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labo de Microbiologie 2016 Devoirs Directives Générales La première page doit inclure les informations suivantes : Le numéro du devoir Cote de cours : BIO3526 Votre nom ou vos noms Votre numéro de groupe La date Les devoirs peuvent être faits et remis individuellement ou en groupe de deux (vous et votre partenaire). Les devoirs doivent être dactylographiés sauf pour les calculs qui peuvent être faits à la main. Les tableaux et les graphiques doivent être générés à l'ordinateur, être clairs et concis. Les tableaux et les graphiques doivent avoir un titre approprié et une légende si appropriée. Seulement que des copies papier des devoirs seront acceptées. NE PAS envoyer les devoirs par courriel. La remise des devoirs doit être faite à l'aide enseignant approprié à la date indiquée AVANT que vous ne quittiez le labo. Une pénalité de 10% par jour sera imposée sur les devoirs remis en retard (les weekends seront comptés comme une journée). Si une raison valide est donnée, telle que des raisons médicales, une exemption pour la remise de ce devoir sera accordée. Présentations PowerPoint: Utiliser le gabarit noir et blanc suivant pour vos présentations PPT. Les photos doivent être en couleur. Sauvegarder comme un fichier PDF avec une diapositive par page. Soumettre par courriel à l'adresse suivante : [email protected] Le sujet du message doit indiquer : Devoir (Numéro) Ne pas utiliser cette adresse pour d'autres messages. Ceux-ci ne seront ni lus ni répondus. labo de Microbiologie 2016 Rubrique de correction pour les tableaux (Chaque cellule vaut 0.25 point) Présentation Tableau 1 Tableau 2 Tableau 3 Tableau 4 Légende, entêtes des colonnes, et des rangées sont présents Données appropriées sont incluses Tableau généré à l’ordinateur Les espaces et/ou les lignes sont utilisés judicieusement pour regrouper les données ou séparer les composantes du tableau Lecture du tableau (indépendant, texte non redondant, clair et simple) Légende Débute avec le numéro du graphique La première phrase est un titre spécifique et complet Tous les symboles et les abréviations non standards sont expliqués dans la légende Totaux Notes converties d’après les points attribués sur les devoirs respectifs /2.0 /2.0 /2.0 /2.0 Rubrique de correction pour les graphiques (Chaque cellule vaut 0.25 point) Présentation Fig 1 Fig 2 Fig 3 Le bon type de graphique Les variables appropriées sont présentées Le graphique est fait à l’aide d’ordinateur Mise en page appropriée – le graphique remplit 1/2 à 2/3 de la page et fait à l’échelle afin d’utiliser l’espace disponible La légende occupe le tiers de la page qui reste sous le graphique Données Les unités des axes et les échelles (l’intervalle pour l’abscisse et pour l’ordonnée englobe l’étendue des données) Identification des axes (appropriée pour les variables choisies) Type d’ajustement de la courbe (meilleure tendance est illustrée) Légende Débute avec le numéro du graphique La première phrase est un titre spécifique et complet Totaux Notes converties d’après les points attribués sur les devoirs respectifs /2.5 /2.5 /2.5 labo de Microbiologie 2016 Rubrique de correction pour les images microscopiques (Chaque cellule vaut 0.25 point) Présentation Le format exigé est respecté et le bon nombre d’images est fourni Une diapo avec le titre est incluse et contient toute l’information requise Données: Qualité des images Images claires (In focus) Bon frottis uniforme Coloration uniforme (couleur) Bonne coloration (couleur) Légende Débute avec le numéro de la figure Fournis un titre spécifique et complet Type de coloration et le colorant utilise si approprié Forme cellulaire Agrégation Grossissement Totaux Notes converties d’après les points attribués sur les devoirs respectifs /3.0 labo de Microbiologie 2016 Devoir 1 Partie 1: Problèmes. Résoudre les problèmes suivants. Vous n'avez pas à montrer vos calculs. Soumettre seulement vos réponses finales. Indiquer vos réponses à deux chiffres après la virgule. Notez : NE PAS arrondir les résultats de vos calculs jusqu’à la réponse finale. (3 points/question) 1. Quelle est la molarité d'une solution de chlorure d'ammonium préparé en diluant 155.0 mL d'une solution de 2.15 M NH4Cl à 2.5 L? 2. Un étudiant prend un échantillon d'une solution de 3.1 M KOH et le dilue en ajoutant 100.0 mL d'eau. Ensuite, l’étudiant dilue cette solution 3X et détermine que la concentration de la solution finale est 0.16 M KOH. Quel était le volume original de l'échantillon? 