Claire Lemaitre Docteur en bioinformatique Etat civil Situation

Claire Lemaitre
Docteur en bioinformatique
Etat civil
Claire Lemaitre, née le 7 novembre 1982 à Grenoble (38), célibataire, nationalité française.
Coordonnées professionnelles
Equipe Genscale
Inria Rennes Bretagne Atlantique
Campus de Beaulieu
35042 Rennes cedex
tel : 02 99 84 71 16
[email protected]
Page personnelle : http://people.rennes.inria.fr/Claire.Lemaitre/
Situation actuelle
Depuis oct. 2010
Chargée de recherche
Inria Rennes Bretagne Atlantique
Equipe Genscale (ex-Symbiose)
Études et diplômes
2009
Qualification aux fonctions de maı̂tre de conférence en sections 27 et 65.
2005–2008
Doctorat de bioinformatique
Université Claude Bernard (Lyon I)
Titre : Réarrangements chromosomiques dans les génomes de mammifères :
caractérisation des points de cassure.
Diplôme décerné le 6/11/2008.
Composition du jury :
- Marie-France Sagot, Directrice de Recherche INRIA, directrice de thèse;
- Christian Gautier, Professeur à l’université Lyon I, co-directeur de thèse;
- Eric Rivals, Directeur de Recherche CNRS, rapporteur;
- Nicolas Galtier, Directeur de Recherche CNRS, rapporteur;
- Roderic Guigó, Professeur au CRG, rapporteur;
- Pierre Capy, Professeur à l’université Paris VI, examinateur;
- Hubert Pinon, Professeur à l’université Lyon I, président.
2004–2005
Master Recherche de bioinformatique
Université Claude Bernard
Titre : approches Mathématiques et Informatiques du Vivant
(Lyon I)
Obtenu en juin 2005, avec mention Très Bien.
Stage de master : Analyse informatique des régions de cassure dans les génomes
de mammifères, sous la direction de Marie-France Sagot (DR INRIA, Lyon).
2000–2005
Diplôme d’ingénieur de l’INSA1 de Lyon
Département de spécialité : Bioinformatique et Modélisation.
2000
Baccalauréat, Série S
Obtenu avec mention Très Bien.
1
INSA de Lyon
Lycée Champollion, Grenoble
Institut National des Sciences Appliquées
1
Expérience professionnelle
2010 2008-2010
2005-2008
2005-2008
2004-2005
2000-2004
Chargée de Recherche,
Inria Rennes Bretagne Atlantique, Rennes
Post-doctorat,
Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Allocataire de recherche MENRT,
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (UMR CNRS 5558), Lyon
Monitrice du CIES,
Département de mathématiques du Premier Cycle de l’INSA1 de Lyon
Stage de Master recherche,
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (UMR CNRS 5558), Lyon
Animatrice en centres de loisirs
emplois d’été (diplôme du BAFA).
Enseignements
Le détail des enseignements est présenté page 7.
- 192 heures (équivalent TD), de mathématiques, algorithmique et bioinformatique, enseignées
au Premier Cycle et dans le département Bioinformatique et Modélisation de l’INSA de Lyon
sur la période 2005-2008.
- Organisation et animation de formations continues de bioinformatique au Centre de Bioinformatique de Bordeaux en 2009 et 2010 (enseignement : 20 heures).
- UE de modélisation des systèmes dynamiques, niveau M2, master de bioinformatique de
l’université de Rennes 1 (MSB-BIG) (20 heures équivalent TD par an), 2011, 2012 et 2013.
- UE d’algorithmique des séquences, niveau M1, master d’informatique de l’université de Rennes
1 (20 heures équivalent TD par an), 2012 et 2013.
- TPs de biostatistiques sous R, niveau L3, licence de biologie de l’université de Rennes 1 (12
heures par an), 2013.
Publications & communications
Le détail des publications et communications est présenté page 4.
