Formation et diplômes Expériences professionnelles

BARBET
Romain
Né le 09/08/1980
Dégagé des obligations militaires
Email : [email protected]
Formation et diplômes
Diplômes :
Sept 2004-15 septembre 2008- Doctorat de Biologie :
Titre : « Etudes Transcriptomiques de l’Autorenouvellement et la Différenciation des Cellules Souches
Embryonnaires et Adultes Humaines », Ecole Doctorale « Cancérologie-Biologie-Médecine-Santé » (CBMS),
Université Paris XI-Faculté de Médecine Paris Sud, Directeur de thèse : Dr Jacques HATZFELD
2003- DEA de Biologie & Santé Université de Rennes 1 ;
2002- Maîtrise de Biologie, mention génétique moléculaire et cellulaire (Mention AB) Rennes 1 ;
2001- Licence de Biologie cellulaire et moléculaire, Rennes 1 ;
2000- DEUG SV2, Caen ;
1999- DEUG SV1, Caen ;
1998- Baccalauréat série Scientifique.
Stages :
Stages Maîtrise/DEA : Directeur du DEA Dr André GUILLOUZO. Avril-Juin 2002 et Janvier-Juillet
2003 ; Laboratoire de biochimie A, Faculté de Médecine et CHU de Rennes-Pontchaillou : « Modulation par le
butyrate de sodium des effets cytotoxique et apoptotique de la doxorubicine ou du cisplatine exercés sur 2 lignées
humaines de cancer différenciés de la thyroïde ».
Stage de Protéomique : Mars 2005 ; Dans le cadre du projet européen GENOSTEM (PCRD6), formation
donnée à l’Institut de Génétique Humaine (IGH), Montpellier (France).
Expériences professionnelles
Emploi :
Depuis Janvier 2012 : Chercheur à l’Institut de Recherche en Hématologie et Transplantation (IRHTHopital du Hasenrain-87 Avenue d’Altkirsch-68100 Mulhouse)
Novembre 2008-Décembre 2011 : Chercheur à l’Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN),
CNRS (Avenue de la Terrasse, 91190 Gif sur Yvette, France).
Mars 2007 à Mars 2008 : « Genome Institute of Singapore » (GIS), Biopolis, Singapour.
Mars 2004-Mars 2007 : Thésard au CNRS sous contrat européen GENOSTEM (PCRD6). Laboratoire de
biologie des cellules souches humaines, Directeur Dr Jacques HATZFELD (7 Rue Guy Mocquet, 94801 Villejuif
cedex, France).
Compétences
Approches Cellulaires :
Cultures cellulaires : Lignées cancéreuses adhérentes et non adhérentes
Lignées de cellules souches embryonnaires humaines (hES2, hES3, H1, H7,…)
Culture primaires de cellules souches humaines Adultes (Mésenchymateuses,
Kératinocytes)
Cultures Bactériennes
Approches Transcriptomiques :
Extractions ADN, ARN,
RT-qPCR : Classique (SyBr Green, TaqMan),
Cartes MicroFluidic d’Applied Biosystems –« TaqMan Low Density Arrray »,
Micro-ARN (miRNA),
Clonage de gènes,
SiRNA (extinction de gêne),
Approches Protéomiques :
Cytofluorométrie sur FACScalibur et FACSvantage (Trieur),
Mise au point de technique de marquages cytofluorométriques intracellulaires.
Préparation d’extraits protéiques divers (mitochondriaux, cytoplasmiques, matrices extracellulaires),
Immunocytochimie, immunohistochimie,
Immuno-précipitation,
Western-Blot,
Expression et purification de Protéine.
Développement industriels :
Mise au point et optimisation de milieux moléculairement définis pour la culture des cellules
souches adultes et embryonnaires humaines.
Accord de confidentialité et commercialisation du milieu par Axcell (Lyon)
Collaboration avec Hybrigenics (Biotech Française) et le « Genome Institute of Singapore ».
Préparation d’une Banque d’ADNc pour des expériences de Yeast-2-Hybrid (Double Hybride)
Développement de Protocoles pour l’induction de la différenciation des hESCs :
Dépôt de Brevet CNRS/Abcys (Biotech Française) sur la différentiation en Endoderme (Foie)
Projet Européen Genostem (PCRD6) : Etude de la différentiation Mésodermique (Cellules
souches mésenchymateuses).
Informatique :
Développement de logiciel dédié à l’analyse de grandes quantités de données issues des expériences de
TLDA ;
Utilisation de logiciels courants (Office word, excel, powerpoint, etc.) ;
Travail sur photos (Scanner et logiciels adéquats) ;
Programmation en langage HTML, Visual Basic et langage R
Logiciels dédiés à l’analyse de données de Q-PCR (Genex, QBasePlus) et Biostatistiques (StatMiner)
Langues :
Anglais : écrit, lu et parlé.
PUBLICATIONS
C. MASSART, R. BARBET, N. GENETET and J. GIBASSIER, “Doxorubicin induces Fas-Mediated
Apoptosis in Human Thyroid Carcinoma Cells“, THYROID, 2004 Apr;14(4):263-70.
I. PEIFFER, P.EID, R. BARBET, M.L. LI, R.A. OOSTENDORP, V. HAYDONT, M.N. MONIER, L.
MILON, N. FORTUNEL, P. CHARBORD, M. TOVEY, J. HATZFELD and A. HATZFELD, “A
Subpopulation of High Proliferative Potential-Quiescent Human Mesenchymal Stem Cells is Under the
Reversible Control of Interferon α/ß”, LEUKEMIA, 2007 Apr;21(4):714-24.