3. Un microbiologiste désire préparer une solution stock de H2SO4 pour que des échantillons de 20.0 mL génèrent des solutions de 0.50 M quand ils sont ajoutés à 100.0 mL d'eau. Quelle devrait être la molarité de la solution stock? 4. Quel volume d'eau devrait être ajouté à 2.5 mL d'une solution d'acide acétique de 8.0 M afin d'obtenir une concentration finale de 3.0 M d'acide acétique? 5. Trois solutions "A"', "B" et "C" sont mélangés pour obtenir le rapport suivant : A:B:C = 1:2:10. Quels sont les facteurs de dilutions pour chacun des composés? 6. Un microbiologiste possède trois cultures microbiennes: E. coli à une densité de 2 X 108 cellules/mL, B. subtilis à une densité de 2 X 109 cellules/mL, et P. notatum à une densité de 1 x 109 cellules/mL. De celles-ci, il désire préparer un seul mélange contenant 5 X 106 cellules/mL d'E. coli, 1.25 x 108 cellules/mL de B. subtilis, et 1 X 107 cellules/mL de P. notatum dans un volume final de 10 mL de milieu de culture. Quel volume du milieu de culture et de chacune des cultures d'origine devrait être utilisé pour atteindre cet objectif? 7. Le microbiologiste mentionné dans la question précédente réalise qu'il n'a que 5 mL de milieu de croissance. Étant donné cette information, quel est le volume maximal du mélange microbien décrit précédemment qui peut être préparé? 8. 3 parties d'eau sont ajoutées à 2 parties d'une solution de 2.5 M FeSO4 et une partie d’une solution de 1.0M FeSO4. Quelle est la molarité de la solution diluée? 9. Un microbiologiste prépare 150 mL d'une solution de 3.5 M K2Cr2O7 dans de l'eau. Une semaine plus tard, 30 mL de l'eau se sont évaporés. Combien d’eau est-ce que le microbiologiste doit-il ajouter à la solution évaporée afin d’obtenir une molarité finale de 0.5M K2Cr2O7? 10. Un test chimique a permis de déterminer que 100 mL d'une solution d'une substance inconnue est à une concentration de 5.0 M. La solution est évaporée en totalité laissant 45 g de cristaux du soluté inconnu. Quelle est la masse molaire de la substance inconnue? 11. Combien de millilitres d'une solution de chloramphénicol à 50 mg/mL sont nécessaires pour une dose de 400 µg? labo de Microbiologie 2016 12. Un pharmacien vous remet une bouteille de 1.0 L d'une solution de NaCl à 5% (m/v) et vous demande de la mélanger avec de l'eau stérile pour faire autant d'une solution de 0.2 M que possible. Quelle quantité d'eau stérile utiliseriez-vous? (MM de NaCl 58g/mole) 13. Les dilutions suivantes ont été réalisées pour déterminer la concentration de bactéries dans une culture. Quelle était la concentration de bactéries dans la solution stock? 2 mL 1 mL 5 mL 10 mL 150 colonies 0.1 mL stock 6 mL 8 mL 20 mL 10 mL 14. Il y a eu une fuite de 50mL du poison le cyanure de sodium d'une bouteille, qui contenait à l'origine 100 mL, dans un seau d'eau contenant 300mL d'eau. La concentration du poison dans le seau a été jugée d'être 0.10 M après la fuite. Si le poids moléculaire du cyanure de sodium est 49g/mole, combien de grammes de cyanure de sodium restent-ils dans la bouteille? 15. L'acide chlorhydrique concentré a une concentration de 37.7% (m/m). Quelle est sa concentration molaire? (La densité de la solution est de 1.19 g/mL et la MM de HCL: 36g/mole) 16. Quel volume d’eau est requis pour préparer une solution de 3 000 grammes deMgCl2 (M.M. : 55g/mole) à une concentration de 0.8 M? Pour les problèmes qui suivent, présumez que le volume de solvant est égal au volume de solution. Le diagramme ci-dessous représente deux solutions (A et B) séparées par une membrane perméable à l’eau, mais pas aux solutés. Utiliser ceci comme condition de départ pour répondre aux questions 17-20. A. B. 480 osmoles 320 osmoles 10 litres 6 litres 17. Quelles sont les osmolarités des solutions A et B dans la condition originale? 18. Quelle est la relation osmotique de la solution A relativement à la solution B? 19. Une fois que l’osmose est complétée, quelle sera l’osmolarité dans le compartiment A? 20. Quel volume d’eau c’est déplacé dans ou hors du compartiment A? labo de Microbiologie 2016 21. Calculer l’osmolarité des solutions suivantes: (Notez, tous les solutés sont imperméables sauf pour l’urée) 0.05 M Na2CO3 + 1M urée 0.5 M Al(NO3)3 0.14 M LiBr 0.15 M glucose (C6H12O6) + 0.2M NaCl 22. L’osmolarité du des cellules sanguines 0.28 osmol. Indiquer si le sang est isotonique, hypotonique, ou hypertonique comparativement à chacune des solutions indiquées dans la question 21. 