- 8 articles publiés dans des revues internationales dont 5 en premier auteur (TCS, BMC Bioinformatics, Genome Biology and Evolution, BMC Genomics, Bioinformatics).
- 16 communications et séminaires de 2008 à 2012.
- 1 poster et 1 article dans une revue de pédagogie.
Développement de logiciel
- Cassis : logiciel de génomique comparative. http://pbil.univ-lyon1.fr/software/Cassis/
- Compareads : logiciel de comparaison de séquences. http://alcovna.genouest.org/compareads/
- Read2SNPs : logiciel de détection de polymorphisme. http://colibread.inria.fr/read2snps/
Responsabilités, tâches collectives
- Relectures d’articles pour BMC Evolutionary Biology, JOBIM 2012 et 2013, RECOMB 2013
- Relectures de projet ANR
- Organisation de formations continues de bioinformatique (2009-2010, au sein de la plateforme
de bioinformatique de Bordeaux)
2
-
Organisation de workshops (CompBioNets 2005 Lyon, SeqBI 2011 Rennes)
Présidente du comité d’organisation du colloque national de bioinformatique JOBIM 2012
Membre de la commission CORDIS de recrutement de doctorants Inria Rennes 2013
Chargée de mission pour l’axe ”Environnement” au sein de l’IRISA
Encadrement de stagiaires, doctorants, post-doctorants
- Olivier Rué, stage de 6 mois niveau M2 (2011) : détection de variants (SNP et SV) dans
plusieurs génotypes du puceron du pois re-séquencés par NGS.
- Elise Larsonneur, stage de 6 mois niveau M2 (2012) : intégration de données “omics”, application sur le puceron du pois.
- Thomas Derrien, post-doctorat (2011-2012) : détection de variants structuraux dans les
génomes re-séquencés du puceron du pois.
- Quentin Oliveau, stage de 3 mois niveau M1 (2012) : détection d’insertions virales et de points
de jonction dans des données de séquences à haut débit.
- Liviu Ciortuz, post-doctorat de 1 an (2012-2013) : développement de nouveaux algorithmes
pour la détection de variants complexes (variants de structure) dans des données NGS non assemblées.
- Erwann Scaon, doctorant, 1 an (2012-2013) : Algorithmes pour l’assemblage de novo de
génomes fortement redondants.
- Anaı̈s Gouin, ingénieure, 18 mois (2012-2013) : gestion et analyse des données de re-séquençage
de 40 génomes de puceron du pois.
- Julien Erabit, stage de 6 mois niveau M2 (2013) : développement d’un environnement de
benchmark d’assemblage de génomes polyploı̈des.
- Gaëtan Benoit, stage de 3 mois niveau M1 (2013) : développement d’une méthode de correction
des reads.
- Bastien Hervé, stage de 5 mois niveau L2 (2013) : évaluation d’une méthode de barcoding à
partir de données NGS plein-génome non assemblées.
Compétences techniques
- Langues : anglais courant (TOEIC 2005, score : 920/990), allemand scolaire, notions d’espagnol
et de portugais.
- Langages de programmation : R, perl, java, python.
- Conception et interrogation de bases de données relationnelles.
- Edition de documents en Latex, word, html, spip, powerpoint, sweave.
- Logiciels mathématiques : Maple, MATLAB, R.
Divers
- Loisirs : arts plastiques, peinture à l’huile, réalisation de films d’animation.
- Sports : randonnée, tennis, ski, voile.
3
Publications & communications
Revues internationales avec comité de lecture
? N. Maillet, C. Lemaitre, R. Chikhi, D. Lavenier, Pierre Peterlongo.
Compareads: comparing huge metagenomic experiments.
BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 19):S10.
? C. Lemaitre, A. Barré, C. Citti, F. Tardy, F. Thiaucourt, P. Sirand-Pugnet, P. Thébault.
A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the
prediction of homologous relationships.
BMC Bioinformatics, 2011, 12:457.
? A. Veron, C. Lemaitre, C. Gautier, V. Lacroix, M.-F. Sagot.
Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny.
BMC Genomics, 2011, 12:303.
? C. Baudet, C. Lemaitre, D. Zanoni, C. Gautier, E. Tannier, M.-F. Sagot.
Cassis: Precise detection of genomic rearrangement breakpoints.
Bioinformatics, 2010, 26(15):1897–1898.
? C. Lemaitre, L. Zaghloul, M.-F. Sagot, C. Gautier, A. Arnéodo, E. Tannier, B. Audit.
Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their
relations to genome organisation and open chromatin.
BMC Genomics, 2009, 10:335.
? C. Lemaitre, M. Braga Dias Vieira, C. Gautier, M.-F. Sagot, E. Tannier, G.A.B. Marais.
Footprints of inversions at present and past pseudoautosomal boundaries in human sex
chromosomes.
Genome Biology and Evolution, 2009, 1(1):56–66.
? C. Lemaitre, E. Tannier, C. Gautier, M.-F. Sagot.
Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian genomes.
BMC Bioinformatics, 2008, 9(1):286.
? C. Lemaitre, M.-F. Sagot.
A Small Trip in the Untranquil World of Genomes : A survey on the detection and analysis
of genome rearrangement breakpoints.
Theoretical Computer Science, 2008, 395(2-3):171–192.
Publications ”génome” courtes (revues internationales avec comité de lecture)
? V. Dupuy, P. Sirand-Pugnet, E. Baranowski, A. Barré, M. Breton, C. Couture, E. DordetFrisoni, P. Gaurivaud, D. Jacob, C. Lemaitre, L. Manso-Silván, M. Nikolski, L-X. Nouvel,
F. Poumarat, F. Tardy, P. Thébault, S. Theil, C. Citti, A. Blanchard, F. Thiaucourt.
Complete Genome Sequence of Mycoplasma putrefaciens Strain 9231, One of the Agents
of Contagious Agalactia in Goats.
Genome Announcements, 2013, 1:e00354-13.
? L. Manso-Silván, E. Baranowski, A. Barré, A. Blanchard, M. Breton, C. Citti, C. Couture,
E. Dordet-Frisoni, V. Dupuy, P. Gaurivaud, D. Jacob, C. Lemaitre, M. Nikolski, L-X.
Nouvel, F. Poumarat, F. Tardy, P. Thébault, S. Theil, F. Thiaucourt, P. Sirand-Pugnet.
Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma
bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle.
Genome Announcements, 2013, 1:e00348-13.
4
? E. Dordet-Frisoni, E. Baranowski, A. Barré, A. Blanchard, M. Breton, C. Couture, V.
Dupuy, P. Gaurivaud, D. Jacob, C. Lemaitre, L. Manso-Silván, M. Nikolski, L-X. Nouvel,
F. Poumarat, P. Sirand-Pugnet, P. Thébault, S. Theil, F. Thiaucourt, C. Citti, F. Tardy.
Draft Genome Sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii, Two Species of
the Ear Canal of Caprinae.
Genome Announcements, 2013, 1:e00280-13.
Communications à des conférences internationales avec comité de lecture (sans
actes)
? P. Sirand-Pugnet, M. Breton, E. Dorset-Frisoni, E. Baranowski, A. Barré, C. Couture, V.
Dupuy, P. Gaurivaud, D. Jacob, C. Lemaitre, L. Manso-Silvan, M. Nikolski, LX. Nouvel,
F. Poumarat, F. Tardy, P. Thébault, S. Theil, C. Citti, F. Thiaucourt, A. Blanchard.
Evaluation of the relative importance between gene loss and gene gain during mollicute
evolution
19th Congress of the International Organization for Mycoplasmology (IOM), Toulouse ,
15-20 juillet 2012.
? A. Barré, P. Thébault, C. Lemaitre, M. Nikolski, A. Blanchard, P. Sirand-Pugnet.
MolliGen 3.0, a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes
19th Congress of the International Organization for Mycoplasmology (IOM), Toulouse ,
15-20 juillet 2012.
