Expérience professionnelle Formation universitaire Distinctions et
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Expérience professionnelle Formation universitaire Distinctions et
SAINT PIERRE Philippe Adresse professionnelle : Né le 01/09/1978 à Toulouse Laboratoire de Statistique Théorique et Appliquée Nationalité Française Université Pierre et Marie Curie - Paris VI 4 place Jussieu Maître de Conférences (section CNU 26) 75252 PARIS Cedex 05 Université Pierre et Marie Curie - Paris VI [email protected] http://www.lsta.upmc.fr/psp.html e-mail : URL : Tél : +(33) 1 44 27 33 43 Expérience professionnelle Sept. 2006/... Maître de Conférences en statistique et biostatistique, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI (UPMC). Membre du Laboratoire de Statistique Théorique et Appliquée (LSTA) (Directeur : G. Biau). Membre (depuis 2013) de l'Equipe EPAR de l'UMR INSERM 1136 (Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique) , UPMC (Directeur : I. AnnesiMaesano). 2005/Sept. 2006 2002/Avril 2005 Post-doctorat, Contrat de chercheur, Institut Universitaire de Recherche Clinique, Université Montpellier I. Languedoc Mutualité, Montpellier. Formation universitaire Janvier 2006 Qualications - 26 - 39ème ème 2002/Avril 2005 aux fonctions de Maître de Conférences par le CNU section (Mathématiques appliquées et applications des mathématiques) section (Sciences physico-chimiques et technologies pharmaceutiques). Doctorat de Biostatistique soutenue le 29 Avril (Mention Très Honorable). Lieu : Institut Universitaire de Recherche Clinique, Université Montpellier I. Titre : Modèles multi-états de type Markovien et application à l'asthme. Directeurs : Jean-Pierre Daurès, Professeur à l'Université Montpellier I, Philippe Godard, Professeur à l'Université Montpellier I. 2000/Juin 2001 DEA de mathématiques appliquées Bien). 1999/Juin 2000 Maîtrise de mathématiques fondamentales Bien). 1998/Juin 1999 (Option Probabilité Statistique, Mention Assez Université Paul Sabatier, Toulouse III. (Option Statistique, mention Assez Université Paul Sabatier, Toulouse III. Licence de mathématiques fondamentales (Mention Assez Bien). Université Paul Sabatier, Toulouse III. Distinctions et prix scientiques 2013/2017 Titulaire de la Prime d'Investissement Recherche (PIR) attribuée par l'Université Pierre et Marie Curie - Paris VI. 2009/2013 Titulaire de la Prime d'Investissement Recherche (PIR) attribuée par l'Université Pierre et Marie Curie - Paris VI. Mai 2005 Prix d'Epidémiologie Henri Philippart (15000 euros) décerné par l'Association Des Epidémiologistes de Langue Française (ADELF) et l'Institut de Veille Sanitaire (InVS). 1 Thèmes de recherche Biostatistique. Méthodes d'analyse de données de survie et de données longitudinales. Modèles multi-états Markovien et semi-Markovien, analyse de survie multivariée, censure informative. Apprentissage statistique, classication et sélection de variables fonctionnelles, forêt aléatoire. Application à l'épidémiologie de l'asthme, de la maladie d'alzheimer et du SIDA. Participation à des programmes de recherche 2013 - 2015 Participation à un projet de recherche en collaboration avec l'équipe Asthme et Allergie de l'hôpital Trousseau (J. Just). Ce projet bénécie d'un nancement de 40000 euros de l'Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (AVIESAN). L'objectif est d'étudier l'apport de l'allergologie moléculaire dans l'évolution de la dermatite atopique en utilisant des méthodes d'apprentissage statistique et de modélisation des données longitudinales. 2009 - 2013 Membre du projet ANR jeunes chercheurs PROGNOSTIC (Point pROcess : learninG, NOnparametric STatistics and appliCations). Ce projet (90000 euros) regroupe 5 institutions sur le thème Processus ponctuels : apprentissage, statistiques non-paramétriques et applications. Collaborations avec le milieu médical 2014/... Collaboration avec A. Toure de (Institut Pasteur, Dakar) et A. Diongue (Univ. Saint-Louis) pour l'encadrement d'une thèse sur l'utilisation de marqueurs immunologiques pour évaluer l'intensité de la transmission du paludisme. 2013/2014 Collaboration avec G. Dorothé chargé de recherche en Neuroimmunologie (UPMC-INSERM UMRS 938) et son étudiante pour étudier des données de tests de comportements visant à évaluer les fonctions cognitives dans un modèle murin de maladie d'Alzheimer. 2011/... Collaboration avec l'équipe de B. Dubois (PU-PH, Hôpital Pitié-Salpêtrière, UPMC) pour la mise en place du projet d'Institut Hospitalo-Universitaire (dans le cadre du programme Investissements d'avenir de l'ANR) sur la maladie d'Alzheimer dans lequel est impliqué le LSTA. L'objectif statistique de ce gros projet IHU est l'évaluation des facteurs de risque et la mise en oeuvre de méthodes de diagnostic précoce de la maladie d'Alzheimer. 2010/... Collaboration avec l'équipe de J. Just (PU-PH, Hôpital Trousseau, UPMC) sur l'analyse des facteurs de risque de l'asthme et de l'allergie des jeunes enfants. Des méthodes d'apprentissage statistique et d'analyse de données longitudinales sont notamment utilisées pour identier des groupes d'enfants et étudier leurs évolutions. 2009/... Collaboration avec K. Lacombe (MCU-PH, Hôpital Saint-Antoine, UPMC) sur l'utilisation des modèles de survie pour l'étude des facteurs de risque d'arrêt d'une thérapie chez des patients infectés par le VIH. 2002/2006 Collaboration avec P. Godard (PU, CHU Montpellier) sur l'analyse par des modèles multiétats de données issues du suivi de patients atteints d'asthme. Nous avons publié un des premiers articles montrant que le surpoids était un facteur agravant dans l'évolution de l'asthme. 