23. Qu’est qui arriverait à des globules rouges placés dans chacune des solutions indiquées à la question 21? (Crénation, hémolyse, ou rien) 24. Combien de grammes de KCl est-ce que vous devez dissoudre dans 1 L d’eau afin d’obtenir une solution qui est isotonique au plasma? (M.M. du KCl 74.55 g/mole) 25. Quelle est la relation en termes d’osmolarité et de tonicité d’une cellule avec une osmolarité de 300 mOsm comparativement aux solutions suivantes : La cellule est osmotique et tonique relativement à 300mM NaCl. La cellule est osmotique et tonique relativement à 300mM d’urée. *Notez : l’urée est perméable. labo de Microbiologie 2016 Partie 2 : Données expérimentales et leurs interprétations (4 points/question) EXERCICE 1.0 : GÉNÉRER UNE COURBE ÉTALON ET DÉTERMINATION D’UNE CONCENTRATION INCONNUE DE BLEU DE MÉTHYLÈNE 1. Montrez votre calcul qui démontre comment 5mL d’une solution de 4mM de bleu de méthylène ont été préparés à partir d’une solution mère de 0.26% (m/v). 2. Compléter le tableau suivant : Solution Volume de bleu de méthylène (mL) Volume d’eau (mL) Volume total (mL) Facteur de dilution final Abs 550nm Concentration finale de bleu de méthylène (% m/v) No1 No2 No3 No4 No5 No6 INC 1 INC 2 3. Soumettre une courbe étalon générée avec Excel qui représente la relation entre la concentration du bleu de méthylène (% m/v) et l’absorbance à 550nm. Présenter la meilleure droite. Indiquer l’équation de la ligne et le coefficient R2. labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 1.1 : DIFFUSION, OSMOSE ET TONICITÉ CHEZ LES GLOBULES ROUGES 4. Compléter le tableau suivant : Molarité (M) Osmolarité (OsM) Hémolyse (+/-) Sucrose NaCl Glycérol 5. D’après vos résultats, quelle est l’osmolarité interne approximative des globules rouges? Justifier votre réponse. 6. D’après vos résultats, quel soluté est probablement perméable à la membrane cellulaire? (1 point) EXERCICE 1.4 : STRIES POUR COLONIES SIMPLES 7. Avant de remettre ce devoir, demander à un aide enseignant d’évaluer vos stries pour colonies simples. (Pleins points pour des colonies simples pour les deux géloses; culture mixte et E.coli) labo de Microbiologie 2016 Devoir 2 Partie 1 : Problèmes et questions théoriques. Vous n'avez pas à montrer vos calculs. Soumettre seulement vos réponses finales. Indiquer vos réponses à deux chiffres après la virgule. Notez : NE PAS arrondir les résultats de vos calculs jusqu’à la réponse finale. (3 points/question) 1. Pour évaluer le nombre de bactéries dans la viande hachée, un échantillon de 5 g de viande est homogénéisé dans 45 mL d'eau résultant en un volume total de 50 mL. Un échantillon de 2 mL de la suspension de viande est ensuite dilué par un facteur de 104X. 1 mL de la dilution finale est ensuite ajouté à 2 mL de solution saline. 0.1 mL de cette dernière solution a été étalé. Si 100 colonies ont été observées sur la gélose, quel était le nombre initial de bactéries/g de bœuf haché? 2. Vous faites les dilutions en séries suivantes : 1/12, 1/2.5, et 1:4. Quels sont votre dilution finale et votre facteur de dilution final? 3. Considérez le schéma de dilution suivant : a. Indiquez le nombre total d'UFC dans la totalité (100 mL) de l'échantillon original d'eau de lac. (TNTC=Trop nombreux pour être compté.) b. Vous attendriez-vous à une différence dans la réponse du problème ci-dessus si la première dilution était faite en ajoutant un millilitre de l'échantillon à 9 mL de diluant? Pourquoi ou pourquoi pas? 4. Une marque de yogourt probiotique prétend contenir approximativement 109 bactéries dans 150 mL. Vous désirez vérifier cette affirmation en faisant un compte viable. Si vous aviez seulement deux géloses à votre disposition, 0.1 mL de quelles dilutions étaleriez-vous? labo de Microbiologie 2016 5. Vous préparez un essai de NPP afin de déterminer le nombre de bactéries par gramme de fromage Camembert. Pour ce faire, 10 g de fromage sont homogénéisés dans un volume final de 100 mL. La suspension est ensuite utilisée pour faire l'essai de NPP à trois tubes. Vous obtenez les résultats indiqués dans le tableau ci-dessous. Dilution No de tubes positifs 10-2 10-3 10-4 10-5 10-6 10-7 2 3 1 2 1 0 Vous faites aussi un compte viable de la même suspension. Quelle dilution de cette suspension devriez-vous étaler afin de confirmer le résultat du NPP, présumant que vous étalez 0.1 mL? Indiquer la dilution et le nombre de colonies attendues. 6. Un millilitre d'E.coli est mélangé avec 3 mL de colorant. Une goutte de cette dilution est déposée sur la cellule de comptage d'une lame d'hématimètre. Trois grands carrés (carré jaune dans l'image ci-dessous) sont comptés et donnent les résultats suivant : 46, 50, et 58 bactéries. Combien de bactéries est-ce qu'il y a par millilitre dans l'échantillon original? 