CHIMIE ORGANIQUE PCEM1 Isomérie-Stéréoisomérie des édifices

Transcription

1)
Représentation des molécules organiques : hybridation, orbitales, liaisons
2)
Chiralité. Isoméries. Stéréochimie, Analyse conformationelle
3)
Les effets électroniques. Mésoméries. Formalisme d’écriture des mécanismes.
4)
Chimie organique fonctionnelle: Les alcools
5)
Chimie organique fonctionnelle: Les dérivés halogénés.
6)
Chimie organique fonctionnelle: Les dérivés carbonylés
CHIMIE ORGANIQUE PCEM1
Représentation des édifices moléculaires
La chimie organique est la chimie du carbone (inclut la biochimie).
Les différents états d’hybridation du carbone sont rappelés ci-après.
Sp3
tétraédrique
Angle entre les orbitales = 109,5
˚
CH4
1
Sp3
Nombre d ’atomes liés + le nombre de doublets libres = 4
NH3, CH4, OH2, CH3OH, (CH3)3N,
CH3CH2OH, CH3CH2OCH2CH3…………
H
H
H
H
C
N
H
H
ou
N
H
Notation de Lewis:
H
H
H
H
O
ou
O
H
H
H
Nombre
d ’atomes liés = 3
Sp2
Angle entre les orbitales hybrides = 120 ˚
Planaire
H
H
C
Construction de la molécule d’éthylène
H
C
H
2
H
 H
 C C
  
H
H
Nombre d ’atomes liés = 2
Angle entre les orbitales hybrides = 180˚
Linéaire
Construction de la molécule d’acéthylène
H
C C H
3

H C C H

Les formules planes:
Toutes les liaisons entre les différents atomes sont précisées,
sans donner aucune indication de
Structure tridimensionelle
H
H
C
C
H
C
C
C
H
C
H
H
Benzène: tous les atomes
de carbone sont hybridés sp2
H
HH
H
C
H C
C H
H C
C H
H C H
H H
Cyclohexane: tous les atomes
H HH H H O
H
C
C
C
H
C
C
H
H H H H
Butan-1-ol: oxygène et carbone sp3
H H
H H C C H
C C
O H
H
H
But-3-ène-1-ol: 2 carbones sp3 et deux sp2
4
Les formules simplifiées:
Toutes les liaisons C-H ne sont pas figurées. Les symboles des atomes de carbone
Ne sont pas figurés:
H
H
C
H
C
C
C
H
H
Benzène: tous les atomes
C
C
H
H HH H H O
H
C
C
C
C
C
H
H H H H
H
OH
Butan-1-ol: oxygène et carbone sp3
H
HH
H
C
H C
C H
H C
C H
H C H
H H
H H
H H C C H
C C
O H
H
H
Cyclohexane: tous les atomes
OH
But-3-ène-1-ol: 2 carbones sp3 et deux sp2
On utilisera le plus souvent
cette représentation
Afin d’alléger encore la représentation des molécules, on symbolise
certains groupes d’atomes, ou groupe fonctionnel par les abréviations suivantes:
GROUPES ALKYLES
Nom des alcanes
n
Nom
Formule
n
Nom
Form
ule
1
2
Méthane
CH4
12
Dodécane
C12H26
Ethane
C2H6
13
Tridécane
C13H28
3
Propane
C3H8
14
Tétradécane
C14H30
4
Butane
C4H10
15
Pentadécane
C15H32
5
Pentane
C5H12
16
Hexadécane
C16H34
6
Hexane
C6H14
17
Heptadécane
C17H36
7
Heptane
C7H16
18
Octadécane
C18H38
8
Octane
C8H18
19
Nonadécane
C19H40
9
Nonane
C9H20
20
Eicosane
C20H42
10
Décane
C10H22
30
Triacontane
C30H62
11
Undécane
C11H24
40
Tétracontane
C40H82
CH3
CH2CH3
CH2CH2CH3
CH2CH2CH2CH3
CH2CH2CH2CH2CH3
-Me
-Et
-n-Pr
-n-Bu
-n-Pent
i-Pro (iso-prpyle)
t-Bu (tert-butyle)
sec-Bu (sec-butyle)
i-Bu (iso-butyle)
Phényle:
: -Ph
5
Alors…..
i-Bu
Ph
Me
Comment préciser maintenant par un symbolisme dessiné dans le plan la structure tridimensionelle
De la molécule organique ?
En premier lieu, il faut savoir rapidement et sûrement repérer la géométrie des atomes qui constitutent
la molécule grâce à leur état d’hybridation.
Pour imaginer la structure spatiale des molécules, il faut savoir repérer vite états d’hybridation des atomes
Cl
Les atomes d'halogènes
ont une valence de 1.
Cl
CCl3
DDT
O
sp3: Tétrahèdre
sp2: Plan
sp: Linéaire
cis-Jasmone
N
N
Nicotine
6
Du plan à l’espace
Isomérie-Stéréoisomérie des édifices moléculaires
Représentation des molécules dans l’espace:
Procédé du coin volant (Cram)
CH4: Méthane
H
H
C
H
H
: Liaison à l'avant
: Liaison à l'arrière
: Liaison dans le plan
C2H6: Ethane
H
H
C C H
H
H
H
Pour une longue chaîne carbonée:
La chaîne carbonée se dispose en zig-zag
dans le plan. Les substituants sont disposés
de part et d’autre du plan.
Attention !
Représentation incorrecte: les deux liaisons dans le plan
ne se suivent pas.
Pour une molécule cyclique:
HH
H
H
H
H
HH
H
H
CH3
CH3
Me
Me
Me
Me
ou
On précise ainsi la configuration
relative des deux méthyles.
7
Quelques molécules en Cram pour les futurs médecins…..
TAXOL
AcO
O
OH
O
Ph
O
Ph
N
H
O
H
HO
O
OH
Ph =
OAc =
O
OBz AcO
OBz =
CH3
O
O
Ph
O
Ibuprofen
CH3
O
H
CH3
H
O
H
Cholestérol
HO
! "mauvaise" représentation,
mais tolérée dans les cycles
N
N
OH
H
N
N
HN
O
O
OH
Indinavir (anti HIV)
8
La représentation de Newman.
Elle est utilisée pour
montrer la disposition relative des liaisons formées par
deux atomes adjacents
Axe de visée
Représentation de Newman
éclipsée
Représentation de Newman
décalée
Br
La liaison carbone carbone en rouge est un axe de rotation
Ph
D Cl
Représentation de Cram
La représentation de Fischer
•la chaîne carbonée est dessinée verticalement ;
•l'atome de carbone qui porte le numéro le plus petit
(c’est celui qui a le degré d’oxydation le plus élevé)
(porteur de la fonction aldéhyde dans le cas d'un sucre) est placé en haut ;
•les groupes sur l'horizontale pointent vers l'avant de la feuille de papier.
9
Chiralité
Un objet chiral, en particulier une
entité moléculaire chirale, n'est
pas superposable à son image
dans un miroir plan. C'est le cas
de chacune des coquilles
d'escargots représentées cidessous.
Le nom chiralité vient du grec ceir,
qui signifie « main ». La main gauche
n’est pas superposable à la main droite,
ce sont des objets chiraux.
Cherchez les objets chiraux:
Une chaussure, une voiture, une cuillère, une montre,
un tire-bouchon, un fauteuil, une mouche…..
