Énoncé du TP #3 : Échéance : 20 décembre 2011

Énoncé du TP #3 :
Échéance : 20 décembre 2011
Ce TP est à réaliser seul. Vous pouvez bien sur vous entraider et discuter des algorithmes que vous
utilisez mais attention, l'entraide s'arrête là où commence la copie de code (=fraude)...
Le but de ce travail pratique est de réaliser un programme qui encapsule de programme d’inférence
phylogénétique PhyML à partir d’un alignement de séquences biologiques. Encapsuler signifie que le
programme java va faire la gestion et la vérification des données avant de lancer l’exécution de PhyML.
Votre programme devra saisir sur la ligne de commande le nom du fichier contenant les séquences à
traiter ainsi que les différentes options et il fournira en sortie les fichiers résultats.
Exemple :
>java tp3 –i input.phy –d nt –m JC69
Vous trouverez des détails sur les différentes options de PhyML ainsi que les noms de fichiers produits en
sortie à la page web suivante :
http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/usersguide.php?type=command
Votre programme doit valider tous les paramètres avant d’exécuter le programme PhyML en interne. Par
exemple, l’option "-d" qui permet de spécifier le type de séquences, ne peut être suivie que de "nt"
(nucléotide) ou "aa" (acides aminés)
Afin de bien réaliser votre TP, vous devez bien analyser les différents points suivants :
-
Le format du fichier en entrée
Les paramètres du programme PhyML
Les fichiers en sortie
L’exécution d’un programme externe en Java
Le document suivant vous donne quelques pistes sur l’exécution de programmes externes (qui sera
néanmoins vu durant la prochaine séance) depuis java :
http://ydisanto.developpez.com/tutoriels/java/runtime-exec/#LII
Conseil de programmation : Avant de traiter les paramètres de la ligne de commandes, assurez-vous de
pouvoir exécuter le programme PhyML depuis un programme java en y mettant vous même des
paramètres.
Inf7212 – Automne 2011
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Travail Pratique #3
Évaluation :
Vous n’aurez pas de document d’analyse à fournir en raison du cours délais pour la réalisation de ce
travail pratique. Cependant, je vous recommande de prendre le temps d’analyser le problème avant de
commencer à coder
Vous serez évalués selon les critères suivants :
- Gestion des paramètres (lecture et validation)
- Qualité de programmation (style, auto documentation, efficacité)
- Exactitude des résultats (est ce que ca fonctionne comme ça le devrait)
: 30%
: 30 %
: 40%
À remettre :
Par courrier électronique (le 20 décembre avant minuit) à l’adresse [email protected], une archive dont
le nom aura le format suivant : nom_prenom_tp3.zip et qui doit contenir votre code source.
Si vous avez des questions n’hésitez pas à me les poser le plus rapidement possible. Il vous sera compté
10 points par jour de retard. Bonne chance !!
Inf7212 – Automne 2011
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Travail Pratique #3