? A. Barré, C. Lemaitre, P. Thébault, A. de Daruvar, A. Blanchard, P. Sirand-Pugnet.
Molligen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes.
18th Congress of the International Organization for Mycoplasmology (IOM), Chianciano
Terme (ITA), 11-16 juillet 2010.
? A. Veron, C. Lemaitre, C. Gautier, V. Lacroix, M.-F. Sagot.
Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny.
Integrative Post Genomics (IPG) 2010, Lyon, 25-26 novembre 2010.
? C. Lemaitre, E. Tannier, C. Gautier, M.-F. Sagot.
Precise detection and analysis of rearrangement breakpoints in mammalian genomes.
13th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles (EBM), Marseille, 22-25 septembre 2009.
? C. Lemaitre, M. Braga Dias Vieira, C. Gautier, M.-F. Sagot, E. Tannier, G.A.B. Marais.
Footprints of inversions at present and past pseudoautosomal boundaries in human sex
chromosomes.
Integrative Post Genomics (IPG) 2008, Lyon, 19-20 novembre 2008.
? L. Zaghloul, C. Lemaitre, M.-F. Sagot, C. Gautier, A. Arnéodo, E. Tannier, B. Audit.
Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their
relations to genome organisation and open chromatin.
Integrative Post Genomics (IPG) 2008, Lyon, 19-20 novembre 2008.
Communication à des conférences nationales avec comité de lecture
? A. Gouin, F. Legeai, P. Nouhaud, G. Rizk, J.-C. Simon C. Lemaitre.
Whole genome re-sequencing : lessons from unmapped reads.
JOBIM 2013, Toulouse, 1-4 juillet 2013.
Posters à des conférences nationales et internationales avec comité de lecture
? N. Maillet, C. Lemaitre, R. Chikhi, D. Lavenier, Pierre Peterlongo.
Compareads: comparing huge metagenomic experiments.
JOBIM, Rennes, 3-6 juillet 2012.
5
? C. Baudet, C. Lemaitre, D. Zanoni, C. Gautier, E. Tannier, M.-F. Sagot.
Cassis: Precise detection of genomic rearrangement breakpoints.
European Conference on Computational Biology (ECCB), Ghent (Belgique), 26-29 septembre 2010.
? A. Barré, C. Lemaitre, P. Thébault, A. de Daruvar, A. Blanchard, P. Sirand-Pugnet.
MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes.
JOBIM, Montpellier, 7-9 septembre 2010.
Autres communications et séminaires
? C. Lemaitre.
Chromosomal evolution and genome organisation : a complex relationship.
Conférence invitée au Center for Genome Regulation, Santiago, Chile, avril 2012.
Conférence invitée au LINA, Nantes, décembre 2012.
? C. Lemaitre.
Réarrangements chromosomiques dans les génomes de mammifères : caractérisation des
points de cassure.
Conférence invitée Inria Lille, équipe Bonsai, Lille, février 2012.
Conférence invitée à l’IRISA équipe Symbiose, Rennes, novembre 2009.
Conférence invitée au Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LABRI), Bordeaux, janvier 2009.
? C. Lemaitre.
Détection et analyse des points de cassure de réarrangements dans les génomes de mammifères.
Conférence invitée au Centre de BioInformatique de Bordeaux, Bordeaux, avril 2008.
? C. Lemaitre, E. Tannier, C. Gautier, M.-F. Sagot.
A method to detect precisely rearrangement breakpoints in mammalian genomes.
Workshop Dynamics of genomes, Valparaiso, Chili, mars 2008.
? C. Lemaitre, E. Tannier, C. Gautier, M.-F. Sagot.
Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes.
Rencontres Alphy, Lyon, Janvier 2008.
Pédagogie
? E. Billoir, C. Lemaitre, S. Charles.
La modélisation des réseaux de gènes : une situation-problème pour l’apprentissage de
méthodes mathématiques avancées.
Poster au 25e Congrès de l’Association Internationale de Pédagogie Universitaire (AIPU),
Montpellier, Mai 2008.
Article dans les actes de la conférence.
Vulgarisation scientifique
? C. Lemaitre
Le génome humain, la bioinformatique et le métier de bioinformaticien(ne).
Dans le cadre du dispositif “La découverte de la recherche”.
Intervention pour des élèves de 2nde du Lycée Sainte Geneviève à Rennes, avril 2011.
2 Interventions pour des élèves de 1ère du Lycée Bertrand d’Argentré à Vitré, mai 2013.
6
Activités d’enseignement
De 2005 à 2008, j’ai été chargée d’un poste de monitorat dans le département de Mathématiques
du Premier Cycle de l’école d’ingénieur INSA (Institut National des Sciences Appliquées) de
Lyon. Une grande partie de ma charge d’enseignement a ainsi consisté en des Travaux Dirigés
de mathématiques destinés à des étudiants de première année du Premier Cycle.
J’ai également dispensé des enseignements à des étudiants de la troisième année jusqu’au
niveau master, principalement dans le département de spécialisation de Bioinformatique et
Modélisation (BIM) de l’INSA de Lyon, mais également dans les filières de bio-mathématiques de
l’université Lyon 1. Ces enseignements se sont situés à l’interface entre biologie, mathématiques
et informatique.
Le tableau ci-dessous donne un récapitulatif du volume des enseignements effectués dans le
cadre du monitorat, soit un total de 192 heures équivalent TD.
Matière
Mathématiques
Mathématiques pour les Sciences de la Vie
Biomathématiques et Modélisation
Biologie Mathématiques et Modélisation
Informatique Fondamentale
Mathématiques, Informatique et Génomes
Introduction à la Bioinformatique
Public
L1 INSA PC
L3 INSA BIM
L3 INSA BIM
M1 UCBL biomath.
M2 UCBL
M1 INSA BIM
M2 INSA Biochimie
Type
TD
TD
TP
TP
CM
CM
CM et TP
Volume
110 h
20 h
16 h
8h
4h
8h
28 h
Table 1: Enseignements du monitorat (en heures équivalent TD).
En 2009 et 2010, j’ai participé à l’organisation et l’animation de formations continues à la
bioinformatique, destinée à la communanuté bordelaise de biologistes (doctorants, techniciens,
ingénieurs, chercheurs). Dans ce cadre, j’ai conçu et animé des sessions théoriques et pratiques
sur l’utilisation des banques de données et outils bioinformatiques pour l’analyse de séquences biologiques (systèmes d’interrogation de bases de données, alignement de séquences, prédiction de
structures secondaires). Le volume horaire des encadrements de ces sessions s’élève à 20 heures.
En 2011, 2012 et 2013, j’ai partagé la responsabilité de l’UE “construction et exploitation des réseaux bio-moléculaires”, du master 2 de bioinformatique de Rennes (Modélisation
de Systèmes Biologiques). Ma partie porte sur les approches mathématiques et informatiques
pour la modélisation et l’analyse de la dynamique des réseaux biologiques (systèmes d’équations
différentielles, réseaux booléens, analyses de flux). Elle comporte une partie théorique sous forme
de cours magistraux et une partie pratique, pour un volume horaire de 20 heures équivalent
TD par an.
En 2012 et 2013, j’ai participé à la création de l’UE “algorithmique des séquences pour la
bioinformatique”, du master 1 d’informatique de Rennes 1 (ISTIC). Ma partie comporte une
rapide initiation à la biologie moléculaire, puis elle approfondie les algorithmes d’alignement
de séquences (programmation dynamique, heuristiques de type Blast, structure d’indexation)
en terminant par les nouveaux défis posé par les nouvelles technologies de séquençage. Elle
comporte une partie théorique sous forme de cours magistraux, une partie pratique ainsi que
l’encadrement de projets, pour un volume horaire de 20 heures équivalent TD par an.
7