Formulaire Proposition AR70

République Tunisienne
Ministère de l’Agriculture
Institution de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur
Agricoles
Direction de la planification du suivi et de l’évaluation des programmes de recherche
FORMULAIRE DE PROPOSITION
D’UNE ACTION DE RECHERCHE (AR)
N° de la fiche d’action de recherche : 70
Selon les termes de références
1- Identification de l’AR :
1.1 Intitulé :
Ecologie des virus transmissibles à l'Homme par les mollusques
bivalves en Tunisie (MBV)
1.2 Coordinateur de l’AR
Nom
MEJRI
Prénom
Salma
Etablissement Institut de la Recherche Vétérinaire de Tunisie (IRVT)
1.3 Equipe de chercheurs
1.3.1 Chercheurs appartenant aux établissements relevant de l’IRESA
Nom et Prénom
MEJRI Salma
Grade
Chargée de Recherche Agricole
SGHAIER Soufien
Médecin vétérinaire Spécialiste
OULED AHMED Hatem
Médecin vétérinaire Spécialiste
FAKHFAKH Emna
Médecin vétérinaire Sanitaire
KHAMMASSI KHBOU Médiha
Assistante Hospitalo-universitaire
Etablissement
Institut de la Recherche Vétérinaire
de Tunisie
Institut de la Recherche Vétérinaire
de Tunisie
Institut de la Recherche Vétérinaire
de Tunisie
Institut de la Recherche Vétérinaire
de Tunisie
Ecole Nationale de Médecine
Vétérinaire – Sidi Thabet
1.3.2 Autres chercheurs ne relevant pas de l’IRESA
Nom et Prénom
Etudiant en Mastère
HADDED-BOUBAKER Sondes
Grade
Maître assistant
Etablissement
Faculté des Sciences de Tunis
Hôpital d’enfants
1.4 Partenaires
1.4.1 Partenaires du développement
Organisme
Réf : convention
Nom vis à vis
Fonction
CHAABOUNI Mohamed Vétérinaire sanitaire
Direction Générale des Services
Vétérinaires
Groupement Interprofessionnel
des Produits de la Pêche
1
1.4.2 Bénéficiaires
Partenaires bénéficiaires
Groupe cible(s), bénéficiaire(s) potentiels
des résultats
Exploitants de palourdes
2- Description de l’AR
2.1 Problématique
La collecte des palourdes, Ruditapes decussatus, constitue l’une des principales activités
dans le domaine de la pêche et de l’aquaculture en Tunisie. La moyenne de production
annuelle est de l’ordre de 564 tonnes (Données de la Direction Générale des Services
Vétérinaires « DGSV »). La consommation locale des palourdes en Tunisie est très limitée, et
plus de 99% de la production est destiné à l'exportation vers les pays de la communauté
européenne (principalement, l'Italie et l'Espagne).
De par leur système de filtration de l’eau dans laquelle ils vivent, les mollusques
bivalves concentrent les particules et les microorganismes. De plus, ces mollusques sont
souvent consommés par l’Homme crus, d’où ils jouent un rôle très important dans la
transmission de pathogènes. Il en résulte de nombreuses toxi-infections alimentaires suite à
l’ingestion de ces coquillages. Parmi les pathogènes transmis par les mollusques bivalves, on
cite certains virus tels que les Norovirus et le virus de l’Hépatite A (VHA). Ces virus sont à
l’origine d’importantes épidémies de gastro-entérite partout dans le monde. Dans ce cadre, une
surveillance sanitaire de ces produits alimentaires est d’une importance capitale pour limiter
l’incidence de ces infections chez l’Homme.
En 2013, la présence des Norovirus a été détectée dans plusieurs zones de collecte des
palourdes ce qui a engendré d’importants préjudices économiques du fait du refoulement de
nombreux lots contaminés (Note de la DGSV Réf 3000/3011 du 02/04/2013).
Les résultats attendus de cette action de recherche aideront à mieux comprendre la
dynamique des Norovirus et du VHA dans les palourdes. Le but ultime de ce travail de
recherche est de mieux contrôler les flambées de ces virus dans les palourdes tunisiennes et
d’instaurer un modèle de prévision et un système d’alerte précoce auprès des services
vétérinaires. Ce qui permettra d’éviter les collectes pendant les périodes à risque et donc de
réduire les pertes économiques liées à la saisie de lots contaminés et leur destruction. De plus,
l’arrêt des opérations de collecte des MBV en ces périodes à risque permettra la reconstitution
des populations exploitables des palourdes.
