MICROORGANISMES RESPONSABLES D

MICROORGANISMES RESPONSABLES
D’INFECTIONS NOSOCOMIALES
Infection
POZZETTO B, Saint Etienne
Janvier 2009
Objectif
Un grand nombre d’agents infectieux (parasites, levures, bactéries, virus, prions) peuvent être responsables
d’infections nosocomiales (IN). Néanmoins, certains d’entre eux sont plus fréquemment impliqués ; il est
indispensable de les identifier et de connaître leur habitat préférentiel, leur(s) mode(s) de transmission
nosocomiale, leur(s) porte(s) d’entrée dans l’organisme et les principales pathologies dont ils sont à l’origine,
afin d’organiser plus efficacement la prévention et la prise en charge de ces dernières.
Techniques et méthodes
PRESENTATION DES PRINCIPAUX AGENTS INFECTIEUX RESPONSABLES D’IN
Les tableaux ci-après répertorient par grands types d’agents infectieux ceux qui sont le plus souvent rendus
responsables d’IN, aussi bien chez les patients que chez les soignants. Leur reconnaissance repose, à partir
d’échantillons judicieusement prélevés, sur les techniques microbiologiques et parasitologiques couramment
développées dans les laboratoires concernés. Cette liste n'est pas exhaustive, de nombreux autres agents
infectieux peuvent être impliqués de façon ponctuelle dans le survenue d'une IN. Le lecteur est invité à se
reporter aux ouvrages spécialisés cités dans la rubrique "Pour en savoir plus" pour des information
concernant ces pathogènes.
En cas de suspicion d’épidémie nosocomiale (voir fiche « conduite à tenir devant une épidémie d’infections
nosocomiales), il est nécessaire, pour affirmer ce caractère épidémique, d’identifier précisément l’agent
infectieux en cause et, s’il s’agit d’un germe relativement banal, de recourir à des méthodes de typage
phénotypiques (biotypage, profil de résistance aux antibiotiques, sérotypage,…) ou génotypiques
(ribotypage, électrophorèse en champ pulsé, profils de restriction des acides nucléiques viraux, analyse
phylogénétique de souches …) pour établir la parenté entre les souches isolées chez les patients, les
soignants et/ou l’environnement hospitalier.
Ces informations sont complémentaires des recommandations pour la mise en place des précautions
complémentaires d'hygiène développées dans le chapitre « prévention de la transmission croisée »:
www.chu-st-etienne.fr/hospitalisation/hygiene_securite/isolement_accueil.asp?pos=h.
Responsables
Le responsable du laboratoire de microbiologie est en charge de la vigilance par rapport à l'apparition de
nouveaux pathogènes, de nouvelles résistances et de cas groupés.
Le CLIN et l'équipe opérationnelle d’hygiène sont responsables de la mise en œuvre des procédés de
surveillance et de prévention adaptés.
Le médecin en charge du signalement des IN est responsable de la déclaration à la DASS et au CCLIN des
cas inhabituels d’IN de par leur gravité, leur caractère épidémique, la nature du germe ou son niveau de
résistance aux agents anti-infectieux
Le responsable de service doit être vigilant pour identifier des situations inhabituelles par rapport aux
résultats microbiologiques de son service.
Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection
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Janvier 2009 CCLIN Sud-Est
Pour en savoir plus
Références
Avril JL, Carlet J et al. Les infections nosocomiales et leur prévention. Ellipses, Paris, 1998, 687 pages.
Pozzetto B. coordonnateur. Infections nosocomiales virales et à agents transmissibles non conventionnels
coordonnateur. John Libbey Eurotext, Montrouge., 2001, 554 pages.
Guides et recommandations
Comité Technique national Des Infections Nosocomiales (CTIN). Isolement septique Recommandations pour
les établissements de soins. Ministère de l'Emploi et de la Solidarité, 1998, 51pages.
Société Française de Microbiologie. Le REMIC. Référentiel en Microbiologie Médicale (bactériologie et
mycologie), 3ème édition. Vivactis plus éditions, Paris, 2007, 232 pages.
Société Française de Microbiologie. Le REVIR. Référentiel en Virologie Médicale, 2ème édition. Vivactis plus
éditions, Paris, 2007, 159 pages.
Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection
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Janvier 2009 CCLIN Sud-Est
HABITAT PREFERENTIEL
PARASITES
Pediculus capitis (pou de tête)
Pediculus corporis (pou de
corps)
Pediculus pubis (pou de pubis
ou morpion)
Sarcoptes scabei hominis
LEVURES
Aspergillus sp
(A. flavus, niger, …)
MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE
A L’HOPITAL
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
Humain (zones pileuses)
Environnemental
(vêtements, literie, matériel
de toilette …)
Contact direct
Contact indirect
Poils, cheveux
Pédiculose
Humain
Contact direct
Contact indirect
Cutanéo-muqueux
Gale
Environnemental
(végétaux, sol, poussières)
Aéroporté
(exclusivement à
partir de
l'environnement)
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Respiratoire
Aspergillose invasive chez l’immunodéprimé
(SIDA, transplantés)
Cutanéomuqueuse
Digestive
Endogène
Candidose cutanéo-muqueuse chez
l'immunocompétent et
l’immunodéprimé
Candida sp
(C. albicans, glabrata,
krusei …)
Humain
Animal
Environnemental
Cryptococcus neoformans
Animal (pigeons)
Environnemental
Aéroporté
Respiratoire
Méningo-encéphalite
Pneumopathie
Septicémie chez l’immunodéprimé
Humain
Gouttelettes
Respiratoire
Endogène
Pneumocystose invasive chez
l’immunodéprimé
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental (spores)
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
Endogène
Diarrhée post-antibiothérapie
Colite pseudo-membraneuse
Environnemental
(végétaux, sol, poussières,
aliments)
Contact direct (rare)
Contact indirect
Digestive
Respiratoire
Listériose chez l’immunodéprimé
(méningite, méningo-encéphalite,
septicémie …)
Pneumocystis carinii hominis
BACILLES A GRAM POSITIF
Clostridium difficile
Listeria monocytogenes
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MENTION
PARTICULIERE
Diffusion d'un clone
épidémique dénommé O27
responsable de formes
sévères, surtout dans les
institutions de personnes
âgées.
Mai 2004 CCLIN Sud-Est
MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(eaux, aliments)
Contact indirect
(manuportage)
Humain (peau,
rhinopharynx, vagin)
Environnemental
(poussières, aliments)
Humain (peau,
muqueuses)
Animal (peau, muqueuses)
Environnemental
Humain (TD, vagin)
HABITAT PREFERENTIEL
COCCI A GRAM POSITIF
Enterococcus sp
(E. faecalis, faecium)
(entérocoques)
Staphylococcus aureus
(staphylocoque doré)
Staphylocoques à coagulase
negative
(S. hominis, S. epidermidis, S.
capitis …)
Streptococcus agalactiae
(streptocoque B)
Streptococcus pneumoniae
(pneumocoque)
Humain et animal
(voies aériennes
supérieures)
Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
MENTION
PARTICULIERE
Digestive
Endogène
Infection urinaire
Bactériémie
Suppuration
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Percutanée
Digestive
Respiratoire
Endogène
Staphylococcie :
Infection de la peau et des parties molles
(plaie, brûlure)
Pneumopathie
Bactériémie,septicémie
Infection urinaire
Infection osteo-articulaire
Infection sur cathéter et sur prothèse
Toxi-infection alimentaire
Emergence de souches
résistantes à la vancomycine
(ERV) devant faire l'objet de
mesures de prévention très
renforcées pour éviter leur
dissémination.
Bactéries souvent
multirésistantes aux
antibiotiques : SARM ou S.
aureus résistant à la
méthicilline ; VISA (ou GISA)
ou S. aureus de sensibilité
diminuée à la vancomycine
(ou aux glycopeptides).
Ces bactéries doivent faire
l'objet de mesures de
prévention très renforcées
pour éviter leur dissémination.
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Percutanée
Endogène
Cutanéomuqueuse
Digestive
Respiratoire
Endogène
Materno-foetale
Staphylococcie
Bactériémie
Infections sur cathéter et sur prothèse
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Gouttelettes
Respiratoire
Endogène
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Méningite
Bactériémie , endocardite
Péritonite
Pneumonie
Infection cutanéomuqueuse
Infection urinaire
Infection du nouveau-né à l'accouchement
Pneumonie
Bronchite
Infections ORL
Bactériémie
Méningite
Arthrite
Bactéries pouvant présenter
une sensibilité diminuée à
l'amoxicilline.
