BIF-1901 : Introduction à la bio-informatique et à ses outils

Transcription

Faculté des sciences et de génie
Département de biochimie et de microbiologie
PLAN DE COURS
BIF-1901 : Introduction à la bio-informatique et à ses outils
NRC 91483 | Automne 2015
Préalables : BCM 2000 OU BIO 2003
Mode d'enseignement : À distance
Temps consacré : 3-0-6
Crédit(s) : 3
Le cours vise à initier l'étudiant aux différents champs d'application de la bio-informatique. Le cours met un accent particulier
sur l'apprentissage des principaux outils de la bio-informatique touchant les banques de données de séquences et de
structures, les méthodes de séquençage et d'assemblage de génomes, l'analyse et l'alignement de séquences d'acides
nucléiques et de protéines, la modélisation de la structure des protéines à partir de leur séquence, la modélisation des
interactions protéine-ligand (ex. : antibiotique, substrat, inhibiteur) par arrimage moléculaire, l'analyse phylogénétique.
L'étudiant est également initié aux concepts de la biologie des systèmes.
Ce cours est offert à distance. Pour plus d’informations, consultez la page du cours à l’adresse
www.distance.ulaval.ca.NOTE IMPORTANTE : Veuillez vous assurer, pour chaque cours donné à distance, qu’il n’existe
aucun conflit d’horaire entre vos examens, aucun accommodement ne sera accordé en cas de conflit d’horaire.
Plage horaire
Sur Internet
-
00h00 à 00h00
Du 31 août 2015 au 11 déc. 2015
Il se peut que l'horaire du cours ait été modifié depuis la dernière synchronisation avec Capsule. Vérifier l'horaire dans Capsule
Site de cours
https://www.portaildescours.ulaval.ca/ena/site/accueil?idSite=63070
Coordonnées et disponibilités
Patrick Lague
Professeur agrégé
[email protected]
Disponibilités
Par courriel uniquement. Pour toutes questions posées par courriel, une réponse sera fournie dans un délai maximal de 2 jours ouvrab
Claude Lemieux
Professeur titulaire
[email protected]
© Université Laval
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Yves Bourbonnais
Professeur titulaire
[email protected]
Soutien technique
Pour recevoir du soutien technique relatif à l'utilisation du Portail des Cours, contactez :
Comptoir LiberT (FSG)
Pavillon Adrien-Pouliot, Local 3709
[email protected]
418-656-2131 poste 4651
Session d'automne et hiver
Lundi
08h00 à 18h45
Mardi
08h00 à 18h45
Mercredi
08h00 à 18h45
Jeudi
08h00 à 18h45
Vendredi
08h00 à 16h45
Session d'été
Lundi
08h00 à 16h00
Mardi
08h00 à 16h00
Mercredi
08h00 à 16h00
Jeudi
08h00 à 16h00
Vendredi
08h00 à 16h45
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Sommaire
Description du cours ........................................................................................................................ 4
Objectifs ................................................................................................................................................................................................................................ 4
Approche pédagogique .................................................................................................................................................................................................. 4
Modalités d'encadrement .............................................................................................................................................................................................. 5
But du cours ........................................................................................................................................................................................................................ 5
Introduction .......................................................................................................................................................................................................................... 5
Contenu et activités ......................................................................................................................... 6
Évaluations et résultats ................................................................................................................... 6
Consignes sur les examens ......................................................................................................................................................................................... 6
Consignes sur les travaux ............................................................................................................................................................................................. 7
Liste des évaluations ....................................................................................................................................................................................................... 7
Informations détaillées sur les évaluations sommatives ................................................................................................................................... 7
Évaluation en ligne #1 (modules 4 et 5) ........................................................................................................................................................... 8
Évaluation en ligne #2 (module 6) ...................................................................................................................................................................... 8
Devoir #1 (Modules 4 et 5) .................................................................................................................................................................................... 8
Devoir #2 (Modules 7 et 8) .................................................................................................................................................................................... 8
Devoir #3 (Modules 9 et 10) .................................................................................................................................................................................. 8