7. Un compte viable d'une culture bactérienne des bactéries indiquées dans cette image a été fait de deux manières différentes. Dans le premier cas, 0.1 mL d'une dilution 10-6 a été étalé et a donné 115 UFC. Dans le second cas, la culture a été traitée d'abord dans un homogénéisateur puis 0.1 mL d'une dilution 10-7 a été étalé. Dans ce cas, 102 UFC ont été observées. Expliquer brièvement la différence dans les comptes viables obtenus. 8. Quel objectif fournit le plus petit champ de vision? 100X 40X 10X La grandeur du champ de vision est le même avec tous les objectifs. labo de Microbiologie 2016 9. Un spécimen est visualisé au microscope avec un oculaire de 4X et un objectif de10X. Une mesure du spécimen dans le champ de vision était de 0.01 mm. Quelle est la grandeur originale du spécimen? 10. Si l’étape du lavage à l’éthanol n’était pas faite lors de la coloration de Gram, de quelle couleur est-ce que des bactéries du genre Bacillus et des bactéries du genre Salmonella seraient-elles? Mauve et rouge respectivement Rouge et mauve respectivement Bleu et rouge respectivement Les deux seraient rouges Les deux seraient mauves 11. Supposons que pour une période prolongée votre alimentation est déficiente en niacine, une vitamine essentielle que le corps humain ne peut pas fabriquer. Quel serait l’effet direct de cette carence sur chacun des sentiers métaboliques suivants? (Une diminution de l’activité, une augmentation de l’activité ou aucun effet) La glycolyse Le cycle de Kreb La chaîne de transport d’électrons 12. Une culture bactérienne est échantillonnée à deux points dans le temps, qui représentait un intervalle de 1h et 10 minutes. 3.2 x 106 cellules/mL étaient présentes dans le premier échantillon et 5.12 x 107 cellules/mL dans le deuxième échantillon. Combien de fois est=ce que la population a-t-elle doublée dans le laps de temps examiné? 13. Des cultures à partir des tissus d’un patient avec la syphilis sont faites sur des prélèvements faits à une semaine d'intervalle. Le premier échantillon a 5000 UFC, tandis que le second échantillon a 32000 UFC. Quatre jours plus tard, un troisième échantillon a 58000 UFC. La population est-elle en croissance exponentielle? 14. Un biologiste étudie une espèce nouvellement découverte de bactéries. Au temps t = 0 h, il introduit une centaine de bactéries dans un milieu de croissance favorable. Six heures plus tard, il compte 450 bactéries. En supposant une croissance exponentielle, quel est le taux de croissance (µ) de ces bactéries? 15. La population d’une bactérie double toutes les 3 heures. Étant donné qu'initialement il y avait environ 100 bactéries, combien de bactéries est-ce qu'il y aurait après un jour et demi? labo de Microbiologie 2016 Partie 2 : Données expérimentales et leurs interprétations EXERCICE 2.0 – 2.2 : COMPTES MICROBIENS DANS LE SOL (5 points) 1. Soumettre la démarche qui démontre le calcul du nombre de bactéries par gramme de sol. 2. Soumettre la démarche qui démontre le calcul du nombre d’actinomycètes par gramme de sol. 3. Soumettre la démarche qui démontre le calcul du nombre de fungi par gramme de sol. EXERCICE 2.3 : NPP DES BACTÉRIES DANS LE SOL (5 points) 4. Remplir le tableau suivant. Sous le tableau, indiquer la combinaison utilisée pour déterminer l’indice NPP. Soumettre la démarche qui démontre le calcul du NPP par gramme de sol. Dilution 1 Croissance : Tube 2 3 EXERCICE 2.4 : COMPTE DIRECT D’UNE SUSPENSION DE LEVURE (5 points) 5. Soumettre la démarche qui démontre le calcul du nombre de cellules de levure par millilitre dans la suspension originale. Assurez-vous d’inclure les informations suivantes : Dimensions des carrés desquels les comptes ont été obtenus, les trois comptes, et le nombre moyen de cellules par carré. EXERCICE 3.2 – 3.5 : MICROSCOPIE (3 points/section pour un total de 15 points) 6. Soumettre une présentation PPT à l’adresse indiquée dans les directives générales qui inclut les images prises pour les exercices 2.6 - 2.10. labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 4.0 : COURBE DE CROISSANCE D’E.COLI (5 points/question) 7. Soumettre un graphique avec deux courbes de croissance (température de la pièce et 37oC) qui se conforment aux critères suivants : o Changement de la densité optique en fonction du temps o Chaque courbe doit avoir 32 points de temps qui représentent l’intervalle T0 – T16h o Considérer que les cultures inoculées à 10h = T0, celles inoculées à 11h =T1h, celles inoculées à 12h = T2h et celles inoculées à 1h = T2h 8. Déterminer à partir de vos profils de croissance le temps de génération et le taux de croissance de chacune des deux cultures. EXERCICE 4.1 : BIOESSAI DE FERMENTATION PAR LA LEVURE (5 points/question) 9. Soumettre un graphique avec 4 courbes qui démontrent la production de moles d’éthanol en fonction du temps avec chacune des sources de carbones. 