Coquillage dextre (la coquille s’enroule vers la droite)
Le senestre est très rare (1/10000) pour l’escargot de Bourgogne,
Soit une chance sur 833 dans un lot de 12…..
Un objet chiral ne posséde ni plan, ni centre de symétrie.
Si un atome de carbone possède 4 substituants différents (carbone hybridé sp 3),
Alors la molécule résultante est un objet chiral. Elle n’est pas
superposable à son image dans un miroir. Le carbone qui porte les 4 substituants
différents est un « carbone asymétrique ».
L’alanine, par exemple, est une molécule (acide aminé) chirale:
La forme de gauche n’est pas superposable à son image dans un miroir
La représentation I et son image dans un miroir II sont appelés des énantiomères
10
Attention: La présence d’un carbone asymétrique dans un molécule ne rend
pas nécessairement la molécule chirale:
H
H3 C
N
CH3
H
CH3
2,4-Diméthyl pyrrolidine
HOOC
HOOC
H
OH
OH
H
Acide tartrique méso
Ces deux composés ne
sont pas chiraux, malgré la
présence de 2 carbones
asymétriques, car ils possèdent
un plan de symétrie.
En revanche, certaines molécules peuvent être chirales,
sans posséder de carbone asymétrique:
En conclusion, la chiralité est une propriété globale de la molécule, il ne faut pas
Se focaliser sur la présence ou l’absence de carbone asymétrique,
même si la présence de ces derniers rend très souvent la molécule chirale.
11
Comment repérer les carbones asymétriques d’une molécule
et représenter son énantiomère ?
N
N
OH
H
N
N
OH
2) Pour représenter l’énantiomère
de la molécule, il faut inverser tous
les carbones asymétriques.
O
O
HN
1) Repérer tous les carbones
hybridés sp3 ayant 4 substituants
différents. Ce sont les carbones asymétriques
de la molécule
Enantiomères
N
N
OH
H
N
N
HN
OH
3) Inverser un carbone asymétrique revient à représenter l’image
dans un miroir du centre asymétrique. Pour cela, il suffit de
faire passer une liaison pleine de la représentation
de Cram en liaison hachurée, et inversement.
Lorsque tous les centres asymétriques ont été « inversés », on a
Représenté l’image dans un miroir de la molécule, c’est-à-dire son
ENANTIOMERE
O
O
THC
Application
CH3
O
O
CH3
CH3
O
1 carbone asymétrique
Ibuprofen
HOOC
NH2 H
N
O
Aspartame
CH3
O
COOMe
HOOC
i
2 carbones asymétriques
i
NH2 H
N
Penicilline
COOMe
O
Aspartame
2 carbones asymétriques
LSD
Identiques
H2N
NH2
H2N
NH2
C 60
12
Comment nommer (et donc distinguer) deux énantiomères ?
La configuration absolue d’un carbone asymétrique : les
régles CIP (Cahn-Ingold-Prélog)
Dans ce système, les quatre substituants du carbone
OH
asymétrique doivent être classés par ordre de priorité.
H
COOH
Pour cela, il faut appliquer trois règles.
CH3
Règle 1 : On regarde les 4 atomes directement liés au
carbone asymétrique. L’atome prioritaire est celui qui a le plus
grand numéro atomique (Z).
Règle 2 : Si une décision ne peut être prise avec cette
première règle, on compare les numéros atomiques des
deuxièmes atomes sur chaque substituant et on continue si
nécessaire jusqu’au troisième ou quatrième atome, jusqu'à ce
qu’une différence apparaisse, en suivant le "chemin" du plus
grand numéro atomique
Règle 3 : Les atomes doublement ou triplement liés à un
atome donné sont considérés comme liés par deux ou trois
liaisons simples à ce même atome.
L’ordre de priorité étant défini, le modèle est arrangé de telle
façon que le substituant avec la priorité la plus basse (N° 4) se
trouve vers l’arrière, les trois autres substituants N°1, 2, 3
formant un “ parapluie ” tourné vers l’observateur. Si, pour
superposer le substituant 2 au substituant 3, il faut tourner le
“ parapluie ” vers la droite, le carbone asymétrique est de
configuration R (rectus). Si, au contraire, on tourne vers la
gauche, la configuration absolue est S (sinister).
Exemple : l’acide (-)-lactique : l’énantiomère naturel.
Priorités:
4: H
O
3: CH3
2: COOH: équivalent (règle 3) à: C
O
O H
1: OH
1
HO
2
COOH
C
CH3
:R
3
Pourquoi est-il important de bien distinguer les énantiomères
et de savoir préparer sélectivement
par synthèse un énantiomére donné ?
Ce qui va distinguer deux énantiomères d’une molécule:
Le pouvoir rotatoire
La solution d’un énantiomère dévie la lumière polarisée d’un angle a
La solution de l’autre énantiomère, à la même température et à la même
concentration dévie la lumière polarisée d’un angle –a.
Le pouvoir rotatoire spécifique
C’est une propriété physique
13
OH
OH
(1R,2S,5R)-(-)-Menthol
(1S,2R,5S)-(+)-Menthol
[a]D20 : -50 (c = 10, EtOH)
[a]D20 : +50 (c = 10, EtOH)
Le mélange à part égales de deux énantiomères est appelé un racémique.
Il n’a aucun pouvoir sur la lumière polarisée
En revanche deux énantiomères vont avoir exactement les mêmes propriétés chimique
Il est donc très difficile pour le chimiste de les distinguer, ou
bien d’en préparer un sélectivement (synthèse asymétrique, synthèse énantiosélective).
Ex. de propriétés chimiques: point de fusion pour les solides, d’ébullition pour les liquides,
Caractéristiques spectroscopiques: spectre de résonance magnétique nucléaire, infra-rouge ou
ultra-violet: Les outils d’analyse classique du chimiste organicien ne permettent pas
De distinguer les deux énantiomères d’une molécule.
Par contre, deux énantiomères d’une molécule n’ont pas les mêmes propriétés physiologiques:
- Gout
-Odeur
-Action en tant que médicament
-Insecticide…….
Pour la bonne serrure (système biologique chiral: enzyme), il faut la bonne clef (le bon énantiomère).
14
adenylosuccinate synthetase (enzyme) avec son substrat modélisé dans le site actif
Goût:
NH2 H
HOOC
N
COOMe
Aspartame (édulcorant).
Son énantiomère à un goût amer.
Herbicide:
O
O
Odeur:
N
COO
O
Me
Me
Butylfluazilop. Son énantiomère est inactif.
Me
Limonène. Cet énantiomère à une odeur de citron. L'autre à une odeur
d'orange.
Me
Médicaments:
Thalidomide. Elle était prescrite aux femmes enceintes dans
les années 60 et administrée sous forme de racémique. Son
énantiomère est thératogène (responsable de malformations
congénitales). Ce cas fait prendre conscience à l'industrie
pharmaceutique de l'importance de l'utilisation de molécules
énantiomériquement pures.
O
O
N
O
O
N
O
H
Me
HO
H
N
H
N
OH
Ethambutol: molécule chirale à axe de symétrie C2. C'est un
tuberculostatique. Son énantiomère rend aveugle.
Me
15
Définitions
Chiralité : Un objet est chiral (main , coquillage, molécule organique), si il n’est pas superposable à
son image dans un miroir. Un objet chiral ne possède ni plan, ni centre de symétrie.
Enantiomères : Une molécule chirale et son image dans un miroir sont énantiomères. Deux
molécules énantiomères ont les mêmes propriétés chimiques (comme le point d’ébullition ou de
fusion), elles diffèrent par leur pouvoir rotatoire, qui est une propriété physique. Deux molécules
énantiomères peuvent avoir des propriétés physiologiques (goût, odeur, action en temps que
médicament) différentes.
Carbone asymétrique : Carbone portant quatre substituants différents.
Configuration absolue : R (rectus) ou S (sinister). Distingue les deux énantiomères d’un carbone
asymétrique. (voir les règles CIP)
Racémique : Mélange 50/50 de deux énantiomères d’une molécule. Son pouvoir rotatoire est nul.
Diastéréoisomère : Deux molécules diastéréoisomères diffèrent par la configuration absolue d’un
ou plusieurs carbone asymétrique. Si tous les carbones asymétriques de la molécule ont leur
configuration absolue changée, on obtient son énantiomère, c’est à dire son image dans un miroir.
Deux molécules diastéréoisomères n’ont pas les mêmes propriétés chimiques. Ce sont des
composés différents.
Dédoublement : Séparation d’un mélange racémique en deux énantiomères purs.
Enzyme : Catalyseur biologique. Les enzymes sont des protéines qui catalysent des réactions
biochimiques spécifiques.
II. Isomérie de constitution :
Ces isomères présentent la même formule brute, mais pas la même fonction chimique
OH
O
I. Isomérie de position :
Les isomères de position différent uniquement par la localisation d’un groupe d’atomes
ou d’une fonction au sein de la molécule
OH
OH
16
II. Stéréoisomérie :
Les stéréoisomères ne diffèrent que par l’arrangement tridimensionnel des atomes.
On distingue  La diastéréoisomérie
OH
Seule la configuration absolue
d’un centre asymétrique
a changé. Ces composés
sont des diastéréoisomères
OH
Diastéréoisomère : Deux molécules diastéréoisomères diffèrent par la configuration absolue
d’un ou plusieurs carbone asymétrique.
Si tous les carbones asymétriques de la molécule ont leur configuration absolue changée,
on obtient son énantiomère,
c’est à dire son image dans un miroir. Deux molécules diastéréoisomères n’ont pas
les mêmes propriétés chimiques. Ce sont des composés différents.
La diastéréoisomérie peut également intervenir dans les alcènes. En effet à cause de l’empêchement
à la libre rotation (liaison =recouvrement latéral de deux orbitales pz), les doubles liaisons di-outrisubstituées
vont pouvoir avoir deux arrangements distincts dans l’espace. On parle alors de configuration de la
double liaison.
Me
Me
H
Me
(Cis)
(Trans)
H
H
Me
(Z)-But-2-éne
(E)-But-2-éne
1 Me
2
H
Me
H
1
Me 2
(Z)-3-Methyl-pent-2-ène
1
2
Me
H
Me 2
Me 1
(E)-3-Methyl-pent-2-ène
La nomenclature Z (vient de l’allemand zusammen: ensemble) et E (entgegen: opposé)
permet de préciser la disposition des substituants de part et d’autre de la double liaison.
Pour déterminer la configuration de l’alcène, on numérote par ordre de priorité 1 puis 2 les substituants
sur chacun ades carbones. Si les deuc substituants prioritaires (1) sont du même côté, on a la configuration
Z, si ils sont opposés, c’est la E.
17
L’énantiomérie, c’est la forme la plus discrète d’isomérie car les deux énantiomères ont les mêmes
propriétés chimiques.
OH
OH
(1S,2R,5S)-(+)-Menthol
[a]D20 : -50 (c = 10, EtOH)
[a]D20 : +50 (c = 10, EtOH)
18
analyse conformationelle
Le cyclohexane
Une forme chaise peut donner une autre forme chaise dans une inversion
de conformation qui se produit suite à la rotation des substituant
autour des liaisons C-C du cycle. Pour le cyclohexane, la constante de
vitesse d'inversion (1° ordre) est de 104 à 105 s-1 à 300K.
L'enthalpie d'activation est 10,8 kcal.mol -1.
L'état de transition serait selon le calcul une forme demi-twist .
19
Intermède…..
Dessiner un cyclohexane dans l’espace: un art à maîtriser !
L’introduction d’un substitutant sur le cyclohexane ne vas pas sensiblement modifier
la vitesse d’interconversion. En revanche, cet équilibre sera déplacé
vers le conformère le plus stable
La position axiale d’un substituant est
Défavorable. L’interaction stérique la plus
importante est une interaction 1,3-diaxiale.
dans ce cas, la position de l’équilibre est déplacée
vers la droite (Me en équatorial)
A (préférence équatoriale) = RTLnK
Pour un groupe méthyle, A = 7,5 Kj.mol-1: Il Y a 95% de conformère équatorial à l’équilibre
Pour un groupe t-Bu, A = 23,5 Kj mol-1. L’équilibre est totalement déplacé vers la droite
On parle de conformation « bloquée ».
OH
OH
HO
20
Effets électroniques
Comprendre la distribution des
électrons dans une molécule
organique, afin de prédire et de comprendre
sa réactivité vis-à-vis d’un réactif riche en électrons
(nucléophile), ou bien pauvre en électrons (électrophile)
21
Effet inductif
Définition
* Effet inductif = conséquence de la polarisation et de la polarisabilité des liaisons covalentes
* Polarisation : vient de la différence d’électronégativité entre atomes liés
* Polarisabilité : faculté à se polariser ou à renforcer une polarisation existante sous
l’influence d’un champ électrique (dipôle…)



Cl
CH2
CH2


CH2





Cl < CH2 <CH2 <CH2 < CH3
CH3
 
Cl



< CH2 <CH < CH

< CH3
Plus la polarisation initiale est marquée, plus l’effet inductif est fort
La polarisation de la
Liaison est directement
Reliée à l’électronégativité
Des atomes de la liaison.
Cette électronégativité (notée
c), varie de 0.7 à 4 dans
L’échelle de Pauling.
22
Effet inductif – I attracteur et + I donneur
Le sens d’un effet inductif se définit par rapport à une liaison formée avec un carbone
Effet – I : pour atome ou groupe d’atome attirant les électrons de la liaison (Cl : -I)
Effet + I : pour atome ou groupe d’atome repoussant les électrons de la liaison
-I:
Effet - I :
-F
-Br
O
-A
Effet + I :
Li
(Mg...)
CH3
CH3 > C
Groupes alkyles :
N
-NO 2
nitro
O C
cation
CH > C
CH3
Influence de l’effet inductif sur la force d’un acide carboxylique
R
O
C  +
O <H
O
R
C
+
H
O
carboxylate
N
Acidité :
des acides
Structure
pKa
1
H-COOH
3.75
2
CH3-COOH
4.75
3
ClCH2-COOH
2.85
4
Cl2CH-COOH
1.48
Cl2CHCOOH >
ClCH2COOH
dichloroacétique
chloroacétique
Effet –I des 2 Cl
Effet –I du Cl
> CH3COOH
acétique
Effet +I du CH3
O
H
O< H
HCOOH
formique
O
Cl < H2C < C
>
C
O
H3C > C
O <H
O< H
23
Formalisme d’écriture:
La flèche est l’élément de base dans l’écriture des mécanismes. Elle symbolise
le déplacement de deux électrons (d’une liaison covalente, doublet libre, charge
négative). Elle se dirige toujours du (-) vers le (+)
X
X
Y
Y
+
X
Y
X
Y
La flèche en hameçon est plus rarement utilisée dans l’écriture des mécanismes.
Elle symbolise le déplacement de d’un électron (d’une liaison covalente,
doublet libre, charge négative). Elle se dirige toujours du (-) vers le (+)
X Y
X
+
Y
24
La flèche droite symbolise une réaction chimique, c’est-à-dire la transformation
d’une molécule. La double flèche signifie que la réaction est équilibrée.
Elle symbolise également un équilibre entre deux
espèces chimiquement identiques.
X
+
X
Y
Y
La flèche à double pointe symbolise le résultat du déplacement
d’électrons dans une molécule. La molécule reste inchangée, il n’y a pas de
réaction chimique. C’est une flèche de mésomérie
X
Y
X
Y
25
Effets électroniques: la mésomérie
La mésomérie est un procédé d’écriture (on dit aussi résonance),
qui permet de décrire la délocalisation des électrons dans une molécule.
Cette délocalisation sera symbolisée par
deux ou plusieurs formules de Lewis, dans lesquels les électrons sont localisés.
Ces formules de Lewis
sont appelées formes limites, ou forme de résonance, et sont reliées entre elles par une flèche de
mésomérie.
La molécule réelle est une moyenne de toutes ces formes limites. Dans le cas ci-dessus, elles
ont toutes le même poids: toutes les liaisons C-C ont la même longueur dans le benzène.
ou
ou
A
B
Conjugaison et mésomérie les règles d’écriture pour les formes limites
 Ni gain, ni perte d’électrons pour la molécule
 Les électrons  ne sont jamais déplacés
 Déplacement d’au moins un doublet  :
ou
A
A
+ éventuellement déplacement d’un doublet n :
A
 Respecter la règle de l’octet :
N
CH
N
CH
CH
CH
Faux
 Différents systèmes peuvent coexister et créer une conjugaison étendue :
Succession d’ « éléments » de conjugaison : électrons , n, orb vac, électron seul,
séparés par une seule liaison simple
CH2
CH
CH
CH
CH2
CH2
CH
CH
CH
CH2
26
Les principaux systèmes conjugués
 [] Motif A A A A
Au moins deux liaisons  séparées par une liaison  et une seule
butadiène
CH2 CH CH CH2
 [n-]Motif A
A
CH2 CH CH CH2
A
N CH
CH
N CH CH
C CH
C CH CH2
CH2
 [orbitale vacante-] Motif
C
CH
A
A
CH
C
 [électron non apparié-] Motif
C
A
CH
CH2
A
A
CH
CH
C
CH
A
CH2
27
Effets électroniques: les conséquences de la mésomérie
Sous l’influence de l’effet inductif –I ou +I, la mésomérie va permettre de distribuer les électrons
à longue distance. Avec un peu d’exercice, il devient facile de prévoir quels sont les atomes
riches ou pauvres en électrons dans une molécule conjuguée
-
O
O
+
N
N
Amide
O
O
+
-
O
+N
L'effet -I de l'oxygène, mais +M de OR
contribue à rendre le carbone en b de l'oxygène
plus nucléophile. C'est lui qui réagira
avec des réactifs pauvres en électrons
O
+N
O
O
Le nitroéthylène réagit avec des réactifs riches en électrons
sur le carbone terminal.
+
Donneur (+I)
Attracteur (-I)
NR3
CO2H
OR
SR2+
F
COR
NH3
O- ; CO2- ; CR3 ; CHR2 ; CH2R ;
CH3 ; D
+
Cl
SH
NO2
Br
SR
SO2R
I
OH
CN
OAr
SO2Ar
CO2R
Ar
28
Donneur (+M)
Attracteur (-M)
O-
S-
NR2
NO2
CHO
CN
NHR
NH2
NHCOR
COR
CO2H
SO2R
OR
OH
OCOR
CO2R
SO2OR
CONH2
SR
SH
Br
NO
CONHR
Ar
I
Cl
F
CONR2
R
Ar
La délocalisation des électrons amène une stabilité à la molécule.
Plus cette délocalisation est étendue,
plus la stabilisation apportée est importante.
Les systèmes cycliques, plans et conjugués, sont
particulièrement stabilisés, c’est l’aromaticité.
29
Pour avoir aromaticité, il y a 2 conditions:
Il faut pouvoir délocaliser 2n+2 électrons P ou n dans un cycle fermé.
Il faut que ce cycle soit plan. Ce sont les règles de Hückel.
H
N
O
N
+
La pyridine est plus basique
que le pyrrole, car le doublet
sur l'azote n'intervient pas dans
l'aromaticité. Il est donc "plus disponible"
pour capter un proton.
H
N+
-
etc
L’écriture des mécanismes
les mécanismes de base incontournables
Réaction acido-basique:
O
R
H
H
R O+
H
H+
O
O
H
Pour savoir dans quel sens
ces équilibres acido-basiques
sont déplacés, il faut connaître
la force relative (pKa) des couples
acide-base en présence.
On en verra des valeurs
à connaître en chimie
descriptive.
N+
H
N
-
O
OH-
CH3COO-
+
CH3
O
H
+
H2O
CH4 + MgBrOH
H3C MgBr
H
O
H
30
Réaction d’addition:
Ces réactions mettent toujours en jeu
Une molécule présentant une insaturation
(double liaison ou triple liaison). La liaison , fragile
est rompue sous l’action d’un réactif
électrophile ou bien nucléophile.
Le proton, dans cet exemple
est l'électrophile (E+)
H+
Nu
Nu-
+
H
H
Carbocation (instable)
Le bilan est une addition de Nuet H+ sur la double liaison.
Deux liaisons  sont formées,
une liaison  est détruite, le
processus débute sous l'action d'un
électrophile, c'est donc une addition
électrophile.
Nu-
-
Nu
H2O
O
O
Nu
OH
+ OH-
La deuxième réaction est
une réaction
acido basique
La double liaison est polarisée
par effet -I de l'oxygène
C'est une addition nucléophile
Réaction de substitution:
Nucléophile
Il y a substitution directe d'une espèce apte
à stabiliser une charge (-) (nucléofuge, groupe partant)
par une espèce rriche en électrons (nucléophile)
-
O
O
+ Br-
-
Br
Le nucléophile
+
L'électrophile
On forme et on crée une liaison
Substitution nucléophile
31
Réaction de substitution:
Electrophile
C’est un mécanisme spécifique aux dérivés
aromatiques, qui vont récupérer l’aromaticité par
perte de H+
H
H
H
Le benzène
joue le rôle
de nucléophile
étape coûteuse en énergie
H car perte d'aromaticité
H
H
H
-H+
+
H
E+
H
H
H
H
H
étape facile
E car gain d'aromaticité
H
H
H
E
H
On a au bilan remplacé H par E: substitution électrophile
aromatique.
Réaction d’élimination:
C’est l’inverse de la réaction d’addition:
elle conduit à la formation d’une double (ou triple liaison)
B- symbolise une base, qui va capter le proton
H
BBH + X - +
X
X est un groupe partant, le plus
souvent un halogène.
32
Quelques nucléophiles courants:
Nu- (chargés) ou Nu: (neutres)
Un bromure
(halogénure)
Quelques électrophiles courants:
E+(chargés) ou E (neutres)
-
Br
Un carbocation
N C
-
+
L'anion cyanure
-
O
O
Un énolate (dérivés carbonylés)
NR3
Un alcène
Un alcool
R O
RO
-
H+
Un proton
Une amine
AlCl3
O
Un alcoolate
H
H3C
+
2+ N
O
L'ion nitronium
Un acide de Lewis. La case
quantique vide peut accepter
un doublet d'électrons
L'ion acylium, c'est un carbocation
stabilisé par mésomérie.
Les 6 dernières diapos sont à travailler avec application….
Chimie organique fonctionnelle
Acidité, basicité, nucléophilie…….
L’étude de la chimie organique par fonctions est un processus d’apprentissage
classique. Chaque chapitre décrira les propriétés des molécules présentant une fonction
donnée, les principales réactions et transformations de cette fonction.
Ce n’est pas un apprentissage difficile, si on a bien compris la base des mécanismes réactionnels.
Il demande de la mémoire au début. La plus grande difficulté consiste à acquérir une vue
d’ensemble de la réactivité d’une molécule polyfonctionnelle.
Investir en compréhension au début est indispensable.
33
Les alcools.
Les alcools sont des composés dans lesquels un groupe
hydroxyle (OH) est lié à un carbone sp 3
Il en existe trois classes
Suffixe symbolisant la fonction alcool
3
4
1
2
O H
Butan-1-ol (ou n-butanol)
C'est un alcool primaire
Butan-2-ol
C'est un alcool secondaire
OH
3
2
4
1
On place l'indice avant le suffixe de la fonction
On numérote la chaîne carbonée de façon à ce que l'indice
du carbone portant le OH soit le plus petit possible.
2
1,1-Diméthyl-éthan-1-ol (ou tert-butanol)
1 OH
C'est un alcool tertiaire
On nomme les substituants de la
chaîne carbonée par ordre alphabétique
Les alcools.
Les alcools sont des composés amphotères, ils peuvent se comporter à la fois comme des
bases et comme des acides:
Bases:
O
R
H
H
+
O
R
H
H+
Base
Le pka de l ’acide conjugué
est de environ -2: seul un acide fort
est capable de le protonner efficacement.
Acide conjugué
Les acides les plus utilisés
H2SO4 : pKa = -9
Me
O
S
O
: Acide p-toluène sulfonique (APTS): pKa = -6,5
O H
34
Les alcools.
Un alcool protonné devient un bon groupe partant et peut former un carbocation, ce processus est d ’autant plus
facile que le carbocation résultant est stabilisé:
C'est l'étape couteuse en énergie (endothermique)
C'est l'étape lente, cinétiquement déterminante
Me
Me
H+
Me
O
Me
Me
H
Me
Me + Me
+ H
O
H
Me
Réaction ultérieure
(addition, élimination, réarrangement)
Carbocation
tertiaire, stabilisé
par l'effet +I
des trois
méthyles.
Attention,
Le carbocation
reste malgré tout
une espèce
instable, c'est un
intermédiaire de
réaction de haute
énergie
Le carbocation secondaire se fera beaucoup plus difficilement, le carbocation primaire encore plus
Un carbocation est plan (AX3, dans la théorie VSEPR)
Orbitale pz, orthogonale au plan, vacante en électrons
+
H3C
CH3
H3C
Les alcools.
Acides:
R
-
O
H
+
BH + RO-
-
B
Base conjuguée = alcoolate
Acide
Le pka de cet acide
est de environ 16: seule une base
de pka supérieur est capable de
déprotonner l ’alcool
Les bases les plus utilisées
NaH
Hydrure de sodium (H-, Na+), pKa = 35
RMgX: Organomagnésien: pKa environ 40
La soude NaOH (pKa = 15,7) ne déprotonne pas efficacement
La façon la plus efficace de préparer un alcoolate est de le faire réagir avec du sodium, c ’est une réaction d ’oxydo réduction:
Le sodium est oxydé
ROH + Na
RO-, Na+
+ H2
H+ est réduit en dihydrogène
35
Les alcools.
REACTIONS
Déshydratation (au bilan, perte d ’une molécule d ’eau)
H+
OH
+ OH2
-H2O
+
H
L'étape cinétiquement déterminente
est au premier ordre
Etape lente
C'est une élimination E1
OH
H+, -H2O
+
L ’alcène le plus substitué (le plus stable
thermodynamiquement)
est obtenu majoritairement
c ’est la régle de Saytzeff
Les alcools.
REACTIONS
RNu
ROH
Deux mécanismes peuvent intervenir pour réaliser cette
substitution:
Un mécanisme SN1 (substitution nucléophile du premier ordre):
OH
H+
+ OH2
-H2O
+
Nu-
Nu
Etape lente
Cette réaction a lieu en milieu acide, car la formation du carbocation détermine la vitesse de la réaction.
Elle sera d ’autant plus efficace que le carbocation formé est stabilisé, et que un nucléophile efficace,
présent dans le milieu réactionnel pourra le piéger avant l ’élimination.
HCl
OH
Cl
36
Les alcools.
REACTIONS
RNu
ROH
Un mécanisme SN2 (substitution nucléophile du deuxième ordre):
Dans ce cas, l ’alcool est préalablement
transformé en bon groupe partant. Le plus souvent en ester
d ’acide sulfonique, comme un tosylate.
Le nucléophile attaque dans un second temps le carbone qui porte
l ’oxygène et éjecte dans un processus synchrone l ’anion
sulfonate, qui est un bon nucléofuge, stabilisé par mésomérie.
(Chlorure de tosyle: TsCl)
R OH
O S O
Cl
ROSO2
+ HCl (capté par la base)
Base (amine)
ROTs
L ’étape cinétiquement déterminante est bimoléculaire
De nombreux paramètres influent sur l ’afficacité
de cette réaction, tels que le solvant, la nature du groupe partant
(nucléofuge) et du nucléophile, et l ’encombrement autour du carbone
qui subit la substitution.
O
R O S
O
Les alcools.
NuR-Nu
+
O
S OO
REACTIONS
ROH
RNu
Le mécanisme SN2 intervient avec une inversion de configuration, c ’est l ’inversion de Walden
LG: Leaving
group (groupe partant en anglais)
Le mécanisme SN1 intervient avec une racémisation, puisque
l ’intermédiaire réactionnel est un carbocation plan
37
Les alcools.
REACTIONS
Caractère nucléophile
Les alcools peuvent jouer le rôle de nucléophiles, soit sous forme protonnée
par l’intermédiaire des doublets libres sur l’atome d’oxygène:
Exemple: l’estérification catalysée en mileu acide:
Cette réaction est la succession d’étapes élémentaires réversibles (doubles flèches). Elle est donc équilibrée.
Pour qu’elle soit complète, il est nécessaire de déplacer l’équilibre (élimination de l’eau par exemple).
Les alcools.
REACTIONS
Caractère nucléophile
Les alcools peuvent jouer le rôle de nucléophiles sous forme déprotonnée. Ce sont alors
nucléophiles plus puissants, car chargés.
Exemple: La synthèse des éthers selon Willamson:
38
Les alcools.
