Graph Pad: des graphiques faciles et informatifs

Graph Pad:
des graphiques faciles
et informatifs
24/11/2006
graphpad
1
Choisir le type de graphique
Influence de
divers inhibiteurs
sur la capture
Graphe en barres :
variables dyscontinues
Graphe XY:
variables continues
Influence du
temps ou de la
conc. sur l’activité
24/11/2006
graphpad
2
Choisir le format des données
Moyenne et SD
(copy-paste depuis excel)
24/11/2006
Valeurs individuelles
graphpad
3
Remplir la feuille de données
Nommer
• la feuille
• les colonnes
control cells
900
800
WT
RS
700
600
500
400
300
Graphe automatique !
200
100
0
CIP
24/11/2006
graphpad
LVX
GRN
MXF
4
Améliorer le graphique …
24/11/2006
graphpad
5
Améliorer le graphique …
Graphe
• carré, 8x 8 cm / 5 x 5 cm
• plain frame
• tickness of axes 2
Pour les axes:
• standard ou log
• choisir l’échelle et l’intervalle
• font : 14 pour l’échelle; 16 pour le titre de l’axe
11 pour l’échelle; 12 pour le titre de l’axe
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graphpad
6
Améliorer le graphique …
control cells
1000
WT
RS
750
500
250
0
24/11/2006
CIP
LVX
graphpad
GRN
MXF
7
Améliorer le graphique …
24/11/2006
graphpad
8
Améliorer le graphique …
choisir l’apparence
et la couleur
des barres
choisir (ou non)
d’indiquer
la légende
24/11/2006
graphpad
9
Améliorer le graphique …
Cliquer sur le texte
pour indiquer
le titre exact de l’axe
24/11/2006
graphpad
10
Améliorer le graphique …
cellular concentration
(ng/mg prot)
control cells
1000
750
500
250
0
24/11/2006
WT
RS
CIP
LVX
graphpad
GRN
MXF
11
Faire d’autres graphes identiques …
Crée un nouveau tableau de données et un graphique identique au précédent,
Il suffit de
• renommer la nouvelle feuille
• changer les valeurs dans le tableau
pour obtenir un nouveau graphe exactement semblable au premier …
24/11/2006
graphpad
12
Faire d’autres graphes identiques …
Idéal pour préparer des figures à panneaux multiples ….
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graphpad
13
Faire d’autres graphes identiques …
Activer l’axe de droite pour le panneau de droite
Désactiver l’axe de gauche
24/11/2006
graphpad
14
Faire d’autres graphes identiques …
Plotter les données sur l’axe de droite
ATP-depleted cells
WT
RS
1000
750
500
250
CIP
24/11/2006
graphpad
LVX
GRN
MXF
0
15
Faire une page à graphiques multiples
New layout
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graphpad
16
Faire d’autres graphes identiques …
24/11/2006
graphpad
17
Faire un graphe x-y
moxi
2
extra
intra
1
-3
-2
-1
-1
1
2
3
4
log conc
-2
-3
Graphe automatique !
-4
-5
-6
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graphpad
18
Postionner les axes correctement
moxi
2
1
0
Définir
l’intersection
des axes
-1
extra
intra
-2
-3
-4
-5
-6
-3
-2
-1
0
1
2
3
4
log conc
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graphpad
19
Ajuster les symboles
Taille 5 (min) / 6 (graphe 8x8) – 4 / 5 (graphe 5 x 5)
moxi
2
1
0
-1
extra
intra
-2
-3
-4
-5
-6
-3
24/11/2006
graphpad
-2
-1
0
1
log conc
2
3
4
20
Ajouter les lignes
En cliquant sur « all »,
la ligne liant les points
s’ajoute
à toutes les séries de données
moxi
2
1
0
-1
extra
intra
-2
-3
-4
-5
-6
-3
-2
-1
0
1
2
3
4
log conc
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graphpad
21
Ajuster les symboles
moxi
2
1
0
Si vous choisissez des symboles blancs,
préférez un remplissage blanc
plutôt qu’un symbole vide
-1
extra
intra
-2
-3
-4
-5
-6
-3
-2
-1
0
1
2
3
4
log conc
moxi
2
1
0
-1
extra
intra
-2
-3
-4
-5
-6
-3
-2
-1
0
1
2
3
4
log conc
24/11/2006
graphpad
22
Mais peut-être préférez-vous
une relation mathématique ?
moxi
Δ log CFU from time 0
2
1
0
extra
intra
-1
-2
-3
-4
-5
-2
-1
0
1
2
3
log conc (X MIC)
24/11/2006
graphpad
23
Mais peut-être préférez-vous
une relation mathématique ?
Choisir le type d’équation
qui correspond
à vos données
24/11/2006
graphpad
24
Mais peut-être préférez-vous
une relation mathématique ?
« Results » vous donne
• l’équation utilisée
• les paramètres calculés
• les points dessinant la courbe
24/11/2006
graphpad
25
Améliorer encore le graphe …
moxi
2
1
0
extra
intra
-1
-2
-3
-4
-5
-2
-1
0
1
2
3
Mettre d’abord
les données
qui doivent figurer
à l’arrière plan
log conc (X MIC)
24/11/2006
Δ log CFU from time 0
Δ log CFU from time 0
2
moxi
1
0
intra
extra
-1
-2
-3
-4
-5
-2
-1
0
1
2
3
log conc (X MIC)
graphpad
26
Améliorer encore le graphe …
gentamicin
3
7.4
5.4
2
1
Décaler les symboles
qui se superposent
0
-1
-2
7.4
5.4
2
1
0
-1
-2
-3
24/11/2006
Δ log CFU (24h - 0h)
Δ log CFU (24h - 0h)
3
gentamicin
-2
-1
0
1
2
3
log concentration (X MIC)
-3
graphpad
-2
-1
0
1
2
3
log concentration (X MIC)
27
Et un graphe à double échelle ? …
80
activity
toxicity
30
60
20
40
10
20
0
Response (activity)
Response (toxicity)
40
0
-3
-2
-1
0
1
2
3
log extr. concentration (mg/L)
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graphpad
28
Et un graphe à double échelle ? …
Pour chaque donnée,
indiquez sur quel axe
elle est plottée
24/11/2006
Ajustez les échelles de vos axes
pour que les données
se superposent …
graphpad
29
Couper l’axe ?
cellular/extracellular
concentration ratio
400
300
200
100
0
0
5
10
20
25
time (h)
24/11/2006
graphpad
30
Couper l’axe ?
Pour chaque segment,
Choisir l’échelle et la proportion que la partie d’échelle occupe sur le graphique
24/11/2006
graphpad
31
Pas si difficile de faire des beaux graphiques …
S
24/11/2006
l
e
uit
m
e
as
r
p
e
n
i
a
h
c
o
:
e
ain
r
i
a
f
e
c
e
graphpad
s
e
g
ta
n
mo
n
e
s
p
o
h
s
t
n
i
pa
32