10. Soumettre un tableau qui présente les taux de productions d’éthanol (moles/min.) et les rendements finaux après une heure en fonction de la source de carbone (moles d’éthanol/mole de la source de carbone) pour chacune des sources de carbones. 11. Utiliser des schémas pour illustrer le sentier utilisé pour la production d’éthanol à partir de chaque source de carbone. Vos sentiers doivent illustrer les équivalences de réductions et les ATP produites. Ex. 1 Glucose + 2 NAD+ 2 Pyruvate + 2 NADH + 2 ATP (net) 2 Éthanol + 2CO2 + 2 NAD+ labo de Microbiologie 2016 Devoir 3 Partie 1 : Problèmes et questions théoriques. Vous n'avez pas à montrer vos calculs. Soumettre seulement vos réponses finales. Indiquer vos réponses à deux chiffres après la virgule. (3 points/question) 1 6 5 2 3 4 1. D’après l’essai de Kirby Bauer illustré, quels antibiotiques possèdent le CMI le plus élevé et le CMI le plus faible? 2. D’après l’E-test illustré, quelle bande sur l’E-test correspond à l’antibiotique « E » sur l’essai de Kirby Bauer? 3. D’après l’E-test illustré, quelle est la concentration de l’antibiotique testé au point indiqué par la flèche? Si cette information ne peut pas être déterminée, indiquez-le. 4. Le plus élevée A. B. C. D. E. L’indice thérapeutique La dose toxique La dose thérapeutique La toxicité sélective Le spectre d’action , le meilleur est l’antibiotique. labo de Microbiologie 2016 5. Un antibiotique qui cible laquelle des composantes suivantes serait attendu d’avoir la toxicité sélective la plus faible? A. La synthèse de l’ADN bactérien B. La synthèse de l’ARN bactérien C. La synthèse des parois bactériennes D. La membrane plasmique bactérienne E. Les ribosomes bactériens 6. Lequel des composés suivants est un antibiotique naturel avec un anneau de bêtalacatmine? A. Céphalosporine B. Pénicilline C. Tétracycline D. Chloramphénicol E. Streptomycine 7. Quelle drogue antibactérienne n’inhibe pas la synthèse protéique? A. Un aminoglycoside B. La tétracycline C. L’ampicilline D. Le chloramphénicol E. L’érythromycine 8. Les antibiotiques qui agissent sur la paroi cellulaire sont seulement efficaces contre quel type de cellules? A. Gram négative B. En dormance C. En croissance active D. Qui forme des endospores E. Gram positives 9. Un échantillon de lait contient 108 cellules/mL de B. cereus, qui possède une valeur D à 75oC de 30 secondes, et 109 cellules/mL de S. sonnei, qui possède une valeur D à 75oC de 15 secondes. Afin de faire la pasteurisation du lait, vous désirez réduire le compte bactérien à 106 bactéries/mL. D’après ces informations, quelle devrait être le temps d’exposition minimum à 75oC pour atteindre ce but? 10. Un échantillon de poulet qui contenait initialement 107 cellules de S. typhimurium avait 10 cellules après un traitement de 1 heure à 90oC. D’après ces informations, quelle est la valeur D de Salmonella à 90oC? 11. Un nouveau rince-bouche affirme réduire la population bactérienne dans la bouche par 99.99%. L’utilisation recommandée, stipule que les individus doivent se rincer la bouche pour un total de 2 minutes. Présumant un charge bactérienne moyenne de 108 cellules/mL, combien de temps serait requis pour que l’ingrédient actif du rince-bouche réduisent la population bactérienne par un log? 12. Considérez l’information présentée dans la question précédente. 0.1 mL d’une dilution de quelle facteur de dix devriez-vous étaler afin de vérifier les affirmations de ce rince-bouche? labo de Microbiologie 2016 Partie 2 : Données expérimentales et leurs interprétations (4 points/question) EXERCICE 4.0 : QUANTIFICATION DES BIOFILMS Obtenir la moyenne des absorbances des 2 lamelles témoins (non inoculés) Obtenir la moyenne des absorbances des traitements expérimentaux Soustraire la valeur moyenne obtenue pour les témoins de la moyenne des traitements expérimentaux 1. Compléter le tableau suivant : Glucose % m/v ABS 630 NaCl % m/v ABS 630 2. Brièvement présenter quel était l’effet de chacune des conditions environnementales sur la formation des biofilms. 