embasecom - URFIST de Lyon

EMBASE.com
http://www.embase.com
Jean-Pierre LARDY
UNIVERSITE CLAUDE BERNARD LYON 1
URFIST de LYON
courriel : [email protected]
serveur : http://urfist.univ-lyon1.fr
maj mai 2007
I - Présentation générale
Producteur : EMBASE (Excerpta Medica) est la base de données en ligne de la bibliographie
Excerpta Medica (comme MEDLINE est celle de l'Index Medicus). EMBASE.com est le
cumul des deux bases EMBASE et MEDLINE. Elle est produite par Elsevier, le premier
éditeur de revues scientifiques au monde.
Domaines couverts : littérature mondiale en sciences médicales fondamentales, médecine,
pharmacie, médecine dentaire et sciences infirmières.
Sources : plus de 7 000 journaux de plus de 70 pays
Langue : la recherche doit toujours se faire en anglais, cependant il est possible d'appliquer
des limites pour la langue de publication.
Volume : plus de 18 000 000 de références
Période couverte : Embase couvre la période de 1974 à aujourd'hui tandis que Medline
couvre la période de 1966 à nos jours.
Mise à jour : quotidienne, plus de 600 000 références ajoutées chaque année.
Langage et syntaxe
La principale originalité de EMBASE.com est son langage documentaire : le thesaurus
EMTREE qui permet de lever les nombreuses ambiguïtés du langage courant. Un grand
nombre d'entrées de recherche est proposé à l'utilisateur.
II - Indexation
Le thesaurus EMTREE
Vocabulaire contrôlé de 50 000 termes et 190 000 synonymes. Les descripteurs sont attribués
par des documentalistes spécialistes après lecture de l’article pour identifier chacun des
concepts clés.
Dans la page d'accueil, le module EMTREE Keywords comporte 3 liens :
• Find Terms est un outil de mapping qui, à toute entrée d'un terme (en anglais) dans sa
fenêtre d'interrogation, propose une liste de mots avec leur équivalent EMTREE.
• Browse by facet permet d’explorer la hiérarchie des concepts à partir de 15 catégories
pour retrouver le descripteur adéquat.
• Browse A-Z permet d’explorer l’index alphabétique de tous les descripteurs.
Info liste tous les synonymes du terme, sa position dans l'arbre EMTREE et sa date de
création.
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III - Interface de recherche
L'interface « EMBASE.com » interroge une base de données où les doublons entre Embase et
Medline ont été éliminés puisque de nombreuses revues (~3 000) sont communes aux deux.
Recherche simple (quick search)
Le module de base se compose d'une simple fenêtre, de quelques cases limites à cocher.
Exemple : recherche des références avec résumé d’articles de journaux « cœur » sur
l'asthme parus depuis 2001.
Dans la fenêtre d'interrogation, entrer le mot clé asthma.
Sélectionner les dates de publication (2005 - now) à partir des menus déroulants des
dates et cocher les cases Priority Journals et with Abstract.
Résultat : 3757 notices (interrogation le 19 juin 2006).
Recherche avancée (advanced search)
Le module de recherche avancée bénéficie de 3 options :
• l'option mapping, fait passer chaque mot clé dans le « moule » de EMTREE pour une
éventuelle transformation en termes du thesaurus ;
• l'option explosion des descripteurs, étends la requête aux descripteurs-fils de niveau
hiérarchique inférieur ;
• l'option descripteur majeur, ne sélectionne que les notices dans lesquelles le
descripteur est indexé en tant que descripteur majeur.
Le bouton more limits donne accès à de nombreuses précisions.
Exemple : recherche des articles publiés en langue française au cours des 10 dernières
années sur la thyroïdite de De Quervain (descripteur majeur).
Dans la fenêtre d'interrogation, entrer 'De Quervain thyroiditis' (entre apostrophes car
c'est un mot composé).
Cocher les cases mapping (Map to preferred terminology) et « descripteur majeur »
(Search terms must be of major focus in articles found).
Sélectionner les dates de publication (1996 - now), la langue (french), et le type de
publication (articles).
Résultat : 6 notices (interrogation le 19 juin 2006).
Un clic de souris sur Edit permet de revenir sur la requête pour la modifier
éventuellement.
Recherche par champ (field search)
Le module de recherche par champs facilite la découverte des différents champs de la base de
données. On peut l’utiliser pour rechercher une information particulière et la combiner avec
une autre étape de recherche. Pour certains champs, par exemple le champ author, un index
complet est disponible.