Devoir #4 - (Modules 11 et 12) ............................................................................................................................................................................ 9
Examen mi-session .................................................................................................................................................................................................. 9
Examen final ................................................................................................................................................................................................................ 9
Politique sur les évaluations ......................................................................................................................................................................................... 9
Échelle des cotes ........................................................................................................................................................................................................... 10
Politique sur l'utilisation d'appareils électroniques ............................................................................................................................................ 11
Politique sur le plagiat et la fraude académique ................................................................................................................................................ 11
Étudiants ayant un handicap, un trouble d’apprentissage ou un trouble mental .................................................................................. 11
Matériel didactique ......................................................................................................................... 11
Matériel obligatoire ......................................................................................................................................................................................................... 11
Logiciels ............................................................................................................................................................................................................................. 12
Spécifications technologiques ................................................................................................................................................................................... 12
Médiagraphie et annexes ............................................................................................................. 12
Bibliographie ..................................................................................................................................................................................................................... 12
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Description du cours
Objectifs
Au terme de cours, l'étudiant sera en mesure de :
• Décrire les grands champs d'application et les principaux défis de la bio-informatique
• Retrouver efficacement de l'information dans les banques de données biologiques et comprendre leur importance en
bio-informatique
• Comprendre les principaux aspects théoriques et pratiques de l'alignement et de l'assemblage des séquences d'ADN ou de protéines
, de la recherche par similarité dans les banques de données, de la phylogénétique, de la prédiction de la structure 3D des protéines et
de la modélisation moléculaire
• Utiliser diverses ressources spécialisées pour caractériser les motifs et les domaines d'une protéine, sa localisation cellulaire et ses
modifications post-traductionnelles probables
• Comparer les méthodes expérimentales utilisées pour déterminer la structure 3D des protéines au niveau atomique de même que les
outils de prédiction de la structure des protéines
• Comprendre l'importance de la modélisation et de l'arrimage moléculaire dans l'étude des molécules biologiques
Approche pédagogique
Ce cours est conçu selon une approche pédagogique propre à la formation à distance. Le matériel didactique et la formule
utilisée vous permettent d'adopter une démarche d'apprentissage relativement autonome. Vous pouvez ainsi gérer votre
temps d'étude et prendre en charge votre formation.
Sachez que la personne rsponsable du cours demeurera disponible pour vous soutenir durant toute la session. Le rôle de
cette personne assumant l’encadrement du cours est de vous faciliter les conditions d'apprentissage et de vous aider dans
votre démarche de façon à ce que vous atteigniez les objectifs du cours. Vous pouvez communiquer avec cette personne
par différents moyens. Les plus usuels sont le courrier électronique pour les questions plus personnelles, et le forum, pour
les questions d’intérêt général qui profiteront à toute la classe. Les modalités d’encadrement (temps de réponse, disponibilité
, etc.) sont décrites dans la section Modalités d'encadrement. Le site web du cours et le livre de référence ( Essential Bioinformatics) contiennent tout le matériel pédagogique qu’il vous faut
pour réussir ce cours à distance : cahiers d'accompagnement, exposés, démonstrations, exercices, etc. Chaque semaine,
vous êtes invité à consulter la section Contenu et activités décrivant les activités d’apprentissage et d’évaluation au
programme. De façon générale, l'horaire proposé dans la section Contenu et activités est flexible et peut s'adapter à vos
disponibilités. En effet, le mode de formation à distance vous permet d'apprendre à votre rythme; toutefois, en adoptant un
rythme d'apprentissage régulier dès le début de la session, vous pourrez bénéficier d'une rétroaction de la personne
assurant l’encadrement durant tout votre cheminement. Vous demeurez, bien sûr, la seule personne gestionnaire de votre
temps, mais vous devez toutefois vous engager à effectuer les évaluations sommatives aux moments prescrits (Évaluations
et résultats).
