du groupe D des Entérocoques
Méthode diagnostic



Diagnostic direct rapide : Ags de groupe ou
espèce
A partir de prélèvements**
S.pyogenes: gorge, « Doctor test»: test
immunochromatograhique.

S.agalactiae: Ags solubles dans LCR, sang: si
IMF

S.pneumoniae: Ags solubles(agglutination) :
LCR, sang,..
Immunochromatographie: urines, LCR.
Méthode diagnostic

Diagnostic indirect
-
Recherche cicatrice immunologique d'infections
1- Intérêt pour le diagnostic des complications
post-streptococciques A
- Interprétation: âge, géographie, ethnie
Anticorps streptolysine O (200UI/ml)
Anticorps streptodornase
2- Contrôle post vaccinal pneumococcique:
intérêt?
Méthode diagnostic: moléculaire

Hybridation spécifique: sonde monocaténaire d’ADN
(SBH B, SBH A)

PCR: classique, temps réel
- Gène ddl code le D-alanine ligase E. faecium, E.faecalis
- Gene van C1 E, gallinarum et van C2/C3, E. casseliflavus.
- Gènes autolysine: lytA, pneumolysine:ply, capsule:cpsA
chez pneumocoque .

Kits d’identification et résistance entérocoques, résistance aux
glycopeptides; vanA, vanB, vanC1, vanC2/C3
Marqueurs épidémiologiques



Typage : phénotype et génotype
Techniques phénotypiques = sérotypie
S.pyogenes,
S.agalactiae: 9 sérotypes: Ia, Ib, II, III, IV,V,VI,VII,VIII
S.pneumoniae >90 sérotypes; 6, 9V, 14, 19, 23
(PSDP).
Techniques génotypiques
PFGE**
MLST
Séquençage :
Principes thérapeutiques


Sensibilité de base aux antibiotiques
Sensibles aux bétalactamines
Pénicilline A
Céphalosporine (sauf entérocoque +++)
Sensibles aux macrolides (sauf entérocoques)
Sensibles aux glycopeptides
 Résistance bas niveau aux aminosides,
mais synergie reste possible: bétalactamine
+aminosides
 Résistance aux quinolones

Problème

Apparition
résistantes.
de
souches
multi-

Pneumocoque
résistant
aux
bétalactamines (PNSP), mutirésistance
(MDR).

Entérocoque résistant à tous les ATB
(Amp R,VRE).
Pneumocoques et betalactamines
PSDP 1967, problème de santé publique
Augmentation des taux de résistance
En Algérie: 40% de PNSP
Détection au laboratoire:
- Disque d’oxa: 1ug CLSI (<=19mm, >19mm)
5ug CA-SFM (<=26mm, >26mm)
- Souche suspecte PSDP : faire CMI
- Les CMI doivent être faite systématiquement
pour les souches invasives
- Interprétation selon les normes utilisées
 Toujours ATCC




Enterocoques

-
-
RESISTANCE AUX BETALACTAMINES
1- Pénicillinase (cefinase, test de trèfle)
2- Modification de PLP(PLP5).
Au laboratoire: disque amp 10ug (<14mm)
RESISTANCE AUX GLYCOPEPTIDES
Nosocomiales (épidemies)
1- Modification de la cible
VanA: résistance HN à la VA et TEC
VanC: résistance VA, sensible TEC (E.ga, E.ca)
Enterocoques
RESISTANCE AUX GLYCOPEPTIDES
 2- Elimination de la cible (VanX, Van Y)
 Profils
 VanA: Résistance haut niveau VA, TEC
 VanB: Résistance seulement à la VA(niveau variable)
 VanC, VanE, VanG: résistance bas niveau VA
sensible TEC
 Au Laboratoire
- Disques VA/TEC
- Etest
- Screening à la vancomycine
- PCR

Politique de prévention

Streptocoque A :
angines à strepto A traitées par antibiotique
maladies post-streptococciques
utilisation du Doctor Test

Streptocoque B :
lors de la grossesse
prélèvement vagin/anus lors du 3ème trimestre
si positif à strepto B, Péni A pendant le travail
Politique de prévention

Pneumocoque :
Politique vaccinale:
vaccination étendue splénectomisé ->
« personne fragile ») (23 sérotypes)
vaccin conjugué recommandé chez les enfants à
partir de 2 mois (selon épidémiologie du pays).

Endocardite :
Antibioprophylaxie des situations geste invasif « zone
non stérile » endoscopie, chirurgie...
traîtement du parodonte (extraction dentaire).

Hygiène lutte contre les infections
nosocomiales(enterocoques)
Points à retenir









Famille Streptococcaceae extrémement vaste.
Classification fluctuante, complexe
Infections causées diverses.
Infections graves***
Evolution et emergence de résistance aux
antibiotiques
Interest du diagnostic bactériologique.
Competence du laboratoire
Epidémiologie,
Meilleure prise en charge thérapeutique