3. Quelles étaient les concentrations optimales de glucose et de NaCl pour la formation de biofilms? labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 6.0 : ESSAIE TTC - CONCENTRATION D’AMPICILLINE DANS LE LAIT 4. Remplir le tableau suivant, puis répondre aux questions qui suivent. Conc. Pénicilline Couleur Série 1 Série 2 a. D’après vos résultats, quelle est la concentration minimale de pénicilline qui peut être décelée par l’essai TTC après 1h et 2h? Justifier votre réponse. EXERCICE 6.1 : BIOESSAI POUR LA DÉTERMINATION DE LA DL50 DE MÉTAUX LOURDS 5. Soumettre un graphique à barres qui démontre le pourcentage de mortalité en fonction de la concentration des métaux lourds. 6. D’après vos résultats, quel est le DL50 de chacun des métaux lourds? labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 6.2 : ESSAI DE KIRBY-BAUER Obtenir les diamètres des zones d’inhibitions pour chacune des bactéries testées et chacun des antibiotiques. 7. Compléter les tableaux suivants : Antibiotiques Antibiotiques S. aureus Diamètres d’inhibitions (mm) S. faecalis E. coli S. aureus Sensibilité S. faecalis E. coli R = résistant, RI = résistance intermédiaire, S = sensible 8. Répondre aux questions suivantes d’après les données présentées ci-dessus : a. Quel antibiotique possède le spectre d’action le plus étroit? Justifier votre réponse. b. Quel antibiotique possède le spectre d’action le plus large? Justifier votre réponse. c. Quel type de bactérie, Gram positive ou négative, est le moins susceptible à l’antibiothérapie? Justifier votre réponse. d. Quelle bactérie est plus susceptible aux macrolides? Justifier votre réponse. labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 6.4 : DÉTERMINATION DES CMI Déterminer le pourcentage de réduction de la croissance de chaque espèce bactérienne obtenue à chacune des concentrations de chacun des antibiotiques. ((D.O. sans antibiotique – D.O. avec antibiotique) /D.O. sans antibiotique) X 100). Déterminer le CMI (µg/mL) de chacun des antibiotiques pour chacune des espèces bactériennes (la plus faible concentration qui cause une réduction d’au moins 99%). Déterminer les indices thérapeutiques pour chacun des antibiotiques pour chaque espèce bactérienne. (CMI /dose toxique) Déterminer si chacune des bactéries était sensible, résistante ou de résistance intermédiaire à chacun des antibiotiques Antibiotique Ampicilline Kanamycine Acide naladixique Érythromycine Cmax et Cmin (µg/mL) 34 – 1.8 12 – 2 4.5 – 0.2 8.3 – 2.7 9. Compléter le tableau suivant : CMI (µg/mL) Antibiotique S. aureus S. faecalis Ampicilline E.coli DL50 (µg/mL) 530 400 204 460 Indices thérapeutiques S. aureus S. faecalis E.coli Kanamycine Acide naladixique Érythromycine 10. Répondre aux questions suivantes d’après les données présentées ci-dessus : a. Indiquer quel (s) antibiotique (s) serait (ent) recommandé (s) pour traiter une infection par chacune des bactéries. Justifier votre réponse. 6.5: EFFICACITÉ DES RINCES BOUCHES 11. Compléter le tableau suivant pour indiquer les CMI des ingrédients actif de chacun des rinces bouches sur chacun des organismes tests : Rince-bouche Listerine original Listerine zero Scope outlast Éthanol 12. Interprétation Ingrédient actif S. faecalis CMI (% m/v) Personne E.coli 1 Personne 2 labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 6.6: VALEUR D D’UN DÉSINFECTANT 13. Compléter le tableau suivant pour indiquer le facteur de dilution le plus élevée auquel de la croissance pouvait être observé pour chacun des temps : Temps Facteur de dilution E. coli B. subtilis T0 T5 T10 T15 14. Soumettre un graphique du profil de mortalité en fonction du temps. Votre graphique doit respecter les critères suivants : L’axe des Y doit être une échelle logarithmique qui représente le facteur de dilution le plus élevé auquel de la croissance pouvait être observé pour chacun des temps. Présenter la meilleure droite. Indiquer l’équation de la ligne et le coefficient R2. 15. D’après vos données, quels sont les temps de réduction décimale (valeurs D) de B. subtilis et d’E. coli? Montrer votre calcul. 16. D’après les valeurs D déterminées dans la question précédente, quelle durée de temps serait requise pour réduire la population initiale par un facteur de 99.999%? Montrer votre calcul. labo de Microbiologie 2016 Devoir 4 Partie 1 : Problèmes et questions théoriques. Vous n'avez pas à montrer vos calculs. Soumettre seulement vos réponses finales. Indiquer vos réponses à deux chiffres après la virgule. (2 points/question) 1. Lequel des énoncés suivants à propos des bactéries retrouvées dans l’environnement est faux? A. Un gramme de sol peut contenir un milliard de cellules bactériennes. B. Il n’y a pas de bactéries sur la peau humaine à moins d’une infection. C. Il y a toujours des bactéries dans votre bouche même si vous vous brossez les dents régulièrement. D. Les bactéries retrouvées sur les surfaces externes du corps humain sont majoritairement Gram positives. 