Mots clés :
Palourdes
Norovirus
Virus de l’Hépatite A
Diagnostic
Epidémiologie
2
2.2 Travaux pertinents accomplis ou en cours dans le cadre de cette problématique
2.2.1 A l’étranger
La consommation des MBV, dont les palourdes, est à l’origine de nombreuses toxi-infections
pour l’Homme, étant donné la concentration élevée de ce type d’aliments en agents pathogènes. Par
exemple, aux USA, entre 1990 et 2000, soixante six épidémies ont été répertoriées, impliquant 3299
cas dues à l’ingestion de mollusques bivalves (Smith DeWaal et al., 2001). Parmi les maladies virales
transmises par les MBV, on distingue les infections par les Norovirus et le virus de l’hépatite A
(VHA). Ces virus sont les parmi les principales causes d’épidémie et leurs prévalences est en
recrudescence ces dernières années. Ces pathogènes appartiennent à des familles virales différentes,
mais ont la caractéristique commune d’être des virus non enveloppés, très résistants dans
l’environnement.
Les Norovirus sont à l’origine de gastro-entérites chez les adultes, particulièrement, chez les
personnes âgées. Ils présentent une tendance élevée à causer des épidémies. Mais c’est aussi une cause
majeure de gastro-entérites sporadiques. Les Norovirus se transmettent par contact direct de personne à
personne ou par contamination indirecte via l’eau et la nourriture. Ces virus présentent une répartition
géographique très large. En effet, ils sont retrouvés dans différents pays où ils ont été à l’origine de cas
de toxi-infection. C’est le cas des USA (Smith DeWaal et al., 2001), de la Belgique (Baert L., 2009),
de la Grande Bretagne (Harris JP, 2008), de la Jordanie (Kaplan NM, 2001), en Libye (Aubaglia M,
2011) et du Brésil (Ferreira MSR, 2010)… . Plusieurs études ont été menées portant sur la
caractérisation moléculaire de différentes souches des Norovirus pour pouvoir développer un vaccin
capable de protéger contre l’infection par les différents génotypes (Hoa Tran TN 2013,, Chhabra P
2010).
Le VHA est souvent associé à la consommation des fruits de mer. L’ingestion se fait par l’eau
ou les aliments souillés. Les premiers symptômes sont peu spécifiques (fièvre, fatigue, nausée et
problème abdominaux) suivis d’une hépatite une ou deux semaines plus tard. Ce virus se transmet par
voie oro-fécale de personne à personne ou par la nourriture. Les mollusques bivalves représentent
l’une des principales sources de toxi-infections alimentaires virales à cause de leur pouvoir filtrant qui
a un effet concentrant. Le VHA est très résistant dans l’environnement. Sa persistance a été mesurée
dans les huîtres pendant 6 semaines, les virus persistent 3 semaines après l’inoculation. Le VHA est
excrété sous une forme concentrée dans les fèces pendant une courte période. Son excrétion peut se
prolonger jusqu’à 3 mois après la disparition des symptômes. Le VHA est retrouvé partout dans le
monde et il est, souvent, associé à des cas d’hépatites à transmission orale. En effet, sa présence a été
décrite dans plusieurs pays dont l’Italie, l’Espagne, la Bolivie (Ma C 2013), la Corée du Sud (Sung
2013)… La prévention de l’infection par le VHA repose, d’une part, sur le respect des règles
d’hygiène, et d’autre part, sur la vaccination. En effet, un vaccin contre le VHA est disponible, mais
les stratégies de vaccination ne sont mises en place que dans les pays développés où la proportion
d’adultes susceptibles est la plus importante. Ceci est due au fait que dans les pays pauvres et ceux en
voie de développement, l’infection est endémique et peut atteindre 100% chez les enfants. Par ailleurs,
étant donné que l’infection par le VHA n’évolue pas vers la chronicité, les pays pauvres ne font pas de
la lutte contre ce pathogène une priorité.
Dans ce cadre, la détection précoce de ces virus dans les produits de pêche, notamment dans les
MBV (palourdes) reste un moyen très efficace dans la réduction de la transmission de ces pathogènes à
l’Homme. Pour cela, et partout dans le monde, les laboratoires concernés par ce problème cherchent à
mettre en place des outils de diagnostic de plus en plus sensibles afin de déceler la présence de tels
virus même en faible quantité. Parmi ces outils on cite la technique de PCR en temps réel qui permet,
après amplification, la détection de faible nombre de copies virales.