Mai 2004 CCLIN Sud-Est
HABITAT PREFERENTIEL
COCCI A GRAM POSITIF
Streptococcus pyogenes
(streptocoque A)
Humain
(voies aériennes
supérieures)
MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
Gouttelettes
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Respiratoire
Endogène
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
Scarlatine
Angine
Infections de la peau et des parties molles
(fascite nécrosante)
Erysipèle
Bactériémie – choc toxique
Rhumatisme articulaire aiguë
Erythème noueux
Glomérulonéphrite
Infections génitales gravissimes post
accouchement ou chirurgie gynécologique
Une surveillance
particulièrement vigilante doit
être mise en oeuvre pour
dépister les entérobactéries
porteuses de gènes de
multirésistance aux
antibiotiques (β lactamases à
spectre élargi ou BLSE,
imipénémases) et pour éviter
leur propagation
nosocomiale.
BACILLES A GRAM NEGATIF
ENTEROBACTERIES
Enterobacter sp
(E. aerogenes, cloacae …)
Escherichia coli
Klebsiella sp
(K. pneumoniae, oxytoca)
MENTION
PARTICULIERE
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(sol, eau, végétaux)
Contact indirect
(manuportage)
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(eau, aliments)
Contact indirect
(manuportage)
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(sol, eau, végétaux)
Contact indirect
(manuportage)
Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection
Cutanéomuqueuse
Digestive
Respiratoire
Endogène
Digestive
Endogène
Cutanéomuqueuse
Digestive
Respiratoire
Endogène
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Pneumopathie
Suppuration
Bactériémie
Infection urinaire
Diarrhée
Suppuration
Infections urinaire et génitale
Bactériémie
Méningite
Toxi-infection alimentaire
Suppuration
Bactériémie
Pneumopathie
Infection urinaire
Mai 2004 CCLIN Sud-Est
HABITAT PREFERENTIEL
BACILLES A GRAM NEGATIF
ENTEROBACTERIES
Proteus sp
(P. mirabilis, vulgaris)
Salmonella enterica
- typhi, paratyphi
- salmonelles mineures
Serratia sp
(S. marcescens, liquefaciens)
Yersinia enterocolitica
AUTRES
BACILLES A GRAM NEGATIF
Acinetobacter baumannii
Bordetella pertussis
(bacille de Bordet-Gengou)
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(sol, eau)
Humain (TD)
Environnemental
(eau, aliments)
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(eau, aliments)
Humain (TD)
Animal (TD)
Environnemental
(eau, sol, végétaux)
Animal (TD)
Environnemental
(eau, sol, aliments)
Humain
(peau et muqueuses)
Environnemental
(eau, sol)
Humain
(voies aériennes
supérieures)
Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection
MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
Endogène
Infection urinaire
Bactériémie
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
MENTION
PARTICULIERE
Fièvres typhoïde et paratyphoïdes
Toxi-infections alimentaires
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Digestive
Endogène
Digestive
Sanguine
Pneumopathie
Infection urinaire
Suppuration
Bactériémie
Diarrhée
Bactériémie
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Digestive
Pneumopathie
Bactériémie
Bactérie souvent
multirésistante aux
antibiotiques.
Gouttelettes
Respiratoire
Coqueluche
Recrudescence de cas
nosocomiaux du fait d'une
atténuation de l'immunité
post-vaccinale des adultes
jeunes qui constituent un
réservoir pour les nourrissons
non vaccinés susceptibles de
faire des infections graves.
Rappel vaccinal du personnel
fortement recommandée.
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
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Possibilité de transmission
par des produits sanguins
contaminés du fait de la
résistance de cette bactérie
au froid.
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AUTRES
BACILLES A GRAM NEGATIF
Burkholderia cepacia
Haemophilus influenzae
Legionella sp
(L. pneumophila, …)
Pseudomonas aeruginosa
(bacille pyocyanique)
Stenotrophomonas maltophilia
HABITAT PREFERENTIEL
MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
Environnemental
(eau, sol)
Contact indirect
(manuportage)
Humain (muqueuses)
Animal (muqueuses)
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
MENTION
PARTICULIERE
Digestive
Respiratoire
Pneumopathie
Bactérie souvent
multirésistante aux
antibiotiques.
Gouttelettes
Respiratoire
Environnemental (eaux
tièdes, climatiseurs)
Gouttelettes
Respiratoire
Pneumopathie
Bronchite
Infections ORL
Méningite
Epiglottite
Légionellose :
Pneumopathie
Fièvre de Pontiac
Humain (TD)
Environnemental
(eau , sol, végétaux)
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Digestive
Respiratoire
Endogène
Environnemental
(sol, végétaux)
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
Respiratoire
Humain (également bovin
pour M. bovis)
Aéroporté
Gouttelettes
Respiratoire
Endogène
Animal
Environnemental
Gouttelettes
Contact indirect
(eau)
Humain (voies aériennes
supérieures)
Gouttelettes
Cutanéomuqueuse
Respiratoire
Per-opératoire
Respiratoire
Pneumopathie
Infection urinaire
Infection de la peau et des parties molles
(plaie, brûlure)
Bactériémie
Suppuration
Pneumopathie
Bactériémie
Contamination à partir de
réservoirs d'eau chaude ou
tiède (douches,
hydrothérapie,
balnéothérapie…) justifiant
une surveillance
environnementale.
Bactérie souvent
multirésistante aux
antibiotiques et notamment à
la ticarcilline.
Bactérie souvent
multirésistante aux
antibiotiques.
AUTRES BACTERIES
Mycobactéries
tuberculeuses
(Mycobacterium
tuberculosis, bovis,
africanum)
atypiques (M. aviumintracellulare, xenopi …)
Mycoplasma pneumoniae
Fiches conseils pour la prévention du risque infectieux - Infection
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Tuberculose pulmonaire
Tuberculose extra-pulmonaire
Méningite tuberculeuse
Infection respiratoire basse
Infection ganglionnaire
Infection disséminée
chez l’immunodéprimé
Pneumopathie atypique
Infections ORL et respiratoire haute
Formes neurologiques
Emergence de souches de
mycobactéries tuberculeuses
multirésistantes aux
antituberculeux.
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PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
HABITAT PREFERENTIEL
MODE(S) DE
TRANSMISSION
Humain
(formations lymphoïdes,
TD)
Gouttelettes
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Digestive
Respiratoire
Humain
(cellules mononucléées,
cellules épithéliales
salivaires, rénales, cellules
endothéliales)
Humain (foie)
Contact direct
Contact indirect
Cutanéomuqueuse
Sanguine
Endogène
Contact direct
Contact indirect
Percutanée
Sanguine
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
MENTION
PARTICULIERE
Infection respiratoire
haute et basse
Bronchite, bronchiolite
Kérato-conjonctivite
Gastro-entérite
Fièvre prolongée
Syndrome mononucléosique
Infection chronique chez l’immunodéprimé
(rétinite, pneumopathie, colite …)
Vigilance par rapport aux
appareils d'ophtalmologie mal
désinfectés pouvant être à
l'origine d'épidémies de
kérato-conjonctivite.
VIRUS A ADN
Adénovirus (ADV)
Cytomégalovirus (CMV)
Virus de l’hépatite B (HBV)
Virus herpès simplex (HSV)
Humain (ganglions nerveux
sensitifs)
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Endogène
Virus varicelle-zona (VZV)
Humain (ganglions nerveux
sensitifs)
Aéroporté
Gouttelette
Contact direct
Cutanéomuqueuse
Respiratoire
Endogène
Humain (TD)
Environnemental (eau)
Gouttelettes
Contact indirect
(manuportage)
Digestive
Respiratoire
Humain
(arbre respiratoire)
Gouttelettes
Contact indirect
(manuportage)
Cutanéomuqueuse
Respiratoire
Hépatite aiguë
Hépatite chronique
Association au cancer primitif du foie
Infection cutanéo-muqueuse
Kérato-conjonctivite
Méningo-encéphalite
Infection chronique chez l’immunodéprimé
Varicelle – Zona
Méningo-encéphalite
Infection chronique ou grave
(pneumopathie) chez l’immunodéprimé
Vaccination obligatoire du
personnel soignant.
VIRUS A ARN
Entérovirus
Myxovirus influenzae
(virus de la grippe)
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Méningite – poliomyélite
Infection respiratoire
Bronchite- angine –herpangine
Infection cutanée
Infection oculaire
Péricardite …
Grippe commune
Grippe maligne
Bronchite, bronchiolite
Vaccination très fortement
recommandée chez le
personnel soignant en contact
avec des patients fragiles ou
âgés
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HABITAT PREFERENTIEL
MODE(S) DE
TRANSMISSION
PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
MENTION
PARTICULIERE
VIRUS A ARN
Rhinovirus
Humain
(arbre respiratoire)
Gouttelettes
Contact indirect
(manuportage)
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Contact indirect
Cutanéomuqueuse
Respiratoire
Digestive
Rhume banal
Infection ORL
Bronchite, bronchiolite
Gastro-entérite
Déshydratation
Rotavirus
Humain (TD)
Environnemental
(eau, aliments)
Réservoir animal encore
mal connu
Percutanée
Sanguine
Fièvres hémorragiques virales de gravité
variable
Epidémies nosocomiales
dans les pays en
développement en raison du
non respect des précautions
élémentaires d'hygiène vis-àvis du risque sanguin.
Humain (TD)
Environnemental
(eau, aliments)
Humain (foie)
Contact direct
Contact indirect
(manuportage)
Contact indirect
Digestive
Percutanée
Sanguine
Hépatite chronique
Transmission nosocomiale
souvent consécutive à un non
respect des règles d'hygiène
(exposition à des traces de
sang, partage de matériel,
utilisation multipatients de
solutions injectables à usage
unique…).
Virus de l’immunodéficience
humaine (HIV)
Virus parainfluenza (PIV)
Humain
(lymphocytes T)
Humain
(arbre respiratoire)
Humain
(arbre respiratoire)
Percutanée
Sanguine
Cutanéomuqueuse
Respiratoire
Cutanéomuqueuse
Respiratoire
Immunodéficience
SIDA
Infection respiratoire
haute et basse
Virus respiratoire syncytial
(RSV)
Contact direct
Contact indirect
Gouttelettes
Contact indirect
(manuportage)
Gouttelettes
Contact indirect
(manuportage)
Virus des fièvres
hémorragiques (Ebola,
Marburg, Lassa…)
Virus de l’hépatite A (HAV)
Virus de l’hépatite C (HCV)
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Infection respiratoire
haute et basse
(en particulier bronchiolite)
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PORTE(S)
D’ENTREE A
L’HOPITAL
PRINCIPALES PATHOLOGIES
NOSOCOMIALES
MENTION
PARTICULIERE
Gouttelettes
(contact rapproché)
Respiratoire
Infection respiratoire grave
Epidémie en 2006 ayant fait
plus de 800 morts dont un
grand nombre de cas
nosocomiaux (personnels de
santé contaminés à partir de
patients infectés)
Contact direct
Percutanée
(piqûre de
moustique)
Sanguine
Fièvre isolée
Méningite
Méningoencéphalite
Peropératoire
Percutanée
(hormones de
croissance …)
Peropératoire
Sanguine
Encéphalopathie spongiforme
de pronostic constamment mortel
HABITAT PREFERENTIEL
MODE(S) DE
TRANSMISSION
Virus du SRAS (Sars-CoV)
Réservoir animal encore
mal connu
Virus West Nile
Moustiques (arbovirose)
VIRUS A ARN
AGENTS TRANSMISSIBLES
NON CONVENTIONNELS OU
PRIONS
PrPres
PrPres forme variante
Humain (système nerveux,
oeil)
Contact direct
Humain (système nerveux
central, œil, amygdales,
formations lymphoïdes
associées au tube digestif)
Animal (bovins)
Contact direct
Contact indirect
Encéphalopathie spongiforme
de pronostic constamment mortel
Transmission possible par les
produits sanguins provenant
Contamination possible par
des produits sanguins
contaminés provenant de
donneurs en phase
d’incubation de la maladie.
* TD : tube digestif
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