2. Lorsque Staphylococcus epidermidis est inoculé sur une gélose d’Agar de Phénoléthanol, les cellules individuelles génèrent des colonies visibles. Tandis que quand Esherichia coli est inoculé sur ce milieu, elle meurt. L’Agar de phénoléthanol est un exemple d’un milieu: A. B. C. D. Un milieu à usage général Un milieu différentiel Un milieu sélectif Un milieu complexe 3. Qu’est que l’Agar? A. B. C. D. Un polymère de polysaccharides dérivé d’une algue. Une source d’azote dans les milieux solides. Un polymère d’acides aminés dérivé des tendons. Un polymère qui peut être dégradé par la majorité des bactéries d’importance médicale. 4. Quel (s) composé (s) peut (peuvent) être utilisé (s) comme source de carbone et d’azote dans le bouillon de phénol rouge sucrose? A. B. C. D. Le sucrose. Le sucrose et le glucose. Des acides aminés. Des acides aminés et le sulfate d’ammonium. 5. Quel énoncé décrit possiblement la fermentation d’un hydrate de carbone dans le bouillon de phénol rouge? A. B. C. D. Le milieu est limpide et a viré au jaune. Le milieu est turbide et a viré au rouge foncé. L’indicateur de pH a changé à une couleur qui indique la présence d’un produit alcalin. Le milieu est turbide et démontre l’accumulation d’un gaz dans la fiole inverse. labo de Microbiologie 2016 6. Lequel des énoncés suivants à propos de l’utilisation d’acides aminés dans les milieux de culture est vrai? A. B. C. D. E. Les acides aminés peuvent être utilisés comme source de carbone. Les acides aminés peuvent être utilisés comme source d’azote. Les acides aminés peuvent être utilisés comme source d’électrons. Tous les énoncés (A – C) sont vrais. Les énoncés A et B sont vrais, mais pas C. 7. Vous faites croître deux bactéries sur des géloses avec de l’amidon comme source de carbone unique et observez les résultats suivants: A B A B Quelle conclusion est valide? A. B. C. D. Les bactéries A et B sécrètent de l’amylase. Les bactéries A et B peuvent utiliser le glucose comme source de carbone. La bactérie A dégrade l’Agar. La bactérie B sécrète de l’amylase, mais pas la bactérie A. 8. Quelle (s) caractéristique est (sont) commune (s) au bouillon de phénol rouge, la pente d’urée et la pente TSI? A. B. C. D. Ces milieux contiennent du phénol rouge. Ce sont des milieux qui permettent de déceler la fermentation. Ce sont des milieux qui permettent de déceler la production d’acides. Ce sont des milieux qui permettent de déterminer la source d’azote utilisée. 9 – 12 Jumeler la réponse appropriée à chacun des énoncés. Certaines réponses peuvent être utilisées plus d'une fois, d'autres ne sont pas utilisés du tout. A. Phénol rouge sucrose D. Pente d’Agar de phénylalanine B. Gélose de lait E. SIM C. Pente de citrate de Simmon 9. Utiliser pour vérifier la dégradation du tryptophane. 10. Utiliser pour vérifier la production de l’acide phénylpyruvique. 11. Utiliser pour vérifier la sécrétion d’enzyme extracellulaire. 12. Utiliser pour vérifier la dégradation de la cystéine. labo de Microbiologie 2016 13 – 16 Jumeler chacun des réactifs, ingrédient ou compose avec son bût approprié. Certaines réponses peuvent être utilisées plus d'une fois, d'autres ne sont pas utilisés du tout. A. Réactif de Kovacs D. Iode B. Sulfate ferreux E. Extrait de levure C. Huile minérale stérile 13. Utiliser pour déceler la présence d’H2S. 14. Utiliser pour réduire la disponibilité d’oxygène. 15. Utiliser comme source de vitamines, d‘acides aminés et d’autres nutriments. 16. Utiliser pour déceler la présence de l’amidon. 17 – 20 Jumeler chacun des tests bactériologiques avec les observations pour un test positif. Certaines réponses peuvent être utilisées plus d'une fois, d'autres ne sont pas utilisés du tout. Apparence d’un résultat positif A. Zone claire après l’ajout d’un réactif chimique. B. Zone d’éclaircissement autour de la croissance bactérienne. C. Le milieu devient bleu. D. Le réactif vire au rouge suite à son ajout. 17. Test d’amylase. 18. Test d’hémolyse. 19. Test d’indole. 