I. PEIFFER, D. BELHOMME, R.BARBET, V. HAYDONT, Y.P. ZHOU, N.O. FORTUNEL, M.L. LI, A.
HATZFELD, J.N. FABIANI, J.A HATZFELD, “Simultaneous Differentiation of Endothelial and
Trophoblastic Cells Derived from Human Embryonic Stem Cells”, STEM CELLS AND
DEVELOPMENT, 2007 Jun;16(3):393-402..
I.PEIFFER*, R. BARBET*, Y.P. ZHOU, M.L. LI, M.N. MONIER, A. HATZFELD and J. HATZFELD,
“Use of Xenofree Matrices and Molecularly-Defined Media to Control Human Embryonic Stem Cell
Pluripotency : Effect of Low Physiological TGF-β Concentrations”, Stem Cells and Development, Stem
Cells Dev. 2008 Jun;17(3):519-33. (*co-auteurs)
S. ROCHE, B. DELORME, R. OOSTENDORP, R. BARBET, D. CATON, D. NOEL, K.BOUMEDIENE,
H.A. PAPADAKI, B. COUSIN, C. CROZET, O. MILHAVET, L. CASTEILLA, J. HATZFELD, C.
JORGENSEN, P. CHARBORD and S. LEHMANN, “Comparative proteomic analysis of human
mesenchymal and embryonic stem cells: towards the definition of a mesenchymal stem cell proteomic
signature”, Proteomics, 2009 Jan;9(2):223-32
Y.P. ZHOU, A. ROCHAT, A. HATZFELD, I. PEIFFER, R. BARBET, J. HATZFELD,ML. LI, “bFGFstimulated MEF-conditioned medium is capable of maintaining human embryonic stem cells”, Fen Zi Xi
Bao Sheng Wu Xue Bao. 2009 Jun; 42(3-4):193-9. Chinese
I. PEIFFER, R. BARBET, A. HATZFELD and J.A. HATZFELD, “Optimization of Physiological
Xenofree Molecularly-Defined Media and Matrices to Maintain Human Embryonic Stem Cell
Pluripotency”, Livre : “Human Embryonic Stem Cell Protocols”, série Methods Mol Biol. 2010;584:97108.
S. BURY-MONÉ, Y. NOMANE, N. REYMOND, R. BARBET, E. JACQUET, S. IMBEAUD, A. JACQ,
P. BOULOC, “ Global analysis of extracytoplasmic stress signaling in Escherichia coli”, PLoS Genet. 2009
Sep;5(9):e1000651.
C. BOHN, C. RIGOULAY, S. CHABELSKAYA, C. SHARMA, A. MARCHAIS, P. SKORSKI, E.
BOREZÉE-DURANT, R. BARBET, E. JACQUET, D. GAUTHERET, B. FELDEN, J. VOGEL, P.
BOULOC, “Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of
central metabolism”, Nucleic Acid Research, 2010 Octobre; 38(19):6620-36..
R. BARBET, I. PEIFFER, A.HATZFELD, P. CHARBORD and J. HATZFELD, « Comparison of gene
expression in human embryonic stem cells (hESCs), hESC-derived mesenchymal stem cells (hES-MSCs)
and hMSCs ». Accepté, Stem Cells International, Mai 2011.
R. BARBET, , I. PEIFFER, J.R. HUTCHINS, A. HATZFELD, E. GARRIDOAND J.A. HATZFELD,
“Expression of the 49 human ATP binding cassette (ABC) genes in pluripotent embryonic stem cells and in
early- and late-stage multipotent mesenchymal stem cells: possible role of ABC plasma membrane
transporters in maintaining human stem cell pluripotenc”, Cell Cycle. 2012 Apr 15;11(8):1611-20
BREVET
Brevet Européen: “Primitive endodermal stem cells, a process for preparing them and their use, in
particular for obtaining primitive epithelial liver cells”, n° 05 291 167.4, May 2005.
POSTERS
“Embryonic stem cells: a tool to unravel self-renewal and commitment” and “A new matrix for selfrenewal of human embryonic stem cells”. Euroconferences- stem cells - Institut Pasteur- Paris –
December 9-10 2004.
“Interferon /ß Reversibly Controls High Proliferative Potential-Quiescent Human Mesenchymal Stem
Cells” ISSCR (International Society for Stem Cell Research) - 5th annual meeting-Cairns AustraliaJune 17-20 2007.
”Concurrent differentiation of endothelial and trophoblastic cells derived from human embryonic stem
cells”. ISSCR (International Society for Stem Cell Research) - 3rd annual meeting-San Francisco USAJune 23-25 2005.
”Characterization of Mesenchymal Stem Cells derived from human adult and Embryonic Stem Cells
(hESC)”; Genostem 2nd workshop-Porto, Portugal-January 19-21 2006.
“Low, Physiological, TGF-ß Concentration Controls Pluripotency Of Human Embryonic Stem Cells
On Xenofree Matrices With Molecularly Defined Media”; ISSCR, 6th Annual Meeting- Philadelphia
USA- June 11-14 2008
“ABC Gene Expression in Human Embryonic Stem Cells and Adult Mesenchymal Stem Cells”;
ISSCR, 6th Annual Meeting- Philadelphia USA- June 11-14 2008