Par ailleurs, pour toute la durée de la session, vous disposerez d'un accès à un serveur de bio-informatique spécialement
conçu pour les besoins du cours. Ce serveur est hébergé à la Faculté des Sciences et de Génie à l'adresse I.P.
132.203.210.171 et fonctionne sous Linux. Pour compléter les devoirs, vous devrez ouvrir une session à distance sur ce
serveur et utiliser certains des programmes de bio-informatique qui y sont installés. Toute l'information nécessaire pour s'y
connecter et y travailler adéquatement vous sera présentée au module 1.
La durée prévue du cours est de 15 semaines. Le cours est divisé en 12 modules où un thème spécifique est abordé.
Généralement, les modules ont une durée d’une semaine. La somme de travail exigée pour l'étude des modules et la
réalisation des évaluations est de 135 heures par session. En moyenne, la charge de travail hebdomadaire est donc
d'environ 9 heures mais certains modules sont un peu plus longs à réaliser que d’autres. Pour accéder aux modules,
consultez la section Contenu et activités de votre site Web de cours. À l’intérieur de chacun des modules, vous retrouverez
les informations suivantes : Onglet Contenu
• Introduction;
• Texte introduisant le contenu du module.
• Objectifs spécifiques;
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• Texte introduisant le contenu du module.
• Objectifs spécifiques;
• Présentation des objectifs spécifiques directement rattachés aux apprentissages à faire pour chacun des modules. Onglet Activités
• Activités d’apprentissage;
• Directives détaillant le travail à faire pour un module donné.
• Ressources didactiques;
• Le matériel didactique obligatoire (texte, vidéo, clip, etc.) est regroupé dans cette section.
Onglet Matériel complémentaire
• Pour chaque module, des adresses de sites web intéressants seront indiquées.
Onglet Évaluations sommatives
• Cet onglet ne sera présent que les semaines où vous devrez compléter une évaluation sommative. Il contiendra tous les hyperliens et
les informations concernant les évaluations.
Pour vous aider à améliorer vos stratégies d'apprentissage, pour vous guider vers l'essentiel du contenu et pour vous aider
dans la gestion de votre temps d'étude, vous pouvez consulter le Centre d’aide aux étudiants pour obtenir des conseils sur la
réussite universitaire (https://www.aide.ulaval.ca/cms/site/aide ).
Modalités d'encadrement
La rétroaction fournie par la personne assurant l’encadrement peut emprunter différentes voies. Ce cours met l'accent sur
deux principaux moyens d’encadrement : le courrier électronique et les forums de discussion.
Il est important d’être conscient que la réponse aux questions posées par courrier électronique ne sera pas instantanée.
Dans ce cours, la personne assurant l’encadrement vous répondra dans les deux jours ouvrables. Afin d’éviter des délais
supplémentaires, il est recommandé de réserver le courriel aux questions personnelles d’être explicite dans vos questions et
commentaires (ex. : spécifiez les noms des documents et les pages référées). Par ailleurs, vous pourrez également utiliser les forums de discussion. Un forum de discussion vous permet de discuter de
divers points de contenu avec les autres étudiants. Comme vous étudiez à distance, vous ne verrez peut-être vos collègues
qu’au moment de l’examen final en salle; le forum est donc un outil qui vous permet d'échanger avec eux et avec la
personne assurant l’encadrement. Dans ce cours, il y aura trois types de forums : • le forum "Questions générales" où vous pouvez poser vos questions sur les aspects administratifs du cours.
• le forum "Aspects techniques" où vous pouvez poser vos questions concernant la connexion au serveur du cours, le transfert de
fichiers ou d'autres aspects techniques importants pour la réussite du cours.
• les forums où vous pouvez poser vos questions concernant chacun des modules.
Vous devez vous assurez de poser vos questions dans la bonne section afin de faciliter la gestion du forum. Nous vous
demandons également d'être explicite dans le titre de vos messages. Nous nous engageons à répondre ou à confirmer vos
réponses dans les deux jours ouvrables.