REACTIONS
Oxydation
Les alcools primaires peuvent être oxydés en aldéhydes, puis en acides
Les alcools secondaires sont oxydés en cétones
Les alcools tertiaires ne sont pas oxydés
H
Oxydation
R
OH
R
Alcool primaire
Le carbone
est au degré
d'oxydation I
R'
Oxydation
OH
R
Alcool secondaire
Le carbone
est au degré
d'oxydation I
O
Cétone
Le carbone
est au degré
d'oxydation II
OH
R
O
Acide carboxylique
Le carbone
est au degré d'oxydation III
Aldéhyde
Le carbone
est au degré
d'oxydation II
R'
R
Oxydation
O
Les réactifs oxydants le plus souvent utilisés
sont les
Oxydes de chrome. Le réactif de Jones
(CrO3/H2SO4) ne
Permet pas de s’arrêter à l’aldéhyde.
D’autres réactifs plus doux (comme le
chlorochromate
De pyridinium : PCC) permettent de s’arrêter
au stade de l’aldéhyde sans suroxydation.
Les dérivés halogénés.
Les dérivés halogénés sont des composés
dans lesquels un halogène (Cl, Br, I, F)
est lié à un carbone sp 3
3
4
1
Cl
2
Comme les alcools
1-Chlorobutane
Br
3
2-Bromobutane
2
4
1
On place l'indice avant la fonction
On numérote la chaîne carbonée de façon à ce que l'indice
du carbone portant le Br soit le plus petit possible.
2
1,1-Diméthyl-1-iodoéthane
1 I
39
Ce ne sont pas des composés naturels, mais des intermédiaires de synthèse très importants.
Ils sont le plus souvent préparés à partir des alcools.
Les iodures, par exemple, peuvent être préparés
préparés par réaction entre un tosylate
et un réactif minéral, l’iodure de sodium.
C’est une SN2
Les chlorures, par exemple, peuvent être préparés
préparés par réaction entre l’alcool
et un réactif minéral, le chlorure de thionyle SOCl 2.
Cl
R
O
S
Cl
OH
O
+ S
O
Cl
H
R
Na+, IR
+
-H
ClR
O
-
O
I
Dans ce cas, le choix du solvant (l’acétone) est crucial
C’est un solvant polaire aprotique, qui solvate le cation
Sodium et rend l’anion iodure réactif pour réaliser la substitution.
O
Na+
+
-
O
R
Cl
+
O -
+
-
Cl
-
R
O
S
Acétone
O
+
SO2 +
OTs
+
La charge + est masquée
et diffuse, elle n'est pas
efficace pour solvater I-, qui
devient plus nucléophile
Réactivité des halogénoalcanes
NuBSUBSTITUTION
NUCLEOPHILE SN2
ELIMINATION E2
+ H
R'
+
R
X -
X = Cl, Br, I
R'
R
R'
R
Nu
Ces deux réactions peuvent être compétitives, car un nucléophile peut aussi être basique,
et inversement.
40
La Sn2
La E2
41
Les réactifs de GRIGNARD (organomagnésiens)
Victor Grignard
Prix Nobel de chimie (1912)
- + -
C Mg X
Mg
RMgX
R-X
Et2O
Ces réactifs sont de puissants nucléophiles carbonés, ce sont presque des carbanions.
Ils vont réagir avec des électrophiles. Dans le cas ci-dessous, il s’agit d’une cétone, et la
réaction conduit à un alcool tertiaire.
Formation d'une liaison C-C
- +
R MgX
R
-
O
H3O+
O-, MgX+
R
OH
+
Les organomagnésiens sont des bases très fortes (le pka d’un carbanion CH 3- est estimé à 48 !)
En conséquence, les protons labiles sont immédiatement captés par l’organomagnésien.
OH2, ROH, RCOOH, RNH2, RSH…….
42
Ce sont les réactifs les plus utilisés en chimie organique, pour conduire à la formation d’une liaison C-C.
De nombreux électrophiles réagissent avec ces organométalliques
MgBr
1)
O
OH
Cl
O
2) H20 / NH4Cl
O
O
O
H
N
N
OH
N
O
Cl
Cl
Cicletanine
(Antihypertenseur)
Cl
N
N
PrMgBr (excès)
puis H3O+
HO
O
OMe
O
HO
O
OMe
OH
Etorphine: analgésique
5000 fois plus puissant
que la morphine
43
Les dérivés carbonylés
O
Les dérivés carbonylés sont des composés dans lesquels
Un atome de carbone est doublement lié
à un atome d’oxygène (liaison  + liaison
R1
R2
)
Si R1 et R2 sont des résidus carbonés : CETONE
SI R1 ou R2 est un atome d’hydrogène : ALDEHYDE
Régles de nomenclature:
1) On repère la chaîne carbonée la plus longue
2) On la numérote et on repère l’indice (le plus faible possible) du carbone portant la fonction
3) On nomme l’alcane fondamental et on indique l’insaturation par le suffixe : one (cétone) ou al (aldéhyde)
4) On rajoute les substituants précédés de leurs indices au début du nom.
5) Le terme oxo désigne une double liaison C=O, lorsque celle-ci est conjointe avec une autre fonction.
O
R1
LA REACTIVITE EST LIEE A LA
PRESENCE DES ELECTRONS P
ET A CELLE DE L’ATOME D’OXYGENE
ADDITION NUCLEOPHILE
O -
R1
+
R2
O
R1
R2
-
R
Nu 2
Les dérivés carbonylés sont des électrophiles
en raison de la polarité de la double liaison
C=O, les nucléophiles s’additionnent sur
l’atome de carbone.
-
Nu
44
O
ENOLISATION, PUIS
REACTION DE L’ENOLATE
R1
R2
-
O
O
H
R1
O
Base
+
-H
-
R1
R2
R1
R2
E
R2
+
O
E
R1
Un anion peut être
engendré, sous l’action
d’une base en a de
la fonction C=O, si
cette position possède
un atome d’hydrogène.
Cet anion est stabilisé
par mésomérie. Cet anion
peut ensuite réagir avec un
électrophile
R2
O
R1
Equilibre céto-énolique
O
OH
H
R1
R1
R2
R2
R2
Un équilibre s ’établit entre
la cétone et son énol. C ’est une
tautomérie (les deux isomères
diffèrent par la localisation d ’un
atome d ’hydrogène). La cétone
étant plus stable, l ’équilibre
est déplacé vers la gauche. La vitesse
d ’interconversion entre la cétone
et son énol est augmentée
en milieu acide.
La tautomérie est une réaction équilibrée (double flèche)
Ne pas la confondre avec mésomérie (déplacement d ’électrons).
45
H+
O
R1
Addition d’eau
R2
H
+
H O
+ H
O
R1
R1
R2
H
- H+
O
H
O
R2
R1
O
H
R2
O
H
H
Hydrate
L’addition d’eau nécessite une catalyse acide, car l’eau n’est pas suffisamment
nucléophile. L’équilibre est en faveur de la cétone, sauf si R 1 et R2 sont
fortement électroattracteurs.