20. Test d’utilisation du citrate. labo de Microbiologie 2016 Partie 2 : Données expérimentales et leurs interprétations (3 points/question) EXERCICE 7.0 et 8.0 : DÉGRADATION DE SOURCES DE CARBONES COMPLEXES 1. Indiquer dans le tableau ci-dessous la présence (+) ou l’absence (-) de l’enzyme exocellulaire étant testée pour chacune des bactéries ainsi que le produit de la dégradation du polymère par l’enzyme. Bactérie Gélose de lait +/Produit Gélose d’amidon +/Produit Gélose Spirit Blue +/Produit Gélose d’ADN +/Produit B. cereus B. subtilis E. coli EXERCICE 7.1 et 8.1: MÉTABOLISME EN MILIEU DE PHÉNOL ROUGE 2. Indiquer dans le tableau ci-dessous la couleur du milieu, la présence (+) ou l’absence (-) d’acide, et le métabolisme (O : oxydatif ou F : fermentatif) pour chacune des bactéries. Bactérie P. miribalis P. aeruginosa E. coli E. aerogenes Couleur Glucose Gaz Métabolisme Couleur Lactose Gaz Métabolisme Couleur Sucrose Gaz Métabolisme labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 7.2 et 8.2: CROISSANCE EN MILIEU TSI 3. Indiquer dans le tableau ci-dessous la couleur du milieu, la présence (+) ou l’absence (-) d’acide, et le métabolisme (O : oxydatif ou F : fermentatif) pour chacune des bactéries. Bactérie Couleur Pente Métabolisme Couleur Bout Gaz Métabolisme P. miribalis P. aeruginosa E. coli EXERCICE 8.3 TEST DE MÉTHYL-ROUGE-VOGUES-PROSKAUER 4. Indiquer pour chacune des bactéries les observations enregistrées et les conclusions appropriées. E. coli E. aerogenes EXERCICE 7.3 et 8.4 CROISSANCE SUR PENTE DE CITRATE DE SIMMON 5. Indiquer pour chacune des bactéries les observations enregistrées et les conclusions appropriées. E. coli E. aerogenes EXERCICE 7.4 et 8.5: CROISSANCE SUR PENTE D’URÉE 6. Indiquer pour chacune des bactéries les observations enregistrées et les conclusions appropriées. E. coli P. mirabilis labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 7.5 et 8.6 : ESSAIS DÉCARBOXYLASES ET DÉSAMINASES Indiquer pour chacune des bactéries les observations enregistrées et les conclusions appropriées. 7. E. coli Bouillon de décarboxylase avec ornithine Pente d’Agar de phénylalanine Pente d’Agar de lysine avec fer 8. P. mirabilis Bouillon de décarboxylase avec ornithine Pente d’Agar de phénylalanine Pente d’Agar de lysine avec fer 9. E. aerogenes Bouillon de décarboxylase avec ornithine Pente d’Agar de phénylalanine Pente d’Agar de lysine avec fer labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 7.6 et 8.7: TEST SIM 10. Indiquer pour chacune des bactéries les observations enregistrées et les conclusions appropriées. E. coli P. mirabilis E. aerogenes EXERCICE 7.7 et 8.8: ESSAI DE RÉDUCTION DU NITRATE 11. Indiquer pour chacune des bactéries les observations enregistrées et les conclusions appropriées. E. coli P. aeruginosa P. mirabilis EXERCICE 7.8 et 8.9 : TEST ENTEROPLURI 12. Compléter le tableau suivant : Test Code de positivité Résultat Somme des codes Code numérique Groupe 1 4 2 1 Groupe 2 4 2 1 Groupe 3 4 2 Microorganisme: 1 Groupe 4 4 2 1 Groupe 5 4 2 1 labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 8.11 : TESTS DIFFÉRENTIELS POUR L’IDENTIFICATION DES COCCI GRAM POSITIFS Numéro de votre inconnu : Réaction de la catalase : 12. Identité de l’inconnu : EXERCICE 8.12 : LES COLORANTS DIFFÉRENTIELS ET LA STÉRILISATION 13. Compléter le tableau suivant pour indiquer le pourcentage de réduction de viabilité de la levure après chacun des traitements : Traitement UV préparation sèche UV préparation humide Microondes préparation sèche Microondes préparation humide Ébullition préparation sèche Ébullition préparation humide % de viabilité EXERCICE 9.1 : ESSAI DU LYSOZYME 14. Soumettre une courbe étalon générée par Excel de l’absorbance à 540nm en fonction de la concentration de lysozyme. Présenter la meilleure droite. Indiquer l’équation de la ligne et le coefficient R2. 15. ESSAI DU LYSOZYME PURIFIÉ DES ŒUFS : Déterminer la concentration approximative de lysozyme dans les œufs en mg/œuf. Montrer votre démarche. 16. ESSAI DU LYSOZYME DE LA SALIVE : Déterminer la concentration approximative de lysozyme dans la salive en mg/mL. Montrer votre démarche. EXERCICE 9.2 : ELISA DU LYSOZYME 17. Soumettre une courbe étalon générée par Excel des lectures d’absorbances obtenues de votre essai d’ELISA en fonction de la concentration de lysozyme. Présenter la meilleure droite. Indiquer l’équation de la ligne et le coefficient R2. 18. Déterminer la concentration approximative de lysozyme dans les œufs en mg/œuf. Montrer votre démarche. 19. Déterminer la concentration approximative de lysozyme dans la salive en mg/mL. Montrer votre démarche. labo de Microbiologie 2016 EXERCICE 9.3 : COMPTE DES LEUCOCYTES 20. Compléter le tableau suivant : Compte différentiel de globules blancs Type cellulaire No de chaque % de chaque Neutrophiles Éosinophiles Basophiles Lymphocytes Monocytes Total: