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Menu Fichier de SalsaJ
Nouvelle image : ouvre une fenêtre « nouvelle image » ou pile d’images. Cette fenêtre vous permet
de spécifier le nom de l’image, son type, ses dimensions et le nombre d’images qu’il y aura si on en
veut faire une « pile ».
Le champ « Nom » est le titre de l’image.
Le champ « Type » aura pour valeurs : 8 bits, 16 bits, 32 bits ou couleur RVB.
Le champ « Fond » aura pour valeurs : blanc, noir, dégradé ou presse-papier ce qui spécifie
comment l’image sera initialisée.
Les champs « Largeur » et « Hauteur » spécifient les dimensions voulues en pixels.
( ces champs seront ignorés si on sélectionne presse-papier )
Le champ « Nb images » permettra de faire un paquet d’images si on met plus de 1.
Ouvrir fichier image : ouvre une image dans une nouvelle fenêtre. Ces fichiers images doivent être
au format TIFF ( non compressé), GIF, JPEG, DICOM, BMP, PGM ou FITS. Il est possible
d’ouvrir des fichiers « .lut ». D’autres formats peuvent être supportés, grâce aux plugins installés,
en utilisant le sous-menu « Importer ».
Par exemple, une image au format TIFF pourra être de type 1 bit.
Le format FITS ( flexible image transport system ) est le format adopté par la communauté
astronomique. Utiliser « Image / Informations » pour avoir tous les renseignements sur l’image au
format FITS.
Des informations sur ce format FITS sont disponibles à cette adresse :
http://fits.gsfc.nasa.gov
Importer : ce sous-menu liste les plugins d’acquisition d’images qui sont installés dans le
programme.
Brut ( ou Binaire ) : ouvrir un fichier puis renseigner cette boîte de dialogue. ( sous-menu
appelé Raw en anglais )
Utiliser le menu qui apparaît pour spécifier le type de l’image. Il y a onze choix possibles :
• 8 bits non signés
• 16 bits signés
• 16 bits non signés
• 32 bits signés
• 32 bits non signés
• 32 bits à virgule flottante ( réel )
• 24 bits RVB ( intercalé ) (voir 1)
• 24 bits RVB ( plane ) (voir 2)
• 24 bits BVR
• 32 bits ARVB
• 1 bit Bitmap
(1) Les images RVB « intercalées » ont des pixels emmagasinés de manière contiguë ( rvbrvbrvb..).
(2) Les images RVB « planes » ont leurs données ( rouge, vert, bleu ) emmagasinées séparement.
SalsaJ sauvegarde les images RVB ( TIFF ou RAW) en format « intercalé ».
Dans le champ « Width » ( largeur ), on indique le nombre de pixels contenus dans chaque ligne de
données de l’image et dans le champ « Height » ( hauteur ) le nombre de lignes de l’image.
Dans le champ « Ofset to First Image » , on indique le nombre de bits dans le fichier avant le
premier bit de données de l’image.
Dans le champ « Number of Images », on indique le nombre d’images compris dans le fichier. Si
cette valeur est plus grande que le nombre actuel d’images alors la pile formée sera tronquée à la
taille actuelle.
Dans le champ « Gap Between Images », on indique le nombre de bits entre la fin d’une image et le
début de l’image suivante. En indiquant un nombre égal à : Largeur x hauteur x nombre de bits par
pixel x n pour sauter n images pour chaque image lue.
Cochez « White is zero » ou « Black is zero » ( selon la version )si les pixels blancs ( ou noirs ) sont
représentés en utilsant des nombres qui sont plus petits que les nombres utilisés pour représenter les
pixels noirs ( ou blancs ). Si vos images sont des négatifs, cela permettra de résoudre ce problème.
« Little-Endian Byte Order » sera probablement à cocher quand vous importerez des images en
niveaux de gris 16 bits ou 32 bits provenant de machines de type PC sous Intel. ( c’est un ordre dans
le tri des données )
Cochez « Open All Files in Folder » et le programme importera toutes les images contenues dans un
dossier ou dans une pile. Les images doivent toutes avoir la même taille et le même type.
Dossier : ouvre une séquence d’images contenu dans un dossier ou dans une pile. Ces
images doivent être toutes de la même taille et du même type : TIFF ou JPEG ou DICOM ou
BMP ou FITS ou PGM. Il y a deux boîtes de dialogue : une pour sélectionner le dossier et
une pour spécifier les options. Dans la première, il faut sélectionner une des images du
dossier et cliquer sur « ouvrir ». La seconde boîte sera utilisée pour spécifier quelles images
du dossier sont à ouvrir et/ou pour avoir une conversion en mode 8 bits ou un
redimensionnement en taille.
Utiliser le champ « Nombre d’images » pour spécifier combien d’images sont à ouvrir.
Indiquer dans « Indice de départ » le numéro d’ordre de l’image du dossier qui sera le première à
démarrer. Dans « Incrément », indiquer « 2 » pour ouvrir chaque autre image, « 3 » pour ouvrir
chaque troisième image, etc.. En tapant un terme dans « Motif de recherche », le programme
cherchera à ouvrir seulement les fichiers dont le nom contiendra ce terme. En cochant « Conversion
vers 8 bits », on réduira l’utilisation de la mémoire de 50% pour les images 16 bits et de 75% pour
les images 32 bits ou en RVB. En cochant « Demi format », le réduction de l’utilisation de la
mémoire sera également de 75%. La taille ( largeur x hauteur x profondeur ) de la pile qui sera
créée est affichée en haut de la boîte de dialogue.
Table : ouvre une image de type NIH en tant que table ou une rangée en tant que table de
conversion. Ce dernier type doit être long de 768 bits et en contenir 256 de chaque couleur (
RVB ). Si aucune image n’est ouverte, une image spéiale de 256 x 32 est créée et affichée.