Finalement, pour les étudiants des bacc. de biochimie et de microbiologie, un dépannage bio-informatique en classe est disponible sur
le campus de l'Université Laval, les lundis de 15h30 à 17h20, au local VCH-2840 .
But du cours
Le but de ce cours est d'initier l'étudiant au vocabulaire et aux notions théoriques propres à la bio-informatique en plus de
leur fournir une expérience pratique avec des outils et des programmes de bio-informatique spécialisés.
Introduction
Le cours BIF-1901 : Introduction à la bio-informatique et à ses outils vise à introduire l'étudiant aux différents champs
d'application de la bio-informatique. Le cours met un accent particulier sur l'apprentissage des principaux outils de la
bio-informatique notamment les banques de données de séquences, les méthodes de séquençage et d'assemblage de
génomes, l'alignement de séquences d'acides nucléiques et de protéines, la modélisation de la structure des protéines à
partir de leur séquence, la modélisation des interactions enzyme-substrats par arrimage moléculaire et les analyses
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partir de leur séquence, la modélisation des interactions enzyme-substrats par arrimage moléculaire et les analyses
phylogénétiques.
Ce cours s'adresse principalement aux étudiants de 3ième année inscrits aux programmes de baccalauréat en biochimie et
en microbiologie. Le cours universitaire Génétique moléculaire II (BCM-2000) (ou BIO-2003 Biologie moléculaire pour les
biologistes) est préalable au cours BIF-1901. De plus, pour suivre ce cours, vous devrez maîtriser certaines connaissances
de base en informatique. Par exemple, il est de votre responsabilité de vous assurer en début de session que vous êtes à
l'aise pour travailler à distance dans un environnement linux. À cet égard, toute l'information nécessaire vous sera présentée
sur le site web du cours au module 1.
Ce plan de cours présente toutes les informations nécessaires au bon déroulement de ce cours. Il définit en quelque sorte
un mode d'emploi pour le matériel didactique que vous utiliserez, pour le cheminement que vous suivrez et pour les
différentes exigences auxquelles vous devrez répondre.
Bonne lecture et bon cours!
Contenu et activités
Le tableau ci-dessous présente les semaines d'activités prévues dans le cadre du cours.
Titre
Date
Semaine 1 - Module 1 : Introduction à la bio-informatique
Semaine 2 - Module 2 : Les banques de données biologiques
Semaine 3 - Module 3 : Les techniques de séquençage et d'assemblage
Semaine 4 - Module 4 : Alignement de séquences et recherche dans les bases de données (1ière partie)
Semaine 5 - Module 5 : Alignement de séquences et recherche dans les bases de données (2ième
partie)
Semaine 6 - Module 6 : Banques de données d'organismes modèles et prédiction de motifs et fonctions
des protéines
Semaine 7 - Module 7 : Phylogénie (1ière partie)
Semaine 8 - EXAMEN mi-session
Semaine 9 - Semaine de lecture
Semaine 10 - Module 8 : Phylogénie (2ième partie)
Semaine 11 - Module 9 : Structure 3D des protéines
Semaine 12 - Module 10 : Prédiction de la structure des protéines
Semaine 13 - Module 11 : Introduction à la modélisation moléculaire
Semaine 14 - Module 12 : Arrimage moléculaire
Semaine 15 - EXAMEN FINAL
Note : Veuillez vous référer à la section Contenu et activités de votre site de cours pour de plus amples détails.
Évaluations et résultats
Consignes sur les examens
Lors des examens en salle, seul le matériel suivant sera autorisé :
• Calculatrice
• Crayons • Efface
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Si vous résidez à moins de 100 km de la ville de Québec, le ou les examens sous surveillance auront lieu sur le campus de l’
Université Laval. La personne assurant l’encadrement vous fournira les informations nécessaires prochainement.