2 Contrats de recherche avec le milieu industriel 2015/... Dépôt d'un dossier de convention CIFRE auprès de l'ANRT en mars 2015. Ce projet fait suite à une demande de la part de l'entreprise EDF de développer des méthodes d'analyse de sensibilité en présence de dépendances entre les entrées d'un code de calcul. L'objectif étant entre autres d'utiliser ces méthodes pour évaluer si une prolongation de certains composants des unités de production énergétiques d'EDF est possible. Ce projet sera eectué en collaboration avec Gérard Biau (UPMC, LSTA), Bertrand Michel (UPMC, LSTA), Bertrand Ioss (EDF), Nicolas Bousquet (EDF) et Roman Sueur (EDF). Avril 2014 Dispense d'une formation en épidémiologie de 2 jours (16h) pour la société Imperial Tobacco. Ce contrat (4000 euros) avait pour but de former l'équipe de statisticiens aux bases de l'épidémiologie (types d'enquêtes, étude des biais, méthodes d'analyse statistique),la lecture critique d'articles et la mise en oeuvre des outils statistiques avec le logiciel R. 2011/2014 Co-responsabilité avec Gérard Biau (UPMC, LSTA) et Bertrand Michel (UPMC, LSTA) d'une convention CIFRE (30000 euros). Ce contrat passé entre l'Université Pierre et Marie Curie et la société SAFETY LINE a pour thème lAnalyse statistique des données d'enregis- treurs de vols. Applications à l'étude de la performance humaine et à la gestion de la sécurité aérienne. Une thèse que j'ai co-encadré a été soutenue en mars 2015 par Baptiste Gregorutti. Cette collaboration a également débouché sur un dépôt de brevet (déposé le 10/03/2015) an de protéger le procédé d'analyse statistique des données de vols développé pendant la thèse. Des discussions sont en cours pour une collaboration avec l'Ecole Nationale d'Aviation Civile de Toulouse par l'intermédiaire de F. Nicol (ENAC). 2012/2014 An de nancer l'organisation du Workshop "Statistical Analysis of Multi-outcome Data " en 2012, j'ai pris la responsabilité de 2 contrats de recherche avec les sociétés Danone (5000 euros) et Servier (1000 euros). En contrepartie du nancement, j'ai apporté mon expertise statistique sur des études d'évaluation des médicaments et des aliments. 2007/2008 Co-responsabilité avec Daniel Pierre-loti-Viaud (UPMC, LSTA) et Djamal Louani (UPMC, LSTA) d'un contrat de recherche d'un montant de 45000 euros. Ce contrat passé entre l'Université Pierre et Marie Curie - Paris VI et l'organisme européen pour la sécurité aérienne EUROCONTROL (European Organisation for the Safety of Air Navigation) avait pour objectif l'évaluation des pratiques de validation au Centre Expérimental EUROCONTROL en lien avec le domaine des statistiques. Diusion de la culture scientique 2013/... Expert auprès de l'ANSM (Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits 2009/... Membre élu au bureau du groupe Biopharmacie et Santé de la Société Française de 2009/... Membre du groupe de travail Formation (du groupe Biopharmacie et Santé ). L'objectif de santé). Membre du groupe de travail sur les médicaments de pneumologie, oto-rhinolaryngologie (ORL). Statistique (SFdS) (lien). est d'organiser, pour les statisticiens issus des milieux universitaires et pharmaceutiques, des formations sur des thèmes sensibles dans le domaine du développement de médicaments (lien). 3 Responsabilités administratives 2008/... Directeur adjoint de la lière Biostatistique de l'Institut de Statistique de l'Université de 2007/... Membre élu au Conseil 2007/... 2015/... Paris (ISUP) (gestion et actualisation des enseignements, participation aux jurys d'évaluation des mémoires, sélection des dossiers, conseils et relation avec les étudiants,...). de Direction de l'ISUP. Membre de comités de sélection de la 26ème Section (UPMC, Université d'Evry Val d'Essonne, Université Montpellier II, Paris V). Correspondant du LSTA au GDR Stat et Santé (responsable N. Savy). Organisation de conférences Sept. 2017 Membre du comité d'organisation du congrès international "Statistique Appliquée en Sept. 2013 Membre du comité d'organisation du congrès international "Statistique Appliquée en Juil. 2012 Organisateur principal avec Lei Liu du Workshop "Statistical Analysis of Multi-outcome Juil. 2011 Membre du comité d'organisation du Workshop "Patient Reported Outcomes and Qua- Nov. 2010/... Membre du comité d'organisation (depuis 2010) de la Journée Nationale Biopharmacie et Santé organisée annuellement par le groupe Biopharmacie et santé de la Société Française Biopharmacie", Paris, 14-15 septembre, 200 participants attendus. Biopharmacie" Emerging Topics for Statistical Methodology in Clinical Drug Development, Paris, 23-24 septembre, 200 participants. Data ", Paris, 9-10 Juillet. 70 participants (lien). lity of Life ", Paris, 4-5 Juillet. 50 participants. de Statistique. Novembre, 70 participants, (lien). Organisation de séminaires 2010/2012 Mai 2010 séminaire de Biostatistique de Jussieu (lien). Organisateur avec Roland Marion-Gallois de la session hommage à Daniel Schwartz Organisateur du lors des 42ème Journées de Statistique de la Société Française de Statistique, Marseille, 24-28 Mai. Participations à des jurys de thèse Dec. 2014 Dec. 2013 Dec. 2013 Sept. 2011 Nov. 2010 Membre du jury de la thèse de Nathalie Graeo (Université Aix-Marseille). Membre du jury de la thèse de Jérémie Riou (Université Bordeaux 2). Membre du jury de la thèse de Célia Tourraine (Université Bordeaux 2). Membre du jury de la thèse de Lucien Gning (Université Paris VI). Membre du jury de la thèse de Molière Nguile Makao (Université de Grenoble). Activités de reviewer Reviewer pour Annals of Applied Statistics, The International Journal of Biostatistics, Lifetime Data Analysis, Communications in Statistics - Theory and Methods, Annales de l'ISUP, Bulletin Français d'Actuariat. Séjour de recherche à l'étranger Avril 2009 Oct. 2005 Invité 15 jours par l'Université de Saint-Louis (Sénégal). Invité 15 jours par l'Université de Ouagadougou (Burkina Faso). 