Pierre Peyret - Institut Français de Bioinformatique

Programme
13h30-13h35
Pierre
Peyret
13h35-13h45
Frank
Giacomoni
13h45-14h30
Christophe
-
-
Klopp
Présentation
-
15h15-16h00
Jean-François
Gibrat
16h00-16h45
Vincent
Breton
-
Peyret
Annonce
-
14h30-15h15
Guy
Perrière
16h45-17h15
Pierre
Ouverture
Présentation
-
le
École
de
de
Présentation
nouveau
-
du
paysage
Présentation
Séminaire
Galaxy4Bioinformatique
la
PF
La
IFB-core
des
de
data
center
la
GenoToul
PF
PRABI
/
ELIXIR
en
PF
marche
AuBi
Auvergne Bioinformatique
AuBI
http://www.france-bioinformatique.fr/fr/plateformes
http://aubi.clermont-universite.fr/
Pr. Pierre PEYRET
[email protected]
Dr. Philippe LEROY
[email protected]
Dr. Antoine MAHUL
[email protected]
Structuration Auvergne Bioinformatique
* Groupe d’animation pour la structuration de la bioinformatique
CIDAM, GDEC, GRED, LMGE, PIAF, M2ISH, LIMOS
* Universités – Organismes de recherche - Structures privés
* Actions Etat – Région 2014
Soutenir l’acquisition d’outils mutualisés pour le stockage, l’analyse de grandes masses de
données, la modélisation et le calcul intensif afin de renforcer la visibilité de la recherche
académique du site tout en prenant en compte la montée en puissance du CRRI
* CPER AUDACE 2015-2020 :
2015 : 3 allocations thèse 1 266 k€ équipement
2016 : 3 allocations thèse 600 k€ équipement
* Centre Régional de Ressources Informatiques (CRRI) - Mésocentre
Centre Régional de Ressources Informatiques
CRRI
Lieu de mutualisation de ressources informatiques
2013: 230 m² de salles informatiques
Métiers du CRRI
Datacenter
Réseau
Systèmes informatiques universitaires
Applications métiers universitaires
►Calcul scientifique
Ressources actuelles
Ressources de la grille de calcul EGI
240 coeurs, 480 Go de RAM, 48 To de stockage
Ressources locales de calcul
Cluster Gén. 1 (2009-2010): 135 coeurs, 705 Go de RAM
Cluster Gén. 2 (2015): 384 coeurs, 2.6To Go RAM, 24 noeuds
Ressources de stockage
10 To de stockage partagé pour les ressources locales
Cluster de stockage Ceph 300 To bruts (en test)
Services tiers
Hébergement informatique de projets scientifiques
Forge pour le développement collaboratif
Hébergement de serveurs de laboratoires
Données d’utilisation des ressources
10 612 jobs soumis
970 623 h CPU allouées
A. Mahul; CRRI
Modalités d'accès
Actuellement : comptes créés à la demande
Via le système de tickets: [email protected]
Accès distant
Passerelle ssh avec une double authentification (One time Password)
Portail du CRRI
Accès aux suivi des tickets, au monitoring, au wiki
En cours
Formulaire web de gestion du compte (création, reset mot de passe...)
Synchro des mots de passe avec SSO universitaire
Compléter la documentation (dans le wiki)
Séances de formation
HPC2
R: R/3.2.2
abinit: abinit/7.10.2
bedtools: bedtools/2.25.0
bioconductor: bioconductor/3.2
bioperl: bioperl/1.6.924
biopython: biopython/1.65
blast-legacy: blast-legacy/2.2.26
bwa: bwa/0.7.12
ggplot2: ggplot2/1.0.1
idba: idba/1.1.2
kronatools: kronatools/2.6
ncbi-blast: ncbi-blast/2.2.30+
openmpi: openmpi/1.8.4
pandas: pandas/0.17.1
pandaseq: pandaseq/2.8.1
perl-statistics-r: perl-statistics-r/0.34
phyml: phyml/20120412
ray: ray/2.3.1
samtools: samtools/1.3
Bases de données et outils spécifiques AuBi
Bases de données : 4
PhylOPDb, HuGChip, ECOD, dbWFA
Outils et services : 23
KASpOD, HiSpOD, PhylArray, MetabolicDesign, GoArrays,
PhylGrid, MetaExploArrays, P-MetaStackPrt, PhylInterpret,
MicroAnnot, Metavir, PANAM, MIL-ALIGN, Prefon_Meta, AntMotifs, SeqCode, RulNet, DroPNet, Nucbase, NucleusJ,
ActivCollector, Synteny Viewer, TriAnnot
Formations
DUT Bioinformatique
Contact Valérie POLONAIS; [email protected]
Master Génétique, Physiologie, Bioinformatique –
spécialité Analyse et Modélisation des Données
Contacts: Gisèle BRONNER; [email protected]
François ENAULT; [email protected]
Modules Biologie École Doctorale SVSAE
Formations continues (CNRS, INRA, Universités)
Intégration d'outils dans Galaxy (Bérénice BATUT)
Actions de la plate-forme AuBi
-Réunions d’informations
-Groupes de réflexions
-Séminaires
- Conférenciers invités
- Conférences : JOBIM 2015
-CPER
- Comité d’utilisateurs du mésocentre
-Construction des offres de formation
- Propositions de formations
- Dossier d’intégration IFB
Intégration de AuBi dans IFB
PRABI (Rhône-Alpes) : Directeur Guy PERRIERE
- PRABI-AMSB, Lyon
- PRABI-Doua, Lyon
- PRABI-Gerland, Lyon
- PrabiG, Grenoble
- PRABI-Lyon Sud
- INCa-SLC
- PRABI-AuBi, Clermont-Fd (17/12/2015 CS PRABI vote intégration AuBi)
Merci pour votre attention
Description de l’infrastructure informatique
Infrastructure : hébergée au mésocentre CRRI (Centre Régional de
Ressources Informatiques)
Nombre de serveurs et types (NFS, samba, posgreSQL, etc.) :
une dizaine (NFS, serveurs web, mysql, hors ressources de calcul)
Ferme de calcul (cluster) : 711 (711 cœurs physiques)
Capacité de stockage utile totale : 10 To NFS + 200 To Cloud
Nombre de collections de données mises à disposition
NA
Nombre d’outils bioinformatiques disponibles : 38
Indicateurs
Nombre d’utilisateurs (connectés sur la dernière année) : 25 utilisateurs
réguliers partenaires de la plate-forme + plusieurs centaines de
connexions pour l’utilisation des outils et services.
Nombre d’heures CPU / an : 602949 h (2014)
Conditions d’accès
accès créés à la demande pour les chercheurs du site, sur projet pour les
autres accès. Il n’y a pas de ressources spécifiquement réservées à la PF
pour l’instant.
Cluster local: applications
Applications utilisateurs
Déployer ses applications dans /home
Quota actuel : 100 Go
Tool chain disponibles
GCC + OpenMPI (C / C++ / F90)
Intel + OpenMPI (C / C++)
Applications partagées
Déployées par les administrateurs
Pour éviter la duplication des codes
Gérées via modules d'environnements

2 Juillet 2014: accord des tutelles sur une
gouvernance basée sur deux comités
◦ Un comité d’orientation
◦ Un comité des utilisateurs




3 Mars 2015: première réunion du comité de pilotage
◦ Validation de la démarche
◦ Importance d’intégrer un représentant du monde socioéconomique dans le pilotage
4 Mai 2015: première réunion du comité des
utilisateurs
15 Septembre 2015: 2ème réunion du comité des
utilisateurs
8 Décembre 2015: 3ème réunion du comité des
utilisateurs
18:23:26
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