H+
O
R1
R2
Addition d’alcools
H
+
H O
+ H
O
R1
R1
R2
H
- H+
O R
O
R2
R1
O R
R2
O
R
H
Hemiacétal
H OH
Mélange d'axial et
d'équatorial
H OH
H OH
HO
HO
H
H
OH
H
O
H O
HO
HO
H
H
OH
OH
GLUCOSE
46
Addition d’alcools
En éliminant l’eau, on déplace l’équilibre, et l’hémiacétal peut continuer à réagir:
H
+
H O
R1
O
R
+ R
O
- H2O
H
+ ROH
R
R1
R2
R2
O
+
R1
O
R
O
R
R2
- H+
H
R
O
O
R1
R
R2
Acétal
APPLICATION: Protection temporaire d’une fonction cétone dans une synthèse
H+ cat. -H2O
EtO
EtO
O
O
O
HO
OH
O
H , + H2 O
O
L'acétal est stable
en milieu neutre
ou basique
CH3MgBr (excès), puis
H2 O
+
OH
O
O
OH
O
47
Addition d’amines
primaires
H+
O
R1
R2
R1
R2
R
R
R1
R2
N
O
H
R2
H
H
R
H
+N
- H+
N
R1
H
+
H N
R
R1
+ H
O
H
H
N
R2
-H2O
O
H
R
R1
R2
IMINE
L’imine a une stéréochimie (Z ou E). Les atomes de carbone et d’azote sont
hybridés sp2. La réaction est totalement équilibrée. Le pH optimal pour la
vitesse de la réaction est de 4.5.
Addition d’amines secondaires
H+
O
R1
R2
H
+
R N
R
R1
+ H
O
R1
R2
H
O
H
R2
N
R
R
R
R
+N
N
O
H
R
-H2O
R1
H
R
R1
R2
R2
Si R1 ou R2 est un groupe alkyle comportant
des atomes d'hydrogène:
R
R
+N
R
R
N
- H+
H
H
R1
H
H
R1
H
Eneamine
48
Addition d’autres nucléophiles
Formation d'une
liaison C-C
Organomagnésiens
- +
R
MgX
H3O+
R
-
R
O-, MgX+
O
OH
+
Formation d'une
liaison C-C
Acide cyanhydrique
- +
N
C
H
CN
Cyanhydrine
-
OH
O
+
Addition d’autres nucléophiles
Hydrures (H-)
Formation d'une liaison C-H
H
Al H
H
Li
H
H
-
O
H3O+
H
Alcool
O-, Li+
OH
+
LiAlH4 est une source d’hydrures puissante, c’est un réducteur. Il réduit
les cétones en alcools secondaires et les aldéhydes en alcools primaires.
Il réduit aussi les ester en alcools primaires.
NaBH4 (le borohydrure de sodium) est sélectif pour les cétones et aldéhydes.
Il ne réduit pas les esters.
49
ENOLISATION, PUIS
pKa = 20
-
O
O
H
Base
R1
R1
-H+
R2
O
-
R1
R2
R2
Enolate
Les bases les plus utilisées pour énoliser: EtO -, Na+(pKa: 19), Na+, OH- (pKa: 14)
et NH2-, Na+ (pKa : 39)
ENOLISATION, PUIS
Si l ’énolate réagit avec un aldéhyde (ou une cétone).
C ’est la réaction d ’aldolisation.
C ’est une des réactions les plus utilisée en synthèse.
Elle a été découverte par Borodine.
O
-
O
R1
H
R2
O
O
R3
Borodine 1833-87
R1
R3
R2
Enolate
On
forme
une
liaison
C-C
H2O
O
OH
R1
R3
R2
Aldol
50
L ’aldolisation est une réaction très importante pour la biosynthèse de très nombreuses
molécules (particulièrement les sucres). Elle est catalysée par des enzymes appelées
aldolases. Plus de 30 aldolases ont été identifiées. Chacune se caractérise par une
tâche bien précise.
L’enzyme 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase (DERA) catalyse l ’aldolisation
entre l ’acétaldehyde et le D-glyceraldehyde 3-phosphate pour former le
D-2-deoxyribose-5-phosphate
L ’halogénation
H
O
O
O
Br-Br
H
R1
R1
R2
R2
-HBr
Br
R1
R2
Le milieu est acidifié:
La formation de l'énol,
qui est l'étape lente, est
catalysée.
51
Quelques exemples de synthèse multiétapes
O
O
O
OH
NH2
H+, -H2O
O
NH3
Br2
NH2Na, puis MeI
OH
OH
O
Br
Br EtONa
NaBH4
O
O
NaOH
O
O
NaBH4
O
N
O3, puis Me2S
OH
H+, -H2O
H+, -H2O
N
H
H2, Pd/C
N
Les amines
Les amines sont des composés dans lesquels un atome
d ’azote hybridé sp3 est lié à un carbone sp3
préfixe symbolisant la fonction amine
5
6
NH 2
1
3-Aminohexane
C'est une amine primaire
3 2
H
N
N-Cyclohexyl,N-methylamine
C'est une amine secondaire
On décrit par ordre alphabétique les substituants carbonés
liés à l'atome d'azote.
N
2-N,N-Dimethylaminohexane
2
C'est une amine tertiaire
N
N-Ethyl,N-méthylpropylamine
52
Les amines.
Les amines sont des composés amphotères, ils peuvent se comporter à la fois comme des
bases et comme des acides:
Bases:
R'
H
N
R
H+
R"
N
R
Base: amine
R"
Un acide faible comme
l ’acide acétique (pKa 4,5) protonne
totalement une amine.
R'
Acide conjugué: ion ammonium
Le pKa des amines est d'environ 10: ce sont des bases moyennement
faibles.
L'ion ammonium est un acide faible.
La basicité des amines augmente avec la « disponibilité » du doublet libre,
et l ’effet donneur des substituants de l ’azote:
H
CH3
H3 C
H
N
NH3
N
N
CH3
H
Aniline: pKa : 5
Pyrrole: pKa: -1,5
Basicité croissante
Les amines.
Sous l ’action d ’une base très forte (pKa > 30), les amines secondaires ou
primaires peuvent être déprotonnées:
R
Base très forte
N
R
H
R
L'amine joue le rôle
d'un acide (très faible)
N
R
La base conjuguée est un
amidure (pKa = 30)
Seuls NaH ou un organométallique (RMgX)
peuvent déprotonner une amine
53
Les amines.
REACTIONS
Toute la réactivité des amines provient de la nucléophilie
du doublet libre: les amines sont beaucoup plus nucléophiles
que les alcools.
E+
N
Les amines.
REACTIONS
Réaction avec les dérivés halogénés
Me-I
+
N
N
H
H
Me
-H+
Il est difficile de s ’arrêter au stade
de l ’amine tertiaire avec des halogénures
réactifs. En effet, l ’amine tertiaire est
plus nucléophile que l ’amine secondaire.
Elle réagit pour former l ’ammonium
Me-I
+
N
Me
N
Me
Me
54
Les amines.
REACTIONS
Réaction avec les dérivés carbonylés
Cette liaison
signifie que
la stéréochimie (Z
ou E) n'est pas
précisée.
O
R
R1
R
NH2
N
R2
H+, cat., -H2O
R1
R2
IMINE
O
R
R
N
R
NH
R
H+, cat., -H2O
ENEAMINE
Les amines.
REACTIONS
Réaction avec les dérivés d’acides
-H+
Chlorure d’acide
Addition
Elimination de Cl-
Amide
On rajoute une base (amine ou NaOH)
Pour neutraliser l’acide formé
55
Les amines.
Mésomérie de l’amide: le doublet de l’azote n’est pas disponible car engagé
dans la mésomérie: l’azote n’est plus ni nucléophile ni basique lorsqu’il se trouve
dans une fonction amide.