4 Activités d'enseignement Je décris ici essentiellement le contenu des enseignements que j'ai eectués en tant que maître de conférences à l'Institut de Statistique de l'Université de Paris (ISUP) et dans le Master de Mathématiques de l'UPMC. L'ISUP est une grande école qui comporte trois lières (biostatistique, gestion du risque industriel et économique, actuariat) de niveau bac+3 à bac+5 (le choix des lières s'eectuant au début de la 2ème année). Enseignement à l'isup 2014/... Responsable du cours de Modèles linéaires (36 h éq. TD). Ce cours est dispensé en 2ème année à toute la promotion. L'objectif est d'introduire le modèle linéaire (estimation, tests, mesures d'adéquation, ANOVA) et les modèles linéaires généralisés. Responsabilités des feuilles de TD corrigées pour les chargés de TD. 2006/... Responsable du cours-TD de Méthodologie statistique appliquée à la médecine (30 h éq. TD). Ce cours est dispensé en 2ème année aux étudiants de la lière Biostatistique. Il introduit et illustre des méthodes couramment utilisés en biostatistique mais mal connues des étudiants de l'ISUP, par exemple les tests sur échantillons appariés, le test de tendance ou l'étude de la puissance d'un test. 2006/... Responsable du cours-TD d'Epidémiologie (principes et méthodes quantitatives) (42 h éq. TD). Ce cours est dispensé en 3ème année aux étudiants de la lière Biostatistique. Les notions essentielles d'épidémiologie comme les diérents types d'enquêtes, les types de biais ou l'étude de la causalité sont développées. 2008/... Responsable du cours d'Analyse de survie (36 h éq. TD). Ce cours est dispensé sur la 2ème et la 3ème année aux étudiants de la lière Biostatistique. Le programme se rapproche du cours dispensé en Master 2 même si la qualité des étudiants permet d'introduire des notions supplémentaires (événements récurrents et concurrents, méthodes pour la grande dimension). Outre la remise d'un projet sur la mise en oeuvre des méthodes étudiées en cours (avec le logiciel R ou SAS), les étudiants doivent également lire des articles scientiques et les restituer lors d'une présentation orale. 2006/2014 Chargé de TD de Modèles statistiques linéaires (MM012, 12 ECTS) (72 h éq. TD). Ces TD étaient reprenaient de nombreuses notions complexes comme la MANOVA, les tests de Hotteling et Wilks. Je me suis occupé de la mise en place du télé-enseignement pour les TD de cette UE (20 h éq. TD). 2014/... Responsable du cours de Modèles linéaires et Applications (4M069, 6 ECTS) (36 h éq. TD). L'objectif de ce cours est d'introduire les notions de base du modèle linéaire et la mise en oeuvre avec le logiciel R. Responsabilités des feuilles de TD et TP corrigés pour les chargés de TD. Un document de cours est en préparation pour l'ouverture du tele-enseignement (cours-TD) pour la rentrée 2015. 2009/... Responsable du cours d'Analyse des durées de survie (NM224, 3 ECTS) (36 h éq. TD). Dans une première partie, ce cours introduit les concepts classiques d'analyse de survie (Données censurées, estimateur de Kaplan-Meier, modèles de Cox, modèles paramétriques et test du logrank). La deuxième partie est plus théorique puisqu'elle est consacrée à l'approche par les processus de comptage et les martingales. Cette approche permet d'étudier de nombreuses extensions et notamment les modèles multi-états de type Markovien. L'évaluation consiste en un devoir sur table et en un projet à réaliser à l'aide des logiciels statistiques R ou SAS. Enseignement en Master 1 de mathématiques Enseignement en Master 2 de statistique Enseignement en Licence de psychologie 2001/2004 Chargé de TD de statistique inférentielle (30 h éq. TD) en licence 3 de psychologie, Univ. Montpellier III. 2001/2004 Chargé de TD de probabilités et statistique (30 h éq. TD) en licence 3 de psychologie, Univ. Montpellier III. 2001/2004 Chargé de TD de statistique descriptive (30 h éq. TD) en licence 1 de sociologie, Univ. Montpellier III. 5 Activités d'enseignement Ressources numériques en ligne - Mise en place du télé-enseignement pour la partie TD de l'UE "Modèles statistiques linéaires" (MM012, 12 ECTS) en Master 1 mention Mathématiques et Applications de l'UPMC. Ceci a nécessité d'élaborer (et de saisir en Latex) 20 feuilles de TD et les corrigés associés (pour l'équivalent de 72h de TD). - Polycopiés (50 et 65 pages) pour le cours de Master 2 (Statistique) sur l'analyse de données de survie (NM 224). Ces documents sont disponibles sur ma page web (Poly 1), (Poly 2). - Transparents (plus de 140) pour le cours d'épidémiologie. Ce document est disponible sur ma page web (Epidémiologie). Responsabilités liées à l'enseignement 2008/... Directeur adjoint de la lière Biostatistique de l'ISUP. Cette responsabilité consiste no- 2014/... Membre d'une commission chargée de mettre en place pour la rentrée 2016 de nouveaux programmes pour la 2ème et la 3ème année l'ISUP suite à la masterisation. Cela nécessite une réexion globale sur les programmes, le contenu des enseignements et sur l'uniformisation avec le master existant (synchronisation des calendriers, regroupement de cours, ...). Je participe également à des réunions sur la mise en place d'un nouveau cours de statistique computationnelle en licence et sur l'harmonisation du parcours licence-master. 2009/... Responsable du stage "Introduction à l'analyse des durées de vie" (2 jours) proposé par la formation continue. 2006/... Participation fréquente aux salons concernant la formation, l'orientation et l'emploi des étudiants (Journées d'orientation rééchie, Atrium des métiers, Salon des Masters, Forum Emploi Math, Salon ONISEP). 2006/... Membre des jurys d'évaluation des mémoires de 2ème et 3ème années de l'ISUP pour la lière Biostatistique. 2009/... Membre du groupe de travail formation en Biopharmacie et santé de la SFdS. Cette responsabilité consiste à dénir des formations pertinentes et à les organiser pour le compte de la SFdS. Invitations tamment à : dénir chaque année les enseignements de la lière Biostatistique pour les 2ème et 3ème années, trouver et contacter les enseignants, sélectionner les dossiers pour l'admission en 2ème année de l'ISUP, validation des stages et participation aux jurys d'évaluation, communiquer sur l'ISUP et la lière : présence à des salons, rédaction de plaquettes, participation à des projets d'étudiants, présence aux événements de l'école (remise de prix, conférence, gala, ...), informer, orienter, conseiller les étudiants, ... Une semaine (Avr. 2009) à l'Université de Saint-Louis (Sénégal). Cours-TP (30 heures) de modèles linéaires et de modèle linéaire généralisé en Master 2 Statistique pour l'Afrique Francophone et Applications au Vivant (STAFAV). Une semaine (Oct. 2005) à l'Université de Ouagadougou (Burkina Faso). Cours de biostatistique (12 h) en master 2 de calcul scientique et bio mathématique (Modèles de survie, modèles multi-états Markoviens, censure informative). Heures sup' Depuis 2009, mon service comprend en moyenne 25 heures supplémentaires par an. Je n'ai jamais souhaité cette situation mais il n'y avait pas d'autre enseignant pour dispenser certains cours spécialisés de l'ISUP, du Master 1 ou du Master 2. Cette situation explique l'impossibilité pour moi de m'investir d'avantage au niveau Licence, ce que je regrette. 6 Activités d'encadrement Master 1 Master 2 − Co-encadrement (90%) avec J. Lacaille (SNECMA) du stage de M1 (Travaux encadrés de recherche) de Laura Chelfy (Master 1 Mathématiques, Université Paris VI) sur les modèles pour événements récurrents pour l'étude de la maintenance des moteurs d'avions. (2015). − Co-encadrement (50%) avec J. O'Quigley (UPMC) du stage de M2 de Cécile Chauvel (ISUP, UPMC) sur le thème Critères pronostiques pour l'analyse de survie (2011). − Co-encadrement (50%) avec O. Lopez (UPMC) du stage de M2 de Svetlana Kribgova (Master 2 Statistique, UPMC) sur l'estimation de la survie bivariée par des modèles de Copules (2011). − Co-encadrement (40%) avec K. Lacombe (UPMC) du stage de M1 (TER) de Sindou Selvy Sivapregassam (Master 1 Mathématiques, UPMC) sur les facteurs de risque d'arrêt de l'association médicamenteuse Tenofovir/Abacavir chez les patients infectés par le VIH (2009). − Co-encadrement (30%) avec J.P. Daurès (Univ. Montpellier I) du stage de M2 de Christel Castelli (Master 2 Biostatistique, Univ. Montpellier II) sur la prise en compte de la censure informative dans les analyses de survie et application à l'asthme. (2004). − Co-encadrement (30%) avec J.P. Daurès (Université Montpellier I) du stage de M2 de Yohann Foucher (Master 2 Biostatistique, Univ. Montpellier II) sur les modèles semiMarkoviens et leurs place dans la gestion des maladies chroniques (2004). Thèses − Co-encadrement (40%) avec A. Toure (Institut Pasteur, Dakar) et A. Diongue (Univ. Saint- Louis) de la thèse d'Oumy Niass (Univ. Saint-Louis). La thèse a commencée en septembre 2014 sur le développement de modèles multi-états pour évaluer l'intensité de la transmission du paludisme et l'eet de marqueurs immunologiques (thèse commencée en décembre 2014 avec une bourse de l'ambassade de France). − Co-encadrement (30%) avec G. Biau (UPMC), B. Michel (UPMC), Bertrand Ioss (EDF) et Nicolas Bousquet (EDF) de la thèse de Nazih Benoumechiara (UPMC). Une demande de contrat CIFRE a été déposé en mars 2015 sur le développement de méthodes d'analyse de sensibilité en présence de dépendances entre les entrées d'un code de calcul (thèse commencée en mars 2015 avec un contrat temporaire). − Co-encadrement (40%) avec G. Biau (UPMC) et B. Michel (UPMC) de la thèse de Bap- tiste Grégorutti (Chercheur chez Safety Line) sur le thème Analyse statistique des données d'enregistreurs de vols. Applications à l'étude de la performance humaine et à la gestion de la sécurité aérienne (thèse soutenue en mars 2015). − Co-encadrement (30%) avec J. O'Quigley (UPMC) de la thèse de Cécile Chauvel (post- doctorante à l'Université de Grenoble) sur le thème Critères pronostiques pour l'analyse de survie (thèse soutenue en décembre 2014). − Participation à l'encadrement (10%) avec J.P. Daurès (Univ. Montpellier I) de la thèse de Christel Castelli (Ingénieur biostatisticienne au CHU de Nîmes) sur le thème Modèles Semi-Markoviens et méthodes de régression dans les analyses de coût-ecacité : Application au cancer colo-rectal. (thèse soutenue en décembre 2007). − Participation à l'encadrement (10%) avec J.P. Daurès (Univ. Montpellier I) de la thèse de Yohann Foucher (Maître de Conférences à l'Université de Nantes) sur le thème Modèles semi-markoviens : Application à l'analyse de l'évolution de pathologies chroniques. (thèse soutenue en octobre 2007). 7 Liste des publications [1] Amat F., Saint-Pierre P., Bourrat E., Nemni A., Couderc R., Boutmy-Deslandes E., Sahraoui F., Pansé I., Bagot M., Foueré S., Just J. (2015). Early-onset atopic dermatitis in children : which are the phenotypes at risk of asthma ? Results from the ORCA cohort. Soumis. [2] Gregorutti B., Michel B., Saint-Pierre P. (2015). Grouped variable importance with random forests and application to multivariate functional data analysis. Computational Statistics and Data Analysis (en révision), (pdf) [3] Gregorutti B., Michel B., Saint-Pierre P. (2015). Correlation and variable importance in random forests. Statistics and Computing (en révision). (pdf). [4] Just J., Saint-Pierre P., Amat F., Gouvis-Echraghi R., Guillemot-Lambert N., Guiddir T., Annesi-Maesano I. (2015). What lessons can be learned about asthma phenotypes in children from cohort studies ? Pediatric Allergy and Immunology (accepté), (lien). (IF = 3.859) [5] Listwon A., Saint-Pierre P. (2015). SemiMarkov : An R Package for Parametric Estimation in Multi-State Semi-Markov Models. Journal of Statistical Software (accepté), (pdf). [6] Moussu L., Saint-Pierre P., Panayotopoulos V., Guillemot-Lambert N., Couderc R., Amat F., Just J. (2014). Determinants of allergic rhinitis in young children with asthma. PloS one, 9(5) :e97236, (lien). (IF = 3.53) [7] Saint-Pierre P., Lopez O. (2013) Non-Parametric Estimation of Linear Functionals of a Multivariate Distribution Under Multivariate Censoring with Applications. In "Statistical Models and Methods for Reliability and Survival Analysis." Wiley-ISTE, (pdf) [8] Just J., Saint-Pierre P., Gouvis-Echraghi R., Laoudi Y., Roufai Layde, Momas I., AnnesiMaesano I. (2013).Childhood allergic asthma is not a single phenotype. The Journal of Pediatrics, 164(4) :815-820, (lien). (IF = 4.02) [9] Just J., Saint-Pierre P., Gouvis-Echraghi R., Boutin B., Panayotopoulos V., Chebahi N., Ousidhoum-Zidi A., Khau C.A. (2013). Wheeze phenotypes in young children have dierent courses during the preschool period. Annals of Allergy, Asthma and Immunology, 111(4) :256261, (lien). (IF = 2.75) [10] Amat F., Guillemot-Lambert N., Labbe A., Saint-Pierre P., Annesi-Maesano I., Just J. (2013). Déterminer le phénotype de l'asthme pour mieux le traiter. Archives de Pédiatrie 20(5) :H191-H192, (lien). (IF = 0.41) Saint-Pierre P. (2012). A simplied model for studying bivariate mortality under right-censoring. Journal of Multivariate Analysis, 115 :181-192, (pdf). [11] Gribkova S., Lopez O., Saint-Pierre P., Besharaty A.A., Bernard A., Just J. (2012). Exhaled nitric oxide measurement conrms 2 severe wheeze phenotypes in young children from the Trousseau Asthma Program. Journal of Allergy and Clinical Immunology, 130(4) :1005-7, [12] Gouvis-Echraghi R., (lien). (IF = 12.05 ; 1/23 Allergie) [13] Lopez O., Saint-Pierre P. (2012). Bivariate censored regression relying on a new estimator of the joint distribution function. Journal of Statistical Planning and Inference, 142(8) :2440 - 2453, (pdf). [14] Just J., Gouvis-Echraghi R., Couderc R., Guillemot-Lambert N., Saint-Pierre P. (2012). Novel severe wheezy young children phenotypes : boys atopic multiple-trigger and girls nonatopic uncontrolled wheeze. Journal of Allergy and Clinical Immunology, 130(1) :103 - 110, (lien). (IF = 12.05 ; 1/23 Allergie) Saint-Pierre P. (2008). Estimateur de la fonction de répartition bivariée avec censures à droite et à gauche. Annales de l'ISUP, 19(2) :157 - 164, (pdf). [15] Guilloux A., [16] Foucher Y., Mathieu E., Saint-Pierre P., Durand J.F., Daurès J.P. (2006). A semi-Markov model based on generalized weibull distribution with an illustration for HIV disease. Biometrical Journal, 47(6) :825-833, (lien). 8 Liste des publications Saint-Pierre P., Daurès J.P. (2006). Informative censoring in survival analysis and application to asthma. Far East Journal of Theoretical Statistics, 19(2) :203 - 217, (pdf). [17] Castelli C., [18] Foucher Y., Saint-Pierre P., Pugliese P., Dellamonica P., Daurès J.P. (2006). A semi-Markov frailty model for multistate survival data : illustration on HIV disease. Far East Journal of Theoretical Statistics, 19(2) :185 - 201, (pdf). [19] Saint-Pierre P., Bourdin A., Chanez P., Daurès J.P., Godard P. (2006). Are overweighted [20] Saint-Pierre P., Daurès J.P., Godard P. (2005). The analysis of asthma using homogeneous asthmatics more dicult to control ? Allergy, 61(1) :79-84, (pdf). (IF = 6.00 ; 2/23 Allergie) and non-homogeneous Markov models. Far East Journal of Theoretical Statistics, 16(1) :1-18, (pdf). Saint-Pierre P., Daurès J.P., Chanez P., Godard P. (2004). Exacerbations de l'asthme : évaluation et signication. Revue des Maladies Respiratoires, 21 :10-10, (lien). [21] Severac A., (IF=0.49) [22] Saint-Pierre P., Combescure C., Daurès J.P., Godard P. (2003). The analysis of asthma control under a Markov assumption with use of covariates. Statistics in Medicine, 22(24) :3755- 70, (pdf). [23] Combescure C., Chanez P., Saint-Pierre P., Daurès J.P., Proudhon H., Godard P. (2003). Variations in control of asthma over time can be assessed by a Markov model. European Respiratory Journal, 22(2) :298-304, (lien). (IF = 7.13) Autres documents scientiques Brevet Livre Package logiciel R Article en préparation Rapports recherche Safety Line, Biau G., Michel B., Saint-Pierre P. (2015). Dépôt d'une demande de brevet avec la société Safety Line pour protéger un procédé d'analyse statistique des données de vols (développé pendant la thèse de Gregorutti B.). Guilloux A. and Saint-Pierre P. (2007). Méthodes Pratiques de la Statistique. Science Active. Listwon A., Saint-Pierre le site du CRAN (lien). Lopez O., P. (2013). R-Package "SemiMarkov". Package télechargeable sur Saint-Pierre P. Conditional estimation of survival copula parameter under dif- ferent censoring scheme. - Saint-Pierre P., Pierre-Loti-Viaud D., Louani D. (2008). Rapport de contrat de recherche. On the validation practices at EUROCONTROL Experimental Center. - Saint-Pierre P., Daurès J.P., Godard P. (2003). Rapport d'activité I.N.S.E.R.M. (Convention no 4AS04F). Analyses Secondaires de Données Epidémiologiques. Thèse - Saint-Pierre P. (2005). Thèse de doctorat, Université Montpellier I. Modèles multi-états de type Markovien et application à l'asthme, (lien). 9 Communication orales Conférences invitées avec actes - Saint-Pierre P., Lopez O. (2013). Kaplan-Meier integrals for bivariate survival data. 6th International Conference of the ERCIM WG on Computational and Methodological Statistics (ERCIM2013), Londres, 14-16 Décembre. Saint-Pierre P., Lopez O. (2012). Distribution function of multivariate censored data and applications. International Conference on Statistical Models and Methods for Relia- bility and Survival Analyses and their Validation, Bordeaux, 4-6 Juillet. Saint-Pierre P., Guilloux A. (2009). Cumulative distribution function and sum of bivariate right and left censored data. Mathematical Methods in Reliability, Moscou, 22- - 27 Juin. - Saint-Pierre P., Daurès J.P., Godard P. (2003). The analysis of asthma control under Markov assumption. Workshop in Honor of Marvin Zelen. Probability, Statistics and Modelling in Public Health, Bordeaux, 22-23 Septembre. Conférences invitées - Saint-Pierre P. (2015). Tutoriel sur les forêts aléatoires. 3ème journée Young Statisticians and Probabilists (YSP) organisé par la SFdS, Paris, 30 Janvier. - Saint-Pierre P. (2014). Modèles multi-états Markoviens et semi-Markoviens. Les rencontres de statistique appliquée "Modèles de durée : Expériences croisées" organisé par la SFdS et l'INED, Paris, 16 Octobre. Conférences avec actes Saint-Pierre P., Gregorutti B., Michel B. (2015). Random forest permutation importance and multivariate functional regression. 9th International Conference on Mathema- - tical Methods in Reliability (MMR2015), Tokyo, Japon 1-4 Juin. - Saint-Pierre P., Lopez O. (2013). Bivariate survival model with same censoring times. 8th International Conference on Mathematical Methods in Reliability (MMR2013), Stellenbosch, Afrique du Sud 1-4 Juillet. - Saint-Pierre P., Lopez O. (2012). Kaplan-Meier Type Integrals for Bivariate Right Censored Data. 26èmes International Biometric Conference, Kobe, 26-31 Août. - Saint-Pierre P., Lopez O. (2012). Nonparametric estimation of bivariate Kaplan-Meier integrals and applications. 44èmes Journées de Statistique de la SFDS, Bruxelles, 21-25 Mai. - Saint-Pierre P., Guilloux A. (2009). Fonction de survie bivariée de variables censurées à droite et à gauche. 41èmes Journées de Statistique de la SFDS, Bordeaux, 25-29 Mai. - Saint-Pierre P. (2008). Estimation of bivariate cumulative distribution function for right and left censored data. 40èmes Journées de Statistique de la SFDS, Ottawa, 25-29 Mai. Saint-Pierre P. (2007). Informative censoring in multi-states Markov models - Application to asthma. International Conference on Applied Statistics for Development in - Africa, Cotonou, 26 Février-2 Mars. - Saint-Pierre P., Chanez P., Daurès J.P., Godard P. (2006). The censoring in the followup of asthmatic patients is informative. European Respiratory Society annual congress, Munich, 2-6 Septembre. - Saint-Pierre P. (2005). Modèles multi-états Markovien - Censure informative. Premières Rencontres de Jeunes Statisticiens organisées par la SFDS, Aussois, 30 Aout-2 Septembre. 10 Communication orales Conférences avec actes - Saint-Pierre P., Daurès J.P., Godard P. (2004). Modélisation Markovienne nonhomogène de l'évolution de l'asthme (estimation semi-paramétrique). XXXVIèmes Journées de Statistique de la SFDS, Montpellier, 24-28 Mai ; p100. Saint-Pierre P., Chanez P., Daurès J.P., Godard P. (2004). Obesity : a risk factor for poor asthma control ? American Thoracic Society international conference, Orlando, - 21-26 Mai. - Saint-Pierre P., Daurès J.P., Godard P. (2003). Modélisation de l'évolution de l'asthme par un modèle de Markov non homogène. Congrès de Biométrie et épidémiologie, Lille, 15-16 Septembre ; p 20-24. - Saint-Pierre P., Combescure C., Daurès J.P., Godard P. (2002). Modélisation de l'évolution de l'asthme par un modèle de Markov avec covariables. Revue d'Epidémiologie et de Santé Publique, Congrès de l'ADELF, Toulouse, 18-20 Septembre ; 50 : p 98. - Saint-Pierre P., Combescure C., Daurès J.P., Godard P. (2002). The analysis of asthma control under Markov assumption with use of covariates. 23rd Annual Conference, International Society for Clinical Biostatistics, Dijon, France, 9-13 Septembre ; p 45. Séminaires - Séminaire de statistique et économétrie, Université de Lille 3, 14 Mai 2015. - Séminaire IRDES, Institut de recherche et de documentation en économie de la santé, 5 Mai 2015. - Séminaire de statistique, Université de Compiègne, 16 Avril 2013. - Séminaire ECAIS, Université Paris 5, 18 Novembre 2011. - Séminaire de statistique, ENSAI Rennes, 1 Avril 2011. - Séminaire de statistique, Université d'Avignon, 18 janvier 2010. - Séminaire de statistique du LJK, Université de Grenoble, 14 Mai 2009. - Séminaire de Statistiques du MAP 5, Université Paris 5, 20 Février 2009. - Séminaire de statistique du LSTA, UPMC, 27 Octobre 2008. - Séminaire Européen de Biostatistique, Université Paris 5, 17 Mars 2008. - éminaire Biostatistique, I.N.S.E.R.M. Villejuif, 20 Mars 2007. - Séminaire, Université Lyon I, 3 Avril 2006. - Séminaire, Université Strasbourg I, 13 Mars 2006. - Séminaire, Université Paris Dauphine, 6 Janvier 2006. - Séminaire, Université Montpellier II, 7 Avril 2005. - 3 exposés au séminaire IURC, Université Montpellier I, 2004. - Séminaire Agropolis, Université Montpellier II, 3 Juin 2001. 11 Activités de recherche Je suis actuellement maître de conférences en mathématiques appliquées (spécialisé en statistique et en biostatistique). Je suis membre du Laboratoire de Statistique Théorique et Appliquée (LSTA) de l'Université Pierre et Marie Curie (UPMC). Je présente dans cette partie mes activités de recherche et leurs perspectives. Je décris brièvement le contenu des articles énumérés dans la section "Liste des publications" du CV et je précise quelques projets en cours. Ces travaux sont regroupés en quatres axes ayant pour point commun d'être motivés par des applications concrètes et notamment dans le domaine médical. 1. Modèles de durée et modèles multi-états Un axe important de mes recherches concerne les modèles pour données longitudinales. Ce type de données est généré par le suivi dans le temps d'un groupe d'individus (données de cohorte). Une particularité de ces données de suivi est liée aux phénomènes de censure et de troncature qui perturbent l'observation de l'événement d'intérêt. L'analyse de survie englobe les modèles permettant d'analyser ce type de données. Travaux eectués. Les modèles multi-états sont particulièrement adaptés pour étudier des données longitudinales et modéliser l'évolution dans le temps d'un processus d'intérêt. Ces modèles permettent par exemple de modéliser l'évolution d'un patient aux travers des diérents stades de sa maladie. Je me suis notamment intéressé aux modèles de type Markovien qui permettent d'étudier des évolutions complexes. Dans diérentes publications en collaboration notamment avec J. Foucher (Univ. Nantes) et C. Castelli (DIM, Nîmes), j'ai étudié les modèles de Markov homogène [22] et non-homogène [20] ainsi que les modèles semi-Markoviens qui accordent de l'importance au temps passé dans un état du processus [16]. J'ai notamment étudié l'introduction d'eets aléatoires pour prendre en compte des dépendances [18] et la prise en compte d'une censure dépendante de l'événement d'intérêt [17]. En collaboration avec A. Listwon (Univ. Bordeaux), j'ai développé et déposé sur le site du CRAN un package pour le logiciel de statistique R permettant de mettre en oeuvre des modèles semi-Markoviens homogènes [5]. Ces modèles ayant montré leur ecacité et leur exibilité, ils sont de plus en plus étudiés et appliqués dans de nombreux domaines (médecine, actuariat, abilité, dynamique des populations,...). Le développement de mesures de prédiction et d'adéquation dans le cadre des modèles de survie est une question toujours ouverte puisque les mesures existantes ne donnent pas entière satisfaction. En collaboration avec J. O'Quigley (LSTA, UPMC), j'ai co-encadré la thèse de C. Chauvel sur ce sujet. Travaux en cours et perspectives. En collaboration avec J.B. Combes (IRDES) nous étudions des modèles semi-Markoviens permettant de modéliser l'évolution d'un patient dans le parcours de soins (généraliste, hospitalisation à domicile, hôpital, ...). L'objectif est d'évaluer l'eet d'une politique d'intervention (qu'on observe pour certaines régions) et d'obtenir une évaluation medico-économique. Je co-encadre une thèse avec A. Toure (Institut Pasteur de Dakar) et A. Diongue (Univ. Saint-Louis) où l'on s'intéresse à la mise en place de modèles multi-états permettant d'étudier l'intensité de la transmission du paludisme. Nous développons notamment des modèles à risques non proportionnels pour les modèles Markoviens. Je m'intéresse par ailleurs aux méthodes d'apprentissage statistique qui sont peu étudiées en biostatistique. Ces méthodes peuvent parfois s'étendre aux cas des données censurées et de nombreuses perspectives sont motivantes comme par exemple le clustering de trajectoires de patients ou la classication de données censurées. L'équipe de J. Just (Hôpital Trousseau, UPMC) collabore avec des radiologues et des généticiens. Elle dispose depuis peu de données de cohorte comportant un grand nombre de variables génétiques ainsi que des radios et des scanners. Je m'intéresse ainsi à adapter les méthodes de sélection de variables en grande dimension au contexte des modèles multi-états de type Markovien. Cette thématique de recherche pourrait me permettre de collaborer rapidement avec des membres de l'équipe de statistique et de probabilités comme N. Savy, C. Chouquet ou J.Y. Dauxois. La composante probabiliste de ces modèles ou les nombreux développements en actuariat autour de ces modèles sont également des pistes possibles. 12 Activités de recherche 2. Modèles de durées multivariées Travaux eectués. - Les modèles de survie classique étudient une durée alors que de nombreux problèmes nécessitent la modélisation conjointe de plusieurs durées comme par exemple la durée de vie de jumeaux ou d'un couple. On observe donc plusieurs durées qui sont dépendantes et censurées. Les modèles multiétats proposent une manière de répondre à la question mais de nombreuses méthodes existent comme la modélisation par les copules ou les approches non paramétriques visant à estimer directement la fonction de survie multivariée. En collaboration avec O. Lopez (UPMC) nous avons étudié un modèle de régression pour expliquer une durée censurée en fonction des autres [13]. L'approche proposée consiste à introduire des pondérations dans les techniques statistiques usuelles, avec des poids calculés à partir des observations pour tenir compte de la censure. Outre les propriétés théoriques, nous avons étudié le bootstrap de données censurées multivariées et l'estimation de mesure de dépendance. Nous avons également envisagé la dépendance entre les durées via des modèles de copules, pour lesquels nous avons développé des tests d'adéquation basés sur un nouvel estimateur de la fonction de répartition multivariée obtenu en imposant une contrainte sur les temps de censure [11]. J'avais au préalable collaboré avec A. Guilloux (UPMC) pour proposer un estimateur non-paramétrique adapté à des phénomènes de censure diérents [15]. Les méthodes proposées ont donné des résultats intéressants pour l'analyse de la dépendance entre les durées de vie de jumeaux ou l'étude des clauses de réversion (versement de la rente au dernier des vivants jusqu'à son son décès qui nécessite d'estimer les durées de vie d'un couple. Travaux en cours et perspectives. Dans un travail en cours avec O. Lopez (UPMC), nous étudions l'évolution temporelle de la structure de dépendance entre deux variables de durée. L'une des motivations est l'analyse des engagements liés à une clause de réversion. S'il existe des modèles pour capter l'évolution des distributions marginales, il y a encore peu de modèles qui permettent de tenir compte d'une évolution dans la structure de dépendance de telles variables. Or, cette question de l'évolution temporelle est fondamentale pour des garanties qui courent sur des temps longs. Les données de survie multivariées commencent à être de plus en plus fréquentes et de nombreux développements restent encore à faire. Il serait par exemple important de développer des méthodes de classication qui sont sous-exploitées pour ce type de données. Cette thématique pourrait également me permettre de collaborer avec notamment N. Savy, C. Chouquet ou J.Y. Dauxois qui connaissent bien les modèles de durées. 