Par exemple, avec une photo au format JPG.
Image texte : ouvre un fichier texte tabulé en tant qu’image réelle en 32 bits. La largeur et la
hauteur de l’image sont déterminées par une recherche sur le fichier en comptant le nombre
de mots et de lignes.
Texte : ouvre un fichier texte.
URL : télécharge et affiche une image de format TIFF, JPEG, DICOM, BMP, GIF ou FITS
connue par un lien tel que http://fhou.cicrp.jussieu.fr/IkeyaZhang_sm.jog .
Fermer : ferme l’image active. Si l’image a été modifiée, vous devrez indiquer si vous
sauvegardez les modifications.
Enregistrer : enregistre l’image active ou une pile. Pour sauvegarder seulement une région
sélectionnée, créer une sélection rectangulaire et utiliser alors la commande Image / Dupliquer.
Enregistrer sous : utiliser ce sous-menu pour sauvegarder l’image active sous un format TIFF,
JPEG, GIF ou FITS, ou encore sous un format brut (RAW). On peut également l’utiliser pour
sauvegarder des résultats de mesures, des tables de conversion , des sélections, des coordonnées en
X et en Y.
FITS : sauvegarde l’image active dans un format FITS. Les informations de tête de
fichier sont créées avec celles de l’image originale.
TIFF : sauvegarde l’image active ou la pile en format TIFF. Ce format est le seul
( avec le format brut (RAW) ) qui supporte tous les types de données de SalsaJ et le
seul qui sauvegarde les différents calibrages.
GIF : sauvegrade l’image active au format GIF. L’image doit être de type 8 bits en
profondeur. Si cela n’est pas le cas, il faut la convertir en couleur 8 bits en utilisant le
menu Image / Type / Couleur 8 bits ou en niveaux de gris 8 bits avec Image / Type /
8 bits.
JPEG : sauvegarde l’image active en format JPEG. Utiliser le menu Edition / Options
/ Qualité JPEG pour spécifier le taux de compression ( de 0 à 100 ). Les plus petites
valeurs produisent des fichiers plus légers mais pauvres en qualité. Les plus grandes
valeurs produisent des fichiers plus lourds mais de meilleure qualité. Attention : le
format JPEG utilise une compression destructive qui produit des artefacts. Ce format
ne pourra pas être utlisé si vous envisagez de faire des mesures sur l’image ou des
opérations plus tard.
Image texte : sauvegarde l’image active sous la forme d’un fichier texte compatible
avec un tableur.
ZIP : sauvegarde l’image active ou la pile dans une archive compressée de format
ZIP contenant un fichier TIFF.
Binaire ( ou brut ou RAW ) : sauvegarde l’image active ou la pile dans un fichier
brut de pixels sans en-tête.
Séquence : sauvegarde toutes les vues de la pile active comme des fichiers séparés en
format TIFF, JPEG, GIF ou RAW.
AVI : sauvegarde la pile active en format AVI non compressé. Les utilisateurs
Windows peuvent utiliser Virtual Dub pour ouvrir ces fichiers AVI non compressés
et les sauvegarder en fichier AVI compressé. Les utilisateurs Macintosh peuvent
utiliser Quick Time Player pour ouvrir ces mêmes fichiers et la version Pro de Quick
Time pour les sauvegarder en format Quick Time compressé.
BMP : suavegarde l’image active en format BMP.
Palette ( ou LUT ) : sauvegarde la table de conversion de l’image active sous la
forme d’un fichier de 768 bits comprenant 256 valeurs de rouge, 256 de vert et 256
de bleu.
Sélection : sauvegarde la région sélectionnée actuelle dans un fichier. Utiliser Fichier
/ Ouvrir pour retrouver cette sélection.
Coordonnées : exporte les coordonnées de la sélection rectiligne ou de la région
sélectionnée dans un fichier texte tabulé comprenant deux colonnes de résultats. Les
coordonnées d’autres types de sélections ne peuvent être exportées.
Mesures : exporte le contenu de la fenêtre « Résultats » sous la forme d’un fichier
texte tabulé.
Fichier texte : sauvegarde le fichier texte.
Réinitialiser : réinitialise l’image active avec la dernière version sauvegardée. C’est une manière
plus rapide de fermer la fenêtre sans sauvegarder l’image et de la rouvrir. Cette commande ne
fonctionne pas actuellement avec les piles.
Paramètres d’impression : affiche quelques options d’impression.
Une valeur pour « Echelle » inférieure à 100% va réduire la taille de l’image lors de l’impression et
supérieure à 100% va agrandir cette taille à l’impression. La valeur 100% correspond à 72 pixels
par pouce selon la taille à l’écran de l’image non-zoomée. La taille de l’image imprimée est
déterminée par la valeur de l’échelle et par ses dimensions en pixels. Si vous cochez « Imprimer
bordure », une bordure noire de 1 pixel de large sera imprimée tout autour del’image.
Si vous cochez « Centrer », l’iamge sera imprimée au centre de la page à la place de l’être en haut à
gauche.
Cochez « Imprimer nom de l’image » pour avoir le nom de cette image imprimée en haut de la
page.
Imprimer : imprime l’image active. La taille de l’image imprimée sera normalement légèrement
plus petit que sa taille à l’écran ( non-zoomée ). Utiliser le menu « paramètres d’impression » pour
agrandir ou diminuer la taille de l’image imprimée. Les images plus grandes que la page seront
redimensionnées.
Quitter : quitte le programme. Si n’importe quel image n’a aps été sauvegardée, vous serez
prévenu afin de le faire. Vous pouvez quitter également en cliquant sur le bouton « fermer » dans la
barre de menu.