3
-
Harris JP, Edmunds WJ, Pebody R, Brown DW, Lopman BA. Deaths from norovirus among the elderly England
and Wales. Emerg Infect Dis 2008; 153:957-960
-
Kaplan NM, Kirby A, Abd-Eldayem SA, Dove W, Nakagomi T, Nakagomi O, et al. Detcetion and molecular
characterisation of rotavirus and norovirus infections in Jordanian children with acute gastroenteritis. Arch Virol
2011; 156:1477-1480
-
Aubaglia M, Cuevas L, Kirby A, Nakagomi T, Nakagomi O, et al. Clinical features and molecular epidemiology
of rotavirus and norovirus infections in Libyan children. J Med Virol 2011; 83:1849-1856
-
Ferreira MSR, Victoria M, Carvalho-costa FA, Vieira CB, Xavier MP, Fioretti JM, et al. Surveillance of norovirus
infections in the state of Rio Di Janeiro, Brazil 2005-2008. J Med Virol 2010; 82:1442-1448
-
Hoa Tran TN, Trainor E, Nakogami T, Cunliffe NA et Nakogami O. Molecular epidemiology of noroviruses
associated with acute sporadic gastroenteritis in children: Global distribution of genogroups, genotypes and GII.4
variants. J Clin Virol 2013; 56:185-193
-
Chhabra P, Dhongade RK, Kalrao VR, Bavdekar AR, Chitambar SD. Epidemiological, clinical, and molecular
features of norovirus infections in western India. J Med Virol 2009; 81:922-932
-
Baert L, Uyttendaele M, Stals A, Van Coilie E, Dierick K, Debevere J et al. Report Foodborne outbreaks due to
noroviruses in Belgium : the link between food and patient investigations in an international context. Epidemiol
Infect 2009; 137:316-325
-
Kageyama T, Shinohara M, Uchida K, Fukushi S, Hoshino FB, Kojima S et al. Coexistence of multiple genotypes,
including newly identified genotypes, in outbreaks of gastroenteritis due to Norovirus in Japan. J Clin Microbiol
2004; 42:2988-2995
-
Sung Eun Cho & Youngdae Kim. Seroepidemiolgy of Hepatitis A in South Korea: A nationwide study by the
Eone reference Laboratory. J Epidemiol 2013; 23(4) : 270-274
-
MA C, J M RT, A CR, M BN, M DG, S L MR. Pravalence of hepatitis A antibodies in Eastern Bolivia: a
population-based study. J Med Virol 2013; 85(10) : 1692-1697
2.2.2 En Tunisie
Près de 99% des quantités de palourde collectées en Tunisie est destiné à l’exportation vers les
pays européens, principalement, l’Italie. Ce secteur revêt une importance économique et sociale non
négligeable du fait des revenus de l’exportation et de la main d’œuvre impliquée dans le secteur. En
avril 2013, d’importantes quantités de palourdes ont été refoulées suite à la détection des Norovirus
dans ces mollusques (Note de la DGSV Réf 3000/3011 du 02/04/2013). Dans ces conditions, et
pour répondre aux exigences sanitaires des pays importateurs des palourdes tunisiennes, il devient
impératif de mettre en place un système efficace de détection précoce de ces virus transmissibles à
l’Homme. Cela repose, non seulement, sur la mise en place de techniques sensibles et fiables aux
laboratoires, mais aussi sur la détermination des conditions et des facteurs régissant la cinétique de
réplication de ces virus.
La circulation des virus transmissibles à l’Homme par les mollusques tels que les Norovirus et
le VHA, a été, largement étudiée en Tunisie dans la population humaine. Cependant, le nombre de
travaux traitant de la recherche et de la caractérisation de ces virus dans des échantillons de mollusque
bivalves est faible et peu représentatif.
Ainsi, on se propose dans cette action de recherche d’étudier, de manière régulière, l’écologie
et la cinétique de réplication de ces virus dans les palourdes collectées dans les trois zones de collecte,
à savoir : Sfax, Gabès et Médenine. Ce travail débutera par la prise régulière d’échantillons de
palourdes dans ces régions, selon un planning bien déterminé et de rechercher par les techniques de
diagnostic moléculaire la présence des Norovirus et du VHA. Ensuite, la présence de ces virus sera
corrélée avec les facteurs climatiques et environnementaux afin d’établir les conditions optimales de
réplication de ces virus. Les résultats permettront, ainsi, de déterminer les facteurs sur lesquels il
faudra agir afin de limiter l’incidence de ces agents pathogènes dans les palourdes en Tunisie. Les
4
différents résultats attendus suite à ce travail aideront à la mise en place des techniques les plus
efficaces et sensibles pour la détection de ces virus. De plus, ces résultats permettront de comprendre
l’écologie de ces virus, ce qui est en mesure de permettre une meilleure gestion de la collecte de ces
mollusques sur nos côtes.
2.2.3 Références bibliographiques
-
Donalson EF, Lindesmith LC, Lobue AD, Baric RC. Norovirus pathogenesis: mechanisms of
persistence and immune evasion in human populations. Immunol Rev 2008; 225:190-211
-
Baert L, Uyttendaele M, Stals A, Van Coilie E, Dierick K, Debevere J et al. Report Foodborne
outbreaks due to noroviruses in Belgium : the link between food and patient investigations in
an international context. Epidemiol Infect 2009; 137:316-325
-
Kageyama T, Shinohara M, Uchida K, Fukushi S, Hoshino FB, Kojima S et al. Coexistence of
multiple genotypes, including newly identified genotypes, in outbreaks of gastroenteritis due to
Norovirus in Japan. J Clin Microbiol 2004; 42:2988-2995
-
Sung Eun Cho & Youngdae Kim. Seroepidemiolgy of Hepatitis A in South Korea: A
nationwide study by the Eone reference Laboratory. J Epidemiol 2013; 23(4) : 270-274
-
MA C, J M RT, A CR, M BN, M DG, S L MR. Pravalence of hepatitis A antibodies in Eastern
Bolivia: a population-based study. J Med Virol 2013; 85(10) : 1692-1697
2.3 Objectifs
2.3.1 Objectif global
Contribuer au développement de la filière de la production de palourdes en Tunisie par le
contrôle des Norovirus et du virus de l’hépatite A, transmissibles à l’Homme par les palourdes.
2.3.2 Objectifs spécifiques
-­‐
Identification des facteurs climatiques et environnementaux limitant la réplication des
norovirus et du virus de l’Hépatite A dans les palourdes. Notamment, la pluviométrie et la
température.
-­‐
Caractérisation moléculaire et phylogénétique des souches virales isolées dans les palourdes
tunisiennes afin d’étudier leur épidémiologie moléculaire
-­‐
Mise en place d’un système de surveillance efficace en vue d’une détection précoce de ces
pathogènes dans les palourdes. De telles données seront très utiles pour agir sur certains
facteurs environnementaux dans le but de réduire au maximum l’incidence de ces
pathogènes chez les palourdes en Tunisie.
-­‐
Amélioration des outils de détection précoce de ces virus. Notamment, les tests rapides de
dépistage qui peuvent présenter une alternative avantageuse et fiable ayant une bonne
corrélation avec les techniques lourdes.
-­‐
Mise à la disposition des professionnels de la filière palourde des méthodes de contrôle des
Norovirus et du virus de l'Hépatite A chez les mollusques bivalves, conformes aux normes
recommandées par l’Office International des Epizooties (OIE).
5
2.4 Activités
N° d’ordre
de l’activité
Intitulé de l’activité
Chercheur (s)
Disponible (s)
Techniciens
Disponibles
1
Echantillonnage et collecte des palourdes dans les zones
de production et relevés des facteurs climatiques et
environnementaux liés à chaque prise d’échantillons.
1
1
2
Analyses virologiques et dépistage des Norovirus et du
virus de l’hépatite A dans les échantillons.
3
1
3
Caractérisation moléculaire et phylogénétique des
souches virales isolées dans les palourdes contaminées.
3
0
4
Analyse épidémiologique et identification des facteurs
environnementaux et climatiques impliqués dans la
dynamique spatio-temporelle des flambées de ces virus.
1
0
5
Réflexion sur l’instauration d’un système d’alerte
précoce de ces virus dans les palourdes ainsi qu’un
programme national de contrôle des infections virales
transmissibles à l’Homme par les MBV.
2
0
6
Amélioration des techniques de dépistage rapide des
Norovirus et du Virus de l’Hépatite A dans les palourdes
3
2
2.5 Méthodologie
-­‐
Etablir un protocole d’échantillonnage représentatif des prélèvements dans les zones de
production de palourdes en Tunisie
-­‐
Mise en place des techniques de contrôle des Norovirus pathogènes pour l'Homme (GI, GII
et GIV) par RT-PCR en temps réel (qRT-PCR) ciblant le gène codant pour la polymérase
virale (RdRp)
-­‐
Mise en place des techniques de contrôle du virus de l'hépatite A par qRT-PCR amplifiant
la région VP1-2A
-­‐
Etude de la circulation des Norovirus en fonction du temps, de la pluviométrie et des
paramètres physico-chimiques de l’eau (température, turbidité, salinité et pH) chez les
mollusques bivalves
-­‐
Etude de la circulation du virus de l'hépatite A en fonction du temps et de la pluviométrie et
des paramètres physico-chimiques de l’eau (température, turbidité, salinité et pH) chez les
mollusques bivalves
-­‐
Mise en place des techniques pour l'amplification des gènes ou des séquences génomiques
recommandés pour la caractérisation génomique:
- gènes de la capside et de la polymérase virale pour les Norovirus
- région VP1-2A pour le virus de l'hépatite A
-­‐
Séquençage des produits amplifiés et analyses phylogénétiques
6
2.6 Plan d’opération
2.6.1 Calendrier d’exécution prévisionnel des activités
N° d’ordre de Date Démarrage
l’activité
Mois/année
Stations
Laboratoires
1
1/1
S1 - S2 - S3 - S4 - S5 - S6 - G1 - G2 - G3 - M1 - M2 - M3 et M4
IRVT
2
2/1
IRVT
IRVT
3
1/2
IRVT
IRVT
4
1/3
ENMV - DGSV
ENMV
5
6/3
ENMV - DGSV
ENMV
6
2/1
IRVT
IRVT
2.6.2 Besoins en Techniciens et en main d’œuvre (mois/homme) :
N° d’ordre de
Techniciens
l’activité
et ouvriers spécialisés
Main d’œuvre
D
R
D
R
D
R
1
24/1
0
36/1
0
0
0
2
24/2
0
36/1
0
0
0
3
0
0
0
0
0
0
4
0
0
0
0
0
0
5
0
0
0
0
0
0
6
24/1
0
36/1
0
0
0
Total
36/2
0
36/1
0
0
0
3- Résultats attendus
N°
l’activité
Résultat attendu
Date probable
D’obtention
1
Avoir un échantillonnage représentatif
2/1
2
Diagnostic des Norovirus et du VHA dans les échantillons.
12/2
3
Caractérisation moléculaire et phylogénétique des souches des Norovirus et du 6/3
virus de l’hépatite A dans les palourdes tunisiennes
4
Identification des facteurs environnementaux et climatiques impliqués dans la 12/3
dynamique spatio-temporelle des flambées de ces virus.
5
Instauration d’un système d’alerte précoce des Norovirus et du VHA dans les 12/3
palourdes ainsi qu’un programme national de contrôle des infections virales
transmissibles à l’Homme par les MBV.
6
Mise en place des techniques de dépistage rapide des Norovirus et du VHA 12/3
dans les palourdes
7
4- Budget de fonctionnement
N° d’ordre
de l’activité
Objet
Total
Montant en DT
Année 1 Année 2 Année 3 Année 4
1
0
0
0
0
0
2000
1000
1000
0
0
0
0
0
0
0
2000
1000
1000
0
0
Personnel Occasionnel
0
0
0
0
0
Carburant ; réparation véhicules,
0
0
0
0
0
Missions et Stages ; Documentation
0
0
0
0
0
54000
27000
27000
0
0
Personnel Occasionnel
0
0
0
0
0
Carburant ; réparation véhicules,
0
0
0
0
0
Missions et Stages ; Documentation
0
0
0
0
0
5000
0
0
5000
0
0
0
0
0
0
500
0
0
500
0
0
0
0
0
0
1000
0
0
1000
0
0
0
0
0
0
500
0
0
500
0
0
0
0
0
0
1000
0
0
1000
0
Personnel Occasionnel
0
0
0
0
0
Carburant ; réparation véhicules,
0
0
0
0
0
Missions et Stages ; Documentation
0
0
0
0
0
Consommable et PM ; Sous traitance ; Divers
4000
0
0
4000
0
Total
70000
29000
29000
12000
0
Personnel Occasionnel
Carburant ; réparation véhicules,
Missions et Stages ; Documentation
Consommable et PM ; Sous traitance ; Divers
2
Consommable et PM ; Sous traitance ; Divers
3
Consommable et PM ; Sous traitance ; Divers
4
Personnel Occasionnel
Carburant ; réparation véhicules,
Missions et Stages ; Documentation
Consommable et PM ; Sous traitance ; Divers
5
Personnel Occasionnel
Carburant ; réparation véhicules,
Missions et Stages ; Documentation
Consommable et PM ; Sous traitance ; Divers
6
8