+
N
N
-
O
O
Forme
privilégiée
(l'oxygène est plus
électronégatif que l'azote)
Les acides et dérivés
O
R
OH
Les acides carboxyliques sont des fonctions dans lesquelles
un carbone est doublement lié à un oxygène et simplement lié à un oxygène
Le carbone est formellement au degré d’oxydation 3:
il est lié à deux oxygènes (plus électronégatif que C)
par l’intermédiaire d’une liaison double et d’une
liaison simple.
56
Acide devant le nom
Nomenclature:
Acide propanoïque
COOH
2
1
HO2C
4
3
6
5
8
7 CO2H
Acide 3-éthyl-6-méthyloctane-1,8-dioïque
Suffixe « oïque »
HOOC
1
Acide cyclopent-1-ène
carboxylique
2
5
3
4
Ce sont des acides faibles
O
R
+
- H
+
O
O
-
B
B-H
+
R
O
-
Le pKa de l’acide acétique (R = CH3) = 4,6
L’ion carboxylate est
la base conjuguée. Elle est
stabilisée par mésomérie
La nature de R a une influence sur l’acidité: plus R « stabilise » le carboxylate, plus le
pKa sera abaissé.
57
REACTIONS
L’esterification
+ H
O
H+
O
H
R
H
O
R
O
R
R
- H+
O
OH
OR'
+
H
Addition
O
R'
OH
R'OH
- H2O
Elimination
H
R
O
+
OH2
OR'
Nécessite une catalyse acide. La réaction est totalement équilibrée.
Pour déplacer l’équilibre: on élimine l’eau, ou bien on se sert de l’alcool comme
solvant.
Intermède pratique: le montage Dean-Stark
Azéotrope toluène:eau (8:2): ébullition: 85°C (toluène pur: 110°C)
58
REACTIONS
Transformation en dérivés d’acide activés
Cl
O
O
O
S
Cl
O
Cl
H
R
-
S
R
O
O
Addition-élimination
Cl
- SO2
- HCl
O
SOCl2: Chlorure de thionyle
R
Cl
Chlorure d'acide
Transformation en dérivés d’acide activés
O
O
H
R
REACTIONS
R
O
Cl
Le chlore est plus électronégatif que
l’oxygène: le chlorure d’acide est
plus électrophile que l’acide
Chlorure d'acide
Nu-
-
-
O
O
OH
R
Cl
Nu
R
Le chlore est meilleur groupe partant
que OH-: la deuxième étape d’élimination
est plus rapide dans le cas du chlorure
d’acide.
Nu
O
R
Nu
59
O
REACTIONS
R2
R
N
R1
Amide
La réaction est cette fois ci
rapide et totale. L’acide
chlorhydrique qui se dégage
dans les deux premiers
cas est piégé par une base
(amine tertiaire, pyridine)
R1
-HCl
NH
R2
O
R
Cl
Chlorure d'acide
R1COO-, Na+
-NaCl
R1OH
-HCl
O
R
O
O
O
R1
R
O
R1
Anhydride d'acide
Ester
Les acides aminés
Les acides aminés sont formés d'un carbone auquel sont liés:
•Un groupement amine (NH2)
•Un groupement acide
(COOH)
•Une portion variable d'un
acide aminé à l'autre (indiqué
par la lettre R sur la molécule
ci-contre; R pour radical).
Les acides aminés naturels proteinogéniques se retrouvent sous forme d’un énantiomère
A gauche: appartient
à la série L.
Si R est un groupe alkyle,
il a la priorité N°3 dans les règles CIP
2COOH
COOH
Représentation de Fischer
COOH
COOH
H2 N
H
R
H2 N
H
R
H2 N
1
H4
R
NH2
R
3
La configuration absolue est (S)
60
Les acides aminés
Quelques exemples d’acides aminés naturels. Notez que chaque acide aminé diffère
des autres par son radical. Les radicaux peuvent avoir des propriétés différentes,
certains son hydrophiles, d'autres hydrophobes. Certains, en solution, s'ionisent
positivement et d'autres négativement. Notez aussi que les acides aminés
peuvent être identifiés par une abréviation à trois lettres ou à une seule lettre.
Le tryptophane, par exemple, peut s'écrire TRP ou W.
Les acides aminés
Les acides aminés s’enchaînent entre eux par l’intermédiaire
de liaisons peptidiques (fonction amide).
Liaison peptidique
H2 N
COOH
H2 N
COOH
- H2O
H2N
Ala
Ala
Partie N-terminale
H
N
CO2H
O
Partie C-terminale
Dipeptide Ala-Ala
Certains polypeptides sont très courts ( seulement 4 ou 5 acides aminés)
d'autres gigantesques (plus de 600 acides aminés).
La plupart des protéines sont constituées d’environ 100 à 200 acides aminés.
On utilise généralement le terme peptide pour désigner les plus petits polypeptides
(moins de 50 acides aminés) et protéines pour les plus gros.
61
Les acides aminés
Une protéine
Exemple : le lysozyme
LYS VAL PHE GLU ARG
GLY TYR ARG GLY ILE
GLY TYR ASN THR ARG
GLY ILE PHE GLN ILE
ALA VAL ASN ALA CYS
ASP ALA VAL ALA CYS
TRP VAL ALA TRP ARG
GLY CYS GLY VAL
CYS
SER
ALA
ASN
HIS
ALA
ASN
GLU
LEU
THR
SER
LEU
LYS
ARG
LEU
ALA
ASN
ARG
SER
ARG
CYS
ALA
ASN
TYR
TYR
CYS
VAL
GLN
ARG
TRP
ASN
TRP
SER
VAL
ASN
THR
MET
ALA
CYS
ALA
ARG
ARG
LEU
CYS
GLY
ASN
LEU
ASP
ASP
LYS
LEU
ASP
ASP
LEU
PRO
VAL
ARG
ALA
ARG
GLY
GLN
GLN
ARG
LEU
LYS
SER
LYS
ASP
GLY
GLN
GLY
TRP
THR
THR
ASN
ILE
TYR
MET
GLU
ASP
PRO
ILE
ARG
VAL
ASP
SER
TYR
GLY
ALA
ALA
GLN
Le lysozyme est une protéine formée de l'assemblage, dans un ordre bien précis,
de 130 acides aminés.
Chacun des mots de trois lettres de cette liste représente un acide aminé.
On retrouve du lysozyme dans le sang, les larmes et les sécrétions
des voies respiratoires.
Cette protéine a des propriétés antiseptiques, elle contribue
à défendre l'organisme contre les bactéries.
Si on assemble au hasard 130 acides aminés pris un à un dans un
lot de 20 différents, on n'a une chance sur 20 130 d'obtenir du lysozyme.
Les acides aminés
Le lysozyme de poulet comporte
129 acides aminés, il y en a 50
différents par rapport au lysozyme
humain.
Cette séquence constitue la
structure primaire du lysozyme.
Les radicaux des acides aminés ont des propriétés chimiques différentes. Certains sont hydrophobes,
d'autres hydrophiles, certains s'ionisent négativement et d'autres positivement. Certains radicaux
peuvent former des liaisons chimiques plus ou moins fortes avec d'autres radicaux. Il peut donc y
avoir dans une chaîne d'acides aminés des interactions entre les radicaux. Certains se repoussent
et d'autres se rapprochent et forment des liens chimiques. La chaîne d'acides aminés aura donc
tendance à se replier sur elle-même pour adopter une structure tridimensionnelle précise.
62
Les acides aminés
Les acides aminés
63

CHIMIE ORGANIQUE PCEM1 Isomérie-Stéréoisomérie des édifices

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