Si vous résidez à plus de 100 km de la ville de Québec, vous devez remplir en ligne, dès le début de la session , un formulaire d’
inscription à l’examen à l’adresse suivante : http://www.distance.ulaval.ca/sgc/lieu_examen/.
Consignes sur les travaux
Chaque devoir sera accompagné de consignes détaillées auxquelles vous devrez vous conformer. Remarquez que ces
consignes peuvent varier d'un devoir à l'autre puisque des professeurs différents en sont responsables. Sauf indications
contraires, la transmission des devoirs devrait se faire par l'entremise de la boîte de dépôt du portail des cours. Il va de soi
que les devoirs doivent être faits de manière individuelle, à moins d'indications contraires.
Une pénalité unique de 10% de la pondération totale du devoir sera appliquée pour chaque devoir remis en retard.
Finalement, il est conseillé de NE PAS ATTENDRE À LA DERNIÈRE MINUTE pour réaliser les devoirs . En effet, les devoirs sont
composés d'exercices pratiques qui font appel à des outils informatiques. L'utilisation de ces outils peut comporter certains
problèmes reliés à la configuration matérielle ou logicielle particulières de certains utilisateurs. Des délais de quelques
heures à quelques jours sont parfois requis pour régler ces problèmes particuliers. Liste des évaluations
Sommatives
Titre
Date
Mode de travail
Évaluations en ligne (Somme des évaluations de ce regroupement)
Évaluation en ligne #1 (modules 4 et 5)
Du 15 oct. 2015 à 09h00
Pondération
13 %
Individuel
5%
Individuel
8%
au 16 oct. 2015 à 23h59
Évaluation en ligne #2 (module 6)
Du 20 oct. 2015 à 00h00
au 23 oct. 2015 à 23h59
Devoirs à transmettre via le portail des cours (Somme des évaluations de ce regroupement)
37 %
Devoir #1 (Modules 4 et 5)
Dû le 12 oct. 2015 à
23h59
Individuel
5%
Dû le 6 nov. 2015 à
23h59
Individuel
10 %
Dû le 23 nov. 2015 à
23h59
Individuel
10 %
Devoir #4 - (Modules 11 et 12)
Dû le 14 déc. 2015 à
23h59
En équipe
12 %
Évaluation en salle (Somme des évaluations de ce regroupement)
50 %
Examen mi-session
Le 24 oct. 2015 de
13h30 à 15h30
Individuel
20 %
Examen final
Le 12 déc. 2015 de
13h30 à 15h30
Individuel
30 %
Dates pour les examens de reprise autorisés: samedi 7 novembre en avant-midi pour l'examen de mi-session, et samedi 19
décembre en avant-midi pour l'examen final.
Informations détaillées sur les évaluations sommatives
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Évaluation en ligne #1 (modules 4 et 5)
Titre du questionnaire :
Module 4 - Alignement de séquences et recherche par similarité dans les banques de données
Période de disponibilité :
Du 15 oct. 2015 à 09h00 au 16 oct. 2015 à 23h59
Tentatives :
1 tentative permise
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
5%
Évaluation en ligne #2 (module 6)
Titre du questionnaire :
Module 6 - Banques de données d'organismes modèles et prédiction de motifs et fonctions des
protéines
Période de disponibilité :
Du 20 oct. 2015 à 00h00 au 23 oct. 2015 à 23h59
Tentatives :
1 tentative permise
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
8%
Date de remise :
12 oct. 2015 à 23h59
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
5%
Remise de l'évaluation :
Boîte de dépot
Directives de l'évaluation :
Il est conseillé de NE PAS ATTENDRE À LA DERNIÈRE MINUTE pour réaliser les devoirs!
En effet, les devoirs sont composés d'exercices pratiques qui font appel à des outils
informatiques. L'utilisation de ces outils peut comporter certains problèmes reliés à la
configuration matérielle ou logicielle particulières de certains utilisateurs. Des délais de quelques
heures à quelques jours sont parfois requis pour régler ces problèmes particuliers. Fichiers à consulter :
bif1901_devoir-1_module-4-5_2015.pdf (67,57 Ko, déposé le 26 août 2015)
Date de remise :
6 nov. 2015 à 23h59
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
10 %
Boîte de dépot
heures à quelques jours sont parfois requis pour régler ces problèmes particuliers.
Fichiers à consulter :
Instructions_devoir_2.pdf (111,26 Ko, déposé le 10 juil. 2015)
Date de remise :
23 nov. 2015 à 23h59
Mode de travail :
Individuel
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Mode de travail :
Individuel
Pondération :
10 %
Boîte de dépot
devoir_mod_9-10_2015.pdf (83,97 Ko, déposé le 6 nov. 2015)
Devoir #4 - (Modules 11 et 12)
Date de remise :
14 déc. 2015 à 23h59
Mode de travail :
En équipe
Pondération :
12 %
Boîte de dépot
Note: Étant donné la longueur du travail, il est préférable de se placer en équipe de deux.
Instructions - devoir4.pdf (489,13 Ko, déposé le 16 nov. 2015)
Assignation des codes PDB - devoir4 - 23nov2015.pdf (307,1 Ko, déposé le 23 nov. 2015)
Examen mi-session
Date et lieu :
Le 24 oct. 2015 de 13h30 à 15h30 , PLT-2700
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
20 %
Examen final
Date et lieu :
Le 12 déc. 2015 de 13h30 à 15h30 , PLT-2505
Mode de travail :
Individuel
Pondération :
30 %
Politique sur les évaluations
Politique de reprise d’une évaluation
Cette politique de reprise d’une évaluation s’applique aux cours sous la responsabilité du Département de biochimie, de
microbiologie et de bio‐informatique de l’Université Laval, conformément à l’article 270 du Règlement des études de l’
Université Laval. Motifs d’absence jugés sérieux
Les motifs suivants sont jugés sérieux et donc acceptables pour demander une reprise d’évaluation :
• Maladie ou accident empêchant de se déplacer
• Hospitalisation
• Maladie ou décès d’un proche
• Participation à une activité sportive de haute performance
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• Participation à une activité sportive de haute performance
D’autres motifs peuvent être jugés sérieux à condition de démontrer aussitôt que possible et sans ambiguïté que cela a
empêché la présence à l’évaluation.
Procédure à suivre
Aussitôt qu’il est en état de le faire , l’étudiant qui veut se prévaloir d’une reprise d’évaluation doit respecter la procédure
suivante :
• Imprimer et remplir le formulaire «Demande de reprise d’une évaluation » disponible sur le site Internet du Département de
biochimie, de microbiologie et de bioinformatique.
• Déposer le formulaire (obligatoire) et les pièces justificatives (voir cidessous) à la conseillère à la gestion des études de la Faculté des
sciences et de génie.
• Se présenter, s’il est convoqué, pour un complément d’information.
Dans le cas d’une maladie, la pièce justificative est un certificat médical (billet de médecin) mentionnant explicitement que l’
étudiant était dans l’incapacité de compléter l’évaluation au moment où l’évaluation se déroulait. Les certificats mentionnant
uniquement que l’étudiant s’est présenté à l’urgence ou à la clinique médicale à une heure et date précise ne seront pas
acceptés. Le certificat doit être accompagné des coordonnées complètes du médecin afin que ce dernier puisse être rejoint
au besoin.
Dans le cas d’un décès dans l’entourage de l’étudiant, décès qui empêchera ou qui a empêché l’étudiant d’assister à une
évaluation/examen, les pièces justificatives sont :
• Une preuve du décès de la personne identifiant la personne décédée, le jour et le lieu du décès (copie du certificat de décès, avis
dans un journal, lettre d’une tierce personne avec les coordonnées de cette personne, etc.);
• et au besoin, une lettre d’une tierce personne (avec sa signature, la date, son adresse, ses numéros de téléphone) qui atteste du lien
entre l’étudiant et la personne décédée.
Dans le cas d’un évènement sportif de haute performance , aussitôt que la date de l’évènement est connue, l’étudiant doit fournir
la pièce justificative qui est une lettre de l’entraîneur (avec son nom, sa signature, son adresse et ses numéros de téléphone
) mentionnant la nature, la durée et le moment où a lieu l’activité et la raison pour laquelle l’étudiant n’a pas pu se soustraire
à cette activité.
Dans les autres cas, les pièces justificatives doivent expliquer clairement pourquoi l’étudiant n’a pas pu être présent lors de l’
évaluation (période, nature et raison de l’empêchement). Ces pièces doivent être délivrées par un professionnel ou, à la
rigueur, par un témoin clairement identifié.
Toutes les pièces justificatives doivent être datées, signées et identifiées (nom, prénom, coordonnées).
À noter que, à moins de circonstances exceptionnelles, aucune absence due à un travail (même rémunéré), à des voyages (
d’affaires ou personnels), à l’achat (prématuré) de billets d’avion ou à des conflits d’horaire ne sera considérée valide. Il est
donc important de bien prendre connaissance des dates d’examens dans les plans de cours qui sont distribués en début de
session.
Prise de décision
La décision d’accepter ou de refuser un motif de reprise d’évaluation revient à la conseillère à la gestion des études. La
conseillère prendra sa décision après avoir pris connaissance des documents déposés par l’étudiant. Au besoin, elle pourra
demander à rencontrer l’étudiant.
Si la procédure pour se prévaloir d’une reprise d’évaluation n’a pas été respectée (délai de réaction abusif, formulaire non
rempli ou pièces justificatives manquantes) ou si les pièces justificatives déposées ne sont pas jugées valides, la demande
sera rejetée a priori et l’étudiant se verra attribuer une note de 0 à l’évaluation.
Si la procédure a été respectée (réaction sans délai, formulaire dûment rempli et pièces justificatives valides), la demande
sera acceptée a priori.
Le professeur responsable du cours ou le chargé de cours conviendra avec l’étudiant de la date et l’heure pour les reprises d
’évaluation.
Échelle des cotes
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Cote
% minimum
% maximum
Cote
% minimum
% maximum
A+
90
100
C+
66
69,99
A
86
89,99
C
62
65,99
A-
82
85,99
C-
58
61,99
B+
78
81,99
D+
54
57,99
B
74
77,99
D
50
53,99
B-
70
73,99
E
0
49,99
Politique sur l'utilisation d'appareils électroniques
La politique sur l'utilisation d'appareils électroniques de la Faculté des sciences et de génie peut être consultée à l'adresse : http://www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg/documents/PDF/Calculatrices-autorisees-FSG.pdf .
Politique sur le plagiat et la fraude académique
Règles disciplinaires
Tout étudiant qui commet une infraction au Règlement disciplinaire à l'intention des étudiants de l'Université Laval dans le
cadre du présent cours, notamment en matière de plagiat, est passible des sanctions qui sont prévues dans ce règlement. Il
est très important pour tout étudiant de prendre connaissance des articles 28 à 32 du Règlement disciplinaire. Celui-ci peut
être consulté à l'adresse suivante:
http://www.ulaval.ca/sg/reg/Reglements/Reglement_disciplinaire.pdf
Plagiat
Tout étudiant est tenu de respecter les règles relatives au plagiat. Constitue notamment du plagiat le fait de:
i. copier textuellement un ou plusieurs passages provenant d'un ouvrage sous format papier ou électronique sans mettre ces
passages entre guillemets et sans en mentionner la source;
ii. résumer l'idée originale d'un auteur en l'exprimant dans ses propres mots (paraphraser) sans en mentionner la source;
iii. traduire partiellement ou totalement un texte sans en mentionner la provenance;
iv. remettre un travail copié d'un autre étudiant (avec ou sans l'accord de cet autre étudiant);
v. remettre un travail téléchargé d'un site d'achat ou d'échange de travaux scolaires.
L'Université Laval étant abonnée à un service de détection de plagiat, il est possible que l'enseignant soumette vos travaux
pour analyse.
Étudiants ayant un handicap, un trouble d’apprentissage ou un trouble mental
Les étudiants qui ont une lettre d'Attestation d'accommodations scolaires obtenue auprès d'un conseiller du secteur Accueil
et soutien aux étudiants en situation de handicap (ACSESH) doivent impérativement se conformer à la politique
d'Accommodations scolaires aux examens de la Faculté des sciences et de génie qui peut être consultée à l'adresse : http://
www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg/documents/PDF/Politique-Facultaire-Accommodements.pdf
Matériel didactique
Matériel obligatoire
Essential bioinformatics ( xi, [8] p. tome)
Auteur : Xiong, Jin
Page 11 de 13
Éditeur : Cambridge University Press ( CambridgeNew York , 2006 )
ISBN : 9780521600828
Logiciels
Pour suivre ce cours, vous aurez aussi besoin d'une calculatrice. Les modèles de calculatrices autorisées sont indiqués dans
la Politique sur l’utilisation d’appareils électroniques pendant une séance d’évaluation (https://www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg
/documents/PDF/appareils_electro.pdf).
Pour pouvoir suivre ce cours, vous devrez disposer ou avoir facilement accès au matériel suivant :
• Ordinateur muni des applications requises pour la navigation sur le web
• Connexion Internet (vitesse intermédiaire minimum, haute vitesse recommandé)
• Haut-parleurs ou casque d'écoute
La grande majoirité des programmes informatiques sont déjà installés sur le serveur du cours. Vous devrez toutefois installer
les logiciels (gratuits) suivants :
Connexion à distance au serveur du cours
• Nomachine (http://www.nomachine.com/download.php)
• FileZilla client (https://filezilla-project.org/download.php?show_all=1).
Module 9 et 10 : Structure 3D des protéines
• PyMOL ( http://pymol.org )
• Foldit ( http://fold.it )
• Folding@Home ( http://folding.stanford.edu/English/Download )
Spécifications technologiques
Pour suivre ce cours, vous aurez aussi besoin d'une calculatrice. Les modèles de calculatrices autorisées sont indiqués dans
la Politique sur l’utilisation d’appareils électroniques pendant une séance d’évaluation (https://www.fsg.ulaval.ca/fileadmin/fsg
/documents/PDF/appareils_electro.pdf).
Vous devrez également disposer ou avoir facilement accès au matériel suivant :
• Ordinateur muni des applications requises pour la navigation sur le web.
• Connexion Internet (vitesse intermédiaire minimum, haute vitesse recommandé).
• Haut-parleurs ou casque d'écoute.
Médiagraphie et annexes
Bibliographie
• Claverie, J. M. et C. Notredame. 2007. Bioinformatics for dummies. 2nd Edition. Édité par Wiley Publishing, Inc. ISBN :
9780470089859
• Edwards, D., Stajich, J. E. et D. Hansen. 2009. Bioinformatics : tools and applications. Édité par Springer. ISBN : 0387927379
• J. Pevsner. 2003. Bioinformatics and Functionnal Genomics. 1st Edition. Édité par John Wiley & Sons, Inc. ISBN : 0471210048
• Rodríguez-Ezpeleta, N., Hackenberg, M. et A. Aransay. 2012. Bioinformatics for high throughput sequencing. Édité par Springer.
ISBN : 9781461407812
• J. Xiong. 2006. Essential Bioinformatics. Édité par Cambridge University Press. ISBN : 9780521600828
• Zvelebil, M. et J. O. Baum. 2008. Understanding Bioinformatics. Édité par Garland Science, Taylor & Francis Group, LLC. ISBN :
9780815340249
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BIF-1901 : Introduction à la bio-informatique et à ses outils

Transcription

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