3. Apprentissage statistique et données fonctionnelles Travaux eectués. Un autre axe de recherche concerne l'apprentissage statistique. J'ai participé à l'encadrement d'une thèse CIFRE avec G. Biau (UPMC), B. Michel (UPMC) et la société Safety Line sur l'analyse des données des enregistreurs de vol pour la gestion de la sécurité aérienne et notamment la prévision des atterrissages longs. Nous avons étudié d'un point de vue théorique et par simulations la mesure d'importance par permutation intégrée à l'algorithme des forêts aléatoires. Cette mesure est particulièrement utile dans un contexte de sélection de variable. Nous avons étudié l'eet de la corrélation entre les variables et du nombre de variables corrélées sur les procédures de sélection de variables. Nous proposons également une procédure permettant de limiter ces eets [3]. Les données de vol étant de nature fonctionnelle, nous avons également étendu le critère d'importance pour des groupes de variables avec pour objectif de sélectionner des paramètres de vols (altitude, vitesse, ...). On propose une procédure de sélection basée sur l'importance groupée qui permet de sélectionner des groupes de variables à l'image du Lasso groupé [2]. En projetant chaque variable sur une base de fonctions, on peut considérer des groupes composés des coecients de base de chacune des variables et ainsi sélectionner des variables fonctionnelles. En considérant une base d'ondelettes, on peut également sélectionner, pour chaque variable fonctionnelle, des intervalles de temps qui sont importants pour la prévision [2]. Les méthodes développées pendant la thèse font l'objet d'un logiciel commercialisé par la société Safety Line et d'une demande de brevet pour protéger le procédé. 13 Activités de recherche Travaux en cours et perspectives. Au cours de la thèse, nous avons identié un lien entre la mesure d'importance par permutation et les indices de Sobol utilisés couramment en analyse de sensibilité. Plusieurs perspectives en découlent et une demande bourse CIFRE est déposé en partenariat avec EDF pour d'étudier des méthodes d'analyse de sensibilité en présence de dépendances entre les entrées d'un code de calcul. La bibliographie relative à l'eet de la corrélation sur la mesure d'importance des forêts aléatoires est très souvent liée à des problématiques de génomique. Les procédures de sélection développées pendant la thèse pourrait par exemple permettre une collaboration avec la plateforme de Biostatistique (Génopole Toulouse Midi-Pyrénées) et notamment avec S. Dejean ou C. Maugis-Rabusseau. Plus généralement, je m'intéresse aux méthodes d'apprentissage statistique qui ont montré leur ecacité pour aborder des problèmes complexes. Cet axe de recherche dynamique me permettra de mettre en place rapidement des collaborations académiques et/ou industrielles. Les données d'enregistreurs de vols sont potentiellement massives puisque, pour chaque vol, on peut observer plus de mille paramètres de vol (altitude, vitesse, ...) chaque seconde pendant toute la durée du vol. L'apprentissage statistique apporte des réponses à ces problématiques particulièrement excitantes d'un point de vue pratique et méthodologique. Je souhaite ainsi poursuivre mon investissement dans ces thématiques et l'équipe de statistique et probabilités de l'IMT me semble l'endroit idéal. 4. Application à l'épidémiologie et à la biologie Travaux eectués. En collaboration avec P. Godard (Univ. Montpellier I) nous avons implémenté diérents modèles Markoviens adaptés à l'étude de l'évolution de l'asthme. Ce travail a donné lieu à plusieurs publications dans des revues médicales [19,21,23]. Nous avons notamment mis en évidence le rôle de l'indice de masse corporelle dans l'évolution de l'asthme [19]. Ce résultat est maintenant conrmé par de nombreuses études. En collaboration avec J. Just pédiatre allergologue, nous cherchons à dénir de nouveaux phénotypes pour des enfants asthmatiques en utilisant notamment des méthodes d'apprentissage non supervisées [8,9,14]. On s'intéresse également à comprendre l'apparition de la rhinite allergique par des méthodes d'apprentissage supervisées [6], à la découverte de nouveaux marqueurs [12] et l'étude de l'évolution des enfants [1,4]. Les résultats obtenus ont notamment modié la prise en charge des enfants dans le service d'asthme et allergie de l'Hôpital Trousseau [10]. J'ai également travaillé sur la recherche des facteurs de risque d'arrêt d'une thérapie chez des patients infectés par le VIH en utilisant des modèles de survie avec K. Lacombe (UPMC). J'ai collaboré avec G. Dorothé pour l'évaluation des fonctions cognitives dans un modèle murin de maladie d'Alzheimer en utilisant des modèles mixtes. Enn j'ai participé, avec l'équipe de B. Dubois (UPMC), au projet IHU sur l'évaluation des facteurs de risque et la mise en oeuvre de méthodes de diagnostic précoce de la maladie d'Alzheimer. Travaux en cours et perspectives. Je co-encadre une thèse avec l'Institut Pasteur de Dakar visant à étudier l'intensité de la transmission du paludisme et à évaluer la pertinence de certains marqueurs immunologiques pour quantier rapidement l'intensité de la transmission. Les premiers résultats sont très encourageants. Ma collaboration avec l'équipe de J. Just (UPMC) va se poursuivre et de nombreux projets viennent de commencer. Outre le suivi de patients, nous disposons maintenant de radios et scanners pour certains patients ainsi que de nombreuses caractéristiques génétiques. Les problématiques soulevées pas ces données complexes sont motivantes d'un point de vue appliqué et méthodologique. Mon expérience des collaborations avec les milieux médical et industriel pourra me permettre de m'intégrer aux projets existants comme la plateforme de biostatistique mais également de répondre aux sollicitations des médecins, des biologistes ou des industriels et de collaborer avec mes collègues de l'équipe de statistique et probabilités, de la faculté de médecine, de l'INSERM ou de l'INRA. 14