Recherche de médicament (drug search)
La substance peut être cherchée par son nom générique, nom commercial, composé chimique
ou code de laboratoire. Ce module de recherche propose, en dehors des cases à cocher et des
limites habituelles, deux menus déroulants :
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•
•
l'un avec les différents qualificatifs qui peuvent être attribués à un descripteur ;
l'autre avec les différentes voies d'administration des médicaments.
Exemple : recherche des essais cliniques randomisés publiés depuis 1999 sur les effets
secondaires liés à l'utilisation de la bétaméthasone par voie inhalée.
Dans la fenêtre d'interrogation du module, entrer betamethasone.
Sélectionner la date 1999 - now , le qualificatif Adverse drug reaction et la voie
d'administration inhalational drug administration. Sélectionner le type de publication
Randomized controlled trial.
Résultat : 1 notice (interrogation le 19 juin 2006).
Recherche de maladie (disease search)
En dehors des fonctions et options habituelles, le module de recherche des maladies n'offre
qu'un seul menu déroulant : celui des qualificatifs.
Recherche d’article (article search)
C'est l'équivalent de la fonction Simple Citation Matcher de PubMed. C'est un moyen rapide
de retrouver une référence ou d'afficher un résumé.
Exemple : recherche de la notice complète d'un article publié en 2001 dans la revue
Circulation dont le numéro de la première page est 3020.
Dans la fenêtre Journal title, entrer : Circulation et indiquer la date de publication.
IV – Affichage des résultats
Les résultats s’affichent triés par Date de publication. Le tri par pertinence (relevance)
présente peu d’intérêt. En cliquant sur le titre, on obtient les références complètes. A ce
niveau on peut effectuer une première sélection en cochant les références retenues.
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Actions possibles :
• Impression
• Exportation vers un logiciel de gestion de références type endNote
• Envoi dans une boite aux lettres de messagerie
• Ajouter au panier (clipboard).
V - Personnalisation
On peut s’enregistrer pour bénéficier de fonctionnalités nouvelles :
• Sauvegarde de requêtes
• Alertes sur requête
Documentation
http://info.embase.com
http://www.bibl.ulaval.ca/bd/embasecom.html
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Exemple de référence
TITLE : Prevention of ulcers by esomeprazole in at-risk patients using non-selective NSAIDs and
COX-2 inhibitors
AUTHOR NAMES : Scheiman J.M., Yeomans N.D., Talley N.J., Vakil N., Chan F.K.L., ..
AUTHOR NAME AND ADDRESS : J.M. Scheiman. Division of Gastroenterology, Department of
Internal Medicine, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States.
SOURCE : American Journal of Gastroenterology (2006) 101:4 (701-710).
Date of Publication: Apr 2006
ISSN : 0002-9270
ABSTRACT : OBJECTIVES: Proton pump inhibitors reduce ulcer recurrence in non-steroidal antiinflammatory drug (NSAID) users, but their impact in at-risk ulcer-free patients using the current
spectrum of prescribed agents has not been clearly defined. We assessed esomeprazole for ulcer
prevention in at-risk patients ((greater-than or equal to)60 yr and/or ulcer history) taking NSAIDs,
including COX-2 inhibitors. Such studies are particularly ..
EMTREE DRUG INDEX TERMS (MAJOR FOCUS) :
cyclooxygenase 2 inhibitor (adverse drug reaction)
esomeprazole (adverse drug reaction)
esomeprazole (clinical trial)
…
EMTREE DRUG INDEX TERMS
acetylsalicylic acid
aluminum hydroxide (drug therapy)
antacid agent (drug therapy)
…
EMTREE MEDICAL INDEX TERMS (MAJOR FOCUS)
duodenum ulcer (drug therapy)
duodenum ulcer (prevention)
duodenum ulcer (side effect)
stomach ulcer (drug therapy)
stomach ulcer (prevention)
stomach ulcer (side effect)
EMTREE MEDICAL INDEX TERMS
cardiovascular disease (side effect)
double blind procedure
drug efficacy
drug tolerability
female
…
CAS REGISTRY NUMBERS
esomeprazole (119141-88-7, 202742-32-3, 217087-09-7, 217087-10-0)
diclofenac (15307-79-6, 15307-86-5)
rofecoxib (162011-90-7, 186912-82-3)
celecoxib (169590-42-5)
…
EMBASE CLASSIFICATIONS
Internal Medicine (6)
Drug Literature Index (37)
Adverse Reactions Titles (38)
Gastroenterology (48)
LANGUAGE OF ARTICLE : English
LANGUAGE OF SUMMARY : English
EMBASE ACCESSION NUMBER : 2006158310
COPYRIGHT : Copyright 2006 Elsevier B.V., All rights reserved.
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